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LotjaGi1g1v0331400.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0331400
Transcript ID LotjaGi1g1v0331400.3
Related isoforms 7
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Nuclease domain-containing protein 1; TAIR: AT5G07350.1 TUDOR-SN protein 1; Swiss-Prot: sp|Q8VZG7|TSN1_ARATH Ribonuclease TUDOR 1; TrEMBL-Plants: tr|I1KBV2|I1KBV2_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0331400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:78782415..78802509) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GAATTAGATATGGGTGTGACCGTGTGACTTGTTTAGTTGTCTTAAGGATTCTCATTTCTCAGGGGCATTTATCGTAATTA CTCTACAAAACGAGGGGTACAATCTCAACCAGCATTCAACAGTTTATACAAAAACCCGTTTCCTCCGAGTTCCACTTTCT TCCACGACCACCACCGTGTTTCGCAACCTCCGCCTCGTAACTGTAACACTGAAAACTCTTGCTCCGCCGCATCGTGTTCC GGCGACGGATCCATTTCGCATAACACAAGAACCCTAAAAAACTCGTGAGAATTGTTCTGTTTTTCACATTCGGATTCAGC TAAGCAGATCCGAACTGAGAACCATTTCAAGGTACCGCCGCTGAAACTCGATCGCATTTCCTATATGATTATCCGATCCG TTTCATTCCGATAATTCCATGCAGTTTTTCCAAAATCTCAAGTTTTCATGGATCTGAGTTTTGATTTTCTTCACTGTTTT TTGCATTCCGTTTTGCACCGGTTGCATGACGTTATTACCTGAAATTGCGTTTGTCTTTTTGTATTTAATGGCTTTGAATT ACATTGAAGTTTGCTGAATCGTGTTTGGTATTGGTTTGACTTTGTTGCAGATCGTGCGGTGCGGTGAAGAATGGCATCGG CTGCGACTGGAGCTACAGGATGGTACAGGGGAAGGGTGAAGGCGGTTCCTTCAGGGGATTGCTTGGTCATTGTGGCCGTT GCTAGCTCCAAGCCTGGTCCTCTGCCTGAAAAATCAATCACTCTGGCTTCTCTTATTACTCCTAGACTGGTAATTTCACA ATATTTCAATAAATTATGAGATTGAAAACTAGAACCGTCAATGAAGATCTTGAGACTCTGTGCTGAGTAATTGCATTTCT CTGTTTTGATTTTAATTGCATTGGTGTTCTGTTGTTTGGATATTTGGGAATTTCGCTAGGCGCGGAGAGGCGGTGTGGAT 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CTGTTTATAAACCCTTTTGCATATATGAAGCAAGCTGCTTGAGTTTTAAGCTCATAATTTTAATGTGTAGTTTCAATCTC TTTAAACCAGGTATTTTGGTATAAATATGATTTCTTTTCTTGCCAGAAAATGATTGACCTTAGATGATTTAATATTTCAT TATATGCGCCAACACCATATGCATCCCTTCTTTATGACTCGTTGCAATTTCGTGTATTGTAATTTTAGGGTTAGAGTTCA TGAGATGCGCTAAGTAGGCAGTGCATCACTTGTAAATTACCTTGTCTGTTTCCACTCTTATTTCTTTAATTCCTTATGAA ACTATTTGTGCTGCAACAATCCTTTGTTTTTTTTGCGCTGATCATCCATACATGAGTTTCGTAGGTTGTGAATACACCTC GAGGACCAGTTGAATCTCCTCAGGACATATTTGAAGTATTCTACATTGACTATGGAAATCAAGAACAAGTAGCTTACAGT CAGTTACGACCTCTTGATCAGTCCGTGTCTGCCGCACCCGGTCTTGCTCAATTGTGCAGTCTTGCATACATTAAAAGTCC AAGCTTGGAAGAGGATTTCGGCCAAGAAGCAGCTGAATATTTGAGTGAACTCACTTTAAGCAGTGGAAAAGAGTTCAGAG CCCAGGTTGAGGAGAGAGATACTTCTGGAGGAAAAGCAAAAGGGCAGGGAACTGGGACAATTCTTGCTGTAACTCTTGTT GCTGTGGATGCTGAGATCAGCGTTAACGCAGCCATGCTACAGGTGCTTATAGCTGCTCACTTTTACTTGATATAATTTCA TTGTGTTTGGATTTCCGTTAAACTCAACGTGGATTCACGTCGAGTTCAACGTGGCAAATTCTAGCTTCTTCGTTGATACC TTTAGATACGTGAAATCCTGTTTGTGTTTGCACCAACGCCAGACCAAAGATACACTCAAAGTCTTATAGTTTGATTCTCT ATACAAACACTTCTCTGAACATTCTGTTTTCTTGTGGAATTTTCAGGAAGGACTAGCCAGGATGGAAAAAAGGAATCGGT GGGACAGAAAAGAAAGAAAGGCGGGTCTTGATAGTCTGGAAAAATTCCAGGACGAGGCACGCACCAAACGGCGTGGGATG TGGCAGTATGGAGATGTTGAGTCAGATGAGGAGGACGGTCCTCCGGCGAGAAAAGCTGGTACTGGCCGCAAATGAGTGTA ACAGACAGGAGGTAAATCATATGTTATAGACATCATGAGAGAATGGTTCAATTTATAGGCATGAGTTAGAGAGAAAAAGA AGGAAATGCCGTGCTTATTCCTTTGTAAGTTTTGTTTTATTAATCTTTGTTTTAACATTTTTGTGTTAGGTTGATGGGAC AATTGTTTTCTATAGATGTCATAATAAGGTGCATGCGGCAGGGTTCTTTGTTACTATGAGAACAGAAGAGGCGTTTTGGT CTTTTTTAAGAACTTCTCTTACATTTTCCCCTATGGTTTGGTTTGGTTTTGGATTGAAGACTTTTCTTAATAAGTTAACC TGGGTTAGATCCAGTCCCTACAGACAATAAGATTTTTCATTATGAAATCACAAGTACATGTATTCTTTAACTCAAGCCCA TTCAAACTTTTCAGCCAGTACTCTTTCTAAAAAGCTTTTGCAGAAATACAACTCTCCTTTATAACTTAGCTTGGGAGGAA TACAACTGAAGATGGAATAGTATACTATAATGTTAAACAACTCACAACACTCAAAGAATGTATAACCGTTTAGTTTATAA CTAAAAGTCACTCCAAATGATGTGGAACTATTGCAAAAACAAATTGGAGGGTAGTTTGAGTAGGAAATAATGGAGATCAT TTTGTTGAATAATTG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0331400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCATCGGCTGCGACTGGAGCTACAGGATGGTACAGGGGAAGGGTGAAGGCGGTTCCTTCAGGGGATTGCTTGGTCAT TGTGGCCGTTGCTAGCTCCAAGCCTGGTCCTCTGCCTGAAAAATCAATCACTCTGGCTTCTCTTATTACTCCTAGACTGG CGCGGAGAGGCGGTGTGGATGAACCATTTGCATGGGAAAGCAGAGAGTATCTGAGGAAGCTCTGCATAGGGAAGGAGGTG ACTTTTAGAGTTGATTACAATGTGGCGTCCATCAATCGAGACTTTGGAACCGTTTTTCTTGGTGAGAAGAATGTTGGGGT GTTGGTTGTTTCTCAAGGATGGGCAAAGGTCAGAGAACAGGGCCAGCAGAAAGGAGAAGTGAGTCCCTACCTGGCAGAAT TGTTACGGCTTGAAGAGCAAGCTAAACAGGAAGGCCTTGGTCGTTGGAGCAAGGTTCCTGGTGCTGCTGAGGCATCCATC AGAAATCTACCACCTTCTGCCATTGGTGATGCTAGTAACTTTGATGCTATGGGTTTATTGGCTGCAAACAAGGGATCTCC GATGGAGGCAATTGTTGAGCAGGTTCGTGATGGCAGTACTCTCCGAGTCTACTTGCTCCCGGAGTTTCAGTTTGTCCAAG TTTTTGTTGCTGGAATTCAGTCCCCACAAATGGGAAGAAGAGCTGCACCCGAAACTGTAGTTGAAACAGAGTTAACAGCT GATGAAAATGATGGAGATGTTCCTGGGGAACCTCGACCCCCGCTTACATCTGCTCAAAGACTTGCGGTTTCATCTTCTAC TGAAACTGCAGCTGATCCTTTCGGACCTGATGCAAAATTTTTCACTGAGATGCGTGTATTGAATCGAGATGTTCGGATTG TTCTAGAAGGCGTGGATAAGTTCAGCAATTTGATCGGGTCGGTGTATTATCCTGATGGCGAATCAGCCAAAGACCTGGCA CTGGAACTTGTGGAAAACGGTTATGCTAAATATGTTGAATGGAGTGCAAATATGATGGAAGAAGAGGCAAAGCGGAGGCT GAAGACTGCAGAGCTCGAGGCTAAGAAAAGCAGGCTAAGAATGTGGACAAACTATGTACCACCAGCTTCAAATTCAAAGG CAATTCATAACCAGAATTTTACTGGAAAGGTGGTTGAGGTTGTGAGTGGAGATTGCATCATTGTCGCTGATGATTCCATT CCGTATGGCAGCCCACTAGCTGAGAGGCGAGTTAACCTTTCAAGTATTAGGTGTCCGAAAGTAGGCAATCCTCGTCGAGA TGAAAAACCAGCTCCCTATGCCCGTGAAGCAAAGGAGTTCCTAAGAACACGCCTCCTTGGTCGTCAAGTGAATGTAGAAA TGGAATATTCTAGAAAGATTGTTCCTACAGATGGATCTGCAGTTCCTTCACCAGCTGCTGATTCCAGAGTAATGGATTTT GGGTCAGTCTTCTTATTGTCTGCTACGAAAGCTGACAGTGATGATACCCCTTCATCTATTCCTTCAGCTGGAAGTCAGCC AACTGGTGTCAATGTTGGTGAATTGGTTGTTGGCCGTGGCTTTGGAACTGTCATTAGACATCGTGACTTTGAAGAGAGAT CTAACTACTATGATGCCCTTCTTACTGCTGAATCGCGTGCCCTTTCTGGAAGGAAAGGGATCCATTCTGCCAAGGATCCT CCAGTGATGCATATAACTGACTTGACCACCACATCAGCGAAGAAAGCCAAAGACTTCTTGCCTTTCCTACATCGAAGTAG AAGGATTCCTGCTGTTGTGGAATATGTCCTCAGTGGCCATCGTTTCAAGTTGTTAATTCCAAAAGAAACTTGCAGCATTG CTTTCGCACTCTCTGGTGTCAGGTGTCCTGGTCGTGGTGAGCCTTATTCTGAAGAAGCAATTGCACTGATGAGGCGAAAG ATAATGCAGAGAGATGTAGAGTTTGAGGTGGAAACTGTTGATAGAAATGGAACATTCTTGGGATCCTTATGGGAGTCAAG AACAAATGTTGCACTCACACTACTTGAAGCCGGTCTTGCAAAACTTCAGACTTCCTTTGGCAGCGATAGAATTCCTGAAT TTCACCTTTTGGATCGAGCTGAACAATCTGCTAAGAAGCAAAAACTGAAAATCTGGGAGAACTTCGTTGAAGGAGAGGAA GTATCCAATGGGGCAAATGTTGAAAGCAAACAACAAGAAGTACTTAAGGTAATTGTTACCGAAGTCTTGGGTGGTGATAA ATTTTATGTCCAGACCGTTGGTGATCAAAAGATAGCATCCATCCAGCAACAGCTTGCTTCTTTGAACCTGAAGGAAGCTC CTGTGCTTGGTGCATTTAGTCCTAAGAAGGGTGACACAGTCCTTTGTTATTTTCATGGCGATAAGTCCTGGTACCGGGCA ATGGTTGTGAATACACCTCGAGGACCAGTTGAATCTCCTCAGGACATATTTGAAGTATTCTACATTGACTATGGAAATCA AGAACAAGTAGCTTACAGTCAGTTACGACCTCTTGATCAGTCCGTGTCTGCCGCACCCGGTCTTGCTCAATTGTGCAGTC TTGCATACATTAAAAGTCCAAGCTTGGAAGAGGATTTCGGCCAAGAAGCAGCTGAATATTTGAGTGAACTCACTTTAAGC AGTGGAAAAGAGTTCAGAGCCCAGGTTGAGGAGAGAGATACTTCTGGAGGAAAAGCAAAAGGGCAGGGAACTGGGACAAT TCTTGCTGTAACTCTTGTTGCTGTGGATGCTGAGATCAGCGTTAACGCAGCCATGCTACAGGAAGGACTAGCCAGGATGG AAAAAAGGAATCGGTGGGACAGAAAAGAAAGAAAGGCGGGTCTTGATAGTCTGGAAAAATTCCAGGACGAGGCACGCACC AAACGGCGTGGGATGTGGCAGTATGGAGATGTTGAGTCAGATGAGGAGGACGGTCCTCCGGCGAGAAAAGCTGGTACTGG CCGCAAATGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0331400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MASAATGATGWYRGRVKAVPSGDCLVIVAVASSKPGPLPEKSITLASLITPRLARRGGVDEPFAWESREYLRKLCIGKEV TFRVDYNVASINRDFGTVFLGEKNVGVLVVSQGWAKVREQGQQKGEVSPYLAELLRLEEQAKQEGLGRWSKVPGAAEASI RNLPPSAIGDASNFDAMGLLAANKGSPMEAIVEQVRDGSTLRVYLLPEFQFVQVFVAGIQSPQMGRRAAPETVVETELTA DENDGDVPGEPRPPLTSAQRLAVSSSTETAADPFGPDAKFFTEMRVLNRDVRIVLEGVDKFSNLIGSVYYPDGESAKDLA LELVENGYAKYVEWSANMMEEEAKRRLKTAELEAKKSRLRMWTNYVPPASNSKAIHNQNFTGKVVEVVSGDCIIVADDSI PYGSPLAERRVNLSSIRCPKVGNPRRDEKPAPYAREAKEFLRTRLLGRQVNVEMEYSRKIVPTDGSAVPSPAADSRVMDF GSVFLLSATKADSDDTPSSIPSAGSQPTGVNVGELVVGRGFGTVIRHRDFEERSNYYDALLTAESRALSGRKGIHSAKDP PVMHITDLTTTSAKKAKDFLPFLHRSRRIPAVVEYVLSGHRFKLLIPKETCSIAFALSGVRCPGRGEPYSEEAIALMRRK IMQRDVEFEVETVDRNGTFLGSLWESRTNVALTLLEAGLAKLQTSFGSDRIPEFHLLDRAEQSAKKQKLKIWENFVEGEE VSNGANVESKQQEVLKVIVTEVLGGDKFYVQTVGDQKIASIQQQLASLNLKEAPVLGAFSPKKGDTVLCYFHGDKSWYRA MVVNTPRGPVESPQDIFEVFYIDYGNQEQVAYSQLRPLDQSVSAAPGLAQLCSLAYIKSPSLEEDFGQEAAEYLSELTLS SGKEFRAQVEERDTSGGKAKGQGTGTILAVTLVAVDAEISVNAAMLQEGLARMEKRNRWDRKERKAGLDSLEKFQDEART KRRGMWQYGDVESDEEDGPPARKAGTGRK 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PIRSF 1 979 979 0.0
PANTHER 6 986 981 0.0
PANTHER 6 986 981 0.0
SUPERFAMILY 9 151 143 1.57E-29
ProSiteProfiles 10 151 142 26.157
SMART 10 151 142 9.8E-26
Gene3D 10 155 146 1.6E-38
Pfam 43 151 109 4.4E-10
SUPERFAMILY 183 368 186 4.71E-26
SMART 186 364 179 1.5E-29
ProSiteProfiles 186 364 179 30.286
MobiDBLite 238 258 21 -
Pfam 267 363 97 9.7E-14
Coils 340 360 21 -
SUPERFAMILY 375 561 187 1.31E-22
Gene3D 376 565 190 2.1E-46
ProSiteProfiles 378 557 180 24.149
SMART 378 557 180 8.2E-14
Gene3D 567 712 146 3.0E-48
SUPERFAMILY 581 714 134 1.7E-27
SMART 587 714 128 1.5E-29
ProSiteProfiles 587 714 128 25.851
Pfam 616 714 99 3.5E-14
Pfam 732 855 124 1.2E-20
ProSiteProfiles 733 968 236 18.28
Gene3D 737 969 233 8.2E-67
Gene3D 753 849 97 8.2E-67
SUPERFAMILY 757 852 96 2.71E-15
SMART 779 843 65 7.4E-8
ProSiteProfiles 780 845 66 16.023
CDD 784 837 54 1.03962E-10
SUPERFAMILY 794 974 181 1.83E-18
Pfam 862 967 106 1.4E-8
MobiDBLite 936 989 54 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component RISC complex A ribonucleoprotein complex that contains members of the Argonaute family of proteins, small interfering RNAs (siRNAs) or microRNAs (miRNAs), and miRNA or siRNA-complementary mRNAs, in addition to a number of accessory factors. The RISC complex is involved in posttranscriptional repression of gene expression through downregulation of translation or induction of mRNA degradation.
Biological process Gene silencing by RNA Any process in which RNA molecules inactivate expression of target genes.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0331400.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…