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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0093200 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0093200.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | General transcription factor 3C polypeptide 2; TAIR: AT1G19485.1 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5RDC3|TF3C2_PONAB General transcription factor 3C polypeptide 2; TrEMBL-Plants: tr|K7LHU1|K7LHU1_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0093200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:16370335..16387245) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTCAGGGTTCGATTCCGACTCACTCCCCCAAACATTTGAAATTCGTCTGCAAATAACAGGAATGGAAGAAGAAGCAGCG AACGACGACAACGTATGCATCGCTAAACTGTTTGGTTCAAAATCGAAGAAGAAGAAGAAAACCAAAACCACAAACACAAA CACAAAGCCAAAGGAAACCCAAACTGTTGCTGTTGTTTCTGCAATCAATGGCGGTGCTGACACTGGACCAAGGATATCTC TCTTCGATTACTCGGTTGAGAATTTCTTCAGAGACATGGACACCATTGCCAGACTCTGCGGGAACGAAGAACAACACCAC ATTGATCTTGATCAAAGCGAGATCCAGAGAATGTCTTCCTCTGTCACTTTCTTACGGTATGCGTTTTTTTTCCTCCAGTT TTTGCACTTAATCTGTTGTGATTGAAACTCTTATTCTGTCACTGAAAACTGGTTTGGAAATATTAAGATAAATTAGTCAT ACTTTTTTTACTAGTTTTAACTTAAAGTTTGTTTGGTTAAGTTTGTTGTAAATCAGCTCTAATATAATTTTTTTTTTAAT TTCTTTAAATTGAAGAAACATAGCATGTTTATTCATTGTTTGATGGGTTAGGGTGTGTTAGGTTTTAAGTTGAGATCAAC TTTGTTGAGATTTGGCTCATTATATTTTGGGCTAAAATCTTTAGTTTATTAGGATTTGATTTAATGTGGATTGTAAAAGG TTTTAAGGGATTGTTATAGGATTTATTAGGATTTTATTGTAAAATAGAGATCAATAGAATCCACTATAAATAGGATAACA ATGTAACCCTAAAAGTTGTACTTGGTATCACATGCTTCATGCCACAAGTAATACAAAGGAGCTATAGCTACTCTATAGCC GCAGAGGTAGGCAATTAGGCCGAACTGCGTGACCAAAGATGCTGTGTGCTTTATCTGTGATTTCTCACTCTACTCCTCCG 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TTGCACCGATGATGTGTCGACAAGTAGACGTGCAGTTGATGACGAGAAGTCTGATTTTGGGGGTATACCTGAAGTCTTTC CTCCCAAAATGGTTGCATTGCATAGAGTGAGATGGAACATGAACATGGGTAGTGAGAGATGGCTGTGCTATGGAGGAGCT AGTGGCGTTTTACGTTGCCAGCAGATTGAGTTATCTCTTACCGATAAAAAATGGGCCTTGAAGAGATGATAGCATTTTAT CCCCTTGGGTTTATGTAAGGTGTATGTATGGGGGAAAAGGAAGAACAGTAGTTTTTTAATTTCTAAATTAAGGAAAGAAT ATGTTTGTGTAACTAAATCTCAACCTTTGCAGATGATTGTTAGCACTTAATTTTATCCAGTGTAAATTTGAGATTAATTT TAATTTCGAAGTAATTTAATTTGTAAATAAAAGTAGGGTTAACTATCAGATTGGTCACTGTCTTTATCTCGCCGTCTGAG GTAAATCCCTCCCCGGAAAATTTATTGTCATTGGTCCTCGTGTTTAAAAAACTTTTGGAGCGGATCCTCACCGGAGCCCG GAGCTCCGGCGAGTGATGAAATGACATGCTG
CDS sequence (LotjaGi5g1v0093200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAGAAGAAGCAGCGAACGACGACAACGTATGCATCGCTAAACTGTTTGGTTCAAAATCGAAGAAGAAGAAGAAAAC CAAAACCACAAACACAAACACAAAGCCAAAGGAAACCCAAACTGTTGCTGTTGTTTCTGCAATCAATGGCGGTGCTGACA CTGGACCAAGGATATCTCTCTTCGATTACTCGGTTGAGAATTTCTTCAGAGACATGGACACCATTGCCAGACTCTGCGGG AACGAAGAACAACACCACATTGATCTTGATCAAAGCGAGATCCAGAGAATGTCTTCCTCTGTCACTTTCTTACGACAATG GAGAGATTTTAAATACCCATCGAGAAGCATTAGATTTGCTCACGGCCTTGAGAGCTCGGAGTGCTGTCAGGGAAAAGATG TCGGTGCCCTAAGTTTACCTCAGTTTTCATCTGCCATTGTTCCTAAGCATGATATGCAAAAGGAGGTTGAATCTCAGGAT TCCAGAGACTTTGTGATGAATGTTGGAGGCTCCATATGGGCATTAGATTGGTGTCCCCGGATACATGAAGATCCTGATTG TTCAATTAAATGTGAGTTTATTGCTGTTGCTGCTCATCCACCTGGCTCTTCTTATCACAAGATTGGTGCCTCACTTGCTG GTAGAGGTGTCGTACAAATATGGTGTATTGTGAATGTCAGGGGACAAAATGAGGATACATCCTCTGTCACTGAGAAGAGA AAAGGAAGACCAAAAAAAGATGGAGGAACAAATGACAAATCATCACAAATGAAGAGGCCTAGAGGACGGCCTAGAAAGAA TTCAACTGTAATAGCAGTGGATGATACAAATTGTGACACTCAGGACATGCCATCTCTAAATATCAGGGGATACAATGAGG ATACATCCTCTGTCACTGAGAAGAGAAAAGGAAGACCAAAAAAAGATGGAGGAACAAATGACAAATCATCACAAATGAAG AGGCCTAGAGGAAGGCCTAGAAAGAATTCAACTGTAATTGCAATGGATGAAACAAATTGTGACACTCAGGACATGCCATC TCTAAATATCAGTGGACAAAATGAGGATACATCTCATGTCACTGAGAAGAGAAAAGGAAGACCAAAAAAAGATGGAGGCA CAAATGACAAATTATCACAAATAAAAAGGCCTAAAGGAAGACCTAAAAAGAGTTCAACTGATTTGGATAAGACAAATTGT GAGACCCAGTACTTACCATCTCTTGCAGTTCAATTTGCAGAAAATTCTACTGATTTTTCTGCTCTTGATGGAAATCTTGA AAACAGTGAAGAAATATTTCCTACTACGAACAAGAGAAAAAGAGGACCTAAAAAACACGACGCCACCAATGACAAATCAG CACCCATGAAGAGGCCTAGAGGAAGATCTAAAAGGAATTCAAGAGAAGTAACAATTAGTGATTTGAATTGTAATGACCAA TTTGTTCCTCTTGCTGTTCAATTTCCAGAAGATTCAGCTGAATTTATTACTCCAGATGTGGCACACGGAAATTGCAATGA GCATGCTGCCCAACAATGTTCTGATACAGAGCAAAAGCATGCCAAGAAAGTTGATTTTGCATCCAATTCAGAAACTTTTG TTAAAAGTAGATTGAATATTGACCATATGGAGGGGAGATCCAATGAAGATGTGAGTCAACCTCTATTGATACAGTGTGGG AACGCGACAAACCATCAAATGTGTTGTAGCTCTGAGTTGGAACCTCCAGCAGCTACTTGTTCTATTCCTGATGTAACTAT GCCCAGAGTTGTGTCATGCGTAGCTCATAATGGAAAGGTGGCATGGGATGTGAAATGGCGGCCTCTTAACAATTCTGATT CCCTATGTAAGCATCGGATGGGCTACCTTGCTGTCTTGTTGGGTAACGGATCTCTGGAAGTGTGGGAGGTTCCTCTTCCT CATGTATTGAGAGCAATTTATGGGCAGAGAGAGGGCACTGATCCACGTTTTATAAAACTAGATCCTGTATTCAAATGCTC TATGTTAAAGCGTGGTGGCAGACAAAGCATTCCACTGACCATGGAGTGGTCAGTTACGCCCCCTCATGAATATTTACTTG CTGGCTGCCATGATGGAACGGTTGCTTTGTGGAAATTCTCTACAAATTCTTCATCAAAATGTGATGATACAAAGCCTGTG CTTTGTTTTGGTGGGGATACCGTTCCTATTAGAACAGTTGCCTGGGCGCCTTTTGAAGGAGATCCAGAGAGTTCTAACAT AATAGCAACAGCAGGGCATGAAGGCCTTAAGTTTTGGGACCTACGTAATCCATTTCGTCCTTTGAGGAACCTACATCCTG CACCAAGGATCATATACAGTCTGGACTGGACGTCAAAACCAAGTTCTATCATTATGTCCTTTGATGATGGAACAATGAGA ACCATGAGCTTGATGAAGGCTGCAAATGAACTCCCTGTCACAGGAACAACATACAATGGAAAAAAGCAACCTTGGATGCA CGGTTCTACATTTTCAACTTCTGCTATTTGGAGCGTTCACGTGTCACCTATAACAGGTATGGCTGCATATTGCTGTGCAG ATGGTACTGCCATTCGTTTTCAGCTTACTACTAAAGCAGTGGAGACAGATAATTCACACAATCGAATTCCATACTTTCTC TGTGGCTCGCAATCTGAAGAGGAATCAACGCTCATTGTCAACACTCCAGTACCAAACACTCGATTCCCATTGAGGAAGCC ACAAGAAAGGGCCCGGCATGCTCATTCTTTCAGAGAGTTTTTATCCAAGGAAAATCTGAGCAAAAGTGTGAATAATCAAA TGGCAAAAGCTAATGATGCTGATTCTCAGACTTTAGCCCTATGTGATGGTGACAACTTGAGTTTGGAATCTGATGAAGCA TTGTCTTCTGGAGAGCAGCATGGGAGAGAGAAATTGAGTTCCAGTAGAAAGAAAAAGGCAGTAGAAAGCACAGCTATTGT TTGCACCGATGATGTGTCGACAAGTAGACGTGCAGTTGATGACGAGAAGTCTGATTTTGGGGGTATACCTGAAGTCTTTC CTCCCAAAATGGTTGCATTGCATAGAGTGAGATGGAACATGAACATGGGTAGTGAGAGATGGCTGTGCTATGGAGGAGCT AGTGGCGTTTTACGTTGCCAGCAGATTGAGTTATCTCTTACCGATAAAAAATGGGCCTTGAAGAGATGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0093200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEEAANDDNVCIAKLFGSKSKKKKKTKTTNTNTKPKETQTVAVVSAINGGADTGPRISLFDYSVENFFRDMDTIARLCG NEEQHHIDLDQSEIQRMSSSVTFLRQWRDFKYPSRSIRFAHGLESSECCQGKDVGALSLPQFSSAIVPKHDMQKEVESQD SRDFVMNVGGSIWALDWCPRIHEDPDCSIKCEFIAVAAHPPGSSYHKIGASLAGRGVVQIWCIVNVRGQNEDTSSVTEKR KGRPKKDGGTNDKSSQMKRPRGRPRKNSTVIAVDDTNCDTQDMPSLNIRGYNEDTSSVTEKRKGRPKKDGGTNDKSSQMK RPRGRPRKNSTVIAMDETNCDTQDMPSLNISGQNEDTSHVTEKRKGRPKKDGGTNDKLSQIKRPKGRPKKSSTDLDKTNC ETQYLPSLAVQFAENSTDFSALDGNLENSEEIFPTTNKRKRGPKKHDATNDKSAPMKRPRGRSKRNSREVTISDLNCNDQ FVPLAVQFPEDSAEFITPDVAHGNCNEHAAQQCSDTEQKHAKKVDFASNSETFVKSRLNIDHMEGRSNEDVSQPLLIQCG NATNHQMCCSSELEPPAATCSIPDVTMPRVVSCVAHNGKVAWDVKWRPLNNSDSLCKHRMGYLAVLLGNGSLEVWEVPLP HVLRAIYGQREGTDPRFIKLDPVFKCSMLKRGGRQSIPLTMEWSVTPPHEYLLAGCHDGTVALWKFSTNSSSKCDDTKPV LCFGGDTVPIRTVAWAPFEGDPESSNIIATAGHEGLKFWDLRNPFRPLRNLHPAPRIIYSLDWTSKPSSIIMSFDDGTMR TMSLMKAANELPVTGTTYNGKKQPWMHGSTFSTSAIWSVHVSPITGMAAYCCADGTAIRFQLTTKAVETDNSHNRIPYFL CGSQSEEESTLIVNTPVPNTRFPLRKPQERARHAHSFREFLSKENLSKSVNNQMAKANDADSQTLALCDGDNLSLESDEA LSSGEQHGREKLSSSRKKKAVESTAIVCTDDVSTSRRAVDDEKSDFGGIPEVFPPKMVALHRVRWNMNMGSERWLCYGGA SGVLRCQQIELSLTDKKWALKR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 55 | 1049 | 995 | 1.8E-239 | – | |
| MobiDBLite | 231 | 398 | 168 | - | – | |
| MobiDBLite | 233 | 258 | 26 | - | – | |
| SMART | 238 | 250 | 13 | 150.0 | ||
| SMART | 258 | 270 | 13 | 0.97 | ||
| PRINTS | 258 | 268 | 11 | 9.5E-9 | ||
| MobiDBLite | 270 | 294 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 295 | 320 | 26 | - | – | |
| SMART | 300 | 312 | 13 | 150.0 | ||
| PRINTS | 318 | 329 | 12 | 9.5E-9 | ||
| SMART | 320 | 332 | 13 | 0.97 | ||
| MobiDBLite | 332 | 356 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 357 | 396 | 40 | - | – | |
| SMART | 362 | 374 | 13 | 150.0 | ||
| PRINTS | 380 | 390 | 11 | 9.5E-9 | ||
| SMART | 382 | 394 | 13 | 6.2 | ||
| MobiDBLite | 421 | 468 | 48 | - | – | |
| MobiDBLite | 433 | 457 | 25 | - | – | |
| SMART | 438 | 449 | 12 | 130.0 | ||
| SMART | 457 | 469 | 13 | 44.0 | ||
| Gene3D | 474 | 877 | 404 | 1.3E-21 | ||
| SMART | 586 | 636 | 51 | 69.0 | ||
| SUPERFAMILY | 592 | 865 | 274 | 2.68E-21 | ||
| SMART | 653 | 705 | 53 | 18.0 | ||
| SMART | 716 | 760 | 45 | 0.01 | ||
| SMART | 764 | 803 | 40 | 330.0 | ||
| SMART | 824 | 861 | 38 | 63.0 | ||
| MobiDBLite | 958 | 977 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 962 | 977 | 16 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). | ||
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0093200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…