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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0255900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0255900.4 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3; TAIR: AT2G01730.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit-II; Swiss-Prot: sp|Q8GUU3|CPS3B_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VR63|A0A072VR63_MEDTR Cleavage and polyadenylation specificity factor, putative; Found in the gene: LotjaGi1g1v0255900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:61748184..61766495) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGACTATCGAAACTCTAGTTCTTGGTACTTTTCTTGTTTCATTGTATTGCTTATGTCTGTGTTGTGCAATGAGAGTGTT TGAATCTCAGTTTTTTGGGTGAATGTGTTGTTAGGTGCTGGTCAAGAGGTAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGACCATCAA CGGAAAGCGAATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCACTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTCTCATCT CCTCTCAAGCCCATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTGTACTATCATCATCATCTTTTCATTTTT TTTTCAATTTTTTTTTGCATTAACATTTCCTTGTTGTTTGTGAAATTTTATATGGGGGGCAGTCACTTGGACCATGTTGG AGCATTGGCTTACTTCACCGAAGTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTACATGACGGTACGTGTTTGATGAAATGCTTGCC TCAATAACACATGTTTGTTGATGTTTGCTAAGTTCCAATAGAATTTTGACTTTTAAGATAGGAACAAAAAAATAGGCAAG CATGTTTTAGTTTTTGTTTGCTTTCTTGTTTGCACATGCATATAATCATGTTGTAATCATATTCACAAAACTACTGGCTG TTGTTGTACTGAGTATCGAGCGTTCCAATATGTAGTCCCTGGCTTATATTGCATATACTCATGTTCTGATTTTGTTGACT TTTATTTTAAGCAGTACCCAACTAAAGCTCTAGCTCCTTTGATGTTGGAAGACTATCGGAAGGTAATGGTTGATCGTCGG GGTGAGGAAGAGCTATTCACTTCAGAAAATATTGCAGAGTGCATGAAGAAAGGTAATTTAGTATGATACTCTTTGTCCAC TAATGCTGGTGAGACAACTCTTGCTTTTGGTTTAGGCATGTCATTAGGAAGTGTTCCTTTTGGGTTTGAGAGACATTACT 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ACAAAAAAGGCAAAGATTGTTCACCAGGATGAACTTCTGCTCATGTTAGGTGAAAAGAAGCAAGGGGTTTAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0255900.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGACTATCGAAACTCTAGTTCTTGGTGCTGGTCAAGAGGTAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGACCATCAACGGAAAGCG AATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCACTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTCTCATCTCCTCTCAAG CCCATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTTCACTTGGACCATGTTGGAGCATTGGCTTACTTCACC GAAGTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTACATGACGTACCCAACTAAAGCTCTAGCTCCTTTGATGTTGGAAGACTATCG GAAGGTAATGGTTGATCGTCGGGGTGAGGAAGAGCTATTCACTTCAGAAAATATTGCAGAGTGCATGAAGAAAGTTATTG CTATAGATCTGAGGCAGACTGTGCAAGTAGATGAAGACCTGCAGATACGTGCATATTATGCAGGACATGTTATTGGAGCT GCAATGTTCTATGCAAAAGTTGGAGATGCAGAAATGGTTTATACAGGAGACTACAATATGACAGCAGATAGACACCTCGG AGCAGCTCAAATCGATAGATTACGGCTTGACCTTCTTATAACTGAATCCACGTATGCGACTACAATACGTGATTCAAAAT ATGCTCGTGAGAGGGAATTCCTCAAAGCCGTTCATAAATGTGTTTCTGGTGGAGGAAAGGTGCTTATTCCAACATTTGCT CTCGGTAGAGCTCAGGAATTATGCATTTTGTTGGATGACTACTGGGAGCGCATGAATTTGAAGGTTCCTATCTATTTCTC AGCAGGTTTAACTATTCAAGCTAATATGTATTACAAGATGCTTATTAGTTGGACAAGCCAGAAGATTAAAGATACATACT CTACACATAATGCATTTGATTTTAAGAATGTTCACCATTTTGAAAGGTCTATGATAAATGCTCCTGGTCCTTGTGTTCTC TTTGCCACTCCTGGGATGATAAGTGGTGGATTTTCACTTGAAGTTTTTAAGCACTGGGCACCGTCAGAAAATAACCTTAT CACTTTGCCTGGGTATTGTGTAGCTGGGACAGTAGGACATAGATTAATGTCAGGTAAGGCCACCAAAGTTGATGTGGATC CTGATACACAAATAGACGTGCGTTGCCAGATTCATCAATTGGCTTTTAGTCCTCACACAGATTCTAAAGGAATAATGGAT CTTGTAAAATTTCTCTCCCCAAAACATGTTATATTAGTGCATGGTGAGAAGCCTAAAATGGCTTTGCTTAAAGAGAAAAT TCATTCTGAGTTGGGGATTCCGTGTCATGATCCTGCAAATCATGAAACCATATGCATTTCCTCCACTCCCTACGTAAAGA CAGAAGCCTCTCGCACTTTCATTCAAAACTGCTTGAACCCGAACTTCAAATTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGACGAATGT GACTCTACTTTGACAGAAAAAAACTTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAGATGAAAGAGTAGCAGAAGGAGTTCTGGTTAT GGAGAAAACAAAAAAGGCAAAGATTGTTCACCAGGATGAACTTCTGCTCATGTTAGGTGAAAAGAAGCAAGGGGTTTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0255900.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTIETLVLGAGQEVGKSCVVVTINGKRIMFDCGMHMGHLDHRRYPDFSLISSQAHYDAALSCIIITHFHLDHVGALAYFT EVCGYRGPIYMTYPTKALAPLMLEDYRKVMVDRRGEEELFTSENIAECMKKVIAIDLRQTVQVDEDLQIRAYYAGHVIGA AMFYAKVGDAEMVYTGDYNMTADRHLGAAQIDRLRLDLLITESTYATTIRDSKYAREREFLKAVHKCVSGGGKVLIPTFA LGRAQELCILLDDYWERMNLKVPIYFSAGLTIQANMYYKMLISWTSQKIKDTYSTHNAFDFKNVHHFERSMINAPGPCVL FATPGMISGGFSLEVFKHWAPSENNLITLPGYCVAGTVGHRLMSGKATKVDVDPDTQIDVRCQIHQLAFSPHTDSKGIMD LVKFLSPKHVILVHGEKPKMALLKEKIHSELGIPCHDPANHETICISSTPYVKTEASRTFIQNCLNPNFKFQKCSSVDEC DSTLTEKNLMPELQVKDERVAEGVLVMEKTKKAKIVHQDELLLMLGEKKQGV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 3 | 529 | 527 | 6.6E-254 | – | |
| PANTHER | 3 | 529 | 527 | 6.6E-254 | – | |
| SUPERFAMILY | 5 | 446 | 442 | 1.3E-138 | ||
| CDD | 6 | 203 | 198 | 1.23135E-131 | ||
| Gene3D | 8 | 423 | 416 | 3.3E-144 | ||
| SMART | 15 | 232 | 218 | 2.0E-20 | ||
| Pfam | 21 | 191 | 171 | 1.7E-21 | ||
| Gene3D | 212 | 389 | 178 | 3.3E-144 | – | |
| Pfam | 244 | 362 | 119 | 1.0E-24 | ||
| SMART | 244 | 362 | 119 | 4.8E-36 | ||
| Pfam | 378 | 436 | 59 | 8.5E-16 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0255900.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…