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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0195000 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0195000.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | tRNA/rRNA methyltransferase family protein; TAIR: AT4G17610.2 tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein; Swiss-Prot: sp|Q13395|TARB1_HUMAN Probable methyltransferase TARBP1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0FD66|A0A0R0FD66_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0195000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:44858539..44890296) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCAAAAACAGTGCAGTGGATTGTTGTCATCTGCGGGGATATAAAACAAGGCGCGAAGAATTGCCATTTGACGTTAGGTGG GGCACGCAGTTGAGGGTTTAGCAACCGAAACATTAGGGTTTTACCTCCACCCTCCCAGCAGCATCTGAGAACAATGAGTT CAATGTCCGAAGCAGGTTCCATGGCTTCTGTGGTCGCTTCGCTATCGAAAAGCTTCAGTCAAGTGCCACCTTCAGCTGTT CCGGCGATGCTGGATTGCATCATCTTGACCACTGGTTTGTCTCCTCGCTCGCTCTTCGATTCGCTTCTCCATGATTTCCC TCGTCTTCTCAAGGTACCACTCTTCTTCTTCTTACTCTATCAATTCCTCTATGCGCTTCTCACAATCTATCTAAATGATT TTTGGTTTGATTTTGATTTTAAGCCTTGTCAATTTACTGATTTGGTTATATTTGTTGATTGTGATAGGATATTATCACGG AAGATAAGAATTTGGATTCTGATCACCGTCTCCATCTTGTGTCGCTGGTGGGCGCATTTTGTCACCTCCTGAAGAAAATA GGTGAGCTACTTACCCTCTTGTTTTCAGCATTGTAATTGAAGGCTTTTGGTAAACTACATGGCCTTTCTCCATTCTGCAT TTGGAAATGCAGCATTTCTGTGTACAAACTATAATGCTATGCTGAAATGGAGCATTAGTCGTCGCAATACATTGCCTTTC ATTTTCTTCTTGGTGCCCACATCTAGTTTATTTATTTGCAGGGGCTGATTGTGATGCGGCAGTATCTTTTGTGCGGAGAT GTTTTCTTCCTTTAGCTAAGGCGCTGCAGCCAAATCAGCATGACTTGCTGAATCAGGTATAATACTTTGTTAAATAGTTA GGAAACCTTGTTTTATAGGGAGAGCTTTTTATTGTCTAACATTTTTACCATCTGATATGCCAGATCGTAGAATCGTTCAT 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TATGCTACTGTTTCTGGAAAAGAAATCTAAATCGCAAAATGAGGCAGTTTATATTTTTATTTTGATCAGTTGGACACATG CTATAGTTGGGATGGTAAACGAAATCCCTTGCCACACGCTTATCTTTTATCTGTCTGCGTACAGAAACTGTCACTGAACT GCAATTGCTTCGCTGTTTTAACATCTTCACTTTCTTAGCTAAACTGAGGTTGCACCATTGTATCATTACTTTTATTTGCA TATAATATTTACCTGATTTCTATTAAGTTTCCTAATGCTAGCCTAGAATTACTCATCCCCTGAGACATATATGTACAAAC TGGACAAAATTGACATGCCAAAATTTCGAATCTAACATGTAATGAGTTTATAATATATTTCGGCTTTTATAGATGATAAA TCTGTTTATTCTCTCTTTTTGTTTTTTGTGTAAAGGAGGATAATTTTGAATGTGTTCCAACATCTCTCATGGAGCAAGTT CTCAAATTTTTAAATGTGAGTACTTGGTCATGCTTCCCTTTTTAAAATAGAAATGCTATATTTTCTGTTTCATCTTATGA GATTTTCTCTTCCATCATTACAGGATGTTAGAGAAGATCTACGGTGTTCAATGGCAAAGGATGTGGTGACTCTCAGAAAT GAGACTTTAAAGTCCTATGGGGATACAAATTGCATGAAAAATGTATCTGGTGACACTGAAGGAATTGTGCTCAAAGATAT GTCTTCAGATTTCCAGAAAAAGGTTACTTTAGCCAAACATAACAAGGGGGACAATGAGGCAGGTTTCCTTTATAGCAATG ATGAAACTTACAGAAAAATGGCTGGTATGTTCTAAATTTGTTCAGCAACTAATAAAGGGAACGGACAATCTGGCACTTTT AGTTTGTTTTGTTTTCTTATTATGATCATGTTTTGTTGTACCTGATATCTGGGGTCCATATTCTATATGTGCTTCATAGT 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0195000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAGTTCAATGTCCGAAGCAGGTTCCATGGCTTCTGTGGTCGCTTCGCTATCGAAAAGCTTCAGTCAAGTGCCACCTTC AGCTGTTCCGGCGATGCTGGATTGCATCATCTTGACCACTGGTTTGTCTCCTCGCTCGCTCTTCGATTCGCTTCTCCATG ATTTCCCTCGTCTTCTCAAGGATATTATCACGGAAGATAAGAATTTGGATTCTGATCACCGTCTCCATCTTGTGTCGCTG GTGGGCGCATTTTGTCACCTCCTGAAGAAAATAGGGGCTGATTGTGATGCGGCAGTATCTTTTGTGCGGAGATGTTTTCT TCCTTTAGCTAAGGCGCTGCAGCCAAATCAGCATGACTTGCTGAATCAGATCGTAGAATCGTTCATGAGCGTTGTGATTG AAACTTGCACCTGGGAAGTTCTTGAAGCAACTTTAGTGCCGGTTTTTTTAAGGTCACTTGGCCTTTCCATGGGTATGGTA CATAATGGCAATTTTGATTTTTATGAATGGAGTGACAAATCATCTCACCAGGATTTGAATGATGCAACGGACAAGGAACT CTTGCTGTCTTCATCAAATTGTTTCAAATTGGCAACATCGTGCAATGTTTTGTCTGTAATTATGGAAACCACCCTTCAGT TTCTGCAATCAGACACAATATCTAAATCAGCAGAAAGAAAATGGTGTATTGCAGATAAGTTTGTTAAAGTCTTGACTTGG GATTTGTGTAATATGACTGAACGGATGCTTTTACATAGTCCAGAGCACAGGTCTTGTGCAGTTGGCTTTCTTCTTCCTAT CATTCTCAAAGCATTCCCTGCCAATTGCTTATTTGAAATCTTGATTCGTGGGCAGAAACACGGTTTTTCTCGGGAGTATT TCTTGATCAAAATGTGGAACTGCTGCAGAACATTATTTTCAATGGGACCTTTGGAGAGAAGAGAGGGATATAATATACTC TCTTTGTATTTCTCTTTTTCTTGGTCTACAGATGAATATCAAGATGCTAATAGTGATACTATCATTAAAACTGAAGAATT TGACATAAGAGCAGAAAAAGAGTTCTGGGATGAAATAAAGATGGGGCTGGTTGACAAGGAGAATTCAGTGAGAAAGCAAA GTTTACATATATTGAAGATTGCTCTGAATATACAAGATGGAACTAATTCTGTCTCCCACATTTCAAAAAGGAATACTGAT GGAATGCACTCAGTACCTCATTGTGTGACAAAAAGGGAAATATGGGCTGACAAGGAAGCCAAGTCACTTGGCGTTGGGAA GCTTTCAACGTCAGATGACCAGATTTTTAACAGCCAGCAATATTGGGATGCATTTGTGCTTTTATATGAAATGCTTGAAG AATATGGTACTCATTTAGTTGAAGCAGCTTGGAATCATCAGGTCTCTTTGTTGCTTCAGTTCTCTAAGTCATATCTCAGT GTTGGAAACATCATGCATAAAGTTCAACTAGATCAATTTGAAATATATGGTGATACTTTTGATTGGTTATCTATTTTGTG GGAACGAGGCCTTCATCATGACAACCCTCAAGTAAGGTGCCTGATCATGCAGTCTTTTCTTGATATTCATTCGGAGAATT GTGGGAACTACATAAAATTGGTGCCTGAAACTTTTGTCATTGGTCCATTTATTCAAGGGATGAATGACCCAATACACCAC AAAGAGTTTGGTGTGAATGGGGTTTATATGTCACACGTGATTGAAGGTGCAGCCCAGTTTATGCGGCATTACGTTGGGTT TCTAGCTCCAAGGAAACGCTTTGCATTTTTATGTAATTTAGCATCTACTGCTAAACATCAACCTTTTGGACGAGCTGGAC TTATGGGCCTTGCTGAATGCATTGCTTCAGCTGCCTCTGGCATAGGAATACTTATCCATGCCAGGACAGAGTCATACAAA GGCACGTCACTTGTGGATTATGTTTCTGGATTTGAAAATGAGGCTGATAAAAAAGAATTACTGGATATCTTTAGATATGT TGTCGGGAGAAGCAAGCAACATTTTAATCCCAGTTACCGACTTCAAGTTTGTCGAAAAATTCTGGAGGCTGCTGTTTCCG TGGTGTGTACGTTTGATATTCCTCTTGAAACTCTTATGCTTTTCATTTCAGCATTGCCACGGGAATTCACAGATTATGGT GGTCAGTTAAGGTTGACTTTGCAAAGTTGGCTTTTGGGTTGTAGCTACACGGATTTCTGTACCACTTGCTGTACTAATGA AATGAAGCTCTGGAAGAGTCTTTATGACTTCCCAGAGAGCTTTGTCAGTGGTCATCTTTCCATTGATATTTCTTTTAACT ATGGTGATGATGACTTGAGTGCATGGGAGTTTGAAGCGAATAGATGGGCTAGAGTTCTTTTCCTGGCAGTCAAGGAGGAA CATTTGCTGGAACCCATTTTAATGTTCATTCAAGACATTGGTTCTAATATCTTTAAACAGAACGACGATACAAAATACAT AGCAGTCAAATTCTTGATTCTTGCCTCGAGCTTCGTTCTGGAGCTTCGCAGAACAAAGGAAAGAGTGATTGAATGTGGTA ATAAAGTCAGAAAAAACTTGGGGAGTGCCTTCCCTGGTGTAGTTGATGACCTGAGTTTTATAGATGACGTTTCTGAGAAG CTTATTGACAAATTTCTTTATTTATTGGATGATCTGGTTCAGTTTGCAAACCAGTCTTGTTCTGTTTTCTGGGCTGGTGT TGTTGCAGAGGACACTTCACTACCTGGTGCAGTGAAAGGAAAACTCGGAGGTCCTAGTCAAAGGAGGTTGTCAATTTCTG CCACCACTACTGTATTGCAGGCGAAGATGTCAGTTAAGGTGATATCATTATTCTTGTCATGGTGTACACAAATTAAAAGA GATGCTCCCCTTAACTCTGCTTTCACTCTTATGTGGCAATTCTTCTGGAGGACTACTAGATCTCCACCTTCTTGCTCAGA GACACAAGCAGAAGTTTGTCTTGCGGCATATGAAACGTTGGTCTCTGTTCTTAAAGTTCTAACTTCCACATACTTTCCCC AAAATTTTCATCTCATTGAGGAGAATGAGCATTTGTTTTCAGAGACAGAAGGAAGGCCTCAGTTAGATTACATGTGCACA TCTTTTATTCAGAATATCAATGATCTTCTTGGAGCAGGAATTTTGGCAAGATCTCGAAAGGCTGTTTTGTTGGATATAAA GTGGGTGTGCTTGGAATCTTTGTTGTCAATTCCTTCTTATGCTCTCAAGAATGGGTTTCATTTGGAGGAAAACCACACTT TCTTCTTAGATGGCACTCTGAGATACATTTTTGGTGATCTTGTTGAGAGCCTTGAAAATGCTGGAGAAAGTTCTGTTTTA CCCATACTAAGATCACTCCGGTTGTTATTTGAGCTAGTTGCCAAAGTGACATCAACTGCAATTGTTTCCTGCTGTCATTT GATAGACTCACAGATGATGTGGAATTTGGTCCATTCATCTTGGATATTGCATGTAAATTGCAACAAGAGAAGGGTTGCTT CTATTGCTGCTTTGTTGTCATCTGTTTTGCATCCTTTTCTATTTAATGATGAGAGAATGCATCAAACTGACAATGCACCT GGACCCCTGAAATGGTTTATTGAAAATCTTCTTGAGGAAGGCACAAAAAGTCCTCGTACAATTCGTCTTGCAGCATTGCA CATAACAGGGTTATTGCTCTTAAATCCTAGGATTATAAGATTCTATCTGAAGGAGCTTAAACTGCTCTCTCTCTATGGTT CAGTTGCGTTTGATGAGGATTTTGAAGCTGAACTAGGTGACAACAATGATGCAAGACTGGAAGTCTCGTTGTTGGCCAGG AGCCCTGATCCTGAACTGACTGAAGCATTTATTAACACAGAGCTGTATGCACGTGTATCAGTTGCTGTTATGTTTTGCAA GTTGGCAGACTTGGCTTGTATGGTGGGATCACCAGATGAAAATGCACATTGCAAGGCGGCACTAGAATCTGGCAAATCAT TTCTGCTTGAGCTTCTGGACTCTGCGGTAAATGATAAAGATCTTGCAAAGGAGTTATACAAAAAATATAGTGCTATTCAT AGACGCAAAATACGTGCTTGGCAAATAATATGTGTCTTGTCACCATTTGTTGAAGAAGATATAGTTGGGAAAGTTGTAGA TTACATGTACATATCACTTAACAGAAATAACTTACCTGCTGTTCGTCAATATTTAGAAACATTTGCAATCAACACCTATT TGAAGTTTCCATCACTTGTCAAAGAACAATTGGTCCCTATATTGCGGGATTATAACATGAGACAGCAGGCTCTATCTTCA TACGTATTCATTGCAGCTAACGTCATTCTCCATTCATCTAAAGATGTTCAACCGAGGCATTTGGATGAATTGTTTCCTCC TTTAGTTCCATTGTTAACATCACATCATCACAGCTTACGTGGTTTTACACAGTTACTAGTTTATCAAATTCTACATAAAC TGTTTCCATTGTTGAATGATGGATCTTCAGAGATACTACCTTTGGAGAAGAGGTGCCTTGTTGATTTGAAATTATACCTT GCAAGGAATTCTGATTGTGCACGCTTACGCGCGTCAATGGAAGGATATCTTGATGCTTACAACCCAAATAGCTCTGTCAC ACCTGCTGGAATTTTCGTCAATCGAGTCGAGGAGGATAATTTTGAATGTGTTCCAACATCTCTCATGGAGCAAGTTCTCA AATTTTTAAATGATGTTAGAGAAGATCTACGGTGTTCAATGGCAAAGGATGTGGTGACTCTCAGAAATGAGACTTTAAAG TCCTATGGGGATACAAATTGCATGAAAAATGTATCTGGTGACACTGAAGGAATTGTGCTCAAAGATATGTCTTCAGATTT CCAGAAAAAGGTTACTTTAGCCAAACATAACAAGGGGGACAATGAGGCAGGTTTCCTTTATAGCAATGATGAAACTTACA GAAAAATGGCTGAGATAGAAAGGGATGATCTCCTGCTGGATCAATTATTGCAGTCAAAAAGATCATCTCTAGATCAACAA AAGGCAAGTCGACAGAATTGTATCCTTGTAGCATCACTGCTTGACCGCATACCCAATCTTGCTGGTTTGGCACGTTCATG TGAGGTATTTGGAGCATCAGGGCTGGCCATTGCTGATAAAAATATCATAAGTGACAAACAGTTCCAACTAATCAGTGTGA CAGCTGAAAAGTGGGTTCCTATAATAGAACTCCCGGTAGATAGCATAAAGGCGTACTTACAGAAAAAGAAGAGAGAAGGA TATTCCATCTTGGGTTTGGAACAAACTGCAAACAGTGTAGCCCTTGATCAGTATGTCTTTCCACAAAAAATGGTCCTTGT TCTCGGCCGAGAGAAAGAAGGTATACCTGTGGATATAATTCATATTTTGGATGCTTGCATTGAAATTCCTCAACTTGGGG TTGTTAGATCTCTCAATGTTCATGTCAGTGGCGCTATTGCTCTCTGGGAGTACACTAGACAACAGAGATCTCGTTAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0195000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSSMSEAGSMASVVASLSKSFSQVPPSAVPAMLDCIILTTGLSPRSLFDSLLHDFPRLLKDIITEDKNLDSDHRLHLVSL VGAFCHLLKKIGADCDAAVSFVRRCFLPLAKALQPNQHDLLNQIVESFMSVVIETCTWEVLEATLVPVFLRSLGLSMGMV HNGNFDFYEWSDKSSHQDLNDATDKELLLSSSNCFKLATSCNVLSVIMETTLQFLQSDTISKSAERKWCIADKFVKVLTW DLCNMTERMLLHSPEHRSCAVGFLLPIILKAFPANCLFEILIRGQKHGFSREYFLIKMWNCCRTLFSMGPLERREGYNIL SLYFSFSWSTDEYQDANSDTIIKTEEFDIRAEKEFWDEIKMGLVDKENSVRKQSLHILKIALNIQDGTNSVSHISKRNTD GMHSVPHCVTKREIWADKEAKSLGVGKLSTSDDQIFNSQQYWDAFVLLYEMLEEYGTHLVEAAWNHQVSLLLQFSKSYLS VGNIMHKVQLDQFEIYGDTFDWLSILWERGLHHDNPQVRCLIMQSFLDIHSENCGNYIKLVPETFVIGPFIQGMNDPIHH KEFGVNGVYMSHVIEGAAQFMRHYVGFLAPRKRFAFLCNLASTAKHQPFGRAGLMGLAECIASAASGIGILIHARTESYK GTSLVDYVSGFENEADKKELLDIFRYVVGRSKQHFNPSYRLQVCRKILEAAVSVVCTFDIPLETLMLFISALPREFTDYG GQLRLTLQSWLLGCSYTDFCTTCCTNEMKLWKSLYDFPESFVSGHLSIDISFNYGDDDLSAWEFEANRWARVLFLAVKEE HLLEPILMFIQDIGSNIFKQNDDTKYIAVKFLILASSFVLELRRTKERVIECGNKVRKNLGSAFPGVVDDLSFIDDVSEK LIDKFLYLLDDLVQFANQSCSVFWAGVVAEDTSLPGAVKGKLGGPSQRRLSISATTTVLQAKMSVKVISLFLSWCTQIKR DAPLNSAFTLMWQFFWRTTRSPPSCSETQAEVCLAAYETLVSVLKVLTSTYFPQNFHLIEENEHLFSETEGRPQLDYMCT SFIQNINDLLGAGILARSRKAVLLDIKWVCLESLLSIPSYALKNGFHLEENHTFFLDGTLRYIFGDLVESLENAGESSVL PILRSLRLLFELVAKVTSTAIVSCCHLIDSQMMWNLVHSSWILHVNCNKRRVASIAALLSSVLHPFLFNDERMHQTDNAP GPLKWFIENLLEEGTKSPRTIRLAALHITGLLLLNPRIIRFYLKELKLLSLYGSVAFDEDFEAELGDNNDARLEVSLLAR SPDPELTEAFINTELYARVSVAVMFCKLADLACMVGSPDENAHCKAALESGKSFLLELLDSAVNDKDLAKELYKKYSAIH RRKIRAWQIICVLSPFVEEDIVGKVVDYMYISLNRNNLPAVRQYLETFAINTYLKFPSLVKEQLVPILRDYNMRQQALSS YVFIAANVILHSSKDVQPRHLDELFPPLVPLLTSHHHSLRGFTQLLVYQILHKLFPLLNDGSSEILPLEKRCLVDLKLYL ARNSDCARLRASMEGYLDAYNPNSSVTPAGIFVNRVEEDNFECVPTSLMEQVLKFLNDVREDLRCSMAKDVVTLRNETLK SYGDTNCMKNVSGDTEGIVLKDMSSDFQKKVTLAKHNKGDNEAGFLYSNDETYRKMAEIERDDLLLDQLLQSKRSSLDQQ KASRQNCILVASLLDRIPNLAGLARSCEVFGASGLAIADKNIISDKQFQLISVTAEKWVPIIELPVDSIKAYLQKKKREG YSILGLEQTANSVALDQYVFPQKMVLVLGREKEGIPVDIIHILDACIEIPQLGVVRSLNVHVSGAIALWEYTRQQRSR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 6 | 6 | - | – | |
| Phobius | 1 | 22 | 22 | - | – | |
| Phobius | 7 | 17 | 11 | - | – | |
| PANTHER | 10 | 1838 | 1829 | 0.0 | – | |
| Phobius | 18 | 22 | 5 | - | – | |
| Phobius | 23 | 1838 | 1816 | - | – | |
| Gene3D | 1664 | 1838 | 175 | 3.1E-43 | ||
| SUPERFAMILY | 1677 | 1836 | 160 | 5.56E-33 | ||
| CDD | 1688 | 1831 | 144 | 1.36979E-79 | – | |
| Pfam | 1689 | 1829 | 141 | 9.6E-25 | ||
| Coils | 1831 | 1838 | 8 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | RNA binding | Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof. | ||
| Biological process | RNA processing | Any process involved in the conversion of one or more primary RNA transcripts into one or more mature RNA molecules. | ||
| Molecular function | RNA methyltransferase activity | Catalysis of the transfer of a methyl group from a donor to a nucleoside residue in an RNA molecule. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0195000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…