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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0417200 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0417200.4 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Glycine-rich protein; TAIR: AT5G47020.1 MraZ; Swiss-Prot: sp|Q5H8C4|VP13A_MOUSE Vacuolar protein sorting-associated protein 13A; TrEMBL-Plants: tr|V7CH42|V7CH42_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0417200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:91503678..91516239) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTTAGGCGGCGATGCATTTTGTGATAATGCATAGGTACCTCTGCTGCTGCATTTTATTCGGATGCCTTTATATATCGCGC CTTTCTCTTAGTTCAGGACAGCATTTGAATAGGACTACTGCCTTACAAACCTGGTTGAGTTATTCTGGATCACTTGTAAG AGATGATTCTGCATTCCATGCTTCGGAATTTGCTAAAACATCAACTTTGAGATTGCCATTGAATGAGTCAGTTTCATGTG AGGACTTGGAAGGTGTAGGATCTTTTAATACCACATGCTTATTAAGCTCATCTCATTATTTGAAATCTGATATTTACATA TATGGGGTTGGAAATATGGAGATACTCTCTCATGTTTCGCTTTCATGCCCTGTCGAAGGGTGCATGATAACAGTCAATGT GTCTGGCAACGTTAAACTGGGTCAAAATGCGTCTATTGTTGCTGGTACTGTGGTTTTATCAGCATCCAATCTGACTATGG AACACAGATCTTCTATAAACTCATCGTCTTTGGGTGGGTCACCGCCTTCACAAACTAGTGGGACACCTGTTGGCAATGAA GGAGCTGGTGGAGGGCATGGTGGGCGTGGTGCATCCTGTGTAAAAAAAACTAAAACGAATTGGGGTGGGGATGTATATGC TTGGTCCACTTTGTCTCAACCATGGAGTTATGGGAGCAAGGGTGGTGGTAAATATACTAAAGAACAATATGGTGGGAATG GTGGGGGGCGTATTAAGATTCTAGTGAATGACACTATATTTGTAAATGGGTCGATTACTGCAAAAGGAGGAGATGGGGGA TCTGATGGGGGAGGTGGCTCTGGCGGAAGTATATTGGTACATGCCAAAAAGCTGTGAGTATGAACTACTTGTCAGTTTAT GACCATATACCTGTTTTTCATATTATGGCTTCTAAACTACTGTTAAGGCCTAAGACTGTAGCTAATACTGAGTTAAATGC 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CATAGCGAATCTAGAAATCCAAGATTTTTCTCTATTCTGTCCGGATCCAGATGCTTTTTGGGCTCATGAATCTGGTTTAT GA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0417200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCATTTTGTGATAATGCATAGGTACCTCTGCTGCTGCATTTTATTCGGATGCCTTTATATATCGCGCCTTTCTCTTAG TTCAGGACAGCATTTGAATAGGACTACTGCCTTACAAACCTGGTTGAGTTATTCTGGATCACTTGTAAGAGATGATTCTG CATTCCATGCTTCGGAATTTGCTAAAACATCAACTTTGAGATTGCCATTGAATGAGTCAGTTTCATGTGAGGACTTGGAA GGTGTAGGATCTTTTAATACCACATGCTTATTAAGCTCATCTCATTATTTGAAATCTGATATTTACATATATGGGGTTGG AAATATGGAGATACTCTCTCATGTTTCGCTTTCATGCCCTGTCGAAGGGTGCATGATAACAGTCAATGTGTCTGGCAACG TTAAACTGGGTCAAAATGCGTCTATTGTTGCTGGTACTGTGGTTTTATCAGCATCCAATCTGACTATGGAACACAGATCT TCTATAAACTCATCGTCTTTGGGTGGGTCACCGCCTTCACAAACTAGTGGGACACCTGTTGGCAATGAAGGAGCTGGTGG AGGGCATGGTGGGCGTGGTGCATCCTGTGTAAAAAAAACTAAAACGAATTGGGGTGGGGATGTATATGCTTGGTCCACTT TGTCTCAACCATGGAGTTATGGGAGCAAGGGTGGTGGTAAATATACTAAAGAACAATATGGTGGGAATGGTGGGGGGCGT ATTAAGATTCTAGTGAATGACACTATATTTGTAAATGGGTCGATTACTGCAAAAGGAGGAGATGGGGGATCTGATGGGGG AGGTGGCTCTGGCGGAAGTATATTGGTACATGCCAAAAAGCTGAAGGGATATGGTACTATCAGTGCTGCTGGTGGGATGG GATGGGGTGGAGGCGGTGGAGGAAGACTATCACTTGATTGTTACAGCATCCAAGAAGATCTAAAAATTACTGTCCATGGA GGTTTGAGTATTGGCTGCCCTGGGAATTCTGGAGCAGCTGGCACATTTTTCAATGCAAATTTACTAAGTTTGAAAGTTAG CAATGACAATGTCACAACAGAAACTGAGACTCCTTTGCTTGACTTCTCAACCAGCCCTTTATGGTCCAACGTTTATGTGG AAAATAATGCGAAAGTTTTGGTTCCACTTGTCTGGTCCAGAGTTCAGGTAAGAGGCCAGATCAGTGTATATAGTGGCGGA AGCTTAATCTTTGGACTGTCAGATTATCCAATTTCTGAATTTGAGCTTGTTGCAGAAGAGCTTTTATTGAGTGATTCTAT TGTAAAGGTTTTCGGTGCATTTAGAGTTTCTGTTAAAATGCTACTCATGTGGAACTCCACGATTCAAATTGATGGTGGTA AAAGTACTGTTGTGGCTGCTTCAGTACTTGAAGTGAGAAATCTTGCTGTTCTAAGGCAAACCTCTGTCATTAGTTCAAAC ACGAACTTGGGCTTATATGGTCAAGGACTGCTACAATTGACTGGTGATGGTGATGCAATCAAAGGCCAGCGACTATCCTT GTCTCTCTTCTATAATGTAACTGTTGGATCAGGTTCTTTACTTGAAGCTCCTTTGGATGATGATGCTAGTAGAGGCACGG TGACAACACATCTTTGTGATACACAGAGATGCCCGATAGATTTAATAACTCCACCTGATGATTGTCATGTCAATTATACA CTCTCCTTCTCACTTCAAATTTGTCGAGTTGAGGATCTTCTTGTAAATGGTAAAATGAAGGGAAGCATAATTCACATTCA CAGGGCAAGAACTGTGATTGTTGATACTGAGGGTTGCACTGAAGGTATTGGCAAGGGAAACTTTTTGAATGGAGCTGGCG GTGGTGCTGGACATGGAGGAAGAGGAGGATCTGGATATTTCAATGGGAGAATGAGTATTGGCGGTGATGAATATGGAAAT GCTATTCTTCCATGTGAATTGGGTAGTGGAACTAAGGGCCCTAATGAGTCATATGGGCATGTTGTTGGAGGCGGGATGAT TGTGATGGGATCCATTCAGTGGCCACTTTCGAGGCTTGACCTTTACGGGTCCTTGAGGGCAGATGGTGAAAGCTTTAGCA AAGCAATAACAAGCAGTGATGGATCTTTGGTTGGTGGTCTTGGTGGAGGTTCTGGTGGAACAGTCCTGCTTTTCCTTCAA GAACTCAGGATTTTGGAGAATTCCTCCTTATCAGTTGTTGGTGGCAATGGTGGCTCCCTTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGG AGGTCGAGTTCATTTCCATTGGTCAAAGATTGGTATTGGGGAGGAGTACGTGCCTGTTGCAAGTATCAGTGGCACCATGA ACTATAGTGGAGGAGCTGGGGACCATGATGGCCTTCATGGACAGGAGGGTACCATAACTGGGAAAGCATGCCCTAAAGGC CTTTATGGAATTTTCTGCGAGGAATGTCCTCTGGGTACTTACAAAGATGTTGATGGTTCTGATCCACATCTTTGCATTCC TTGTCCTCTTGATCTTCTTCCGAACCGTGCAAATTTAATATATCAACGAGGGGGGGTTACAAAGCGTTCTTGTCCATATA AATGTATATCAGACAAGTATCGGATGCCCAACTGTTATACACCTCTAGAGGAGCTTATTTATACATTTGGTGGTCCCTGG CCATTTTCAGTAATGTTGTCATTAGTTTTATTGCTTATGGCTCTACTACTAAGTACTTTGAGAGTCAAGTTGATTGGTTC TGGTTCATATCATAGTTCAAGTTCTACTGAGCACCATAATAATCACCGTTTTCCATATCTTCTATCTCTGTCTGAGGTGC GTGGAGCCAGAGCTGAAGAGACTCAAAGTCATGTACACAGAATGTACTTTATGGGTCCTAATACTTTTAGAGAACCCTGG CATCTTCCTTACTCACCTCCCCACGCTATAATTGAAATTGTGTATGAAGATGCTTTTAATAGATTTATTGATGAGATCAA CTCAGTTGCTGCATATGATTGGTGGGAGGGATCAGTGCACAGTATACTTTCAGTCGTGGCATATCCTTGTGCTTGGTCCT GGAAACATTGGCGTCGAAGAGTTAAAATTAGTCGCCTTCAGGAATATGTCAAGTCTGAATATGACCATTCTTGTTTACGC TCCTGCCGTTCCCGAGCTTTGTACAAAGGGATGAAGGTTGGGGCGACTCCGGATTTAATGGTCTCATACATTGATTTTTT CCTTGGTGGTGATGAGAAGCGATTAGACATTGTATCAATTATACAGGAGAGATTTCCCATGTGCATACTTTTTGGTGGGG ATGGGAGTTACATGGCACCTTACAATCTTCACAGTGATGCACTGTTGACCAACCTCCTTGCCCAGCATGTCCCAGCAACT GTTTGGAATCGTTTGGTAGCTGGCCTGAATGCTCAGTTACGGACAGTGAGGCATGGATCAATTCGTGTCACACTAGGTCC TGTTGTTGATTGGATAAATAGCCATGCAAATCCCCAACTTGAGTTCCATGGAGTTAAAATTGAGCTTGGATGGTTCCAAG CAACAGCCTCTGGTTACTATCAGCTGGGTATCGTGGTAGCAGTTGGGGATTATTCCCTTCATGATTTGCACCAGTCTGAT ACTTGGGTCGGTACTGATGAAGCTATGGGGAAAAATGTGGCATGTGGTAGAAAGAATCTTAAGCAGCTGCAGCATAGTCG GCCATACATGAGCAATCCATTATCTCTTAAAAAGATAACTGGAGGAATTAATGGTGGCCTGATAAATGATGCTACCTTAA AATCACTAGACTTTAAAAGGGATCTTCTATTCCCACTTTCTCTGCTGTTGTGCAACACTAGACCTGTTGGTCGTCAGGAT ACTGTGCAACTGCTGATCACTCTGATGCTTTTAGCAGATCTTTCTGTTACTCTCCTCATGTTACTTCAGTTCTACTGGAT TTCTCTTGCAGCTTTTCTTTCTGTTTTACTAATCCTCCCTCTTTCTCTACTATCTCCATTTCCTGCCGGTTTGAACGCAT TATTCAGTAAAGAACCTAGAAGAGCTTCACTTTCTCGAGTATATGCACTGTGGAGCGCTACTTCTCTATCTAATATTGGT GTGGCTTTTATCTGTTGCCTAGTTCACTATGCAGTATCCCACCTTCACCCTGACGAGGCAAGTACACGTAGTGTCAAGAG GGAAGATGATAAATGCTGGCTTTTGCCTGTCATCCTTTTTCTATTCAAGTCTGTACAAGTCCGTTTAGTCAATTGGCACA TAGCGAATCTAGAAATCCAAGATTTTTCTCTATTCTGTCCGGATCCAGATGCTTTTTGGGCTCATGAATCTGGTTTATGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0417200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MHFVIMHRYLCCCILFGCLYISRLSLSSGQHLNRTTALQTWLSYSGSLVRDDSAFHASEFAKTSTLRLPLNESVSCEDLE GVGSFNTTCLLSSSHYLKSDIYIYGVGNMEILSHVSLSCPVEGCMITVNVSGNVKLGQNASIVAGTVVLSASNLTMEHRS SINSSSLGGSPPSQTSGTPVGNEGAGGGHGGRGASCVKKTKTNWGGDVYAWSTLSQPWSYGSKGGGKYTKEQYGGNGGGR IKILVNDTIFVNGSITAKGGDGGSDGGGGSGGSILVHAKKLKGYGTISAAGGMGWGGGGGGRLSLDCYSIQEDLKITVHG GLSIGCPGNSGAAGTFFNANLLSLKVSNDNVTTETETPLLDFSTSPLWSNVYVENNAKVLVPLVWSRVQVRGQISVYSGG SLIFGLSDYPISEFELVAEELLLSDSIVKVFGAFRVSVKMLLMWNSTIQIDGGKSTVVAASVLEVRNLAVLRQTSVISSN TNLGLYGQGLLQLTGDGDAIKGQRLSLSLFYNVTVGSGSLLEAPLDDDASRGTVTTHLCDTQRCPIDLITPPDDCHVNYT LSFSLQICRVEDLLVNGKMKGSIIHIHRARTVIVDTEGCTEGIGKGNFLNGAGGGAGHGGRGGSGYFNGRMSIGGDEYGN AILPCELGSGTKGPNESYGHVVGGGMIVMGSIQWPLSRLDLYGSLRADGESFSKAITSSDGSLVGGLGGGSGGTVLLFLQ ELRILENSSLSVVGGNGGSLGGGGGGGGRVHFHWSKIGIGEEYVPVASISGTMNYSGGAGDHDGLHGQEGTITGKACPKG LYGIFCEECPLGTYKDVDGSDPHLCIPCPLDLLPNRANLIYQRGGVTKRSCPYKCISDKYRMPNCYTPLEELIYTFGGPW PFSVMLSLVLLLMALLLSTLRVKLIGSGSYHSSSSTEHHNNHRFPYLLSLSEVRGARAEETQSHVHRMYFMGPNTFREPW HLPYSPPHAIIEIVYEDAFNRFIDEINSVAAYDWWEGSVHSILSVVAYPCAWSWKHWRRRVKISRLQEYVKSEYDHSCLR SCRSRALYKGMKVGATPDLMVSYIDFFLGGDEKRLDIVSIIQERFPMCILFGGDGSYMAPYNLHSDALLTNLLAQHVPAT VWNRLVAGLNAQLRTVRHGSIRVTLGPVVDWINSHANPQLEFHGVKIELGWFQATASGYYQLGIVVAVGDYSLHDLHQSD TWVGTDEAMGKNVACGRKNLKQLQHSRPYMSNPLSLKKITGGINGGLINDATLKSLDFKRDLLFPLSLLLCNTRPVGRQD TVQLLITLMLLADLSVTLLMLLQFYWISLAAFLSVLLILPLSLLSPFPAGLNALFSKEPRRASLSRVYALWSATSLSNIG VAFICCLVHYAVSHLHPDEASTRSVKREDDKCWLLPVILFLFKSVQVRLVNWHIANLEIQDFSLFCPDPDAFWAHESGL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 9 | 9 | - | – | |
| Phobius | 1 | 29 | 29 | - | – | |
| Phobius | 10 | 21 | 12 | - | – | |
| Phobius | 22 | 29 | 8 | - | – | |
| Phobius | 30 | 879 | 850 | - | – | |
| PANTHER | 64 | 1434 | 1371 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 64 | 1434 | 1371 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 160 | 196 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 160 | 181 | 22 | - | – | |
| SMART | 803 | 851 | 49 | 0.0012 | ||
| Phobius | 880 | 900 | 21 | - | – | |
| Phobius | 901 | 1283 | 383 | - | – | |
| Phobius | 1284 | 1306 | 23 | - | – | |
| TMHMM | 1284 | 1306 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1307 | 1311 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1312 | 1335 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 1313 | 1335 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1336 | 1346 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1347 | 1373 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 1350 | 1372 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1374 | 1392 | 19 | - | – | |
| Phobius | 1393 | 1410 | 18 | - | – | |
| TMHMM | 1393 | 1415 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1411 | 1439 | 29 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0417200.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…