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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0344900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0344900.5 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | BEACH domain-containing protein lvsC; TAIR: AT1G58230.1 binding protein; Swiss-Prot: sp|F4I9T0|BCHB_ARATH BEACH domain-containing protein B; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0K6C6|A0A0R0K6C6_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0344900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:81120859..81157025) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGAATATTGTTAAGGGTGTCGCTGACCTTATCCGGAGAACTTCCTCTGGCCATACCGGCGAATCCCCAGGTTTCCAAGC TCAGAAGTTCTCTCCTCCTGGGCCCAAGATTCGCTTCAGGTAAAATTATATATCGAATAATAAAGCTTCTTGGTTGCGTT AATTGCAACAATTTGAACAATATTGTTATGAAATCATGTCATTTGATGTTCTCAGAGTGCAGAAGTTGCGTTTTTTCGTA ATTGAGTAGAGCATTAGGAAGGGAGTTTTATGGTTAATATAATGTTTCATTGTGTTTTGATTCATAGAGAATACATTGTG TTTGGCAATCTCTTAGGTACTCTTGATCAGGGTTGTTAATGGCGGATAGCGTAGTGTAGCGGCAAGCCCATAAAACGCTA TTTCGAGCGCTATTGCGGTAGCGGCAAATAGCGGTGAATAGTGGAGTAGCGGTGAACCCCCAGGGCGCTACGCTATAGGC TATTGCGCCGCTATAGCGTGCTATTAACAAGCCTGCTCTTGATACAATAGGACTAATAGGGATTGTATTGCAAATATCAC CCCTCTTGAGATTGGGAGTGACTGGTTGACATTAAGTGTGCTTGTTTTTATGGAATTATATTTCTTTGACCAATGGAAAA GATGTGAATTTTGCTTTATTCAGGGTATTTTCTTTTACCGCTTTAGGAAAATAAATAAAAAAAGGCAAATAAATGAAGAA TATAATGCTTAAATCTTGTTAAGTTTGTGCCAGAGAAAGAAACTCATGTAATGATTATTGTCGATCAACACTACTTGCGA CTATCATTCCTCTTGGACTTTCTTGAATCCTCTCTCTCGATGACCCTTGATCTGATTGGGGAAGACACCGATAAGAAATG CACTATTTTTCATGCTATTATGAAGGGTTTCATCTTAGAGCTTCAAACCACATTTATTTTGTAAGCTTTTTTCACCAACT 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Protein sequence (LotjaGi1g1v0344900.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
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Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
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| Phobius | 245 | 2679 | 2435 | - | – | |
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| SUPERFAMILY | 891 | 1805 | 915 | 4.9E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 1079 | 1270 | 192 | 5.63E-20 | ||
| Pfam | 1090 | 1261 | 172 | 3.7E-8 | – | |
| Gene3D | 1093 | 1274 | 182 | 1.8E-9 | – | |
| Pfam | 1332 | 1611 | 280 | 5.3E-71 | ||
| Pfam | 2205 | 2300 | 96 | 9.0E-12 | – | |
| MobiDBLite | 2355 | 2400 | 46 | - | – | |
| MobiDBLite | 2355 | 2372 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 2373 | 2398 | 26 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 2400 | 2557 | 158 | 26.018 | ||
| SUPERFAMILY | 2404 | 2558 | 155 | 4.18E-19 | – | |
| CDD | 2405 | 2560 | 156 | 2.02347E-19 | ||
| Gene3D | 2489 | 2555 | 67 | 1.1E-11 | – | |
| Pfam | 2501 | 2555 | 55 | 3.9E-12 | ||
| ProSiteProfiles | 2581 | 2871 | 291 | 120.455 | ||
| Gene3D | 2585 | 2871 | 287 | 1.6E-134 | ||
| SUPERFAMILY | 2588 | 2871 | 284 | 2.62E-123 | ||
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| ProSiteProfiles | 3011 | 3241 | 231 | 14.951 | ||
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| SMART | 3069 | 3108 | 40 | 0.0081 | ||
| Pfam | 3072 | 3105 | 34 | 0.022 | ||
| SMART | 3111 | 3151 | 41 | 1.2 | ||
| SMART | 3153 | 3191 | 39 | 23.0 | ||
| SMART | 3194 | 3232 | 39 | 1.4 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0344900.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…