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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0111300 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0111300.2 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Valine--tRNA ligase; TAIR: AT5G16715.1 protein EMBRYO DEFECTIVE 2247; Swiss-Prot: sp|F4KE63|SYVM2_ARATH Valine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2SHS3|A0A0B2SHS3_GLYSO Valine--tRNA ligase; Found in the gene: LotjaGi2g1v0111300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:39876827..39926854) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTTTTCTACAAGATATGGAGCAACATCCTCGTAATCCCATTTCCCAACCCAGTGCCGCTGCTGGGTTTCCCCTTACGCCG TGAATTCTGATAACCCAACTGAACTCAAAGCATACAACTATGACCACGATAGTCTCTCTTTCTACTTCGTGTTACTCCTC TTGCTCTCTCTTCTCTCCTTTCTCCAATTGCTACAGACTCAACCCTCTTCTCTTCTACACGCGCCGTCGCGCCATTCCCT GTTGCCGCCGCTTCACCACAACTCGCCTTCTCGCAGGTTCCCCTTTTTCTCTTCACATTTCCAACTATGATATGGTTTAT TTTCTCTTTGAACAAATTTTCAGTTAGAATTGTATTTTTTGTTGATGAAAACAGCAATATAACAATGTCACCATTTTAGA ATTTTTTCGAGAATTTAGGGACTGTTTGCACACTCCTTTTCTGAAATAATTAGAAGAGTGAAACGTTGTTTTCCTTTTCT TTTTAGAAATTTTGCTAGGATAAAGATGAAAAAATATTATTTGCTGGTTTTCTAGTGACTAGTTCTTTTTTTTTATTCTT TTTTGATATTTCAGTTGCTGCTTCAGAGAATGGTGTCTTTACCTCTCCTGAGATAGCCAAATCATTCGACTTTTCCGCCG AAGAACGCATATATAATTGGTAGGTTCTTAAAACTAGTCCTCATATCTGTGATATGTGCTCTGTGCAAAGTTGCTTCTTT TCTTGGTTTTTAAAGGGAACCAAAGTATTGCACAGTTATTGTACATGGTGCTTTCCAATATGTCAAATAAAAATGCTGGA GCCTGCTGTTTGTAAATTGCGGCAATGCTATTAAGAAACAATGGCCTTTTAGAAAACTTGTATTTTGTCTGAACACAATG ACCTTCGTGTAGTAACCTAGTAGAAAAAAGGCTTTTTATTGGTGTTGTTGGCAATAGAGAACAAAATGTTAGGACATGTA 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GCTCTAATCCAAAGTAAAGCAGCAATGCGATAAATGACTTGTGTTGTTTACTTAGCGTTAATGGTGAAATTAGTCCATGT CTTTGTAGTTGGTTTTGAATTTAGTCCC
CDS sequence (LotjaGi2g1v0111300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGACCACGATAGTCTCTCTTTCTACTTCGTGTTACTCCTCTTGCTCTCTCTTCTCTCCTTTCTCCAATTGCTACAGACT CAACCCTCTTCTCTTCTACACGCGCCGTCGCGCCATTCCCTGTTGCCGCCGCTTCACCACAACTCGCCTTCTCGCAGTTG CTGCTTCAGAGAATGGTGTCTTTACCTCTCCTGAGATAGCCAAATCATTCGACTTTTCCGCCGAAGAACGCATATATAAT TGGTGGGAGTCTCAAGGGTATTTTAAGCCGACTTTTGACCGGGGAAGTGATCCTTTTGTGATATCAATGCCGCCTCCTAA TGTTACTGGTTCTCTGCACATGGGGCATGCGATGTTTGTGACACTTGAGGATATAATGGTTAGGTACAATCGCATGAAGG GAAGGCCAACCCTTTGGCTTCCTGGGACAGATCATGCTGGTATTGCGACTCAGTTGGTTGTTGAAAGAATGCTAGCTTCT GAAGGAATAAAAAGGGTTGAAATGACTAGAGATGAATTCACAACACGAGTATGGCAGTGGAAAGAGAAGTATGGCGGAAC TATCACAAATCAGATCAAGAGACTTGGTGCTTCTTGTGACTGGTCAAGAGAGCACTTCACCCTTGATGAACAGCTAAGTC ATGCTGTAGTTGAGGCATTTGTTAGGCTTCATGAGAAAGGCTTAATTTATCAAGGTTCATATATGGTAAACTGGTCACCT ACTCTCCAGACTGCTGTTTCTGACCTGGAAGTTGAATATTCAGAAGAGTCTGGATATCTTTATTATATTAGGTATCGCAT TGCCGGAGGTTCAAGGAGTGACTACTTGACTGTGGCTACAACGCGCCCAGAAACTTTATTTGGTGATGTAGCACTAGCAG TTAATCCACACGATGATCGCTATTCCAAGTATATTGGTCAGATGGCAATTGTGCCTCAGACATTTGGCCGTCATGTTCCT ATTATTTATGACAAGCATGTTGATAAAGAGTTTGGAACGGGAGTATTGAAAATTAGTCCAGGACATGATCATAATGACTA TCTACTTGCTCGCAAGCTTGGTCTTCCTATACTCAATGTGATGAACAAGGATGGTACATTAAATGATGTTGCTGGCTTAT ACAGTGGCCTTGATCGATTTGAGGCTCGAAAGAAACTGTGGGCGGAACTTGAGGAGACAGGGTTAGCTGTGAAAAAGGAA CCACACACTTTACGCGTTCCCAGATCTCAGCGTGGTGGAGAAGTGATAGAGCCACTTGTAAGTAAGCAATGGTTTGTAAG TATGGAGCCTCTTGCCGAGAAAGCTCTTCAAGCAGTTGAAAAAGGAGAGCTGACTATAATTCCGGAAAGATTTGAGAAGA TTTACAACCATTGGCTTTCCAACATTAAGGATTGGTGTATAAGCAGACAACTATGGTGGGGACACCGGATACCTGTTTGG TACATTGTCGGAAAACGTAATGAAGAAGACTATATAGTTGCTAGGAATGCTGATGAAGCACTTGAGAAAGCTCGCAAGAA ATATGGAAAGGATGTAGAAATATATCAGGATCCTGATGTTCTTGACACTTGGTTTTCAAGTGCCTTATGGCCTTTTAGTA CACTTGGATGGCCAGATTTAAATGCAGAAGATTTTAAGAGGTTATATCCAACTACAGTGCTTGAAACTGGGCATGACATA TTGTTCTTTTGGGTGGCGAGAATGGTGATGATGGGAATCGAGTTCACAGGAACTGTTCCATTTTCTTATGTTTATTTGCA TGGACTCATCAGGGATTCACAGGGTAGAAAAATGTCTAAGACCTTAGGGAATGTAATAGACCCCATTGACACTATCAAAG ACTTTGGGACAGATGCTTTACGATTCACACTAGCTTTAGGAACAGCTGGCCAGGACCTTAATTTGTCCTCTGAGCGCTTA ACGTCCAACAAGGCCTTCACAAACAAATTGTGGAACGCTGGCAAATTTATATTACAGAATTTGCCCAATGAGAATGATAC ATCTGCTTGGGAAAACATATTGTCTCATAAGTTTGATGGTGAAGGCTCTGTACTTAATCTTCCTTTGCCAGAGTGTTGGG TGGTGTCAAAACTTCACTTGCTCATTGATTCTGTCAGTGCAAGCTACGATAAATTTTACTTTGGAGAAGTGGGAAGAGAA ACATATGATTTCTTTTGGGCTGATTTTGCTGATTGGTATATTGAGGCCAGCAAAGTGCGGCTTTATAACTCTGGAACTGG AGGCAGCTCGGATGCTTCAGTGGCACAGGCTGTTTTATTGTATACTTTTGAGAACGTACTCAAAGTGCTGCATCCTTTCA TGCCATTTGTAACTGAGGAACTATGGCAGGCACTCCCTTACCGGAAGCAAGCCCTTATTGTATCACCTTGGCCAGAGAGT CAACTACCAAGGAACACCAGCTCTATAAGAAAATTTGAAAATTTGCAAGCTTTGGTTCGAGCTATCCGGAATGCTCGGGC AGAATATTCTGTTGAGCCTGCAAAACGGATATCAGCATCTGTGGTTGCAAGCAATGAAGTTATTGAATATATTGCTGAAG AAAAAGAGGTTTTAGCACTTCTCTCCCGGCTGGATATACCAAATCTGCATTTTTCAAATTCTTCTCCAGGAAATGCAGAT CAATCAGTTCATCTCGTGGCTGGTGAAGGGCTTGAGGCATATCTTCCTCTGGCCGATATGGTTGATATTTCTGCAGAAGC TCAACGTCTCTCAAAACGCCTTTCCAAGATGCAGAAGGAGTATGACGCATTGATAGCTAAAATCAGTTCTCCTCAATTTG TGGAGAAGGCCCCAGAAAATGTGGTCCGTGGGGTGCAGGAAAAAGCAGCGGAAGCAGAAGAAAAGATCACTTTAACCAAA AAACGCCTTGAATTCCTGAACTCTAGTGTTCTAGCTTCAAAATAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0111300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTTIVSLSTSCYSSCSLFSPFSNCYRLNPLLFYTRRRAIPCCRRFTTTRLLAVAASENGVFTSPEIAKSFDFSAEERIYN WWESQGYFKPTFDRGSDPFVISMPPPNVTGSLHMGHAMFVTLEDIMVRYNRMKGRPTLWLPGTDHAGIATQLVVERMLAS EGIKRVEMTRDEFTTRVWQWKEKYGGTITNQIKRLGASCDWSREHFTLDEQLSHAVVEAFVRLHEKGLIYQGSYMVNWSP TLQTAVSDLEVEYSEESGYLYYIRYRIAGGSRSDYLTVATTRPETLFGDVALAVNPHDDRYSKYIGQMAIVPQTFGRHVP IIYDKHVDKEFGTGVLKISPGHDHNDYLLARKLGLPILNVMNKDGTLNDVAGLYSGLDRFEARKKLWAELEETGLAVKKE PHTLRVPRSQRGGEVIEPLVSKQWFVSMEPLAEKALQAVEKGELTIIPERFEKIYNHWLSNIKDWCISRQLWWGHRIPVW YIVGKRNEEDYIVARNADEALEKARKKYGKDVEIYQDPDVLDTWFSSALWPFSTLGWPDLNAEDFKRLYPTTVLETGHDI LFFWVARMVMMGIEFTGTVPFSYVYLHGLIRDSQGRKMSKTLGNVIDPIDTIKDFGTDALRFTLALGTAGQDLNLSSERL TSNKAFTNKLWNAGKFILQNLPNENDTSAWENILSHKFDGEGSVLNLPLPECWVVSKLHLLIDSVSASYDKFYFGEVGRE TYDFFWADFADWYIEASKVRLYNSGTGGSSDASVAQAVLLYTFENVLKVLHPFMPFVTEELWQALPYRKQALIVSPWPES QLPRNTSSIRKFENLQALVRAIRNARAEYSVEPAKRISASVVASNEVIEYIAEEKEVLALLSRLDIPNLHFSNSSPGNAD QSVHLVAGEGLEAYLPLADMVDISAEAQRLSKRLSKMQKEYDALIAKISSPQFVEKAPENVVRGVQEKAAEAEEKITLTK KRLEFLNSSVLASK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 65 | 968 | 904 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 65 | 968 | 904 | 0.0 | – | |
| Hamap | 66 | 967 | 902 | 14.89 | ||
| Gene3D | 68 | 827 | 760 | 1.3E-293 | – | |
| TIGRFAM | 68 | 948 | 881 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 74 | 642 | 569 | 1.73E-135 | – | |
| Pfam | 78 | 636 | 559 | 3.2E-203 | ||
| Gene3D | 85 | 598 | 514 | 1.3E-293 | ||
| CDD | 97 | 635 | 539 | 0.0 | – | |
| PRINTS | 99 | 110 | 12 | 6.4E-35 | ||
| ProSitePatterns | 106 | 117 | 12 | - | ||
| Gene3D | 238 | 407 | 170 | 1.3E-293 | ||
| SUPERFAMILY | 254 | 407 | 154 | 1.57E-53 | ||
| PRINTS | 295 | 312 | 18 | 6.4E-35 | ||
| PRINTS | 411 | 424 | 14 | 6.4E-35 | ||
| PRINTS | 517 | 538 | 22 | 6.4E-35 | ||
| PRINTS | 549 | 567 | 19 | 6.4E-35 | ||
| CDD | 635 | 785 | 151 | 2.10861E-50 | ||
| SUPERFAMILY | 648 | 917 | 270 | 1.21E-49 | ||
| Pfam | 693 | 837 | 145 | 1.7E-37 | ||
| Gene3D | 895 | 966 | 72 | 3.7E-15 | ||
| Coils | 900 | 927 | 28 | - | – | |
| Pfam | 902 | 966 | 65 | 1.0E-14 | ||
| SUPERFAMILY | 902 | 966 | 65 | 3.03E-12 | ||
| Coils | 942 | 969 | 28 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleotide binding | Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose. | ||
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA editing activity | The hydrolysis of an incorrectly aminoacylated tRNA. | ||
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA ligase activity | Catalysis of the formation of aminoacyl-tRNA from ATP, amino acid, and tRNA with the release of diphosphate and AMP. | ||
| Molecular function | Valine-tRNA ligase activity | Catalysis of the reaction: L-valine + ATP + tRNA(Val) = L-valyl-tRNA(Val) + AMP + diphosphate + 2 H(+). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Cellular component | Cytoplasm | All of the contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures. | ||
| Biological process | TRNA aminoacylation for protein translation | The synthesis of aminoacyl tRNA by the formation of an ester bond between the 3'-hydroxyl group of the most 3' adenosine of the tRNA and the alpha carboxylic acid group of an amino acid, to be used in ribosome-mediated polypeptide synthesis. | ||
| Biological process | Valyl-tRNA aminoacylation | The process of coupling valine to valyl-tRNA, catalyzed by valyl-tRNA synthetase. The valyl-tRNA synthetase is a class-I synthetase. The activated amino acid is transferred to the 2'-OH group of a valine-accetping tRNA. The 2'-O-aminoacyl-tRNA will ultimately migrate to the 3' position via transesterification. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0111300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…