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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi6g1v0015100 |
Transcript ID | LotjaGi6g1v0015100.1 |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | Chromosome transmission fidelity factor, putative; TAIR: AT1G04730.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q6NU40|CTF18_XENLA Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7LIZ1|K7LIZ1_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0015100 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:2702088..2722798) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AACATCCACCACAAAGTCTAATTTCCCGCCAAAAAACAGTCCAGTTGCCAGTTGCCAGTATCTCATTTCTCCCTGTAAAA CTCTCAAACCCTTCCCTCACCAAACGCACTTGAAATCTCTGCAACTCACAGTCATCAAACCTTGAAAATGGACATGGACA TGGAGGACATGGACATTCCCCTCCCGGAAGAGCTCGAATTGCTCGAATCCGAATCTCATCTCTACGAACAAGACTTCTAC TACCCTCCAGACTTCGATGATGCAACCGAACCCCAACCCGAACAACCGCACCCAGATCTCGCACTTCCTTCTGAACCCGA AACCAGCAACCACAAGCGTTCTCGTTCTTCTTCTCCTTCGGGTTTGGATCCTTCCGATCAAGAGAAAAGAGCCAAGGTTA GGGTTAGTTTAGAGGATTCCCACTCCGACGACGACGAGTGGCTTCGTTTCTCTCCTCGTCCCGTTCCGGCTGAACAACCG AAGTCCTGGAAGGATGGGACGCTGTCGCGGTACGCGTCGGAGATTGACGGTGAGTTTATGCCGGTCACCGCGCCCAATGG GGACAGGGTTTACGCCAAGCTGGACCGGTTCCTAGGAGATGAACGGGCTACGAAGCTGTCTTGCAGAGAAAATTCATCTG GTACCATTTCACATGACTAGCTAATTAACTGCACTAAGCCTAGGGGTTTCAATTTCTAACTTCATTTTAATTTTGGTTTT TCACATAATTTTGATAAGTTAGTTTAGGTTTATAGTACCGACATTTATAGATTGTCGAAGAAGAGAATGAGATTTTTAAG CTTTAGAACATGGTTTGTTTATCATGATGTGGATAACATGGTTTGTTTAATTGCTTGTAGATCTTTGTTTAGAACCGATT AGTAATCTGTTTCAAAAGTTGGAGCAAGAGACTTTAGATAAGGTTTGGACTCAAAACTCTGTTATGAGCTTCACATGTCT 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TTAGGTTTTGTTTTGTAATAGCAAGATGAATCAATATTATAAAAAAAGCCAAGCTTCTGGAATAGCTCTTTCCTACACAT TGATTCATTTAAAATTTTGTCATTACGTGGCGACATCCATTCTTATTTCCTCACTCCTATTTTTGTTGCACTATTTCGAG TGTTACAGGTTGAAAAGCATAAGATTTTACATGTTAATAATGACAAAACTGTGGCTTCAGTGAATGGAGGGCATGAAATT ATTGATGCTGGAACTAACAAGGTCCCATTAGCCAATACCAATCGTGCAACTGCAGTTGATTTGAAAACCAACGAAAATCA GGCTAATGTTTTTGCAAGGCAATTAAACCCAAATCCCATTACAGTTTCACAAAACTCGAATCCCAATGGAAGTGCAAATG CAACAGACAAAGCGAAACTGCTTAAGATGGGAAAATTGAAGAAACCATCCAGTAGTTCAAGTTTCTTTGACAGGTGATTC TTTCTGAAAGTGATTTGTATTTCTTATATCAAAATTATTACAACTCAGTAAAACTTTTCTGTGTCAATTATTATTACTTC CAAAAGAGAATATTACTATATGTGATTTGTTTCTGTTAAAAGTAATCCGTCTTTTGTTTCTGTTTACTCGGATGATTCTT TCTCCACCAACCTGTTTTCTTGCTAGTCCCTAGATTCTTATCACCTTTGATACTTATTTTTAATTCTTGATCACCATCAG AGGCCACTTCCTTTTCTTCCCTATGTTCACTCGAATGAGAAGGAATGGTATCGCCTCCATTATTGCACTCTGACCAGTTT TTCCACCGTTCTCCATAGCACCTGTATGCTCCACCCAAACGCATCCACCTTTTCTTGCTATCTCGGCATCTCTTCCTTGT GCTTCACCAGCTCTCTTTAACACCACTTCAGCTTTGCAATCGAGGACCCAACATGCCCAAAGCTCTGGGATCAGAGCTCT TGAACTAGTTTATAAACACTATTCATTGATAGAAACCTCTACTATACCAGGCTCTCAACCCTGGTTTCCTTTCCAATGTC AAGACACACCTCTCTCATATCCCCTTTCTATTATTTTAATCTCTCATCTCTCACTCTAACTAATTATTATACTGAGGGGG TTATTATCATCATGATTCATGAAAATGTTTCACATGCTATTATTACCTATATGTTGTGAGATTTAATATGGGAACACATT ATTTTATACCCCACATGGTATAGTGTATCTCTAAGCTTCTATCACGGTAAAAATATTAAATTTATTTAGCAGCTGATTCA AATCTGACTCATCATCGAAATTGTCATGTACACTATTGATTTTTCTTTGTAGTTCTGATATTTGACTATGATATAATCTG TCAAGGTGTAAAGAAAGAGGATATGAGAGAGGTGTGTCTTGAGAAAAAGAAAGATAAAGAGATGTTTATGGCGTGACTTG TTGTATGTCCTTTGAAAACACCCAAAACCATGGTTTAGCCAAAAGCTTGTCTCTTGTAGCTTTTCCCCAAACCATGGTTT GGAGATTTGAAACGGGAATGCAAACAATCATGTGGGAACATAAGGCCTACTTGTTTTATGTGCAATAGGATTGATGAATG CCTAGTGCACTTTGGTGAATGATTATCATAGCATACTTATTGTATGCTGCTGCTGATCTATTTTTGCTTCAATCGCAGGT TTAAAAAGTTGAATGTCAAGGGTCTCCAAAATGATAGATCTCAACAGAAAGAAGCTACTTTGGAGAAACATCGATGCCCT TTACTTTTTAAATTTAATGAGGTATTTTGCTTTACATTTTTCATTATTGAATGCATGTGCAAGTTGGTTTTTGTTTTTAT TGTTTGTAAATGATTTCTTGCATTTGATAGAAAATCAAGACATGACTACATTTAGAAAGTAAGGGTATATTATTGTGGAC TTGATGGCACTGTTTCAAGGGCATTGCACAGATTAAGAGAAACATCTTTGCAAAGTCATGGCTGTAGTTTTGCTTCTTTT AAGCACAATGGAGAATGATTTCAAATGGTAGCAGTTGATGATTTATTGATAGCATACTTGTCCTGTCTAACTTTTATTAT GATGATACAACTACATGTATGATTTTCTTGCTCTTCATCACAATCTGGAAATATTGCATGCATCCATTTGAAGAGAATCT GCTATGTGGAAATTCATATAAAATGTATTGAACCTTACCACCAATATTATTCTTCAAGCCAGCTTTTGTCTCCTCTCTTT CTGTAAGCTAAGTTTAGTCTTTGAATGCTCCATATTGGTCGGCTAATAAATATTTTTCCCTTGCTGTTCATATGATCAAA TTAAGTCTGAAACTGTCTTGTAGTGGAACCAACATATTTATCTGATTCTCTGGTTTTGGGTGTTTGAACCATTTAGGGCT GTTTTAAGATTTGACCTCAAATTTTCAAAACAGACTTAATTTGGGCTGTTAGAGTTAGTTACAGGTTGTTACAATACACT GAAAACAGTGATAACAATGCTAACTGAAAGGGAAAAGTACAACACAGCCAAAACTATAATAGCAAAGCTATACATTCAGT ACTCTTGATATACTGTGATACAAATTTAACTAGTGCTCCTTGATACTTCACATGTATACCCAAGGTGTAACAATTTTTTT TCTTTCGTTGTCATGCATTTTACAAAATTATGAAAATATTAATTTTGTCGTCTTCCTTTTTAATAATTGAAAAGATAATA GTCACTGAATTGTTCATTTATTTGCAGGGTTTTACTAATGCTGTCAAAAGGCCTGTTCGAATGCGTGAATTTCTTTCCTA ATTATGCCTTCAACAAGTAGTGTTCATTATTCACTTATTTGCCTTGGTATTATCGATTTATCATCAAGGATTCTACTTCT TTGCCCTTGAAATATCAACTTGCATGTGTCAAAGTACTACTTTCATGATCTTTTCCTTATAGTATCTGAAAGGAAGGCTA TGTAGTGGAAGATATGTTATCCGAGTGTTTATTATTATCTGCTACTCATCTAAGAACTAGGAACTAATTTGTTCATCAGC AGCAAATTTTACCTTCATTCTCTGTTAATGAAGCTGTAATATTCGTCGTGTTCATTAGATATGTAATCAACCTTCAGGTT ACTTGTTAGATAGCCAAGAAATGTGAATTTGTTCACCATATAACGCATGCGTGGAAATAGTTTAATACAGACATAGTTTC CCCATGTGTATATATTTTTCAGTCATTAAACGATGTAAGAAATTTCAACTACCCATTTTCTTGAGGTTTCTGGCTTTCTG CAATGTGTAACGTATATTTTTCTATATTAAAATTGAACTCCTTATCTCCTGTAGCATTGAATTTTTTTTATTATCAAGTA GTGCCTTCAGATGTATCAGCATAAAATTAACTTCGCTGTGTATTAACATCAACCTATTTTTGTTCCTCAGT
CDS sequence (LotjaGi6g1v0015100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGACATGGACATGGAGGACATGGACATTCCCCTCCCGGAAGAGCTCGAATTGCTCGAATCCGAATCTCATCTCTACGA ACAAGACTTCTACTACCCTCCAGACTTCGATGATGCAACCGAACCCCAACCCGAACAACCGCACCCAGATCTCGCACTTC CTTCTGAACCCGAAACCAGCAACCACAAGCGTTCTCGTTCTTCTTCTCCTTCGGGTTTGGATCCTTCCGATCAAGAGAAA AGAGCCAAGGTTAGGGTTAGTTTAGAGGATTCCCACTCCGACGACGACGAGTGGCTTCGTTTCTCTCCTCGTCCCGTTCC GGCTGAACAACCGAAGTCCTGGAAGGATGGGACGCTGTCGCGGTACGCGTCGGAGATTGACGGTGAGTTTATGCCGGTCA CCGCGCCCAATGGGGACAGGGTTTACGCCAAGCTGGACCGGTTCCTAGGAGATGAACGGGCTACGAAGCTGTCTTGCAGA GAAAATTCATCTGATCTTTGTTTAGAACCGATTAGTAATCTGTTTCAAAAGTTGGAGCAAGAGACTTTAGATAAGACGTT GCAAGCTAGCTTGGAAAGCCAAAGTGTTGAAGATGTTACAGAAACACAAACGGTCCATGAGAAACTTTGGGTGGACAAAT ATGCTCCCAAATCGTTTACTGAACTTCTTAGTGATGAACAGACAAATCGTGAGGTACTCCTGTGGTTGAAGCTCTGGGAC TCTACTGTGTATGGATCTGAAATTCGAAATACGTCAGATGAAGTTTTGTCGGCTTTGAAGCAACATTCTTCTGTCACCCA AAATCATAAACCTTTAGATTCAAAGTTTCCGAGGAAAAACAGGGAATCCAAATGGAGTAGTAGAAGTTATGCAAATTCTA CAAGTACGGATGAATGTGATAATTCAAAGACTATTCAGGATGCATGGAATTCAAAGTCAAGGACTATTGGTCCACCAGAA CAGAAGATCCTTTTGCTCTGTGGACCACCGGGTCTTGGAAAAACAACACTAGCACATGTAGCTGCTAGGCACTGTGGATA TGATGTGTTGGAGGTTAATGCTAGTGATGATCGTTCTACATCAGCAATTGAAGCAAAAATCCGTGATGTGGTTGAGATGA ACTCTGTCTTGTCTCATTCAAGGCCGAAGTGTCTGGTGGTGGATGAAATTGATGGAGCCCTTGGTGATGGTAGGGGTGCT GTAGAAGTTCTTTTAAAACTGGTTTCTGCTGAAAGGAAGCAAAATGGAGGCAATAAAAGTTTGGGCGAGCGACAGCTAGA TGGGAAATCATCAAAGAAGAGGCAGAAAACTGCATCACTGTCAAGACCTGTGATTTGCATATGCAATGACCTATATGCAC CTGCGTTAAGACCATTACGTCAGGTAGCCAAGGTCCATATATTTGTTCAACCAACAGTTAGCCGTGTGGTAAGCAGGCTA AAATATATATGTTACAAGGAGGGGATGAAAGCCACTGCAATTGCACTCACTGCTCTCGCTGAATATACAGAATGTGATAT ACGCTCATGCTTGAACACTCTCCAATTTGTGTCTAAGAAAAAAGAAACCCTCAATGCAATTGATATTGGTTCTCAAGTAG TTGGCCAGAAGGACATGTCAAAGAATGTTTTAGACATCTGGAAACAGTTTTTCCAAAGGAAAAGAACGAAAAAGATGGAA AGGGAATCTCGTAGAAGCAAGTCCTTTGAATTTGACTACTTGTACTCCCTTATATCAAACCGTGGTGATAGTGACTTATT TCTGGATGGAATTCATGAGAACATTTTGCAGCTCAATTATCATGACCCAGTGATGCAGAAAACTGTCAAGTGTTTCAACA GTCTTGGAGTTTATGATCTAATGCATCAATATATAATGTGCACACAACAAATGCGCATTCATGTTTATTTGCCTGCTATA GCAGTTAACATACATCATATAGTAGCTCAAGTTCAGAAGCCAAATATTGAGTGGCCGAAGTCATATCAAAGGTGTAGAGC AATGATGATGGAAAGGATGGACATTTTAAAGACCTGGCACTACCAAATATCACCATCTATTGCAAGGAACTTATCAGCTA GTTCCTTTGTTGAAGACTTAATATCCCCATTGTTACATATCCTGTCCCCACCAACTATAAGACCGGTGGCCTTACAACTG CTATCAGATAAGGAGAAGAATGATCTTGCTGAATTAGTTAGCACAATGGTCTCATACGCTGTAACATACAAGACTATGAA ACCGGATATACTGCTTCATACTGTGAAGTATGAAGGAGCAGATGACTTGGGTCTGTCACTTGTTCCCCCGATCAGTAACT TTATAAACTTTAAGGACTATACTTCAAACCATTATGTTCTTTCTTTAGCCATGAAGAAGGTCTTGGTGCATGAAGTTGAA AAGCATAAGATTTTACATGTTAATAATGACAAAACTGTGGCTTCAGTGAATGGAGGGCATGAAATTATTGATGCTGGAAC TAACAAGGTCCCATTAGCCAATACCAATCGTGCAACTGCAGTTGATTTGAAAACCAACGAAAATCAGGCTAATGTTTTTG CAAGGCAATTAAACCCAAATCCCATTACAGTTTCACAAAACTCGAATCCCAATGGAAGTGCAAATGCAACAGACAAAGCG AAACTGCTTAAGATGGGAAAATTGAAGAAACCATCCAGTAGTTCAAGTTTCTTTGACAGGTTTAAAAAGTTGAATGTCAA GGGTCTCCAAAATGATAGATCTCAACAGAAAGAAGCTACTTTGGAGAAACATCGATGCCCTTTACTTTTTAAATTTAATG AGGGTTTTACTAATGCTGTCAAAAGGCCTGTTCGAATGCGTGAATTTCTTTCCTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0015100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDMDMEDMDIPLPEELELLESESHLYEQDFYYPPDFDDATEPQPEQPHPDLALPSEPETSNHKRSRSSSPSGLDPSDQEK RAKVRVSLEDSHSDDDEWLRFSPRPVPAEQPKSWKDGTLSRYASEIDGEFMPVTAPNGDRVYAKLDRFLGDERATKLSCR ENSSDLCLEPISNLFQKLEQETLDKTLQASLESQSVEDVTETQTVHEKLWVDKYAPKSFTELLSDEQTNREVLLWLKLWD STVYGSEIRNTSDEVLSALKQHSSVTQNHKPLDSKFPRKNRESKWSSRSYANSTSTDECDNSKTIQDAWNSKSRTIGPPE QKILLLCGPPGLGKTTLAHVAARHCGYDVLEVNASDDRSTSAIEAKIRDVVEMNSVLSHSRPKCLVVDEIDGALGDGRGA VEVLLKLVSAERKQNGGNKSLGERQLDGKSSKKRQKTASLSRPVICICNDLYAPALRPLRQVAKVHIFVQPTVSRVVSRL KYICYKEGMKATAIALTALAEYTECDIRSCLNTLQFVSKKKETLNAIDIGSQVVGQKDMSKNVLDIWKQFFQRKRTKKME RESRRSKSFEFDYLYSLISNRGDSDLFLDGIHENILQLNYHDPVMQKTVKCFNSLGVYDLMHQYIMCTQQMRIHVYLPAI AVNIHHIVAQVQKPNIEWPKSYQRCRAMMMERMDILKTWHYQISPSIARNLSASSFVEDLISPLLHILSPPTIRPVALQL LSDKEKNDLAELVSTMVSYAVTYKTMKPDILLHTVKYEGADDLGLSLVPPISNFINFKDYTSNHYVLSLAMKKVLVHEVE KHKILHVNNDKTVASVNGGHEIIDAGTNKVPLANTNRATAVDLKTNENQANVFARQLNPNPITVSQNSNPNGSANATDKA KLLKMGKLKKPSSSSSFFDRFKKLNVKGLQNDRSQQKEATLEKHRCPLLFKFNEGFTNAVKRPVRMREFLS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
MobiDBLite | 1 | 114 | 114 | - | – | |
MobiDBLite | 1 | 16 | 16 | - | – | |
PANTHER | 7 | 950 | 944 | 0.0 | – | |
MobiDBLite | 76 | 102 | 27 | - | – | |
SUPERFAMILY | 208 | 527 | 320 | 9.64E-32 | ||
MobiDBLite | 262 | 304 | 43 | - | – | |
MobiDBLite | 286 | 304 | 19 | - | – | |
CDD | 319 | 422 | 104 | 8.91197E-16 | – | |
SMART | 320 | 474 | 155 | 1.2E-11 | ||
Pfam | 324 | 449 | 126 | 4.2E-13 | ||
MobiDBLite | 415 | 435 | 21 | - | – | |
CDD | 471 | 529 | 59 | 1.12962E-11 | – | |
Gene3D | 471 | 543 | 73 | 3.7E-19 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0015100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…