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LotjaGi5g1v0362200.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0362200
Transcript ID LotjaGi5g1v0362200.2
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Callose synthase; TAIR: AT5G13000.1 glucan synthase-like 12; Swiss-Prot: sp|Q9LXT9|CALS3_ARATH Callose synthase 3; TrEMBL-Plants: tr|A0A151RX23|A0A151RX23_CAJCA Callose synthase 3; Found in the gene: LotjaGi5g1v0362200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:67602880..67616180) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTGACTCAGTCATTCTGCCGGAGAATGTCGTCGGAGCCGCAGCCACCGCCGCAGAGGCGGATAACGCGGACGCAGACGAC AGGGAACCTCGGAGAGGCGATATTCGACAGTGAGGTTGTGCCTTCCTCTCTCGTCGAGATTGCGCCCATTCTCCGCGTGG CTAATGAGGTTGAGAAGACGCATCCAAGAGTTGCTTATCTCTGTGAGTTCATCTTACTTATCCTCCATGCAACCGCATTG CACAATGTGTTTCTATTTTGAGAGGGTTTGTGTTTCTCTTGCTCTTGCAGGTCGGTTCTACGCGTTCGAGAAAGCTCATA AGCTCGACCCGACTTCCAGTGGTCGCGGTGTTCGGCAATTTAAGACCGCGCTTCTTCAACGTCTTGAAAGAGTAAGCATT TTGATCCATAGCTTCTAAGAATGCAAACTGTCAAATCTTCTTATTTAGTAACCTCTAGCTGTTATGTAATGATTGGAATC AATGTTGTCCCATTTTTGTTAGGAAAATGATCCAACATTGAAAGGAAGGGTAAAGAAGAGTGATGCTCGTGAGATGCAGA GTTTTTATCAGCATTACTACAAAAAATATATTCAAGCTTTGCAAAATGCTGCTGATAAAGCTGATCGGTACATTGTCTGG ATAATGTGTAATATGATAAATATGTTCTGTGCCTGTTGTGTGACTAGAGTGTGTTTGTATTATTACTTTCAGTGCACAGC TTACCAAGGCATATCAGACTGCTAATGTTCTTTTTGAGGTTTTGAAGGCTGTTAACTTGACACAGTCTATGGAAGTTGAC CGTGAGGTAGTTTTTTCCTCACTTCCAAGTTCTCATCTTTCTATTTGGTTTCCTCTTTTTATGTGTACCTTTAACCATAT TTGAAATTAGTTGATTATAATAGAGTTCACTTTAAAATTTTGACCTTCACCTGTTACCGACTCATGGTTGGTTTTCTGTT 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0362200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTCGTCGGAGCCGCAGCCACCGCCGCAGAGGCGGATAACGCGGACGCAGACGACAGGGAACCTCGGAGAGGCGATATT CGACAGTGAGGTTGTGCCTTCCTCTCTCGTCGAGATTGCGCCCATTCTCCGCGTGGCTAATGAGGTTGAGAAGACGCATC CAAGAGTTGCTTATCTCTGTCGGTTCTACGCGTTCGAGAAAGCTCATAAGCTCGACCCGACTTCCAGTGGTCGCGGTGTT CGGCAATTTAAGACCGCGCTTCTTCAACGTCTTGAAAGAGAAAATGATCCAACATTGAAAGGAAGGGTAAAGAAGAGTGA TGCTCGTGAGATGCAGAGTTTTTATCAGCATTACTACAAAAAATATATTCAAGCTTTGCAAAATGCTGCTGATAAAGCTG ATCGTGCACAGCTTACCAAGGCATATCAGACTGCTAATGTTCTTTTTGAGGTTTTGAAGGCTGTTAACTTGACACAGTCT ATGGAAGTTGACCGTGAGATTTTAGAGACTCAAGATAAGGTTGCTGAGAAGACTGAGATCTTAGTTCCTTATAATATTCT TCCTCTTGATCCTGATAGTGCAAACCAGGCAATAATGAGATTTCCTGAGATTCAAGCGGCTGTATTTGCTCTGCGTAACA CTAGAGGCCTTGCTTGGCCTAAGGACTACAAGAAAAAAAAAGATGAAGACATCCTGGATTGGCTTGGGGCAATGTTTGGG TTTCAGAAGCACAATGTGGTAAATCAGAGAGAGCATTTGATCTTACTGCTTGCAAATGTGCACATTAGACAATTTCCCAA GCCGGATCAACAGCCAAAGTTGGATGAACGTGCACTGACAGAAGTGATGAAGAAACTTTTCAAGAATTACAAAAAATGGT GCAAGTATTTGGGTCGGAAGAGTAGCCTTTGGTTGCCAACCATACAACAAGAAGTGCAGCAGCGTAAATTACTATACATG 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AAGGCTGTGCCAAAATCCAGTAGTCCTTCTGAGACAGAGCCTACACAATATTTGGACCAAGTCATATATAAAATAAAGCT TCCTGGGCCAGCTATATTGGGTGAGGGTAAACCTGAGAATCAGAACCATGCTATTATTTTCACACGTGGAGAAGGCTTGC AAACAATAGATATGAATCAGGATAACTACATGGAAGAAGCTTTAAAAATGAGAAATTTGTTGCAAGAATTTCTGAAGAAG CATGACGGTGTGAGATTCCCCAGTATTCTTGGACTTAGGGAGCATATATTCACTGGAAGTGTTTCTTCTCTTGCATGGTT TATGTCTAATCAAGAGACAAGTTTTGTGACAATTGGTCAGAGATTGTTGGCTAATCCACTGAGAGTTCGCTTCCACTATG GTCACCCTGATGTTTTTGATCGGCTTTTTCACCTCACAAGAGGGGGTGTCAGCAAAGCCTCCAAGGTTATAAACTTGAGC GAAGATATCTTTGCTGGCTTCAACTCTACACTTCGTGAAGGAAATGTTACTCATCATGAGTACATACAAGTTGGGAAAGG GAGAGATGTGGGTCTCAACCAGATTTCTATGTTTGAAGCAAAGATAGCTAATGGCAACGGAGAGCAAACACTGAGTCGAG ATGTGTACCGACTTGGGCACCGTTTTGACTTCTTCAGAATGTTGTCCTGTTATTTCACCACAATTGGGTTTTACTTCAGT ACACTTGTAACTGTTCTGACTGTATATGTATTCCTCTATGGTCGCCTTTATCTCGTCCTTAGTGGGCTTGAAGAAGGTTT GAGTACACAAAAAGCCATTCGAGACAATAAGCCTCTTCAAGTGGCTCTTGCCTCTCAGTCCTTTGTTCAAATTGGGTTTT TGATGGCTTTGCCTATGTTGATGGAAATTGGCTTGGAAAGGGGTTTCCGAACTGCACTTAGTGAGTTCATATTAATGCAG TTGCAGCTTGCACCAGTTTTCTTCACATTTTCACTTGGGACAAAGACTCATTATTATGGTAGGACATTGCTTCATGGAGG TGCAAAATATAGAGCTACGGGTCGGGGGTTTGTGGTTTTCCATGCTAAATTTGCTGACAACTATAGACTATACTCCCGTA GCCACTTTGTCAAGGGTATTGAGCTCATGGTTTTGCTTATTGTATACCAAATTTTTGGTCATACTTATAGAAGTGGGGTT GCATATCTTTTGATTACAATATCGATGTGGTTTATGGTTGGGACCTGGCTTTATGCTCCCTTCTTGTTCAATCCTTCTGG GTTTGAGTGGCAAAAGATTGTTGATGATTGGACCGATTGGAATAAATGGATTAGCGTCCGAGGTGGTATAGGTGTACCAT CTGAAAAAAGTTGGGAATCCTGGTGGGAAGAGGAACAAGAGCATCTCCAATATTCAGGAATGCGCGGAATCATAGCTGAG ATATTGTTATCTTTGCGGTTTTTTATCTATCAGTATGGTCTTGTTTATCACTTGAACTTTACGAAAAAAACACAAAAAAG TTTTCTGATCTATGGCATATCATGGTTGGTGATCTTTCTAATACTATTTGTAATGAAGACGGTGTCTGTTGGGAGACGAA AATTCAGTGCAGATTTTCAACTTGTCTTCCGGTTAATCAAGGGAATGATATTCGTGGCTTTTGTCTCGATTCTAGTCACC ATGATTGCCCTTCCTCACATGACAATGCAGGACATAATTGTTTGCATTCTTGCGTTCATGCCTACTGGTTGGGGGATGCT ACAGATTGCACAAGCATTAAAGCCTCTAGTACGCCGAGCTGGATTTTGGGGATCAGTAAAAACTCTGGCCCGTGGTTATG AGGTTGTGATGGGTTTGCTTTTGTTCACTCCAGTTGCCTTCCTGGCTTGGTTTCCTTTTGTTTCAGAATTTCAGACCCGC ATGCTGTTCAACCAAGCTTTCAGCCGAGGTTTGCAAATTTCTCGTATCCTTGGAGGCCAAAGGAAGGGACGCTCTTCTCG CAACAAGGAATAG 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0362200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSSEPQPPPQRRITRTQTTGNLGEAIFDSEVVPSSLVEIAPILRVANEVEKTHPRVAYLCRFYAFEKAHKLDPTSSGRGV RQFKTALLQRLERENDPTLKGRVKKSDAREMQSFYQHYYKKYIQALQNAADKADRAQLTKAYQTANVLFEVLKAVNLTQS MEVDREILETQDKVAEKTEILVPYNILPLDPDSANQAIMRFPEIQAAVFALRNTRGLAWPKDYKKKKDEDILDWLGAMFG FQKHNVVNQREHLILLLANVHIRQFPKPDQQPKLDERALTEVMKKLFKNYKKWCKYLGRKSSLWLPTIQQEVQQRKLLYM GLYLLIWGEAANIRFMPECLCYIYHHMAFELYGMLAGNVSPMTGENVKPAYGGEEEAFLRKVVTPIYNVIAKEAERSKKG RSKHSEWRNYDDLDEYFWSADCFRLGWPMRADADFFCLPVEQLNFDKSNDNKPANRDKWVGKVNFVEIRSFWHIFRSFDR MWGFFILCLQAMIIVAWNGSGDPGAIFYGDVFKKVLSVFITAAILKLGQAILDVILSWKAQRSMSMHVKLRYILKVVSAA AWVIVLSVTFAYTWDNPPGFAQTIQSWFGSNSSSPSMFIMAVIVYLSPNMLAAVLFLFPLIRRFLERSNYRIVMLMMWWS QPRLYIGRGMHESAFSLFKYTMFWVLLIITKLAFSYYIEIKPLVGPTKAIMSVKISTFQWHEFFPHGTRNNLGVVVALWA PIILVYFMDTQIWYAIFSTLFGGIYGAFRRLGEIRTLGMLRSRFESLPGAFNACLIPEETSEPRKKGFKATLSRRFDQIP SNKGKEAARFAQLWNQIITSFREEDLISDREMNLLLVPYWADRELDMIQWPPFLLASKIPIALDMAKDSNGKDRDLKKRI EADSYMSCAVRECYASFKSIVKYLVQGDREKQVIEYIFSEVDNHIEAGDLISEFRLSALPSLYEQFVELIKYLLDNKPEY RDQVVILFQDMLEVVTRDIMMEDHIFSLVDSIHGGPGHDGMLLLEQQHQLFASEGAIRFPIEPVTEAWTEKIKRLYLLLT TKESAMDVPSNLEAKRRISFFSNSLFMDMPTAPKVRNMLSFSVLTPYYTEEVLFSLRELESPNEDGVSILFYLQKIFPDE WNNFLQRVNCLSEEELKGNESDELEEELRQWASYRGQTLTRTVRGMMYYRKALELQAFLDMAKDEDLMEGYKAIENSDDN SRGERSLWSQCQAVADMKFSYVVSCQQYGIDKRSGAARAQDILRLMTRYPSLRVAYIDEVEEPSKERPKKINKVYYSCLV KAVPKSSSPSETEPTQYLDQVIYKIKLPGPAILGEGKPENQNHAIIFTRGEGLQTIDMNQDNYMEEALKMRNLLQEFLKK HDGVRFPSILGLREHIFTGSVSSLAWFMSNQETSFVTIGQRLLANPLRVRFHYGHPDVFDRLFHLTRGGVSKASKVINLS EDIFAGFNSTLREGNVTHHEYIQVGKGRDVGLNQISMFEAKIANGNGEQTLSRDVYRLGHRFDFFRMLSCYFTTIGFYFS TLVTVLTVYVFLYGRLYLVLSGLEEGLSTQKAIRDNKPLQVALASQSFVQIGFLMALPMLMEIGLERGFRTALSEFILMQ LQLAPVFFTFSLGTKTHYYGRTLLHGGAKYRATGRGFVVFHAKFADNYRLYSRSHFVKGIELMVLLIVYQIFGHTYRSGV AYLLITISMWFMVGTWLYAPFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWISVRGGIGVPSEKSWESWWEEEQEHLQYSGMRGIIAE ILLSLRFFIYQYGLVYHLNFTKKTQKSFLIYGISWLVIFLILFVMKTVSVGRRKFSADFQLVFRLIKGMIFVAFVSILVT MIALPHMTMQDIIVCILAFMPTGWGMLQIAQALKPLVRRAGFWGSVKTLARGYEVVMGLLLFTPVAFLAWFPFVSEFQTR MLFNQAFSRGLQISRILGGQRKGRSSRNKE 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 20 20 -
Phobius 1 480 480 -
PANTHER 6 1946 1941 0.0
PANTHER 6 1946 1941 0.0
Gene3D 24 177 154 3.7E-19
Pfam 39 167 129 4.6E-22
Coils 119 139 21 -
SMART 314 430 117 8.0E-72
Pfam 316 428 113 6.4E-37
Phobius 481 498 18 -
TMHMM 482 501 20 -
Phobius 499 517 19 -
TMHMM 516 538 23 -
Phobius 518 540 23 -
Phobius 541 551 11 -
TMHMM 550 572 23 -
Phobius 552 574 23 -
Phobius 575 593 19 -
Phobius 594 618 25 -
TMHMM 599 621 23 -
Phobius 619 629 11 -
Phobius 630 646 17 -
Phobius 647 657 11 -
TMHMM 656 678 23 -
Phobius 658 678 21 -
Phobius 679 709 31 -
TMHMM 710 727 18 -
Phobius 710 727 18 -
Phobius 728 732 5 -
TMHMM 732 749 18 -
Phobius 733 752 20 -
Phobius 753 1509 757 -
Pfam 1048 1762 715 8.6E-242
Phobius 1510 1532 23 -
TMHMM 1511 1533 23 -
Phobius 1533 1560 28 -
TMHMM 1559 1581 23 -
Phobius 1561 1580 20 -
Phobius 1581 1591 11 -
Phobius 1592 1613 22 -
TMHMM 1596 1613 18 -
Phobius 1614 1654 41 -
TMHMM 1654 1676 23 -
Phobius 1655 1672 18 -
Phobius 1673 1678 6 -
Phobius 1679 1699 21 -
TMHMM 1680 1702 23 -
Phobius 1700 1756 57 -
TMHMM 1756 1778 23 -
Phobius 1757 1776 20 -
Phobius 1777 1787 11 -
TMHMM 1788 1810 23 -
Phobius 1788 1805 18 -
Phobius 1806 1824 19 -
TMHMM 1822 1844 23 -
Phobius 1825 1845 21 -
Phobius 1846 1851 6 -
TMHMM 1849 1871 23 -
Phobius 1852 1873 22 -
Phobius 1874 1892 19 -
TMHMM 1892 1914 23 -
Phobius 1893 1914 22 -
Phobius 1915 1950 36 -
Coils 1949 1950 2 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component 1,3-beta-D-glucan synthase complex A protein complex that catalyzes the transfer of a glucose group from UDP-glucose to a (1->3)-beta-D-glucan chain.
Molecular function 1,3-beta-D-glucan synthase activity Catalysis of the reaction: UDP-glucose + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n) = UDP + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n+1).
Biological process (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process The chemical reactions and pathways resulting in the formation of (1->3)-beta-D-glucans, compounds composed of glucose residues linked by (1->3)-beta-D-glucosidic bonds.
Cellular component Membrane A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0362200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…