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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0237900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0237900.1 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH 1; TAIR: AT4G02480.1 AAA-type ATPase family protein; Swiss-Prot: sp|Q5ZK92|SPAST_CHICK Spastin; TrEMBL-Plants: tr|K7KL59|K7KL59_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0237900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:56661786..56682964) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAAAAATTGGTAAAATCATTCATATCTTCTCTCTCATGCGTTCTTTCTCTTTCTCATTTTCTGTGTGTTGTGTTGTGTGT GTCGTTGAAGCCTAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAGAAAGCAACATGGTTTCAACGAGACGCAACAGTGGATCTCTC TCCGCTTCCAGCAGCGCCAAGAGGCCTTCTTCTTCCGAAGACAAGCCTCCTTCTTCTCCATCGTCCAAGCGCTCAAAGGT TCTTTCTTTCTAAATCCACCATTTTTCCTCCAAGATTCGCGTTTCTCATTCCTTCCGATTTTTCCTAGGCTGACAATGGT GCTGCCGCCTCGGACAAACCGATGCCGCCGCCGCCGGACAATTCCAAGGAATTCTCCACTCCTGACCCCCCTGCCGATCC CGGAGAATGCGGCCCCTCCGATGCTCAGATCGCCTCCGCCGCCGCCGCCGTCGCTTCTGATGTCAAGGCCGAGGCCACGC CGCCGATCGCCGACGGTATGCTTCGATTATTGTTATTTATTATAAATATAGTAACAACAAAAAATAATGAAAATCACTTT TTTTTTTTTTACTGTGAAGGTTCTTCACCGACTGTGGTGGCTGATAAGCCTAGGGCTTCGTTCTCTTCGTGGAGCTTATA CCAGAAGCAAAACCCGAATGCCGAGTCTTCAGCTCCATGGTGCAGGCTCTTGTCCCAGTCTGCACAGGTGATTCATTTCT ATATGAATTAATGTCTGACTGATTGTAGTAGTTAGTTGATTTTTGATTGCTCACTCGAAATTTGTTTACTTGGAATTGTT TTTATTGTTAATGCAGAATCCAAATGTTGCTGTTTGCACGCCGAACTTTACTATTGGCTCTAGCAGAAATTGCAACTTTC CTTTGAAGGATCATACTATGAGTGGGAATTTATGCAAGATCAAGCATACCCAGGTACATTTTAGGACTAATGCGGGATTT 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ATATCATATTAGAATTTTGGTTTAGCTTAACTCTACCTGAAAAGCTAGCTTAGGGGTAAGGATTGCTCTACCTTTTCTAT GGGTTTATTTAGCCATAATTATAGTCAATGAGAGACCTTAATAATTGGCATTCCTCATATGTGATTTAGGCGTCTCTACT AGATATGTAGCATATGTTTAAAATTGGCATGAAACCATGAACACAAATGCATGTGATACGTAATTGGTTAACTGATTTTA CATGATTTTTCAGACCTTTGCTTTCCTAACATAGAATTATATTGTTTTTTCCAGTAAAAATCGCGATTACTAAAATTATG CTATAATGTGGTTCACCCGTTGTGAAAATAGTACTCATTTTGATTTGTGTGGTTGTGAATTACCTTTTGCTACAGCCATG CAAGGGTATCCTATTATTTGGTCCACCTGGAACAGGTAAAACAATGCTTGCAAAGGCAATTGCTACTGAGGCCAGTGCAA ATTTCATTAACATTTCCATGTCAAGCATCACATCTAAGGTTAGATTTGCTTCGCTGGGTGTTTTTTAATCCCTCTTCTAC CATTTTGTTTCTCATTTTAACTCTTTTTCTTTTCCTCATTTTGACTTAGTGGTTTGGTGAGGGCGAAAAATATGTGAAAG CTGTTTTCTCACTAGCAAGTAAAATTGCTCCTAGCGTGATATTTGTTGATGAAGTAAGCCTTTTCCCAAGAATGATGTTA GTCTATTAATTCATCAGCTGTAAAATAAATCAGTATAAACTAAAATGGCTTCTTTTATAGGTTGATAGCATGCTTGGCCG AAGGGAAAATCCAGGGGAGCATGAGGCCATGCGAAAGATGAAAAACGAATTCATGGTGAACTGGGATGGATTACGTACGA AAGATACTGAGCGTGTTCTTGTTCTTGCAGCCACTAATAGGCCTTTTGACCTTGATGAGGCTGTCATTAGGAGGCTTCCT CGGAGGTGAATATTAGGAGGCGTTTTGACTTTTGTTTCTTCTTTTGGCTGGTCTCTTTTTTTGAGTGTGTATGTTCGGGG GAGGGGGTTAACGGCACTAGGATATGTTGAAGCTTTAATCTTTGGTCTTCTGCAGATTAATGGTAAATTTGCCGGATGCT CCCAACAGAGAGAAAATATTGAAAGTTATACTGGCAAAAGAGGATTTGTCTTCTGATATTGATATGGGTGCAATAGCAAA TATGACTGATGGATATTCTGGAAGTGATCTTAAGGTTATGGTTGCTCTTTATCCTCTTCCCTATATTTTTTAAAATTAAA GGTTTTGGGTGCCTTCATGCTTGCTCTTCTATTGCAGAATTTGTGTGTAACTGCTGCACACCGTCCAATTAAACAGATAT TGGAAAAGGAAAAAAAGGTATGAGGAATTTGTGTGTAACTCTGCAAAATGATGTTTTATAAGCTTCACGAGGTCATTGTT CCTCACTATAACCATATACTTGGGTATAACATGTTTGATACATGACAGGAACAAGCTGCTGCACTCGCAGAAGGAAGGCC TGCTCCAGCATTAAGTGGGAGTGAAGATATCCGACCTTTAAACATGGAAGACTTTAAACAAGCTCATCAACAGGTATGTG AAACATATATCTCTTACCTCTTCAGCTCTTCAGACCTCCAAAATGAAATTAACTTTATGTCGCCGTATGGGAGCAGGTAT GTGCAAGTGTTTCCTCTGAATCCGTTAATATGACCGAGCTCTTGCAATGGAATGAACTATACGGTGAAGGCGGTTCAAGA GTAAAGAAAGCACTCAGCTATTTCATGTGAGAGTGTCTACTTTGTACAAATGTTTCTCCCATCACCGCCTGTGCCTGAAG CCTGCATGCATATTTGTAGTTTTGCCTGTCTTAGAGGCTTTCAGGGCTTTGCTTGCTGCTGAGCCATTTCGTTTTGTAAA ATGAATTATAGGTTTTTTTTTTATGTTATCCTTTATTACCTGTGGGATGGTGGGTTTTGAAAGGAGTGGAGCCTTAGTGC CCTGGAGAATTTTGGCCAGGCTCTGCTTTTATTTTGTTCCTCATCCCCTGGTCGCTACCATAGATTTGCTTAAAGTTTTT AACATAAAAAGTATCATATTACCCACCCTGTGAAATATTTATTGACATTCCCTAATGGAATTTACTGAAAATAAGCATTT AGATCATGACTATTTTCTGATAGTGCTTGCTTTAGTTGCGAGTTTCTTATGAAGATATATTTGACTTGGAACCGTGCAGT TTTACTACAAATTTTTGTTAAATTATTTTGTATAACGTCTTATATTCAAACATAATGTGATATTTATAAATCATTTGTAG CATTCAGTGGATAGATATAGAGCTTGTGGGTATTGCTAATATTTGGTTTTTAAACACGGGCAGTGTCCCTCTGTTCAGAA AGATTTTTGTTAGCTTTAGAAAGTTAATGTATTTTTTGTTAATTTTTTTTCAATTATACCCTCATTTAATAAATTTTCTT ACCTATCACCTTTTAATTATCCAACCATAACTACTTTCTATCAACTATATTCTTCTCTATCTACGTAGAATTTAATAGTT GCATATGATACTAGTAAAATTAAGGCTTAATTCCAGTTTGGGTCCCCCGTGCTTAAAACGTGCGGTCAAGCTCCCTGACG TTTCTAAAACGTGCGATCGAAGCTCTTTCGTCCATATCCGTCTGGTTCCATCTGTTGACCAAATGGAGCTGCGTCCACGT GTAATAAAACGAGCGAATTTACTCCCTGATCTTTCATCTTTGTGCAATTTGCCCCCCTAATGTTTAAAACGAGCGAATTT ACTCCCTCATGTTTCAATAAAATTTAAAATAAAACAATTTAATTAAAAAACTAAATAATCACCAAGGTCTACCATATACA ACCAACCCCAAACCACCACCTCTTCCTTCTGAACTCACAATCTTCTTCTTCTCCTTTAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0237900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGTTTCAACGAGACGCAACAGTGGATCTCTCTCCGCTTCCAGCAGCGCCAAGAGGCCTTCTTCTTCCGAAGACAAGCC TCCTTCTTCTCCATCGTCCAAGCGCTCAAAGGCTGACAATGGTGCTGCCGCCTCGGACAAACCGATGCCGCCGCCGCCGG ACAATTCCAAGGAATTCTCCACTCCTGACCCCCCTGCCGATCCCGGAGAATGCGGCCCCTCCGATGCTCAGATCGCCTCC GCCGCCGCCGCCGTCGCTTCTGATGTCAAGGCCGAGGCCACGCCGCCGATCGCCGACGGTTCTTCACCGACTGTGGTGGC TGATAAGCCTAGGGCTTCGTTCTCTTCGTGGAGCTTATACCAGAAGCAAAACCCGAATGCCGAGTCTTCAGCTCCATGGT GCAGGCTCTTGTCCCAGTCTGCACAGAATCCAAATGTTGCTGTTTGCACGCCGAACTTTACTATTGGCTCTAGCAGAAAT TGCAACTTTCCTTTGAAGGATCATACTATGAGTGGGAATTTATGCAAGATCAAGCATACCCAGCGTGAGGGAAGTGCTGT GGCTGTGTTAGAAAGTACGGGTAGCAAAGGATCTGTGCTTGTGAATGGGACACTTGTCAAGAAAAACACCAGCTGCATGC TTAACTCGGGTGATGAAGTGGTGTTTGGTTCGATGGGAAATCATTCTTACATTTTTCAGCAAGTAAACTCTGAGGTTGCA GTCAAAGGTGCAGACGTTCAGAGTGGTGTTGGTAAATTTCTGCAGCTTGAAAGGAGAGCCGGAGACCCTTCTGCTGTGGC TGGTGCTTCTATTTTGGCTTCTCTATCTAGCCTCAAACAGGATCTTACAAGATGGAAGTCTCCATCTCAGACCTCCAGTA AACCTCATCAGGGTACTGATGTTTCTAGTCCTTCTGTTCTCCATGATTATACAGAAACTGAGCTTGATGGTCTGGAAGGC AACTCAGCTCCAAATGTAGGGACTGATAAAGCTGCTGATGTTGGAGCAAGCGACAAGAACTCTCCTATGGATTGCGATCC CGATGATGCGGGCACAGAGGCTGGCAATGTATTGGAAGAAAGAAATGGGACGAGGGATGCGCAAGCTGCATCAACTTCCG GGACATCTGTACGCTGTGCAGTTTTTAAGGAAGATGTTCATGCTGCAATACTGGATGGAAGAGAGTTAGACGTGTCCTTT GACAACTTCCCGTACTATTTAAGTGAGAATACAAAAAATGTCCTGATTGCAGCTTGCTTTATACACCTGAAGCATAAAGA ACATGTGAAGTACACCACAGATCTTACAACCATAAACCCTCGTATTCTACTATCTGGACCTGCAGGATCAGACATATATC AGGAGATGTTGGCAAAAGCACTTGCAAAATATTTTGGAGCTAAATTGCTCATATTTGATAGCCATTTACTTTTGGGTGGT TTATCTTCTAAAGAAGCTGAACTGCTCAAAGATGGATTGAATGCTGAGAAACCCTGCAGCTTCTCCAAGCAAAGTCCTAC AGCTACAGACATTGGTAGGAGCATAGATCCATCAGCTAGTGAGACAGATACACCTAGCTCTTCAAATGCACCTACTCCAT GTGGCCTTGAATCTCAGCCTAAGTTGGAAACTGATAATGCACCGTCTACCTCCGGGACCACTAAAACTGGCTTTAAACTA GGTGATAGGGTAAAATATAGCTGTTCATCTTCTGGTGTCTTGTATCAGACATCTTCTCCAAGGGGTCCACCTAATGGAAG TCGGGGGAAGGTTGTCTTGCTTTTTGATGATAATCCATTGTCAAAAGTTGGTGTAAGATTTGACAAACCTATACCTGATG GAGTTGATCTTGGAGGTGCCTGTGAGGGAGGGCAAGGATATTTCTGCAATGTCATTGATCTTCGGTTGGAAAACAGTGGC GTTGAAGAGCTGGACAAAATACTTATTAATACTCTGTTTGAGGTTGTGTTGAGTGAGAGCAGAAATGCACCTTTCATTTT GTTCATGAAAGATGCAGAGAAGTCTATAGTAGGAAATGGAGATCCCTATTCATTTAAAAGTAAGCTTGAAAAGCTTCCAG ACAATGTCGTGGTAATAGGTTCACACACTCAAAGTGACAGTCGAAAGGAAAAGTCACATCCTGGGGGTTTGCTTTTTACG AAGTTTGGTAGCAATCAGACTGCCCTTCTTGACTTGGCTTTCCCCGATAGTTTCGGCAGATTGCATGATAGGGGGAAGGA TGTCCCAAAGCCAAACAAGACTTTGACTAAGCTTTTCCCAAATAAAGTAACAATTCACATGCCTCAGGATGAGACGCTTT TAGCATCTTGGAAGGATCAACTCGACCGTGATGTCGAGACTCTAAAGATCAAAGGAAATTTGCACCATTTGCGCACGGTT TTGAGCCGTTGTGGGATGGAGTGTGAAGGACTTGATACATTGTGTATTAAGGATCAGACAGTTACAAATGAAAATGCAGA GAAGATAGTTGGTTGGGCTTTAAGCCACCATCTCATGCATAATTCTGAAGTTGATCCTGATGCGAAGCTAATGTTGTCAT GTGAGAGTATCGAGTATGGACTTGGGATCTTACAATCTATCCAGAATGAGTCAAAGAGCCTGAAGAAGTCTCTTAAGGAT GTTGTAACAGAGAATGAGTTTGAAAAGAGGCTTTTGGCTGATGTAATTCCACCTAGCGATATTGGTGTTACTTTTGATGA TATTGGAGCTCTTGAAAATGTCAAGAACACATTGAAGGAGTTGGTGATGCTTCCTTTGCAGAGACCTGAGCTTTTTTGCA AAGGGCAATTAACAAAGCCATGCAAGGGTATCCTATTATTTGGTCCACCTGGAACAGGTAAAACAATGCTTGCAAAGGCA ATTGCTACTGAGGCCAGTGCAAATTTCATTAACATTTCCATGTCAAGCATCACATCTAAGTGGTTTGGTGAGGGCGAAAA ATATGTGAAAGCTGTTTTCTCACTAGCAAGTAAAATTGCTCCTAGCGTGATATTTGTTGATGAAGTTGATAGCATGCTTG GCCGAAGGGAAAATCCAGGGGAGCATGAGGCCATGCGAAAGATGAAAAACGAATTCATGGTGAACTGGGATGGATTACGT ACGAAAGATACTGAGCGTGTTCTTGTTCTTGCAGCCACTAATAGGCCTTTTGACCTTGATGAGGCTGTCATTAGGAGGCT TCCTCGGAGATTAATGGTAAATTTGCCGGATGCTCCCAACAGAGAGAAAATATTGAAAGTTATACTGGCAAAAGAGGATT TGTCTTCTGATATTGATATGGGTGCAATAGCAAATATGACTGATGGATATTCTGGAAGTGATCTTAAGAATTTGTGTGTA ACTGCTGCACACCGTCCAATTAAACAGATATTGGAAAAGGAAAAAAAGGAACAAGCTGCTGCACTCGCAGAAGGAAGGCC TGCTCCAGCATTAAGTGGGAGTGAAGATATCCGACCTTTAAACATGGAAGACTTTAAACAAGCTCATCAACAGGTATGTG CAAGTGTTTCCTCTGAATCCGTTAATATGACCGAGCTCTTGCAATGGAATGAACTATACGGTGAAGGCGGTTCAAGAGTA AAGAAAGCACTCAGCTATTTCATGTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0237900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MVSTRRNSGSLSASSSAKRPSSSEDKPPSSPSSKRSKADNGAAASDKPMPPPPDNSKEFSTPDPPADPGECGPSDAQIAS AAAAVASDVKAEATPPIADGSSPTVVADKPRASFSSWSLYQKQNPNAESSAPWCRLLSQSAQNPNVAVCTPNFTIGSSRN CNFPLKDHTMSGNLCKIKHTQREGSAVAVLESTGSKGSVLVNGTLVKKNTSCMLNSGDEVVFGSMGNHSYIFQQVNSEVA VKGADVQSGVGKFLQLERRAGDPSAVAGASILASLSSLKQDLTRWKSPSQTSSKPHQGTDVSSPSVLHDYTETELDGLEG NSAPNVGTDKAADVGASDKNSPMDCDPDDAGTEAGNVLEERNGTRDAQAASTSGTSVRCAVFKEDVHAAILDGRELDVSF DNFPYYLSENTKNVLIAACFIHLKHKEHVKYTTDLTTINPRILLSGPAGSDIYQEMLAKALAKYFGAKLLIFDSHLLLGG LSSKEAELLKDGLNAEKPCSFSKQSPTATDIGRSIDPSASETDTPSSSNAPTPCGLESQPKLETDNAPSTSGTTKTGFKL GDRVKYSCSSSGVLYQTSSPRGPPNGSRGKVVLLFDDNPLSKVGVRFDKPIPDGVDLGGACEGGQGYFCNVIDLRLENSG VEELDKILINTLFEVVLSESRNAPFILFMKDAEKSIVGNGDPYSFKSKLEKLPDNVVVIGSHTQSDSRKEKSHPGGLLFT KFGSNQTALLDLAFPDSFGRLHDRGKDVPKPNKTLTKLFPNKVTIHMPQDETLLASWKDQLDRDVETLKIKGNLHHLRTV LSRCGMECEGLDTLCIKDQTVTNENAEKIVGWALSHHLMHNSEVDPDAKLMLSCESIEYGLGILQSIQNESKSLKKSLKD VVTENEFEKRLLADVIPPSDIGVTFDDIGALENVKNTLKELVMLPLQRPELFCKGQLTKPCKGILLFGPPGTGKTMLAKA IATEASANFINISMSSITSKWFGEGEKYVKAVFSLASKIAPSVIFVDEVDSMLGRRENPGEHEAMRKMKNEFMVNWDGLR TKDTERVLVLAATNRPFDLDEAVIRRLPRRLMVNLPDAPNREKILKVILAKEDLSSDIDMGAIANMTDGYSGSDLKNLCV TAAHRPIKQILEKEKKEQAAALAEGRPAPALSGSEDIRPLNMEDFKQAHQQVCASVSSESVNMTELLQWNELYGEGGSRV KKALSYFM
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 83 | 83 | - | – | |
| SignalP_GRAM_POSITIVE | 1 | 23 | 23 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 39 | 39 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 1208 | 1208 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1208 | 1208 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 115 | 232 | 118 | 5.39E-13 | ||
| Gene3D | 132 | 241 | 110 | 1.2E-16 | – | |
| CDD | 153 | 233 | 81 | 1.21123E-7 | ||
| Pfam | 154 | 223 | 70 | 3.2E-7 | ||
| MobiDBLite | 283 | 309 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 283 | 355 | 73 | - | – | |
| MobiDBLite | 499 | 535 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 499 | 558 | 60 | - | – | |
| MobiDBLite | 542 | 557 | 16 | - | – | |
| Coils | 864 | 884 | 21 | - | – | |
| Gene3D | 902 | 1185 | 284 | 7.0E-98 | – | |
| SUPERFAMILY | 903 | 1185 | 283 | 2.26E-59 | ||
| SMART | 940 | 1077 | 138 | 4.6E-19 | ||
| CDD | 942 | 1075 | 134 | 2.89048E-25 | – | |
| Pfam | 944 | 1073 | 130 | 4.4E-36 | ||
| ProSitePatterns | 1047 | 1066 | 20 | - | ||
| Gene3D | 1076 | 1172 | 97 | 7.0E-98 | – | |
| Pfam | 1097 | 1133 | 37 | 6.8E-9 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0237900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…