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LotjaGi1g1v0438500.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0438500
Transcript ID LotjaGi1g1v0438500.2
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Pentatricopeptide repeat-containing protein; TAIR: AT4G28010.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9SUD8|PP340_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g28010; TrEMBL-Plants: tr|G7L6K3|G7L6K3_MEDTR TCP-1/cpn60 chaperonin family protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0438500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:93339833..93358014) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AGTTGACAAAACCCGACTCAACCTACGAACTCTCTCAGTCAGAAACAACAAACAGAGAACCATGATGCCTAAGCGCCTCC TTAACCATCCTCGCTCCACGTTCTCCGTTTCTGTTTCTCCCTTCCATGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAATCCCC AACGTTTCTGACAAGCCCAATCGTCCTCCCTCTCTCTCCGAAGCAGTTTCCCTCTTTCACCGTGCAGTTGATGATCCTTC TTCAGTGCCATCCGCATCGTCCTGCAACTCCCTCATTGACAGCCTGCGAAAGGCGAGACACCATGACCTGCTCTTGTCGG TTTATTCCAAGATGGTACGCGCTTCTGTTTTGCCCAGTTTTACTTCCCTCAGTGCTTTAATTGAGAGTTTTGTCAACACC CACAAGCCAAACTCGGCTTATGGGGTTCTGGGGTTGATGTTAAAGCGTGGTTTTGATGTTAATGTGTATAATTCCAACCT TGTGTTGAAGGGTTTTTGTCAAACTCGTGATAATTGTGATAAGGCCATGGTTTTGTTTTGTCAAATGAAGAGGAATTGTG TTTTGCCTGATACCTTTAGTTACAATACCATTATAAATGGACTTTGTAAAGCTAAGAGATTGGTAGAAGCTAGGGGTTTG TTTGAGGACATGAAGGCCGGGGAATGCCCGCCGAATTTGGTGACATTTAGTACTTTGATTGATGGTCTTTGTAAGAGTGG AGCGGTTGGCGAGGGTCTGGATTTGTTGGAGGAGATGAGGATGAAGGGTTTGGATGCAGATGTGTTTCTGTATAGTTCTC TCATTAGTGCCTTTTGCAGCATAGGTGACACTGAGAGGGGAAAACAACTCTTTAATGAGATGTTGGAAAAGAATGTTACT CCTAACGTGGTTACTTATAACTGTTTCATGAAAGCTCTTTGCAAGGATGGGAAGTGGGAAGAAGCCTCCAAAATGTTGAA 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ATCCTGCATCTGTAATTGAATCAAAGTTTAGCACACGAGTGAGTATCCAGTAACAAGTTTTAACCCCTAAGTGTAGCAAG AGAGTTGGACCTGATGAATTTCTGAAGCAACATTAGTGTCAAAATTCCTCAACTCATCTTCAACCAAACCAAGAAATTTT AAAGCCTTACTGGCAGAGTCCACTGTAGTAACTGTGATTTCAACACAAATTCCCCAGAAGATATTATTTTTCAAATTTAC TAATCCAAATCCCAACTTCAGAAAAATGATAGAAATTCATTAGTAGATATCACAAGAAAAACGTTGTGTATGCACTGTTT GAGTATCTAATACGATTACTGAAATAACATAATGACTACACAAGCAATATACTCATGTTCTCGTCATCACATATAATAAA AATCAAATTAAAAGAAAAGAAAAAACTAGAGAAGAAAAGTACCATGAAAGGAAGATCTTTTTAGGAGTCTCTCAATCAAC ATTCTATCAATAAGACTGTCATCAACAGCCAAAACATGGAACGGGGTCTGTGCAGCCATTACAATAACTTGGAAGATGAT GATATGTGCAAGCCACAACAAGGAAGAGGGATATATAGAAGACTCTGAGGGATAGATGAAGGTAATGAATCAGAATGTGT CATTTTAAATTGGAGCCTATGATACATAATCCTCATAGGAAATCTGGCAGTTTGGAATGTGGTATCCCGCAGATTGATTT CATCAGAATCTGCAGGATCTTCAAGGTTGGTTTTTGAATTGAAGAATGAGGGAAGAAATGAGGGAAGAAGGGGTTGGTGT TCTACCAAATTTAAAATTTCCATTTTTTCATTATTATTTTAATTCACCCTTTATAGCGAATAATAATAATCTCTATTCTG TTTACTCAAAAAAAAAAATAAT 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0438500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGATGCCTAAGCGCCTCCTTAACCATCCTCGCTCCACGTTCTCCGTTTCTGTTTCTCCCTTCCATGCTTCTTCTTCTTC TTCTTCTTCTTCAATCCCCAACGTTTCTGACAAGCCCAATCGTCCTCCCTCTCTCTCCGAAGCAGTTTCCCTCTTTCACC GTGCAGTTGATGATCCTTCTTCAGTGCCATCCGCATCGTCCTGCAACTCCCTCATTGACAGCCTGCGAAAGGCGAGACAC CATGACCTGCTCTTGTCGGTTTATTCCAAGATGGTACGCGCTTCTGTTTTGCCCAGTTTTACTTCCCTCAGTGCTTTAAT TGAGAGTTTTGTCAACACCCACAAGCCAAACTCGGCTTATGGGGTTCTGGGGTTGATGTTAAAGCGTGGTTTTGATGTTA ATGTGTATAATTCCAACCTTGTGTTGAAGGGTTTTTGTCAAACTCGTGATAATTGTGATAAGGCCATGGTTTTGTTTTGT CAAATGAAGAGGAATTGTGTTTTGCCTGATACCTTTAGTTACAATACCATTATAAATGGACTTTGTAAAGCTAAGAGATT GGTAGAAGCTAGGGGTTTGTTTGAGGACATGAAGGCCGGGGAATGCCCGCCGAATTTGGTGACATTTAGTACTTTGATTG ATGGTCTTTGTAAGAGTGGAGCGGTTGGCGAGGGTCTGGATTTGTTGGAGGAGATGAGGATGAAGGGTTTGGATGCAGAT GTGTTTCTGTATAGTTCTCTCATTAGTGCCTTTTGCAGCATAGGTGACACTGAGAGGGGAAAACAACTCTTTAATGAGAT GTTGGAAAAGAATGTTACTCCTAACGTGGTTACTTATAACTGTTTCATGAAAGCTCTTTGCAAGGATGGGAAGTGGGAAG AAGCCTCCAAAATGTTGAATGATATGACGACTCGGGGAGTTCATCCTGATGTTGTTGCTTATACAACTTTAGCTGATGGG CTGGGCAAAAATGGGAGGGCATCAGATGCAATGAAAGTATTGGATTTGATGCTGCAAAAGGGGGAAGAGCCGAATACTGT AACATACAATGTCATCATAAATGGACTTTGTAAGGACGGTCGGGTTGATGATGCACTTGGGATTTTAAAAATGATGGCGA AGAAGGGGAAGAAACCGGATGCCATTACCTACAACACGTTATTGAAAGGACTTTGTGGAGTTGGCCAAATTGATGAGGCA ATGGACCTTTTCACACTGTTATTGAGCAAGGAGTTCCATATCAAGCCTGATGTCTTCACATTTAATTTTCTTATTCAGGG GCTTTGCAAGGAACGGCGTCTTCGTGATGCCGTAAAAGTCCATTCTACAATGGTTCAAATGGGGTTTCCTGGTAACATAG TGACTTACAATATTTTGGTTGAGGGTTATCTAAATGTTGGAAAACTTACTAAGGCATTGGAACTATGGAAATGTGCAGTA GACTTAGGATTTTCCCCCGACTCAATGACCTATAGTGTCATGATCAATGGTCTTTGCAAAATGCAGATGCTAAGTATTGC AAAAGGACTTTTCAATAAAAGTAGAGCTTGTGGGGTTAGACCTGGAGTAAATGATTACAATGCACTGATGACATCCCTGT GCAGGGAAGGTAGTTTAGAGCAGGCTAGGAATTTATTTCGAGAAATGAGAAATATGAATCATGATCCTGATGTTGCCTCC TTTAATATAATAATTGATGGAACCCTCAAAGCAGGAGATCTTAAATCTGCCAAGGAATTGCTATTGGAGATGGTTCAATT CGATTTGGTCCCTGATGTTATTACCTTTTCTACGTTAATAAACAGATATTCAAAACTTGGGCTGTTAGATGAGGCCATGT CGCTCTATGAGAGAATGGTCTCTTGTGGTCATGTACCAGATGCGGTTGTATTTGATTCTTTGCTGAAGTGTTATACTTTA AAGGGAGAGACTGAAAAAATCATTTCCTTGCTTCAACAAATGGCTGATAAGGATGTTATCCTTGACTCAAAATTAACTTC TACCATATTGGAATGCCTTTGCAACTTTCCAAAAGGTCTTGATATAAAGAAGATTCTTCCAAAATTTTCCCAACAGACAT CTAAAGGAGAAAGCATTAAATGCAACGAGCTCCTAATGAAACTGAATAAGGTTCATCCAGAGCTTCAATTATTTGCTGCG GGATAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0438500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MMPKRLLNHPRSTFSVSVSPFHASSSSSSSSIPNVSDKPNRPPSLSEAVSLFHRAVDDPSSVPSASSCNSLIDSLRKARH HDLLLSVYSKMVRASVLPSFTSLSALIESFVNTHKPNSAYGVLGLMLKRGFDVNVYNSNLVLKGFCQTRDNCDKAMVLFC QMKRNCVLPDTFSYNTIINGLCKAKRLVEARGLFEDMKAGECPPNLVTFSTLIDGLCKSGAVGEGLDLLEEMRMKGLDAD VFLYSSLISAFCSIGDTERGKQLFNEMLEKNVTPNVVTYNCFMKALCKDGKWEEASKMLNDMTTRGVHPDVVAYTTLADG LGKNGRASDAMKVLDLMLQKGEEPNTVTYNVIINGLCKDGRVDDALGILKMMAKKGKKPDAITYNTLLKGLCGVGQIDEA MDLFTLLLSKEFHIKPDVFTFNFLIQGLCKERRLRDAVKVHSTMVQMGFPGNIVTYNILVEGYLNVGKLTKALELWKCAV DLGFSPDSMTYSVMINGLCKMQMLSIAKGLFNKSRACGVRPGVNDYNALMTSLCREGSLEQARNLFREMRNMNHDPDVAS FNIIIDGTLKAGDLKSAKELLLEMVQFDLVPDVITFSTLINRYSKLGLLDEAMSLYERMVSCGHVPDAVVFDSLLKCYTL KGETEKIISLLQQMADKDVILDSKLTSTILECLCNFPKGLDIKKILPKFSQQTSKGESIKCNELLMKLNKVHPELQLFAA G 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
SignalP_GRAM_POSITIVE 1 23 23 -
Phobius 1 12 12 -
Phobius 1 29 29 -
Phobius 13 21 9 -
Phobius 22 29 8 -
MobiDBLite 24 44 21 -
MobiDBLite 24 43 20 -
Phobius 30 721 692 -
Gene3D 35 185 151 3.4E-24
PANTHER 56 233 178 6.0E-180
PANTHER 56 233 178 6.0E-180
ProSiteProfiles 64 98 35 8.966
Pfam 67 94 28 0.23
TIGRFAM 67 99 33 3.1E-4
ProSiteProfiles 99 133 35 7.256
ProSiteProfiles 134 169 36 8.923
PANTHER 167 306 140 6.0E-180
PANTHER 167 306 140 6.0E-180
Pfam 169 218 50 1.3E-18
ProSiteProfiles 170 204 35 12.814
SUPERFAMILY 171 410 240 8.91E-8
TIGRFAM 172 205 34 9.4E-10
Gene3D 186 304 119 1.1E-38
ProSiteProfiles 205 239 35 11.871
TIGRFAM 207 240 34 2.9E-6
Pfam 235 267 33 4.4E-7
ProSiteProfiles 240 274 35 12.606
TIGRFAM 243 276 34 9.2E-8
PANTHER 271 408 138 6.0E-180
PANTHER 271 408 138 6.0E-180
Pfam 274 322 49 4.5E-17
ProSiteProfiles 275 309 35 13.515
TIGRFAM 277 311 35 2.1E-10
Gene3D 305 395 91 2.3E-31
PANTHER 307 478 172 6.0E-180
PANTHER 307 478 172 6.0E-180
ProSiteProfiles 310 344 35 11.816
TIGRFAM 312 346 35 1.9E-7
Pfam 344 392 49 2.2E-18
ProSiteProfiles 345 379 35 13.603
TIGRFAM 347 381 35 1.1E-9
SUPERFAMILY 357 587 231 1.03E-10
ProSiteProfiles 380 414 35 11.038
TIGRFAM 382 412 31 2.6E-6
Gene3D 396 507 112 5.0E-29
PANTHER 396 553 158 6.0E-180
PANTHER 396 553 158 6.0E-180
Pfam 413 444 32 3.0E-10
ProSiteProfiles 417 451 35 11.444
TIGRFAM 419 452 34 2.3E-5
Pfam 452 500 49 1.9E-13
ProSiteProfiles 452 486 35 11.213
TIGRFAM 454 487 34 6.3E-5
PANTHER 484 686 203 6.0E-180
PANTHER 484 686 203 6.0E-180
ProSiteProfiles 487 521 35 10.731
TIGRFAM 490 522 33 1.6E-4
Gene3D 508 711 204 8.0E-41
Pfam 521 567 47 8.9E-12
ProSiteProfiles 522 556 35 11.553
TIGRFAM 526 558 33 6.1E-8
ProSiteProfiles 557 591 35 10.578
TIGRFAM 560 593 34 1.7E-5
Pfam 591 638 48 4.8E-9
ProSiteProfiles 592 626 35 12.836
TIGRFAM 594 628 35 2.9E-9
ProSiteProfiles 627 661 35 8.649

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0438500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…