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LotjaGi2g1v0344200.5

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0344200
Transcript ID LotjaGi2g1v0344200.5
Related isoforms 6
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Transcription initiation factor tfiid subunit 1; TAIR: AT1G32750.1 HAC13 protein (HAC13); Swiss-Prot: sp|Q8LRK9|TAF1_ARATH Transcription initiation factor TFIID subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|I1L578|I1L578_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0344200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:82127736..82145084) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTGAATGTATTTCTAATAGGTCTTAGTTGATTTTCTTTTGCTTGTACTGGGTGTTGATAAGAAATTAAGCTTTCTTGTAT TTAATACATGGGGTAGTGTTCAAAATAGGATTGGATGATGGCATTTAAATTCTAAGCTTATGAATGTATAATGAAATCTG TGACATTAACATTCGGTTGTGTTCTTAGTTGCGTTCGTTTACGTGGTTTAGTTTCTTGCTTGGTATAGTTTATTAACTCA CTGTTTGATAAAATGGAATTGATAGACGATGAAGAAGAGTACGAGGAGTCTGACAAGGGTAATCGTTTTCTGGGGTTCAT GTTCGGAAATGTTGATAACTCTGGCGATCTTGATGTTGATTATCTTGACGAGGTAATTTTATGTGGCATTTGATTGATGT TACCTGTGAACTTGGCCGTCAAAGTGAATTGAGAATCAAGATTGAACTGATGCATGCATATCTGTTGTTGTGTTTTTGGA TTACTGGCCTATTTTTTAATTGTCTGTTATTTTCCATGATTCACTATGTATATGCTGAGTAGTTATACAGTTTAGAGTTT CTGAAATTTCTTAGCTGTTGCAGTTTGCATGATTGGTTAGTGGAAAGTTTTTAAGTTGCTAAACTTTTATATTAGAAGAT TCAAAACCACTATTACTGTGAAGTTCAAAAACTTGCATTGTAACTTTTCAGAAAACAAAAAGAAGGCAGTTAGGAAGCTT TTGTACAGTATGGATGTCTAAACTAACAAAATAGCGTGGAATTCAACTTTGGAGGATGTAGTTTAGTTTAGTGTGCAAAG ATTCATTTACAAAGGTTAAGATCAATTTGTTACTATACAAATAAAATTAGTAATTTATCAAATGGGTTTAGGCACCTGAA TTTACGGCTGAGTTCTGAGTGCAATATGTGCTTGACCTGAAATTTATTTACAATAAGATTGATATATATACTTTATGCTT 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TATTTGTTGAATGAGAATGATGATAATCTCACTGCTGCGGAAGCTGGTATCGAAAATAAAGATTTCTAA 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0344200.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGAATTGATAGACGATGAAGAAGAGTACGAGGAGTCTGACAAGGGTAATCGTTTTCTGGGGTTCATGTTCGGAAATGT TGATAACTCTGGCGATCTTGATGTTGATTATCTTGACGAGGATGCAAAGGAGCATCTTTCTGCATTGGCGGATAAGCTGG GTCCATCACTGACAGATATAGATTTGTCAGGAAAATCACCACAAACACCGCATGATGTTGTTGAACAAGACTGTGGTGAA AAAGCTGAAGATGCAGTTGATTATGAAGATATTGATGAAGAATATGATGGTCCTGAGACTGAAACAGCCAATGAAGAGGA CTATTTACTGCCCAAAAAGGATTTTTTCTCTGGTGAAGCTTCCCTTGAAGCTTTGGCGTCCAGATCTTCTGTCTTTGATG ATGAAAATTATGATGAAGAATCTGATAAGGAACAAGACTTAGTGACCAACGATTCTAAAGTTGACAGCTCTTTAGCTGGG GAGCAGGAAGAGAATTTTGTTGATGCATCTAAAGGAGACAGGGCTCTAGAGCATGATTTACAAGCTGGCTCACAGCAGAC CGAAGAATCGGACACTGATATACAAAAACTTGATGAGGAAGGGCCTGAAGTTTTAAAAAGGTCTATGGCTGCACCGTTGC CTGTTTTGTATGTGGAAGATGGGATGGCAATTTTACGCTTTTCTGAAATCTTTGGTATTAGTGAGCCTCTCAGAAAGGGA GAAAAGAGAGAGCATCGACATTCCATTCCTAGAGAAGAAGATGAAGAGGAGTTCCTCAAAGGATTCTCTAAGAGTCTCCC ACTTACTAAACAGATTTCTGTAGTCCGTAATGATGCATCAGAAAGCAGTGATGTTGACTTAGAATTTCCAAAATTTGGAT TTCTTCATGGGGATGCTACAATGGCTGGGAAAGATGATCGGCAACCAAAGGACTCTTGTCTTAGTGCTGAACCATTGAAA GTGGATTTCACAGAAGATCTTCTGTTGAAAGATCATCATCTGACGCGGGCCAACTTTTATCCTCTTGATCAGCGAGACTG GGAAGAGGAAATCCTTTGGGGAAATTCTCCTGTTGCCAGTGATATTAATGTTGAGAGCTGTGAAATTTCTGGACCTGAAC TGGGAGTTTCTGGTGATTGTGAAATCGAAATTGAAAGTGGGATCCAGAATCTCCAGTTAGAGCCCCAGCACATGCTGGAA GAGAAAGATCACAATTTCTTCATGTGCTACTCTCCTGTCACATTAGATAGCTTTGGCTCAAGGGATTCTACTGGGGATAA ATCCAATTTAATGTCAAAAAGTCTATTTCATCCCCAACTGTTGAGGCTAGAATCCAGATCTGAAGTAGATGGTTCTAGTC TTGCAGATGGAGGGGGGGAAGGTATATCTGAGAAGCGTAATCAAAGTGGTCAATTAAAGCGTTTTACGAAGTTTATGTCA CAAAACAGAGACCTGATGGAGGGCTCGTGGTTAGACAAGATAATATGGGAGGAGCAGGGTAGGCCTATGATGAAATCAAA GCTTATATTTGATCTTCAGGATGATAAAATGCACTTTGAAGTTTTGGATAACAAGGATGGTACACATCTTCGCGTTCATG CTGGGGCTATGATTTTAACTCATTCTTTAAAATCAAGCAGTGTAGATTCTTCTGAGCAACCAGGACATGGAGTTCAATAT GGATGGCGATATGTTGCTAATGACAAACACTATTCAAACCGGAAAACTTCCCAGCAACTGAAATCGAATTCAAAAAAGCG CTCAGCTCATGGTGTCAAAGTTTTTCACTCACAACCTGCATTGAAGCTTCAGACAATGAAATTGAAGTTGAGCAATAAAG ATATTGCAAATTTTCACCGACCTAAAGCATTGTGGTATCCCCATGACAGTGGAGTGACTGTCAAGGAACAAGGGAAATTG CCAACACACAGACCCATGAAAATTATTATTAAGAGCTTGGGTGGCAAGGGTAGTAAACTGCATGTTGATGCTGAAGAAAC TCTTTCTTCTGTTAAAGCTAAAGCTTCCAAAAAGCTAGATTTCAAGGGATCAGAAACAGTGAAATTATACTATTTAGGGA GGGAGCTTGAAGATCACAAATCACTTGCAGCACAAAATGTTAAACCAAACTCCTTGATACATCTTGTCCGTACAAAGATA CATTTGTGGCCAAGGGCACAAAGGGTTCCGGGTGAGAATAAGTCGTTGCGTCCTCCTGGGGCATTCAAGAAAAAGTCTGA TCTGTCTGTGAAAGATGGACATGTTTTTCTGATGGAGTATTGTGAAGAAAGGCCTTTACTTTTAAGCAATGTGGGAATGG GTGCAAGACTTTGTACATACTATCAAAAATGTTCCCCGGATGACCAATCTGGCTCCTTATTACGCAACACAGACAGTAGC TTGGGGCACATCATTTCTCTTGATCCTGCTGATAAATCTCCTTTCATTGGAGATTTAAAACCTGGTTGCAGTCAGTCATC ACTTGAGACAAATATGTACAGAGCACCCATATTTCCTCATAAAGTTCCATTAACTGACTACCTCCTGATTCGTTCAGCAA AGGGAAAACTATCGTTAAGGCGGATCGATAAAATTAATGTTGTTGGTCAGCAGGAGCCTCTCATGGAGGTATTATCACCT GGAAGTAAGAATTTTCAGACTTATATGATGAACAGGCTGCTGGTACAAATGTGCCGTGAATTCCAAGCAGCAGAGAAACG ACGCTTGCCTCCATACATTCGTATTGATGAGTTACTGTCACAGTTTCCTTACCTATCAGAAGCGTCATTCCGTAAGAAAA TCAAGGAATATGGAAATTTACAGAGGGGAGCCAATGGACAGTCAGTTTTGGTTAAAAAGCGAAATTTCCGCATGTGGTCA GAGGATGAATTGAGAAAAATGGTGACACCAGAGCTTGTTTGTGCCTATGAAAGCATGCAAGCTGGACTCTACCGTCTAAA ACATCTAGGGATAACTGAAACACATCCAACTCATATTTCATCCGCAATGAGTCGGCTTCCTGATGAAGCAATAGCATTGG CTGCTGCATCACACATCGAGAGGGAATTGCAGATTACTCCTTGGAACTTGAGTAGCAATTTTGTAGCCTGTACAAGCCAG GGTAAGGAAAATATTGAACGGATGGAAATTACTGGTGTTGGTGATCCATCAGGTCGTGGCATGGGTTTTAGCTATGCTAG GGCACCTCCAAAGGCGCCAGTGTCTAATGCAATGGTGAAGAAGAAAGCAGCAACCCGAGGAGGTTCCACTGTCACTGGTA CAGATGCTGATCTACGTAGACTGAGCATGGAAGCTGCTCGAGAGGTTCTTCTTAAGTTCAATGTTCCTGAGGAAATAATT GCTAAACAGACCAGGTGGCATCGCATTGCTATGATTCGCAAACTTTCAAGTGAGCAAGCTGCATCTGGGGTTAAGGTTGA TCCAACAACAATCAGCAAGTATGCTCGTGGGCAGCGCATGTCATTTCTTCAGTTACAGCAGCAGACCAGAGAGAAGTGCC AAGAGATTTGGGATCGACAGGCTCAGAGTTTGTCAGCTATAAATGGTGATGAAAATGAGAGTGATTCAGAAGGGAATAGT GATCTAGATTCTTTTGCTGGAGATCTGGAGAATTTACTTGATGCCGAGGAGTGTGAAGAGGGAGATGAGGGCACAAATGA CTTAAAACGCGATAAGGGAGATGGTGTTAAGGGTCTTAAAATGAGAAGACACCCAACTTTGGCCCAGGCAGAGGAGGAAA TAGAAGATGAAGCAGCTGAGGCCGCTGAGTTACGCAGGTTGCTTATGGATGATGTTGAAGCTGATAGGAAGAAAAAGAAG AAAGCTAGGGTTGTGGTGGATGAAGCAAGATTAATACCAAAGCTGCGACCAAAATTCATCTTTGACAACACTGAACAAGT TAAGCAAATAGCAAATACATTGCAACTAGATGGAGCTAATCATTTTAGAGAGGATTCAATTGCAGAGCTTAGGGAGGAGG AAAATTTTCCTGCTAAAAAAAGCAAAACAATGAAGGCCAATAAAGCGAAAAAGAATGACATCACACCTATTAGTGTACCC AATAAAAAAATCAAACTAAATATGGGAGAAGGAATTAAGAACCAGGTATTCAAGGAGAAAAAACCATCAAGGGAAACTTT TGTTTGTGGAGCATGTGGCCAGCTTGGGCACATGCGGACAAACAAGAACTGTCCAAAATATGGTGAAGATCTAGAAGCAC AACTTGAATCTACTGATATCGAAAAATCAGGAAAATCCATCTTTGTTGATCCCTCTAGTCAGTCCCAGCATAAAGCGCCT TCCAGAAGGTCAATATCAAAAAGCTCAACAAAAATTGCTCCTGTTGACAATTCAACAAAAATCCCATTGAAATTCAAATG CAGCTCCACTGAGAAATCTTCTGATAAACCTGCAATAGAAATATTTCAGAGTTCCGACAAGCCAGTCACTTCTGACTCAG AAACTGCCAAGTCTGCTAAGGTCAACAAGATAATTATTCCCAGCAAAGTGAAACCAGATGATACACAGGCTGAGTCTCTT AAGCATGCTATTGTTATACGGCCTCCTGCTGATTCCGGTCGAGGTCTTGCTGATTCTCACAAGTTTCCAATTAAAATACG GTCGTCTACAGAAATTGATAGGGAGCAAAGTCACAAAAAGATCATTATAAAACGTACAAAAGAGGTTGTTGATTTGGAAC TGGACAGTCCTGTTGCAAGCGCTGGACTTGAACACAGAAAAACTAAAAGAATTGTTGAATTATCGAATTTTGAGAAGTAC AGTAGGCAGGAGACCGTGTATTCAACCGAAGGTTTGGTAAAATGGAAAGGTAATGAGGATAGAAGATGGTGGGAAGAGCA AGAGAAACGGAGAAATGAAGTGAGGCTCAGAGAAGACAGAGCAAGGAGGCATCACAAAGATGAGATCAGGATGCTCAAAG AGCAAGAAAGGTTAGATGAGTTAAAAAGATATGAAGAAGATATTAGAAGAGAGAGGGAGGAGGAAGAACAGCAAAAAGCT AAGAAGAAAAAGAAGAAGAAAAAACATGATTTCCGAGATGATTATTTAGATGACCCCAGATCGAGGAGATATGACAAGAG GATGCTCGAAAGAGACCGGAGTGGAAAGAGGAGATCTGCTGAGTTGGGAAATATTGGTGTAGATATTATGCCACCAACAA AGCGCCGACGAGGGGGAGGGGGAGAGGTTGGTTTGGCAAATATATTGGAGGGCATTGTGGACGTCCTTGTGAAAGATAGG CATGATCTGTCTTATCTTTTCCAGAAACCGGTGTCGAAGAAAGAGGCTCCTGACTACTTTGACATTATAGAGAGGCCAAT GGATCTTTCCAGAATCAGGGAGAGGGTACGGAACATGGAATACAAGAGCCGAGAAGATTTCAGACATGATATCTGGCAGA TCACTTACAATGCTCATAAATATAACAACGGAAGAAATCCTGGAATTCCTCCCCTTGCAGACAGGCTTTTAGAATATTCT GATTATTTGTTGAATGAGAATGATGATAATCTCACTGCTGCGGAAGCTGGTATCGAAAATAAAGATTTCTAA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0344200.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MELIDDEEEYEESDKGNRFLGFMFGNVDNSGDLDVDYLDEDAKEHLSALADKLGPSLTDIDLSGKSPQTPHDVVEQDCGE KAEDAVDYEDIDEEYDGPETETANEEDYLLPKKDFFSGEASLEALASRSSVFDDENYDEESDKEQDLVTNDSKVDSSLAG EQEENFVDASKGDRALEHDLQAGSQQTEESDTDIQKLDEEGPEVLKRSMAAPLPVLYVEDGMAILRFSEIFGISEPLRKG EKREHRHSIPREEDEEEFLKGFSKSLPLTKQISVVRNDASESSDVDLEFPKFGFLHGDATMAGKDDRQPKDSCLSAEPLK VDFTEDLLLKDHHLTRANFYPLDQRDWEEEILWGNSPVASDINVESCEISGPELGVSGDCEIEIESGIQNLQLEPQHMLE EKDHNFFMCYSPVTLDSFGSRDSTGDKSNLMSKSLFHPQLLRLESRSEVDGSSLADGGGEGISEKRNQSGQLKRFTKFMS QNRDLMEGSWLDKIIWEEQGRPMMKSKLIFDLQDDKMHFEVLDNKDGTHLRVHAGAMILTHSLKSSSVDSSEQPGHGVQY GWRYVANDKHYSNRKTSQQLKSNSKKRSAHGVKVFHSQPALKLQTMKLKLSNKDIANFHRPKALWYPHDSGVTVKEQGKL PTHRPMKIIIKSLGGKGSKLHVDAEETLSSVKAKASKKLDFKGSETVKLYYLGRELEDHKSLAAQNVKPNSLIHLVRTKI HLWPRAQRVPGENKSLRPPGAFKKKSDLSVKDGHVFLMEYCEERPLLLSNVGMGARLCTYYQKCSPDDQSGSLLRNTDSS LGHIISLDPADKSPFIGDLKPGCSQSSLETNMYRAPIFPHKVPLTDYLLIRSAKGKLSLRRIDKINVVGQQEPLMEVLSP GSKNFQTYMMNRLLVQMCREFQAAEKRRLPPYIRIDELLSQFPYLSEASFRKKIKEYGNLQRGANGQSVLVKKRNFRMWS EDELRKMVTPELVCAYESMQAGLYRLKHLGITETHPTHISSAMSRLPDEAIALAAASHIERELQITPWNLSSNFVACTSQ GKENIERMEITGVGDPSGRGMGFSYARAPPKAPVSNAMVKKKAATRGGSTVTGTDADLRRLSMEAAREVLLKFNVPEEII AKQTRWHRIAMIRKLSSEQAASGVKVDPTTISKYARGQRMSFLQLQQQTREKCQEIWDRQAQSLSAINGDENESDSEGNS DLDSFAGDLENLLDAEECEEGDEGTNDLKRDKGDGVKGLKMRRHPTLAQAEEEIEDEAAEAAELRRLLMDDVEADRKKKK KARVVVDEARLIPKLRPKFIFDNTEQVKQIANTLQLDGANHFREDSIAELREEENFPAKKSKTMKANKAKKNDITPISVP NKKIKLNMGEGIKNQVFKEKKPSRETFVCGACGQLGHMRTNKNCPKYGEDLEAQLESTDIEKSGKSIFVDPSSQSQHKAP SRRSISKSSTKIAPVDNSTKIPLKFKCSSTEKSSDKPAIEIFQSSDKPVTSDSETAKSAKVNKIIIPSKVKPDDTQAESL KHAIVIRPPADSGRGLADSHKFPIKIRSSTEIDREQSHKKIIIKRTKEVVDLELDSPVASAGLEHRKTKRIVELSNFEKY SRQETVYSTEGLVKWKGNEDRRWWEEQEKRRNEVRLREDRARRHHKDEIRMLKEQERLDELKRYEEDIRREREEEEQQKA KKKKKKKKHDFRDDYLDDPRSRRYDKRMLERDRSGKRRSAELGNIGVDIMPPTKRRRGGGGEVGLANILEGIVDVLVKDR HDLSYLFQKPVSKKEAPDYFDIIERPMDLSRIRERVRNMEYKSREDFRHDIWQITYNAHKYNNGRNPGIPPLADRLLEYS DYLLNENDDNLTAAEAGIENKDF 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Pfam 9 50 42 2.4E-9
SUPERFAMILY 13 51 39 3.27E-7
PANTHER 16 1861 1846 0.0
PANTHER 16 1861 1846 0.0
MobiDBLite 59 110 52 -
MobiDBLite 82 103 22 -
MobiDBLite 133 173 41 -
MobiDBLite 447 468 22 -
Pfam 565 1131 567 1.1E-125
MobiDBLite 573 592 20 -
SUPERFAMILY 616 716 101 7.14E-15
Gene3D 639 722 84 4.1E-13
ProSiteProfiles 646 716 71 14.295
SMART 646 718 73 1.1E-11
CDD 646 717 72 8.85525E-32
Pfam 648 718 71 2.4E-10
MobiDBLite 1217 1237 21 -
MobiDBLite 1223 1237 15 -
Coils 1247 1267 21 -
Pfam 1389 1407 19 1.1E-4
MobiDBLite 1425 1453 29 -
MobiDBLite 1427 1453 27 -
MobiDBLite 1476 1497 22 -
Coils 1651 1690 40 -
MobiDBLite 1669 1717 49 -
MobiDBLite 1690 1717 28 -
SUPERFAMILY 1730 1850 121 6.15E-27
Gene3D 1732 1862 131 1.0E-25
SMART 1738 1849 112 2.3E-23
CDD 1748 1844 97 2.78073E-25
ProSiteProfiles 1759 1829 71 19.178
Pfam 1760 1826 67 2.7E-18
PRINTS 1762 1775 14 3.7E-10
ProSitePatterns 1764 1821 58 -
PRINTS 1776 1792 17 3.7E-10
PRINTS 1792 1810 19 3.7E-10
PRINTS 1810 1829 20 3.7E-10

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0344200.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…