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LotjaGi6g1v0015100.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0015100
Transcript ID LotjaGi6g1v0015100.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Chromosome transmission fidelity factor, putative; TAIR: AT1G04730.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q6NU40|CTF18_XENLA Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7LIZ1|K7LIZ1_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0015100
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:2702088..2722798) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AACATCCACCACAAAGTCTAATTTCCCGCCAAAAAACAGTCCAGTTGCCAGTTGCCAGTATCTCATTTCTCCCTGTAAAA CTCTCAAACCCTTCCCTCACCAAACGCACTTGAAATCTCTGCAACTCACAGTCATCAAACCTTGAAAATGGACATGGACA TGGAGGACATGGACATTCCCCTCCCGGAAGAGCTCGAATTGCTCGAATCCGAATCTCATCTCTACGAACAAGACTTCTAC TACCCTCCAGACTTCGATGATGCAACCGAACCCCAACCCGAACAACCGCACCCAGATCTCGCACTTCCTTCTGAACCCGA AACCAGCAACCACAAGCGTTCTCGTTCTTCTTCTCCTTCGGGTTTGGATCCTTCCGATCAAGAGAAAAGAGCCAAGGTTA GGGTTAGTTTAGAGGATTCCCACTCCGACGACGACGAGTGGCTTCGTTTCTCTCCTCGTCCCGTTCCGGCTGAACAACCG AAGTCCTGGAAGGATGGGACGCTGTCGCGGTACGCGTCGGAGATTGACGGTGAGTTTATGCCGGTCACCGCGCCCAATGG GGACAGGGTTTACGCCAAGCTGGACCGGTTCCTAGGAGATGAACGGGCTACGAAGCTGTCTTGCAGAGAAAATTCATCTG GTACCATTTCACATGACTAGCTAATTAACTGCACTAAGCCTAGGGGTTTCAATTTCTAACTTCATTTTAATTTTGGTTTT TCACATAATTTTGATAAGTTAGTTTAGGTTTATAGTACCGACATTTATAGATTGTCGAAGAAGAGAATGAGATTTTTAAG CTTTAGAACATGGTTTGTTTATCATGATGTGGATAACATGGTTTGTTTAATTGCTTGTAGATCTTTGTTTAGAACCGATT AGTAATCTGTTTCAAAAGTTGGAGCAAGAGACTTTAGATAAGGTTTGGACTCAAAACTCTGTTATGAGCTTCACATGTCT 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TGAACTAGTTTATAAACACTATTCATTGATAGAAACCTCTACTATACCAGGCTCTCAACCCTGGTTTCCTTTCCAATGTC AAGACACACCTCTCTCATATCCCCTTTCTATTATTTTAATCTCTCATCTCTCACTCTAACTAATTATTATACTGAGGGGG TTATTATCATCATGATTCATGAAAATGTTTCACATGCTATTATTACCTATATGTTGTGAGATTTAATATGGGAACACATT ATTTTATACCCCACATGGTATAGTGTATCTCTAAGCTTCTATCACGGTAAAAATATTAAATTTATTTAGCAGCTGATTCA AATCTGACTCATCATCGAAATTGTCATGTACACTATTGATTTTTCTTTGTAGTTCTGATATTTGACTATGATATAATCTG TCAAGGTGTAAAGAAAGAGGATATGAGAGAGGTGTGTCTTGAGAAAAAGAAAGATAAAGAGATGTTTATGGCGTGACTTG TTGTATGTCCTTTGAAAACACCCAAAACCATGGTTTAGCCAAAAGCTTGTCTCTTGTAGCTTTTCCCCAAACCATGGTTT GGAGATTTGAAACGGGAATGCAAACAATCATGTGGGAACATAAGGCCTACTTGTTTTATGTGCAATAGGATTGATGAATG CCTAGTGCACTTTGGTGAATGATTATCATAGCATACTTATTGTATGCTGCTGCTGATCTATTTTTGCTTCAATCGCAGGT TTAAAAAGTTGAATGTCAAGGGTCTCCAAAATGATAGATCTCAACAGAAAGAAGCTACTTTGGAGAAACATCGATGCCCT TTACTTTTTAAATTTAATGAGGTATTTTGCTTTACATTTTTCATTATTGAATGCATGTGCAAGTTGGTTTTTGTTTTTAT TGTTTGTAAATGATTTCTTGCATTTGATAGAAAATCAAGACATGACTACATTTAGAAAGTAAGGGTATATTATTGTGGAC TTGATGGCACTGTTTCAAGGGCATTGCACAGATTAAGAGAAACATCTTTGCAAAGTCATGGCTGTAGTTTTGCTTCTTTT AAGCACAATGGAGAATGATTTCAAATGGTAGCAGTTGATGATTTATTGATAGCATACTTGTCCTGTCTAACTTTTATTAT GATGATACAACTACATGTATGATTTTCTTGCTCTTCATCACAATCTGGAAATATTGCATGCATCCATTTGAAGAGAATCT GCTATGTGGAAATTCATATAAAATGTATTGAACCTTACCACCAATATTATTCTTCAAGCCAGCTTTTGTCTCCTCTCTTT CTGTAAGCTAAGTTTAGTCTTTGAATGCTCCATATTGGTCGGCTAATAAATATTTTTCCCTTGCTGTTCATATGATCAAA TTAAGTCTGAAACTGTCTTGTAGTGGAACCAACATATTTATCTGATTCTCTGGTTTTGGGTGTTTGAACCATTTAGGGCT GTTTTAAGATTTGACCTCAAATTTTCAAAACAGACTTAATTTGGGCTGTTAGAGTTAGTTACAGGTTGTTACAATACACT GAAAACAGTGATAACAATGCTAACTGAAAGGGAAAAGTACAACACAGCCAAAACTATAATAGCAAAGCTATACATTCAGT ACTCTTGATATACTGTGATACAAATTTAACTAGTGCTCCTTGATACTTCACATGTATACCCAAGGTGTAACAATTTTTTT TCTTTCGTTGTCATGCATTTTACAAAATTATGAAAATATTAATTTTGTCGTCTTCCTTTTTAATAATTGAAAAGATAATA GTCACTGAATTGTTCATTTATTTGCAGGGTTTTACTAATGCTGTCAAAAGGCCTGTTCGAATGCGTGAATTTCTTTCCTA ATTATGCCTTCAACAAGTAGTGTTCATTATTCACTTATTTGCCTTGGTATTATCGATTTATCATCAAGGATTCTACTTCT TTGCCCTTGAAATATCAACTTGCATGTGTCAAAGTACTACTTTCATGATCTTTTCCTTATAGTATCTGAAAGGAAGGCTA TGTAGTGGAAGATATGTTATCCGAGTGTTTATTATTATCTGCTACTCATCTAAGAACTAGGAACTAATTTGTTCATCAGC AGCAAATTTTACCTTCATTCTCTGTTAATGAAGCTGTAATATTCGTCGTGTTCATTAGATATGTAATCAACCTTCAGGTT ACTTGTTAGATAGCCAAGAAATGTGAATTTGTTCACCATATAACGCATGCGTGGAAATAGTTTAATACAGACATAGTTTC CCCATGTGTATATATTTTTCAGTCATTAAACGATGTAAGAAATTTCAACTACCCATTTTCTTGAGGTTTCTGGCTTTCTG CAATGTGTAACGTATATTTTTCTATATTAAAATTGAACTCCTTATCTCCTGTAGCATTGAATTTTTTTTATTATCAAGTA GTGCCTTCAGATGTATCAGCATAAAATTAACTTCGCTGTGTATTAACATCAACCTATTTTTGTTCCTCAGT 

CDS sequence (LotjaGi6g1v0015100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGACATGGACATGGAGGACATGGACATTCCCCTCCCGGAAGAGCTCGAATTGCTCGAATCCGAATCTCATCTCTACGA ACAAGACTTCTACTACCCTCCAGACTTCGATGATGCAACCGAACCCCAACCCGAACAACCGCACCCAGATCTCGCACTTC CTTCTGAACCCGAAACCAGCAACCACAAGCGTTCTCGTTCTTCTTCTCCTTCGGGTTTGGATCCTTCCGATCAAGAGAAA AGAGCCAAGGTTAGGGTTAGTTTAGAGGATTCCCACTCCGACGACGACGAGTGGCTTCGTTTCTCTCCTCGTCCCGTTCC GGCTGAACAACCGAAGTCCTGGAAGGATGGGACGCTGTCGCGGTACGCGTCGGAGATTGACGGTGAGTTTATGCCGGTCA CCGCGCCCAATGGGGACAGGGTTTACGCCAAGCTGGACCGGTTCCTAGGAGATGAACGGGCTACGAAGCTGTCTTGCAGA GAAAATTCATCTGATCTTTGTTTAGAACCGATTAGTAATCTGTTTCAAAAGTTGGAGCAAGAGACTTTAGATAAGACGTT GCAAGCTAGCTTGGAAAGCCAAAGTGTTGAAGATGTTACAGAAACACAAACGGTCCATGAGAAACTTTGGGTGGACAAAT ATGCTCCCAAATCGTTTACTGAACTTCTTAGTGATGAACAGACAAATCGTGAGGTACTCCTGTGGTTGAAGCTCTGGGAC TCTACTGTGTATGGATCTGAAATTCGAAATACGTCAGATGAAGTTTTGTCGGCTTTGAAGCAACATTCTTCTGTCACCCA AAATCATAAACCTTTAGATTCAAAGTTTCCGAGGAAAAACAGGGAATCCAAATGGAGTAGTAGAAGTTATGCAAATTCTA CAAGTACGGATGAATGTGATAATTCAAAGACTATTCAGGATGCATGGAATTCAAAGTCAAGGACTATTGGTCCACCAGAA CAGAAGATCCTTTTGCTCTGTGGACCACCGGGTCTTGGAAAAACAACACTAGCACATGTAGCTGCTAGGCACTGTGGATA TGATGTGTTGGAGGTTAATGCTAGTGATGATCGTTCTACATCAGCAATTGAAGCAAAAATCCGTGATGTGGTTGAGATGA ACTCTGTCTTGTCTCATTCAAGGCCGAAGTGTCTGGTGGTGGATGAAATTGATGGAGCCCTTGGTGATGGTAGGGGTGCT GTAGAAGTTCTTTTAAAACTGGTTTCTGCTGAAAGGAAGCAAAATGGAGGCAATAAAAGTTTGGGCGAGCGACAGCTAGA TGGGAAATCATCAAAGAAGAGGCAGAAAACTGCATCACTGTCAAGACCTGTGATTTGCATATGCAATGACCTATATGCAC CTGCGTTAAGACCATTACGTCAGGTAGCCAAGGTCCATATATTTGTTCAACCAACAGTTAGCCGTGTGGTAAGCAGGCTA AAATATATATGTTACAAGGAGGGGATGAAAGCCACTGCAATTGCACTCACTGCTCTCGCTGAATATACAGAATGTGATAT ACGCTCATGCTTGAACACTCTCCAATTTGTGTCTAAGAAAAAAGAAACCCTCAATGCAATTGATATTGGTTCTCAAGTAG TTGGCCAGAAGGACATGTCAAAGAATGTTTTAGACATCTGGAAACAGTTTTTCCAAAGGAAAAGAACGAAAAAGATGGAA AGGGAATCTCGTAGAAGCAAGTCCTTTGAATTTGACTACTTGTACTCCCTTATATCAAACCGTGGTGATAGTGACTTATT TCTGGATGGAATTCATGAGAACATTTTGCAGCTCAATTATCATGACCCAGTGATGCAGAAAACTGTCAAGTGTTTCAACA GTCTTGGAGTTTATGATCTAATGCATCAATATATAATGTGCACACAACAAATGCGCATTCATGTTTATTTGCCTGCTATA GCAGTTAACATACATCATATAGTAGCTCAAGTTCAGAAGCCAAATATTGAGTGGCCGAAGTCATATCAAAGGTGTAGAGC AATGATGATGGAAAGGATGGACATTTTAAAGACCTGGCACTACCAAATATCACCATCTATTGCAAGGAACTTATCAGCTA GTTCCTTTGTTGAAGACTTAATATCCCCATTGTTACATATCCTGTCCCCACCAACTATAAGACCGGTGGCCTTACAACTG CTATCAGATAAGGAGAAGAATGATCTTGCTGAATTAGTTAGCACAATGGTCTCATACGCTGTAACATACAAGACTATGAA ACCGGATATACTGCTTCATACTGTGAAGTATGAAGGAGCAGATGACTTGGGTCTGTCACTTGTTCCCCCGATCAGTAACT TTATAAACTTTAAGGACTATACTTCAAACCATTATGTTCTTTCTTTAGCCATGAAGAAGGTCTTGGTGCATGAAGTTGAA AAGCATAAGATTTTACATGTTAATAATGACAAAACTGTGGCTTCAGTGAATGGAGGGCATGAAATTATTGATGCTGGAAC TAACAAGGTCCCATTAGCCAATACCAATCGTGCAACTGCAGTTGATTTGAAAACCAACGAAAATCAGGCTAATGTTTTTG CAAGGCAATTAAACCCAAATCCCATTACAGTTTCACAAAACTCGAATCCCAATGGAAGTGCAAATGCAACAGACAAAGCG AAACTGCTTAAGATGGGAAAATTGAAGAAACCATCCAGTAGTTCAAGTTTCTTTGACAGGTTTAAAAAGTTGAATGTCAA GGGTCTCCAAAATGATAGATCTCAACAGAAAGAAGCTACTTTGGAGAAACATCGATGCCCTTTACTTTTTAAATTTAATG AGGGTTTTACTAATGCTGTCAAAAGGCCTGTTCGAATGCGTGAATTTCTTTCCTAA 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0015100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDMDMEDMDIPLPEELELLESESHLYEQDFYYPPDFDDATEPQPEQPHPDLALPSEPETSNHKRSRSSSPSGLDPSDQEK RAKVRVSLEDSHSDDDEWLRFSPRPVPAEQPKSWKDGTLSRYASEIDGEFMPVTAPNGDRVYAKLDRFLGDERATKLSCR ENSSDLCLEPISNLFQKLEQETLDKTLQASLESQSVEDVTETQTVHEKLWVDKYAPKSFTELLSDEQTNREVLLWLKLWD STVYGSEIRNTSDEVLSALKQHSSVTQNHKPLDSKFPRKNRESKWSSRSYANSTSTDECDNSKTIQDAWNSKSRTIGPPE QKILLLCGPPGLGKTTLAHVAARHCGYDVLEVNASDDRSTSAIEAKIRDVVEMNSVLSHSRPKCLVVDEIDGALGDGRGA VEVLLKLVSAERKQNGGNKSLGERQLDGKSSKKRQKTASLSRPVICICNDLYAPALRPLRQVAKVHIFVQPTVSRVVSRL KYICYKEGMKATAIALTALAEYTECDIRSCLNTLQFVSKKKETLNAIDIGSQVVGQKDMSKNVLDIWKQFFQRKRTKKME RESRRSKSFEFDYLYSLISNRGDSDLFLDGIHENILQLNYHDPVMQKTVKCFNSLGVYDLMHQYIMCTQQMRIHVYLPAI AVNIHHIVAQVQKPNIEWPKSYQRCRAMMMERMDILKTWHYQISPSIARNLSASSFVEDLISPLLHILSPPTIRPVALQL LSDKEKNDLAELVSTMVSYAVTYKTMKPDILLHTVKYEGADDLGLSLVPPISNFINFKDYTSNHYVLSLAMKKVLVHEVE KHKILHVNNDKTVASVNGGHEIIDAGTNKVPLANTNRATAVDLKTNENQANVFARQLNPNPITVSQNSNPNGSANATDKA KLLKMGKLKKPSSSSSFFDRFKKLNVKGLQNDRSQQKEATLEKHRCPLLFKFNEGFTNAVKRPVRMREFLS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 114 114 -
MobiDBLite 1 16 16 -
PANTHER 7 950 944 0.0
MobiDBLite 76 102 27 -
SUPERFAMILY 208 527 320 9.64E-32
MobiDBLite 262 304 43 -
MobiDBLite 286 304 19 -
CDD 319 422 104 8.91197E-16
SMART 320 474 155 1.2E-11
Pfam 324 449 126 4.2E-13
MobiDBLite 415 435 21 -
CDD 471 529 59 1.12962E-11
Gene3D 471 543 73 3.7E-19

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0015100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…