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LotjaGi5g1v0362200.4

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0362200
Transcript ID LotjaGi5g1v0362200.4
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Callose synthase; TAIR: AT5G13000.1 glucan synthase-like 12; Swiss-Prot: sp|Q9LXT9|CALS3_ARATH Callose synthase 3; TrEMBL-Plants: tr|A0A151RX23|A0A151RX23_CAJCA Callose synthase 3; Found in the gene: LotjaGi5g1v0362200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:67602884..67616180) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTCAGTCATTCTGCCGGAGAATGTCGTCGGAGCCGCAGCCACCGCCGCAGAGGCGGATAACGCGGACGCAGACGACAGGG AACCTCGGAGAGGCGATATTCGACAGTGAGGTTGTGCCTTCCTCTCTCGTCGAGATTGCGCCCATTCTCCGCGTGGCTAA TGAGGTTGAGAAGACGCATCCAAGAGTTGCTTATCTCTGTGAGTTCATCTTACTTATCCTCCATGCAACCGCATTGCACA ATGTGTTTCTATTTTGAGAGGGTTTGTGTTTCTCTTGCTCTTGCAGGTCGGTTCTACGCGTTCGAGAAAGCTCATAAGCT CGACCCGACTTCCAGTGGTCGCGGTGTTCGGCAATTTAAGACCGCGCTTCTTCAACGTCTTGAAAGAGTAAGCATTTTGA TCCATAGCTTCTAAGAATGCAAACTGTCAAATCTTCTTATTTAGTAACCTCTAGCTGTTATGTAATGATTGGAATCAATG TTGTCCCATTTTTGTTAGGAAAATGATCCAACATTGAAAGGAAGGGTAAAGAAGAGTGATGCTCGTGAGATGCAGAGTTT TTATCAGCATTACTACAAAAAATATATTCAAGCTTTGCAAAATGCTGCTGATAAAGCTGATCGGTACATTGTCTGGATAA TGTGTAATATGATAAATATGTTCTGTGCCTGTTGTGTGACTAGAGTGTGTTTGTATTATTACTTTCAGTGCACAGCTTAC CAAGGCATATCAGACTGCTAATGTTCTTTTTGAGGTTTTGAAGGCTGTTAACTTGACACAGTCTATGGAAGTTGACCGTG AGGTAGTTTTTTCCTCACTTCCAAGTTCTCATCTTTCTATTTGGTTTCCTCTTTTTATGTGTACCTTTAACCATATTTGA AATTAGTTGATTATAATAGAGTTCACTTTAAAATTTTGACCTTCACCTGTTACCGACTCATGGTTGGTTTTCTGTTCCCA 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0362200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTCGTCGGAGCCGCAGCCACCGCCGCAGAGGCGGATAACGCGGACGCAGACGACAGGGAACCTCGGAGAGGCGATATT CGACAGTGAGGTTGTGCCTTCCTCTCTCGTCGAGATTGCGCCCATTCTCCGCGTGGCTAATGAGGTTGAGAAGACGCATC CAAGAGTTGCTTATCTCTGTCGGTTCTACGCGTTCGAGAAAGCTCATAAGCTCGACCCGACTTCCAGTGGTCGCGGTGTT CGGCAATTTAAGACCGCGCTTCTTCAACGTCTTGAAAGAGAAAATGATCCAACATTGAAAGGAAGGGTAAAGAAGAGTGA TGCTCGTGAGATGCAGAGTTTTTATCAGCATTACTACAAAAAATATATTCAAGCTTTGCAAAATGCTGCTGATAAAGCTG ATCGTGCACAGCTTACCAAGGCATATCAGACTGCTAATGTTCTTTTTGAGGTTTTGAAGGCTGTTAACTTGACACAGTCT ATGGAAGTTGACCGTGAGATTTTAGAGACTCAAGATAAGGTTGCTGAGAAGACTGAGATCTTAGTTCCTTATAATATTCT TCCTCTTGATCCTGATAGTGCAAACCAGGCAATAATGAGATTTCCTGAGATTCAAGCGGCTGTATTTGCTCTGCGTAACA CTAGAGGCCTTGCTTGGCCTAAGGACTACAAGAAAAAAAAAGATGAAGACATCCTGGATTGGCTTGGGGCAATGTTTGGG TTTCAGAAGCACAATGTGGTAAATCAGAGAGAGCATTTGATCTTACTGCTTGCAAATGTGCACATTAGACAATTTCCCAA GCCGGATCAACAGCCAAAGTTGGATGAACGTGCACTGACAGAAGTGATGAAGAAACTTTTCAAGAATTACAAAAAATGGT GCAAGTATTTGGGTCGGAAGAGTAGCCTTTGGTTGCCAACCATACAACAAGAAGTGCAGCAGCGTAAATTACTATACATG 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GAATACAGGGACCAAGTTGTGATTCTGTTCCAAGACATGCTGGAGGTGGTGACAAGAGATATAATGATGGAGGATCATAT ATTCAGCTTGGTAGATTCTATCCATGGTGGACCTGGGCATGATGGGATGCTTCTTCTTGAGCAACAGCACCAGTTATTTG CATCTGAAGGGGCTATCAGGTTTCCGATTGAACCAGTCACAGAAGCTTGGACGGAGAAGATAAAACGGCTTTACTTGCTG CTTACTACAAAAGAATCAGCAATGGATGTACCATCTAACTTGGAAGCCAAAAGGCGCATTTCTTTTTTCTCAAATTCACT GTTTATGGATATGCCTACAGCACCCAAAGTTCGCAATATGCTTTCATTTTCGGTTTTAACACCATACTACACAGAAGAGG TTCTATTTTCCTTGCGCGAGCTGGAATCACCCAATGAAGATGGTGTTTCAATACTCTTCTACTTGCAGAAGATCTTTCCA GATGAATGGAACAACTTTCTTCAGCGAGTAAATTGTTTGAGTGAGGAGGAACTTAAAGGGAATGAATCTGACGAGTTAGA AGAAGAACTTCGTCAGTGGGCATCATACCGCGGCCAAACTTTGACCCGAACTGTGAGAGGAATGATGTACTACAGAAAAG CTTTGGAGCTCCAGGCTTTTCTTGATATGGCCAAAGATGAAGATTTGATGGAAGGCTACAAAGCCATAGAAAATTCAGAC GATAACTCAAGGGGTGAAAGGTCATTGTGGTCACAATGTCAAGCAGTAGCTGATATGAAATTCTCATATGTGGTGTCATG CCAGCAATATGGGATTGACAAGCGATCTGGCGCTGCTCGTGCACAAGACATACTGAGGCTTATGACAAGATATCCTTCAC TTCGAGTTGCCTATATTGATGAGGTAGAGGAACCTAGCAAAGAGAGGCCGAAAAAAATCAACAAGGTTTATTACTCTTGC TTGGTGAAGGCTGTGCCAAAATCCAGTAGTCCTTCTGAGACAGAGCCTACACAATATTTGGACCAAGTCATATATAAAAT AAAGCTTCCTGGGCCAGCTATATTGGGTGAGGGTAAACCTGAGAATCAGAACCATGCTATTATTTTCACACGTGGAGAAG GCTTGCAAACAATAGATATGAATCAGGATAACTACATGGAAGAAGCTTTAAAAATGAGAAATTTGTTGCAAGAATTTCTG AAGAAGCATGACGGTGTGAGATTCCCCAGTATTCTTGGACTTAGGGAGCATATATTCACTGGAAGTGTTTCTTCTCTTGC ATGGTTTATGTCTAATCAAGAGACAAGTTTTGTGACAATTGGTCAGAGATTGTTGGCTAATCCACTGAGAGTTCGCTTCC ACTATGGTCACCCTGATGTTTTTGATCGGCTTTTTCACCTCACAAGAGGGGGTGTCAGCAAAGCCTCCAAGGTTATAAAC TTGAGCGAAGATATCTTTGCTGGCTTCAACTCTACACTTCGTGAAGGAAATGTTACTCATCATGAGTACATACAAGTTGG GAAAGGGAGAGATGTGGGTCTCAACCAGATTTCTATGTTTGAAGCAAAGATAGCTAATGGCAACGGAGAGCAAACACTGA GTCGAGATGTGTACCGACTTGGGCACCGTTTTGACTTCTTCAGAATGTTGTCCTGTTATTTCACCACAATTGGGTTTTAC TTCAGTACACTTGTAACTGTTCTGACTGTATATGTATTCCTCTATGGTCGCCTTTATCTCGTCCTTAGTGGGCTTGAAGA AGGTTTGAGTACACAAAAAGCCATTCGAGACAATAAGCCTCTTCAAGTGGCTCTTGCCTCTCAGTCCTTTGTTCAAATTG GGTTTTTGATGGCTTTGCCTATGTTGATGGAAATTGGCTTGGAAAGGGGTTTCCGAACTGCACTTAGTGAGTTCATATTA ATGCAGTTGCAGCTTGCACCAGTTTTCTTCACATTTTCACTTGGGACAAAGACTCATTATTATGGTAGGACATTGCTTCA TGGAGGTGCAAAATATAGAGCTACGGGTCGGGGGTTTGTGGTTTTCCATGCTAAATTTGCTGACAACTATAGACTATACT CCCGTAGCCACTTTGTCAAGGGTATTGAGCTCATGGTTTTGCTTATTGTATACCAAATTTTTGGTCATACTTATAGAAGT GGGGTTGCATATCTTTTGATTACAATATCGATGTGGTTTATGGTTGGGACCTGGCTTTATGCTCCCTTCTTGTTCAATCC TTCTGGGTTTGAGTGGCAAAAGATTGTTGATGATTGGACCGATTGGAATAAATGGATTAGCGTCCGAGGTGGTATAGGTG TACCATCTGAAAAAAGTTGGGAATCCTGGTGGGAAGAGGAACAAGAGCATCTCCAATATTCAGGAATGCGCGGAATCATA GCTGAGATATTGTTATCTTTGCGGTTTTTTATCTATCAGTATGGTCTTGTTTATCACTTGAACTTTACGAAAAAAACACA AAAAAGTTTTCTGATCTATGGCATATCATGGTTGGTGATCTTTCTAATACTATTTGTAATGAAGACGGTGTCTGTTGGGA GACGAAAATTCAGTGCAGATTTTCAACTTGTCTTCCGGTTAATCAAGGGAATGATATTCGTGGCTTTTGTCTCGATTCTA GTCACCATGATTGCCCTTCCTCACATGACAATGCAGGACATAATTGTTTGCATTCTTGCGTTCATGCCTACTGGTTGGGG GATGCTACAGATTGCACAAGCATTAAAGCCTCTAGTACGCCGAGCTGGATTTTGGGGATCAGTAAAAACTCTGGCCCGTG GTTATGAGGTTGTGATGGGTTTGCTTTTGTTCACTCCAGTTGCCTTCCTGGCTTGGTTTCCTTTTGTTTCAGAATTTCAG ACCCGCATGCTGTTCAACCAAGCTTTCAGCCGAGGTTTGCAAATTTCTCGTATCCTTGGAGGCCAAAGGAAGGGACGCTC TTCTCGCAACAAGGAATAG 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0362200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSSEPQPPPQRRITRTQTTGNLGEAIFDSEVVPSSLVEIAPILRVANEVEKTHPRVAYLCRFYAFEKAHKLDPTSSGRGV RQFKTALLQRLERENDPTLKGRVKKSDAREMQSFYQHYYKKYIQALQNAADKADRAQLTKAYQTANVLFEVLKAVNLTQS MEVDREILETQDKVAEKTEILVPYNILPLDPDSANQAIMRFPEIQAAVFALRNTRGLAWPKDYKKKKDEDILDWLGAMFG FQKHNVVNQREHLILLLANVHIRQFPKPDQQPKLDERALTEVMKKLFKNYKKWCKYLGRKSSLWLPTIQQEVQQRKLLYM GLYLLIWGEAANIRFMPECLCYIYHHMAFELYGMLAGNVSPMTGENVKPAYGGEEEAFLRKVVTPIYNVIAKEAERSKKG RSKHSEWRNYDDLDEYFWSADCFRLGWPMRADADFFCLPVEQLNFDKSNDNKPANRDKWVGKVNFVEIRSFWHIFRSFDR MWGFFILCLQAMIIVAWNGSGDPGAIFYGDVFKKVLSVFITAAILKLGQAILDVILSWKAQRSMSMHVKLRYILKVVSAA AWVIVLSVTFAYTWDNPPGFAQTIQSWFGSNSSSPSMFIMAVIVYLSPNMLAAVLFLFPLIRRFLERSNYRIVMLMMWWS QPRLYIGRGMHESAFSLFKYTMFWVLLIITKLAFSYYIEIKPLVGPTKAIMSVKISTFQWHEFFPHGTRNNLGVVVALWA PIILVYFMDTQIWYAIFSTLFGGIYGAFRRLGEIRTLGMLRSRFESLPGAFNACLIPEETSEPRKKGFKATLSRRFDQVN IPSNKGKEAARFAQLWNQIITSFREEDLISDREMNLLLVPYWADRELDMIQWPPFLLASKIPIALDMAKDSNGKDRDLKK RIEADSYMSCAVRECYASFKSIVKYLVQGDREKQVIEYIFSEVDNHIEAGDLISEFRLSALPSLYEQFVELIKYLLDNKP EYRDQVVILFQDMLEVVTRDIMMEDHIFSLVDSIHGGPGHDGMLLLEQQHQLFASEGAIRFPIEPVTEAWTEKIKRLYLL LTTKESAMDVPSNLEAKRRISFFSNSLFMDMPTAPKVRNMLSFSVLTPYYTEEVLFSLRELESPNEDGVSILFYLQKIFP DEWNNFLQRVNCLSEEELKGNESDELEEELRQWASYRGQTLTRTVRGMMYYRKALELQAFLDMAKDEDLMEGYKAIENSD DNSRGERSLWSQCQAVADMKFSYVVSCQQYGIDKRSGAARAQDILRLMTRYPSLRVAYIDEVEEPSKERPKKINKVYYSC LVKAVPKSSSPSETEPTQYLDQVIYKIKLPGPAILGEGKPENQNHAIIFTRGEGLQTIDMNQDNYMEEALKMRNLLQEFL KKHDGVRFPSILGLREHIFTGSVSSLAWFMSNQETSFVTIGQRLLANPLRVRFHYGHPDVFDRLFHLTRGGVSKASKVIN LSEDIFAGFNSTLREGNVTHHEYIQVGKGRDVGLNQISMFEAKIANGNGEQTLSRDVYRLGHRFDFFRMLSCYFTTIGFY FSTLVTVLTVYVFLYGRLYLVLSGLEEGLSTQKAIRDNKPLQVALASQSFVQIGFLMALPMLMEIGLERGFRTALSEFIL MQLQLAPVFFTFSLGTKTHYYGRTLLHGGAKYRATGRGFVVFHAKFADNYRLYSRSHFVKGIELMVLLIVYQIFGHTYRS GVAYLLITISMWFMVGTWLYAPFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWISVRGGIGVPSEKSWESWWEEEQEHLQYSGMRGII AEILLSLRFFIYQYGLVYHLNFTKKTQKSFLIYGISWLVIFLILFVMKTVSVGRRKFSADFQLVFRLIKGMIFVAFVSIL VTMIALPHMTMQDIIVCILAFMPTGWGMLQIAQALKPLVRRAGFWGSVKTLARGYEVVMGLLLFTPVAFLAWFPFVSEFQ TRMLFNQAFSRGLQISRILGGQRKGRSSRNKE 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 480 480 -
MobiDBLite 1 20 20 -
PANTHER 6 1948 1943 0.0
PANTHER 6 1948 1943 0.0
Gene3D 24 177 154 3.7E-19
Pfam 39 167 129 4.6E-22
Coils 119 139 21 -
SMART 314 430 117 8.0E-72
Pfam 316 428 113 6.5E-37
Phobius 481 498 18 -
TMHMM 482 501 20 -
Phobius 499 517 19 -
TMHMM 516 538 23 -
Phobius 518 540 23 -
Phobius 541 551 11 -
TMHMM 550 572 23 -
Phobius 552 574 23 -
Phobius 575 593 19 -
Phobius 594 618 25 -
TMHMM 599 621 23 -
Phobius 619 629 11 -
Phobius 630 646 17 -
Phobius 647 657 11 -
TMHMM 656 678 23 -
Phobius 658 678 21 -
Phobius 679 709 31 -
Phobius 710 727 18 -
TMHMM 710 727 18 -
Phobius 728 732 5 -
TMHMM 732 749 18 -
Phobius 733 752 20 -
Phobius 753 1511 759 -
Pfam 1050 1764 715 8.6E-242
Phobius 1512 1534 23 -
TMHMM 1513 1535 23 -
Phobius 1535 1562 28 -
TMHMM 1561 1583 23 -
Phobius 1563 1582 20 -
Phobius 1583 1593 11 -
Phobius 1594 1615 22 -
TMHMM 1598 1615 18 -
Phobius 1616 1656 41 -
TMHMM 1656 1678 23 -
Phobius 1657 1674 18 -
Phobius 1675 1680 6 -
Phobius 1681 1701 21 -
TMHMM 1682 1704 23 -
Phobius 1702 1758 57 -
TMHMM 1758 1780 23 -
Phobius 1759 1778 20 -
Phobius 1779 1789 11 -
Phobius 1790 1807 18 -
TMHMM 1790 1812 23 -
Phobius 1808 1826 19 -
TMHMM 1824 1846 23 -
Phobius 1827 1847 21 -
Phobius 1848 1853 6 -
TMHMM 1851 1873 23 -
Phobius 1854 1875 22 -
Phobius 1876 1894 19 -
TMHMM 1894 1916 23 -
Phobius 1895 1916 22 -
Phobius 1917 1952 36 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component 1,3-beta-D-glucan synthase complex A protein complex that catalyzes the transfer of a glucose group from UDP-glucose to a (1->3)-beta-D-glucan chain.
Molecular function 1,3-beta-D-glucan synthase activity Catalysis of the reaction: UDP-glucose + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n) = UDP + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n+1).
Biological process (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process The chemical reactions and pathways resulting in the formation of (1->3)-beta-D-glucans, compounds composed of glucose residues linked by (1->3)-beta-D-glucosidic bonds.
Cellular component Membrane A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0362200.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…