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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0001400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0001400.3 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Niemann-Pick C1 protein; TAIR: AT4G38350.1 Patched family protein; Swiss-Prot: sp|O35604|NPC1_MOUSE Niemann-Pick C1 protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2RDB9|A0A0B2RDB9_GLYSO Protein DETOXIFICATION; Found in the gene: LotjaGi1g1v0001400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:447128..476997) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCGAACATGGAAAATATGAGCACCGCCATCATCTCTGTTGGTTTTCTATTACAGGTAACTGCATCTCCTTTCCTTTACTT TTCTTGAACATCATCAACTCTCAAACTCAACTGCCATCACCATGTAGGTACTTATACTCTCTTGGTTTTCGCCTTCGCTC ACTGCTGCCCAGATATCTAGGTCAGTGAGAACTGAGAATGAATCGCTAATTAATTAATTTATATTTCTCTTCATTCCTTC ATATTCTCTTTCTGCTGTTTCTGGTTAGGTCTATCCATTCCAATGAATACTGCGCAATGTATGATATATGTGGTCAGCGT AGTGATGGCAAAGTTCTCAATTGCCCGTACCCTTCCCCTTCTGTCAAGGTACTATTACTAAATCTCATTTTTTAATCAAC AAATGCAGTGCCTGTGCTTCTTCACGTTATAGTTCTAACTATAATAAATTCAGCCTCACGACCTCCTATCTGCCAAAATT CAAAGTTTGTGCCCCACCATAACCGGAAATGTTTGCTGCACGGAGGAACAGTTTGACACATTAAGAGTACAGGTTCAGCA GGCAAGTCTCCAATCACTCTTTTCTTTATTTCTCTTTTCTTTCACTAACATATTTATATTTATATCTTGCTGCAGGCCGT ACCAATTCTAGTCGGCTGTCCTGCATGTTTGAGGAACTTTCTAAATCTTTTCTGTGAACTTTCTTGCTCTCCCAATCAGA GTCTCTTCATCAATGTCACTTCCATTTCTCAGGTCACCCATTTCCTTATTGCTAAACTGTATTTGTTTACTTATTGTAAA TCTTCTTAATCTCTTCATTAATATGTTGAAAAGAATGGAACAACTTAATGCTTTTTGTCATGTTTAATAGTATAAAGTAA GTCCATAGTTATCCCAATGTTGGACCTACACTGGAAAATCAAACTTCGATCACAACTTTATAAATTATTTAGCTTTTTTT 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GCAAGTATTGTCTGATTTCACTGTTTTTCTTGGATTTCATTCTTTGATTAGGTTGGTGTAGATAACATGTGTATAATCGT AGATGCTGTGAAACGGCAATCCTCAGATTTACCAATAGAAGAGCAAATAAGCAATGCAATGGGGGAAGTTGGCCCATCCA TAACACTGGCAAGCTTATCAGAGGTTCTGGCATTTGCAGTAGGATCATTCATTTCTATGCCAGCATGCCGTGTATTCTCC ATGATGGCAGGTTGAAGAATTTTCTTCTCTTGTCTTGCTTTTTTGAAACCAAATTAACGTATTTAGAAGTTTCATCTATC CATAAAGGGAAAAAACCCAACAAGTTTGAAATGTGAATTGACTTCTGACTATATTTTCAGCTTTGGCGGTTCTACTGGAC TTCCTTCTACAAGTTACTGCTTTTGTGGCTTTGGTTACATTAGACTTTGTGAGAGCCAAGGATAACAGGATTGACTGCTT TCCATGCTTAAAGTTGAATCACTCTGTGGATCAGGGTGAAGGTATGTGCGAGCTATGGCACTCATGGATATTTGGTTATT CTGTTTGAGATAAAATCCATTCCCAAGCCTGAATTTTAAAGGCTATTCTTTTGGGTAATCGTGTTTTACATGGTATTGGA GCTTCTGTGATCAATTTGTTTTGAATTTGATCATTTACGCCCCCGATTCTTCTTATGCATCTATGACATGCAGCCTCTTG CTTTGTCCACACTTTAAGCCCTATGGGCCTTTACATGAGGGGTTTACTAAAAGATATAAATTATTCTTGCTCCCATAATC TAGTAGGTTTAGCTGTTTAGCTATAGGCTATGAGGATAAGTTGGTTCTTGACATGGTACTAAAGGCTCCATGCCAAGTGG TTACAAATTCAAATCTACCCTCCCCTTTGTTGTCATAGTCAGATCTAATTTCATCACAAGGTATTGTTGTTAGAGTTTTT 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TATATATATATATATATATGGGGAATGCTAACTTACTCCCACTTGTTTTTTAGAAGGAGTAAATTAGCAACCAAACCTTT TTAATTGGACAAAAAACCCATCACTCTCTTATTAAAGCCAACTTAAACTGGAGGGTGGTTATGTAATTTCAGTTTCAGTT TTTAATTAAAAAAACTGAATTTCTCTCTCCTTTGATTTTCGTTCAACTCTCTCCCCTTTTCTCTCTCTTCTTCCCGCAAC TTCTTCTTCCTCCTTCAGACATCACTCACAATTTTTTTTTTCTCATTCTTCTCTTTTTTTGAAAACGCAAGTATGCTATG CTTATCAAGTACCAGGGCTGGAAAGTTAATGTTGGTGGGCGGGGTAAAAATTTCTTCTTTATGATCATTACTTGCAGAAC GTAGTTTGGCGTCATCTGATGATCTGAGTAGTTAATTTCCCATTCTCATGTGATTTTACAATATCCAAGGCACCATTTTC ATGACTGGATGCTGTGGCCAATTGCAAATTTTTTTGTCATATGATATTATGATAATGGTGGGGAGGGAATGAAAAAGAGA AGTGATAATGGAGGAAGAGGGGAACGATTCACTCTATTGAATACAGAGATGGGTTAGGGATTAGGAGGAGAGAGATTGTG TTTTTTTTTTTCAGATTTAAAAAAATTAAAATGCAAATTACTTAAATACCCAAACAAGTTGTGTTCGTTTGAAAATAAAA GAATGGTTTTTTAGTCCAATTAAAAAGGTGTTGGTTGCTAACGTACTCCTTCTAAAAAACAAGTTGGAGTAACTTAGCGT TCCCCTATATATATACATATAAAATTATAATTATATATATATGTATATGTATGTATGTCTGTATGTATGTATGTATCATA TGAGAATGGTAAGAATAAATCGTGACGGTTAGATCTAATCATGAACGGTCAAGATTTAAACATTAAGCCATGACTTTTCT TAAAAGTCACATGATATTTTTAAGTTGTCACATGATCATTAAATAAATTTTAATATATAACCATTCATGATTAGATCTAA TGGTCATGATTTATTCTCACCATTCTCACATTCATAAGATACATCCCTAGATATATATACACACCCACGCACGCGCACAC ACACAATATATATAGAGAGAGAGAGATTAAATGATACTCCCCCCGTTCCTAAATATAAGACCTAGTTTCAAAATTTTGAA GTTCCTAAATATAAAACCTAGTTACAATAATCTAACAAAAGGTTTTGTACTCTTCCATTTTTACCCTCCACATTAATTAT ATGTTTTCAATTCCCAAGTTTTGATGACCACTTACCATTAATTAGTGAGAGAAAATGACAAAGGGTAAATATGGAGGAAT GTATGCATTTTTAAAAAACCAATACACTAATTGAACACATTTAATGTTTTCTTAATAAGCGCAATTTTTTGTATTAGGTC TTATATTTAGGAACGGAGGGAGTAGCATATTCTACTTAACTAAAATCCAAATAATGAGTCCTAATCTGAGCATATAGGTA TGCTTCGAGTATGAGTTTGGACGGTAAATTTGCTACTCAAGCTTGTTTGAGTTCAAGTCTTTTTCTTATTAATAACAGTA TGGAAGACACATACTCTAATACTCTACCTCGACCCTACACATTGTGAATTGATAATCCATATTAAAGAAGACCTTGATGC AATTGGACTGTATATTGGTGAATATGCACATTTACTAGTGATTTTATATCACTCATAACAGGTAAGCTCAGGGGATAGGA GCCTACGAGCAAAGACAGCATTGTGTACCATGGGGGCTTCTGTATTCAGGTTGAGTGTATATATTGTTGCATTTCATGAC AATCATAGCCTTGAACCTGAGTGTAGCACCTATATAACTTACATATAAATAATATGAATGATTGTATATTGTCTAGCTGA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0001400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi1g1v0001400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MESQRQNEVQYSFIQEWLSNFYRAYGRWAARRPTIVLCSSLAIVILLCFGLLRFNVETRPEKLWVGPESKAAEEKEFFDS HLAPFYRIEQLIIATLPESEHGKPPSIVTDDNIELLFEIQEKVDEIRANYSGLLVSLSDICLKPLGEDCATQSILQYFQM DPDNFDNYGGVEHAEYCFQHYTSTETCFSAFKAPLEPTTALGGFSGNNYSEASAFIITYPVNNALTKVGDENGKAIAWEK AFIQLAKEELLPMVQSSNLTLSFSSESSIEEELKRESTADIITILVSYIVMFAYISVTLGDTPPRLSSFYLSSKVLLGLL GVLLVVLSILGSVGLFSALGVKSTLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCIIVDAVKRQSSDLPIEEQISNAMGEVGPSITLASLS EVLAFAVGSFISMPACRVFSMMAALAVLLDFLLQVTAFVALVTLDFVRAKDNRIDCFPCLKLNHSVDQGEGIRQERDGLL TRYMKEVHAPLLGLWGVKILVIVIFAAFTLASIALSTRIEPGLEQQIALPRDSYLQGYFSNISEYLRVGPPLYFVVKDYN YSSESNHTNQLCSISHCDSNSLLNEISRASLIPKSSYIAKPAASWLDDFLVWISPEAFSCCRKFTNSSYCPPDDQPPCCL PDEGPCGLGGVCKDCTTCFRHSDLVNDRPSTAQFRDKLPWFLDALPSADCAKGGHGAYTNSIDMNGYEGGIIQASEFRTY HTPVNRQGDYVNAIRAAREFSSRLSASLKMDIFPYSVFYIFFEQYLDIWKIALINIAIALGAVFVVCLVITSSLWSSAII LLVLVMIILDLLGVMAILGIQLNAVSVVNLIMSIGIAVEFCVHIAHAFMVSSGDRSLRAKTALCTMGASVFSGITLTKLV GVLVLCFSTSEIFVVYYFQMYLALVIIGFLHGLVFLPVSFVVLVLLYR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 33 | 33 | - | – | |
| PANTHER | 2 | 922 | 921 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 922 | 921 | 0.0 | – | |
| TIGRFAM | 5 | 922 | 918 | 0.0 | ||
| TMHMM | 30 | 52 | 23 | - | – | |
| Phobius | 34 | 52 | 19 | - | – | |
| Phobius | 53 | 276 | 224 | - | – | |
| Pfam | 206 | 552 | 347 | 1.4E-50 | ||
| SUPERFAMILY | 238 | 444 | 207 | 2.49E-21 | – | |
| Phobius | 277 | 295 | 19 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 280 | 444 | 165 | 41.521 | ||
| TMHMM | 281 | 300 | 20 | - | – | |
| Phobius | 296 | 314 | 19 | - | – | |
| Phobius | 315 | 338 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 315 | 337 | 23 | - | – | |
| Phobius | 339 | 349 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 344 | 366 | 23 | - | – | |
| Phobius | 350 | 370 | 21 | - | – | |
| Phobius | 371 | 389 | 19 | - | – | |
| Phobius | 390 | 411 | 22 | - | – | |
| Phobius | 412 | 422 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 422 | 444 | 23 | - | – | |
| Phobius | 423 | 444 | 22 | - | – | |
| Phobius | 445 | 491 | 47 | - | – | |
| TMHMM | 491 | 513 | 23 | - | – | |
| Phobius | 492 | 515 | 24 | - | – | |
| Phobius | 516 | 743 | 228 | - | – | |
| Pfam | 707 | 922 | 216 | 1.8E-30 | ||
| SUPERFAMILY | 732 | 923 | 192 | 6.15E-20 | – | |
| Phobius | 744 | 762 | 19 | - | – | |
| Phobius | 763 | 767 | 5 | - | – | |
| Phobius | 768 | 791 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 768 | 790 | 23 | - | – | |
| Phobius | 792 | 797 | 6 | - | – | |
| TMHMM | 797 | 819 | 23 | - | – | |
| Phobius | 798 | 820 | 23 | - | – | |
| Phobius | 821 | 825 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 824 | 846 | 23 | - | – | |
| Phobius | 826 | 850 | 25 | - | – | |
| Phobius | 851 | 861 | 11 | - | – | |
| Phobius | 862 | 895 | 34 | - | – | |
| TMHMM | 867 | 889 | 23 | - | – | |
| Phobius | 896 | 900 | 5 | - | – | |
| Phobius | 901 | 927 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 904 | 926 | 23 | - | – | |
| Phobius | 928 | 928 | 1 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Lipid transporter activity | Enables the directed movement of lipids into, out of or within a cell, or between cells. | ||
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0001400.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…