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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0237900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0237900.2 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH 1; TAIR: AT4G02480.1 AAA-type ATPase family protein; Swiss-Prot: sp|Q5ZK92|SPAST_CHICK Spastin; TrEMBL-Plants: tr|K7KL59|K7KL59_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0237900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:56662069..56681815) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCTCATTCCTTCCGATTTTTCCTAGGCTGACAATGGTGCTGCCGCCTCGGACAAACCGATGCCGCCGCCGCCGGACAATT CCAAGGAATTCTCCACTCCTGACCCCCCTGCCGATCCCGGAGAATGCGGCCCCTCCGATGCTCAGATCGCCTCCGCCGCC GCCGCCGTCGCTTCTGATGTCAAGGCCGAGGCCACGCCGCCGATCGCCGACGGTATGCTTCGATTATTGTTATTTATTAT AAATATAGTAACAACAAAAAATAATGAAAATCACTTTTTTTTTTTTTACTGTGAAGGTTCTTCACCGACTGTGGTGGCTG ATAAGCCTAGGGCTTCGTTCTCTTCGTGGAGCTTATACCAGAAGCAAAACCCGAATGCCGAGTCTTCAGCTCCATGGTGC AGGCTCTTGTCCCAGTCTGCACAGGTGATTCATTTCTATATGAATTAATGTCTGACTGATTGTAGTAGTTAGTTGATTTT TGATTGCTCACTCGAAATTTGTTTACTTGGAATTGTTTTTATTGTTAATGCAGAATCCAAATGTTGCTGTTTGCACGCCG AACTTTACTATTGGCTCTAGCAGAAATTGCAACTTTCCTTTGAAGGATCATACTATGAGTGGGAATTTATGCAAGATCAA GCATACCCAGGTACATTTTAGGACTAATGCGGGATTTTGCGGTCGGGATTTCGATAGTTAGTGAATATGCGGGCAGGGTA TCAGGGCAGGGTATGGTTAGGCTTTTCCAAGCACACACCTTGGCACTTGCTAATGGATGGTTTTTTCTGGTTACTGCTTG ACATGTGTTTGTAGACCATTAGATGCTTGTCCGGAGGTGTGTGCTTGGTTGCCTTCTTTCCTTTTTTTTAGTTTTCAGTT GTTTGGGGTGAATATCTTAGGATATGTATGTGCAGTATGATTACTGTTGTTTCTCGAAATGATCAGCGTGAGGGAAGTGC 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CTGAGCTTTTTTGCAAAGGGCAATTAACAAAGGTTTAACATATTGAAATAAACTCTATTTAACTTGCAGTCCTCTTTGTG TCTTTTGATAGTTGAAGTTAGATCCCGTCATCATTGGCTTTTCCTTTCCATTCTCTTTACTAGTTTTTAATTTGCTTATA GGCTGATTTTATTTATGTTGCTTTTGAATTTTTGATGCTCTGCTCCATTCCCCACCTGAATAGAGAAGGGGAAAAGTACA TGAATAAGCTGATACTTGTTATATATCTCTTTTTATTTGTAGCCTTTAGATATGAGAAGGAATACTAGCAACACACTTCT TACACACACTATAATACATTTTCTACTAGCGGTTCATTTTCTTAAAAGTCAGTTTAGTTGACTGATAAATAGACCAGTTT AAAGAGTGTGTTGACTTTTTAGATGATGGACCAATAATAAAAAATGGGTTAAATTGAGTGTTACTGGCTATTAGAATTTG GAATAAGCCTAACTTCCCGTTAAGCTAAGTTAAGGGTGAGATTGCCCATTTAGCCATATTTGTAGTCTATGTGAGACCTT AATACCCCTCATTTTCACGCCAGGGTTGAACATCTAGAACGTGAAGTTTGCAGGACTGGATATCTGTGGGTGGTCCATTT ATGAGCAGCCCTATAAATGGATCTAGGATAGGTTGTGATATCATATTAGAATTTTGGTTTAGCTTAACTCTACCTGAAAA GCTAGCTTAGGGGTAAGGATTGCTCTACCTTTTCTATGGGTTTATTTAGCCATAATTATAGTCAATGAGAGACCTTAATA ATTGGCATTCCTCATATGTGATTTAGGCGTCTCTACTAGATATGTAGCATATGTTTAAAATTGGCATGAAACCATGAACA CAAATGCATGTGATACGTAATTGGTTAACTGATTTTACATGATTTTTCAGACCTTTGCTTTCCTAACATAGAATTATATT GTTTTTTCCAGTAAAAATCGCGATTACTAAAATTATGCTATAATGTGGTTCACCCGTTGTGAAAATAGTACTCATTTTGA TTTGTGTGGTTGTGAATTACCTTTTGCTACAGCCATGCAAGGGTATCCTATTATTTGGTCCACCTGGAACAGGTAAAACA ATGCTTGCAAAGGCAATTGCTACTGAGGCCAGTGCAAATTTCATTAACATTTCCATGTCAAGCATCACATCTAAGGTTAG ATTTGCTTCGCTGGGTGTTTTTTAATCCCTCTTCTACCATTTTGTTTCTCATTTTAACTCTTTTTCTTTTCCTCATTTTG ACTTAGTGGTTTGGTGAGGGCGAAAAATATGTGAAAGCTGTTTTCTCACTAGCAAGTAAAATTGCTCCTAGCGTGATATT TGTTGATGAAGTAAGCCTTTTCCCAAGAATGATGTTAGTCTATTAATTCATCAGCTGTAAAATAAATCAGTATAAACTAA AATGGCTTCTTTTATAGGTTGATAGCATGCTTGGCCGAAGGGAAAATCCAGGGGAGCATGAGGCCATGCGAAAGATGAAA AACGAATTCATGGTGAACTGGGATGGATTACGTACGAAAGATACTGAGCGTGTTCTTGTTCTTGCAGCCACTAATAGGCC TTTTGACCTTGATGAGGCTGTCATTAGGAGGCTTCCTCGGAGGTGAATATTAGGAGGCGTTTTGACTTTTGTTTCTTCTT TTGGCTGGTCTCTTTTTTTGAGTGTGTATGTTCGGGGGAGGGGGTTAACGGCACTAGGATATGTTGAAGCTTTAATCTTT GGTCTTCTGCAGATTAATGGTAAATTTGCCGGATGCTCCCAACAGAGAGAAAATATTGAAAGTTATACTGGCAAAAGAGG ATTTGTCTTCTGATATTGATATGGGTGCAATAGCAAATATGACTGATGGATATTCTGGAAGTGATCTTAAGGTTATGGTT GCTCTTTATCCTCTTCCCTATATTTTTTAAAATTAAAGGTTTTGGGTGCCTTCATGCTTGCTCTTCTATTGCAGAATTTG TGTGTAACTGCTGCACACCGTCCAATTAAACAGATATTGGAAAAGGAAAAAAAGGTATGAGGAATTTGTGTGTAACTCTG CAAAATGATGTTTTATAAGCTTCACGAGGTCATTGTTCCTCACTATAACCATATACTTGGGTATAACATGTTTGATACAT GACAGGAACAAGCTGCTGCACTCGCAGAAGGAAGGCCTGCTCCAGCATTAAGTGGGAGTGAAGATATCCGACCTTTAAAC ATGGAAGACTTTAAACAAGCTCATCAACAGGTATGTGAAACATATATCTCTTACCTCTTCAGCTCTTCAGACCTCCAAAA TGAAATTAACTTTATGTCGCCGTATGGGAGCAGGTATGTGCAAGTGTTTCCTCTGAATCCGTTAATATGACCGAGCTCTT GCAATGGAATGAACTATACGGTGAAGGCGGTTCAAGAGTAAAGAAAGCACTCAGCTATTTCATGTGA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0237900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCCGCCGCCGCCGGACAATTCCAAGGAATTCTCCACTCCTGACCCCCCTGCCGATCCCGGAGAATGCGGCCCCTCCGA TGCTCAGATCGCCTCCGCCGCCGCCGCCGTCGCTTCTGATGTCAAGGCCGAGGCCACGCCGCCGATCGCCGACGGTTCTT CACCGACTGTGGTGGCTGATAAGCCTAGGGCTTCGTTCTCTTCGTGGAGCTTATACCAGAAGCAAAACCCGAATGCCGAG TCTTCAGCTCCATGGTGCAGGCTCTTGTCCCAGTCTGCACAGAATCCAAATGTTGCTGTTTGCACGCCGAACTTTACTAT TGGCTCTAGCAGAAATTGCAACTTTCCTTTGAAGGATCATACTATGAGTGGGAATTTATGCAAGATCAAGCATACCCAGC GTGAGGGAAGTGCTGTGGCTGTGTTAGAAAGTACGGGTAGCAAAGGATCTGTGCTTGTGAATGGGACACTTGTCAAGAAA AACACCAGCTGCATGCTTAACTCGGGTGATGAAGTGGTGTTTGGTTCGATGGGAAATCATTCTTACATTTTTCAGCAAGT AAACTCTGAGGTTGCAGTCAAAGGTGCAGACGTTCAGAGTGGTGTTGGTAAATTTCTGCAGCTTGAAAGGAGAGCCGGAG ACCCTTCTGCTGTGGCTGGTGCTTCTATTTTGGCTTCTCTATCTAGCCTCAAACAGGATCTTACAAGATGGAAGTCTCCA TCTCAGACCTCCAGTAAACCTCATCAGGGTACTGATGTTTCTAGTCCTTCTGTTCTCCATGATTATACAGAAACTGAGCT TGATGGTCTGGAAGGCAACTCAGCTCCAAATGTAGGGACTGATAAAGCTGCTGATGTTGGAGCAAGCGACAAGAACTCTC CTATGGATTGCGATCCCGATGATGCGGGCACAGAGGCTGGCAATGTAAACCTCTCTGGGGTATTGGAAGAAAGAAATGGG ACGAGGGATGCGCAAGCTGCATCAACTTCCGGGACATCTGTACGCTGTGCAGTTTTTAAGGAAGATGTTCATGCTGCAAT ACTGGATGGAAGAGAGTTAGACGTGTCCTTTGACAACTTCCCGTACTATTTAAGTGAGAATACAAAAAATGTCCTGATTG CAGCTTGCTTTATACACCTGAAGCATAAAGAACATGTGAAGTACACCACAGATCTTACAACCATAAACCCTCGTATTCTA CTATCTGGACCTGCAGGATCAGACATATATCAGGAGATGTTGGCAAAAGCACTTGCAAAATATTTTGGAGCTAAATTGCT CATATTTGATAGCCATTTACTTTTGGGTGGTTTATCTTCTAAAGAAGCTGAACTGCTCAAAGATGGATTGAATGCTGAGA AACCCTGCAGCTTCTCCAAGCAAAGTCCTACAGCTACAGACATTGGTAGGAGCATAGATCCATCAGCTAGTGAGACAGAT ACACCTAGCTCTTCAAATGCACCTACTCCATGTGGCCTTGAATCTCAGCCTAAGTTGGAAACTGATAATGCACCGTCTAC CTCCGGGACCACTAAAACTGGCTTTAAACTAGGTGATAGGGTAAAATATAGCTGTTCATCTTCTGGTGTCTTGTATCAGA CATCTTCTCCAAGGGGTCCACCTAATGGAAGTCGGGGGAAGGTTGTCTTGCTTTTTGATGATAATCCATTGTCAAAAGTT GGTGTAAGATTTGACAAACCTATACCTGATGGAGTTGATCTTGGAGGTGCCTGTGAGGGAGGGCAAGGATATTTCTGCAA TGTCATTGATCTTCGGTTGGAAAACAGTGGCGTTGAAGAGCTGGACAAAATACTTATTAATACTCTGTTTGAGGTTGTGT TGAGTGAGAGCAGAAATGCACCTTTCATTTTGTTCATGAAAGATGCAGAGAAGTCTATAGTAGGAAATGGAGATCCCTAT TCATTTAAAAGTAAGCTTGAAAAGCTTCCAGACAATGTCGTGGTAATAGGTTCACACACTCAAAGTGACAGTCGAAAGGA AAAGTCACATCCTGGGGGTTTGCTTTTTACGAAGTTTGGTAGCAATCAGACTGCCCTTCTTGACTTGGCTTTCCCCGATA GTTTCGGCAGATTGCATGATAGGGGGAAGGATGTCCCAAAGCCAAACAAGACTTTGACTAAGCTTTTCCCAAATAAAGTA ACAATTCACATGCCTCAGGATGAGACGCTTTTAGCATCTTGGAAGGATCAACTCGACCGTGATGTCGAGACTCTAAAGAT CAAAGGAAATTTGCACCATTTGCGCACGGTTTTGAGCCGTTGTGGGATGGAGTGTGAAGGACTTGATACATTGTGTATTA AGGATCAGACAGTTACAAATGAAAATGCAGAGAAGATAGTTGGTTGGGCTTTAAGCCACCATCTCATGCATAATTCTGAA GTTGATCCTGATGCGAAGCTAATGTTGTCATGTGAGAGTATCGAGTATGGACTTGGGATCTTACAATCTATCCAGAATGA GTCAAAGAGCCTGAAGAAGTCTCTTAAGGATGTTGTAACAGAGAATGAGTTTGAAAAGAGGCTTTTGGCTGATGTAATTC CACCTAGCGATATTGGTGTTACTTTTGATGATATTGGAGCTCTTGAAAATGTCAAGAACACATTGAAGGAGTTGGTGATG CTTCCTTTGCAGAGACCTGAGCTTTTTTGCAAAGGGCAATTAACAAAGCCATGCAAGGGTATCCTATTATTTGGTCCACC TGGAACAGGTAAAACAATGCTTGCAAAGGCAATTGCTACTGAGGCCAGTGCAAATTTCATTAACATTTCCATGTCAAGCA TCACATCTAAGTGGTTTGGTGAGGGCGAAAAATATGTGAAAGCTGTTTTCTCACTAGCAAGTAAAATTGCTCCTAGCGTG ATATTTGTTGATGAAGTTGATAGCATGCTTGGCCGAAGGGAAAATCCAGGGGAGCATGAGGCCATGCGAAAGATGAAAAA CGAATTCATGGTGAACTGGGATGGATTACGTACGAAAGATACTGAGCGTGTTCTTGTTCTTGCAGCCACTAATAGGCCTT TTGACCTTGATGAGGCTGTCATTAGGAGGCTTCCTCGGAGATTAATGGTAAATTTGCCGGATGCTCCCAACAGAGAGAAA ATATTGAAAGTTATACTGGCAAAAGAGGATTTGTCTTCTGATATTGATATGGGTGCAATAGCAAATATGACTGATGGATA TTCTGGAAGTGATCTTAAGAATTTGTGTGTAACTGCTGCACACCGTCCAATTAAACAGATATTGGAAAAGGAAAAAAAGG AACAAGCTGCTGCACTCGCAGAAGGAAGGCCTGCTCCAGCATTAAGTGGGAGTGAAGATATCCGACCTTTAAACATGGAA GACTTTAAACAAGCTCATCAACAGGTATGTGCAAGTGTTTCCTCTGAATCCGTTAATATGACCGAGCTCTTGCAATGGAA TGAACTATACGGTGAAGGCGGTTCAAGAGTAAAGAAAGCACTCAGCTATTTCATGTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0237900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MPPPPDNSKEFSTPDPPADPGECGPSDAQIASAAAAVASDVKAEATPPIADGSSPTVVADKPRASFSSWSLYQKQNPNAE SSAPWCRLLSQSAQNPNVAVCTPNFTIGSSRNCNFPLKDHTMSGNLCKIKHTQREGSAVAVLESTGSKGSVLVNGTLVKK NTSCMLNSGDEVVFGSMGNHSYIFQQVNSEVAVKGADVQSGVGKFLQLERRAGDPSAVAGASILASLSSLKQDLTRWKSP SQTSSKPHQGTDVSSPSVLHDYTETELDGLEGNSAPNVGTDKAADVGASDKNSPMDCDPDDAGTEAGNVNLSGVLEERNG TRDAQAASTSGTSVRCAVFKEDVHAAILDGRELDVSFDNFPYYLSENTKNVLIAACFIHLKHKEHVKYTTDLTTINPRIL LSGPAGSDIYQEMLAKALAKYFGAKLLIFDSHLLLGGLSSKEAELLKDGLNAEKPCSFSKQSPTATDIGRSIDPSASETD TPSSSNAPTPCGLESQPKLETDNAPSTSGTTKTGFKLGDRVKYSCSSSGVLYQTSSPRGPPNGSRGKVVLLFDDNPLSKV GVRFDKPIPDGVDLGGACEGGQGYFCNVIDLRLENSGVEELDKILINTLFEVVLSESRNAPFILFMKDAEKSIVGNGDPY SFKSKLEKLPDNVVVIGSHTQSDSRKEKSHPGGLLFTKFGSNQTALLDLAFPDSFGRLHDRGKDVPKPNKTLTKLFPNKV TIHMPQDETLLASWKDQLDRDVETLKIKGNLHHLRTVLSRCGMECEGLDTLCIKDQTVTNENAEKIVGWALSHHLMHNSE VDPDAKLMLSCESIEYGLGILQSIQNESKSLKKSLKDVVTENEFEKRLLADVIPPSDIGVTFDDIGALENVKNTLKELVM LPLQRPELFCKGQLTKPCKGILLFGPPGTGKTMLAKAIATEASANFINISMSSITSKWFGEGEKYVKAVFSLASKIAPSV IFVDEVDSMLGRRENPGEHEAMRKMKNEFMVNWDGLRTKDTERVLVLAATNRPFDLDEAVIRRLPRRLMVNLPDAPNREK ILKVILAKEDLSSDIDMGAIANMTDGYSGSDLKNLCVTAAHRPIKQILEKEKKEQAAALAEGRPAPALSGSEDIRPLNME DFKQAHQQVCASVSSESVNMTELLQWNELYGEGGSRVKKALSYFM
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 57 | 57 | - | – | |
| PANTHER | 54 | 1165 | 1112 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 54 | 1165 | 1112 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 67 | 184 | 118 | 4.97E-13 | ||
| Gene3D | 84 | 193 | 110 | 1.2E-16 | – | |
| CDD | 105 | 185 | 81 | 1.16631E-7 | ||
| Pfam | 106 | 175 | 70 | 3.0E-7 | ||
| MobiDBLite | 235 | 261 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 235 | 307 | 73 | - | – | |
| MobiDBLite | 456 | 515 | 60 | - | – | |
| MobiDBLite | 456 | 492 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 499 | 514 | 16 | - | – | |
| Coils | 821 | 841 | 21 | - | – | |
| Gene3D | 859 | 1142 | 284 | 6.6E-98 | – | |
| SUPERFAMILY | 860 | 1142 | 283 | 2.08E-59 | ||
| SMART | 897 | 1034 | 138 | 4.6E-19 | ||
| CDD | 899 | 1032 | 134 | 2.77929E-25 | – | |
| Pfam | 901 | 1030 | 130 | 4.2E-36 | ||
| ProSitePatterns | 1004 | 1023 | 20 | - | ||
| Gene3D | 1033 | 1129 | 97 | 6.6E-98 | – | |
| Pfam | 1054 | 1090 | 37 | 6.5E-9 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0237900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…