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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0580400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0580400.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | E3 ubiquitin-protein ligase; TAIR: AT5G02310.1 proteolysis 6; Swiss-Prot: sp|F4KCC2|PRT6_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase PRT6; TrEMBL-Plants: tr|I1KJZ0|I1KJZ0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0580400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:111972028..112003189) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGAACTTGAGTATTCACCCAATTAACGCGATAGAGAGACCAAAAACAATTTAACCCTATGAAGAAAGGTTGCAAAAAAA ACACTGTTTGAGTCGAGCGTAGTAGTCCCTCCCATATAGCATCAGCGTTATCATCATCACGATCATAATAATCGTTCTCC ATGGGATTGGATTTCACTGCAAAATCCAATTAGGGTTTGCAACAGCGCGTGTTGTCGCTGGGTTCTTCTCCCTGTTCTTG TTTCGTCACAAAATCTCGAAATTGAAAAGAATTCATCACTTTCTCAGAGTCAAACCTCTCGCTCTTTGTGCTGTTGCCTC GTTCGATTCTGGCGCTCCATCATGGCTGAGAACATGGAAATCCATTCGCCCTCTGATTCCCAGCCCCTTCTCCGGTCTCG GGATCGAATCGTTCGGGTAACAATCTTGCTTTTTCGATTCTCATGGCTTTATTTACTGAAATTCACACTCTCAATAACTT GACCACTTTAATTCACCTTGCATTTAATCGTTGGTTTAGCTGATTTGATCTGTTTCGCCTTTCTTCGGGTGAATGGATTT TTGGTTGAGTGAAGATTATTTGAGTTTTAGGGTTTCAATTTTTATGTTGAAATGCATGTTTGATGTTTGGTTTTCAGAGG CTTGCCCGGTTTGGGGTTCCGCAGGAGCAGCTTGATCAGCCTGGTTTGGTTGCTTTTGTTAAGGAGAAGAGGGAGTTGAA ACCTGACCTGGTTAATGTTATATTGTCTGTTATGGAAGAAGCAGAAGCTGTGCAAGATTCTAAGTCGGGTTTGAGGAAGA TGTTCCTAGAGAGCTTGGTATGGTTGCAGTGGTTGATGTTTGAGGGCGACCCCAATGCTGCCCTCGGAGGCCTTTCCATT ATGTCTGTTGGACAGAGGGGTGTCTGTGGGGCTGTTTGGGGACGCACTGATATAGCTTACAGGTGTAGGACGTGTGAACA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0580400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGAGAACATGGAAATCCATTCGCCCTCTGATTCCCAGCCCCTTCTCCGGTCTCGGGATCGAATCGTTCGGAGGCT TGCCCGGTTTGGGGTTCCGCAGGAGCAGCTTGATCAGCCTGGTTTGGTTGCTTTTGTTAAGGAGAAGAGGGAGTTGAAAC CTGACCTGGTTAATGTTATATTGTCTGTTATGGAAGAAGCAGAAGCTGTGCAAGATTCTAAGTCGGGTTTGAGGAAGATG TTCCTAGAGAGCTTGGTATGGTTGCAGTGGTTGATGTTTGAGGGCGACCCCAATGCTGCCCTCGGAGGCCTTTCCATTAT GTCTGTTGGACAGAGGGGTGTCTGTGGGGCTGTTTGGGGACGCACTGATATAGCTTACAGGTGTAGGACGTGTGAACATG ACCCGACTTGTGCTATCTGTGTTCCTTGTTTTGAGAATGGGGATCACAAGGGCCATGATTACTTTGTTATATACACAGGC GGAGGCTGTTGTGATTGTGGAGATGTGACAGCATGGAAGCGTGACGGGTTCTGCTCGATGCATAAGGGTGCTGAGCAGGT AAAACCACTTCCGGAGGAGATCGCAAACACTGTTGCTCCTGTGCTTGGTTCTCTTTTCGATTACTGGAAAGGCAAACTCA CTATTGCAAGTGATTCCGTTTCAAAAAGAAAGAAGGCTGCAAATGATCTAACTTTTTCTGTGGTTGATATGCTTTTAGAA TTTTGCAAGCACAGTGAGAGTTTGCTCAGTTATGTTGCTCGGTTGCTGTTCTCTTCTACTGGTTTATTGGGCATCATGGT GAGAGCTGAGAGGTTCTTAAGCAATGATGTTGTAAAGAAACTCCATGAGCTACTCCTGAAATTGTTGGGAGAACCGACTT TTAAATACGAGTTTGCTAAAGTTTTTCTCACTTACTATCCGAGTATTATAAATGAGGCCATAAAAGAGTGCAGTGACCTA 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CCAGAAAATACATGCACTAGTTCCAATTTGGATGATAGTGCCATGGAAGAAGACTTTCCTGTGGTATCAGATGGTTTACG TTTTCTTTCATCGCCTGATTGGCCACTGATAGTCTATGATGTTAGTTCACAGGATATATCTGTGCACATTCCATTGCATA GATTGATTTCCACGTTGTTGCAGAAGGCTCTAAGAAGATGTTTTTGTGAATCTGATGTGCCTGATGTTTCTTCTGATAAT TCATTAGAAATCTACAGTGACTTCTTTGGGTATGCTTTACGGGGAAGTCATCCATATGGTTTCTCTGCCTTTGTAATGGA GCATCCATTGCGGATTAGGGTCTTTTGTGCTCAAGTCCATGCTGGAATGTGGCGTAAAAATGGAGATGCGGCTTTACTAT CTTGTGAATGGTATAAGTCCGTGCGCTGGTCCGAACCAGGTATGGAGCTTGATCTATTTCTTCTTCAGTGTTGTGCTGCA CTTGCTCCAGAAGATCTATATGTCAGTAGAATTCTAGAGCGCTTTGGACTATCAAACTATGTTTCCCTAAATCTAGAACA ATCTAACGAACATGAACCTGTTTTAGTCCAGGAAATGCTTACTCTTATTATTCAGATAGTTAAAGAACGGCGCTTTTGTG GGCTAACTACTGCTGAAAGTTTGAAAAGAGAACTAATTTATAAGTTATCCATTGGAGATGCGACTCATAGCCAATTGTTG AAGTCTCTTCCTCGGGATCTCTCCAAGTTTGAGCAGCTTCAAGGCATCTTGGATACAGTTGCTATTTATTCTAATCCATC TGGCTTTAATCAGGGTATGTATTCTCTGCGATGGCCATATTGGAAAGAGTTGGACTTGTATCACTCACGATGGAATTCAA AGGATTTACAAGTTGCAGAAGAAAGATACTTACGCTTCTGCAGTGTCTCAGCACTCACTACTCAACTGCCCCGGTGGACC AAAATTTATCCTCCTTTGAAGGGGATAGCCAGAATAGCTACTTGCAAAGTTGTCCTACAGATTATTCGTGCAGTTCTATT TTATGCTGTTGTTACTTTTAAATCTGCTGAATCTCGTGCTCCTGATGGTGTTCTTCTACCTGCGTTACATTTGCTAGCAT TATCATTAGATATCTGTTTTCAGCAGAAAGAATCTAGTGAGAATCCGTGTCATGATGTTGCACAAATTCCCATAATTGCC TTCGCTGGAGAAATAATTGATGGGAGTTCTTTTTATGATGTTGGTAATCAAAGTCTGTTGTCACTTCTTGTTTTATTGAT GGAAATGCACAGGAAGGATAATGTAGACAACATTGTAGACGCGGGTGGTTGTAGTTTATCTTCTCTAATTGAAAGCATAC TAAAGAAATTTGCGGAGATCGATGATGGATGCATGACTGAGTTGCAAAAACTTGCTCCTGAAGTGGTCAATCATATTTCT GAATCTGTTCCAGCTAGAAACTCAAGTGCCTCATTGTCTTCTTCTGATAGTGAGAAACGCAAGGCCAAAGCTCGAGAGAG GCAGGCTGCAATTATGGAAAAGATGAGATCCCAGCAGACAAAATTTTTGGCCAGCGTTGATCCTACTGTTGATGATGGTT CTCAACTTGATCATGAAGGTGACTTAGACAGCGAACATGATTCTGAAGAATCTAAGCAAGTTGTTTGCTCTCTTTGCCAT GACCCCAATTCTAGACATCCCATTTCATATTTGATTCTTCTACAGAAATCTAGGCTTGTGAGTTCTGTTGACAGGGGTCC AGTATCATGGGCCCAACTTTGCCAATCAGATAAAAAACTCACGCCTATCATCAACACCAAAGAGACAAATATGTCTATGA ACATGAATTCAGGTGGTTCAGAATCAACTTCATCTTCCCACATTACTCGGATAGTTCAGAGTGCTGCCAGTGAATTATCT TCTGGGGGGCAACCTGGAGAAGTTAATGCTTTTCTGAAATATGTTAAGAATCAGTTCCCAGCGTTGGGAAACTTTCAGCT CCCAGACACATCTTATGATGAAATAGAAAAGACACCATATACTTTTGAGACATTAGAACAGGGCATGTACTTCTCCATTC GTGAGGAAATGCATGATCTTATCTTGCCTTCTAATTTGATGAATGGGGATGAAAATGTTCAAACTGCTGGAGGGAATTCA GATGCTATAAAAAATACTGGATCTGTATTGCTTGGGAAGTATACAGCCGATCTTGTGAGAGAGAGGTCAGAAATTTCTTC TGCATCTGAAAATTCTTCTAGTGAGAATGATTCTGTAGAATCAACATCTCAGCATCCAGCAAATGGTGGATTTAGCCCTA TAGATTGCGATGGAGTTCATCTTTCTTCATGTGGGCATGCAGTACATCAAGAGTGCCTTAGCCGATATTTGTCTTCATTA AAAGAGAGATCTGTCAGAAGAATTGTTTTTGAAGGAGGACATATCGTCGACCCAGATCAGGGAGAGTTTCTCTGCCCAGT GTGCCGCCGACTTGTAAATTGTGTCCTCCCGACTTTACCTGGAGAATTGCGGAAGCCTATTAAGCAGTCTATTGTGCTGA ATGGTTCAATGCATACCACATCCCCCTTAGCTGGATCAAGTAGCATGACTTATTCGCTTCGCCTTGAGCACGCCATGAAG CTGTTACAATCTGCTGCCAATGCACTAGGGAATGATAAATTCCTAAAAGCTATTCCGTTGAATCACATTGATAGAACTAG ACCAAATCTTGAGAATTTCTCATGGGTTCTTTCTAAAATGTATTTCCCTGGCAAACAAGATAAGTTATCAAGATTTTCCC GAAGAAACCACTCAATGCTGATGTGGGACACTCTCAAGTACTCCTTGACATCAATGGAAATTGCTGCACGTTGTGGAAAG ACTTCTTTGACTCCAAATTTTGCTCTTAGTTCCATGTATGAAGAACTCAAATCTGCAAGTGGCTTTATATTATCATTGTT GCTGAAACTTGTTCAAAAGACACGAAGTAAAAATTCTCTTCATGTACTTCAAAGATTTCTAGGTCTTCAAAGCTTTGCAG AATCTATTTGCTCTGGGGTTTCCCTCTATGCAAACAATGATGTTCCTGGGATAGGTGATAAGTTATCTATCATGAAGTCT ATTGAAATGGACCTGTCAAACACTGACTTACATTTTTGGAGTCAGGCTTCAGGTCCTGTACTTTCTCATGATCCTTTCTC ATCATTAATGTGGGTTCTCTTTTGTCTACCACACCCACTTTTGTCATGTGAAGAATCTCTGTTATCTCTAGTGCATGTTT TCTACATAGTAGCTGTAACCCAGGCTATAGTTTTGTATTATCAGCAATCAAAGGATAAATCATCAAGTGCATCAGCTCTT TCGGATGACCTGATTAATGACATATATAGAGTTTTGGGCGAGTCTGGATATGCTCAGCAGTACTTTGTGTCAAACTATTT TGACCCTAGTATTGATATCAAAGATGCAATTCGGAGGTTTAGCTTTCCTTTTTTGCGAAGATGTGCATTATTGTGGAAGA TACTCTATTATTCTATCCCAGCACCGTTCTGTGGTGAGGAAAATTTGTTGGATAGATTGTGGAATACCCCAAAGGACACA ATGGACAGGATTAATATTGATATGTTTGAGGCCACTAAAATTCAAGAGCTTGAGAATATGTTTCAAATTCCTTCTCTTGA TGTGGTTCTCAAGGATGAACTTTCCAGATCTTCAGTCTTGATTTGGTGTCGTCATTTTTGCAAGGAATTTGAATCACAGA GATTTAAATATAATATGCATGTAACACCTGTAGTTCCATTTGAGTTAATGAGATTACCAAATGTTTATCAGAATCTTTTG CAGAGGTGTATCAAACAGCGCTGCCCTGAATGCAAATCACTTCTGGATGAGCCTGCTTTGTGCCTGCTGTGTGGTAGGTT GTGCTCCCCAAGTTGGAAATCGTGCTGCAGGGAAAGTGGATGCCAAACACATGCAATAACCTGTGGAGCTGGTACTGGAG TGTTTCTGTTGATTAGGAGAACAACCGTTCTGCTTCAAAGATCTGCACGTCAGGCCCCCTGGCCTTCTCCTTACTTGGAT TGTTTTGGTGAGGAGGATTTTGAAATGAATCGAGGAAAGCCTCTTTACCTGAATGAAGAACGTTATGCTGCTTTGACCTA TATGGTTGCTTCTCATGGTCTGGACCGGAGTTCCAAGGTTCTTGGCCAGACTACTATTGGTTCCTTCTTCCTGGTTTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0580400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAENMEIHSPSDSQPLLRSRDRIVRRLARFGVPQEQLDQPGLVAFVKEKRELKPDLVNVILSVMEEAEAVQDSKSGLRKM FLESLVWLQWLMFEGDPNAALGGLSIMSVGQRGVCGAVWGRTDIAYRCRTCEHDPTCAICVPCFENGDHKGHDYFVIYTG GGCCDCGDVTAWKRDGFCSMHKGAEQVKPLPEEIANTVAPVLGSLFDYWKGKLTIASDSVSKRKKAANDLTFSVVDMLLE FCKHSESLLSYVARLLFSSTGLLGIMVRAERFLSNDVVKKLHELLLKLLGEPTFKYEFAKVFLTYYPSIINEAIKECSDL PLKRYPLLSMFSVQILTVPTLTPHLVKEINLLTMLLECLENIFISCAEDGHLQVSRWVNLYETTIRVIEDIRFVMSHVVV PKFITNDQQDISRTWMRLLSYVQGMSPQKRETGQHIEEENENVHLPFVLGNFVANIHALLVEGAFSDATKGEMDDELVSS SNNNETDNETDYGDVRRHTKVGRLSEESSACNVTIRNNALACPKVFDTKSDTTSHLFLPQSATWLVYECLRAIENCFGVE NTPGMLPNMLSQNSGIDYNDNFSAFKRTMSNFRRGTHSFGRFASSGRDHGKQCSDDYADSLEIGKSAVKDGTFRINDEID PENTCTSSNLDDSAMEEDFPVVSDGLRFLSSPDWPLIVYDVSSQDISVHIPLHRLISTLLQKALRRCFCESDVPDVSSDN SLEIYSDFFGYALRGSHPYGFSAFVMEHPLRIRVFCAQVHAGMWRKNGDAALLSCEWYKSVRWSEPGMELDLFLLQCCAA LAPEDLYVSRILERFGLSNYVSLNLEQSNEHEPVLVQEMLTLIIQIVKERRFCGLTTAESLKRELIYKLSIGDATHSQLL KSLPRDLSKFEQLQGILDTVAIYSNPSGFNQGMYSLRWPYWKELDLYHSRWNSKDLQVAEERYLRFCSVSALTTQLPRWT KIYPPLKGIARIATCKVVLQIIRAVLFYAVVTFKSAESRAPDGVLLPALHLLALSLDICFQQKESSENPCHDVAQIPIIA FAGEIIDGSSFYDVGNQSLLSLLVLLMEMHRKDNVDNIVDAGGCSLSSLIESILKKFAEIDDGCMTELQKLAPEVVNHIS ESVPARNSSASLSSSDSEKRKAKARERQAAIMEKMRSQQTKFLASVDPTVDDGSQLDHEGDLDSEHDSEESKQVVCSLCH DPNSRHPISYLILLQKSRLVSSVDRGPVSWAQLCQSDKKLTPIINTKETNMSMNMNSGGSESTSSSHITRIVQSAASELS SGGQPGEVNAFLKYVKNQFPALGNFQLPDTSYDEIEKTPYTFETLEQGMYFSIREEMHDLILPSNLMNGDENVQTAGGNS DAIKNTGSVLLGKYTADLVRERSEISSASENSSSENDSVESTSQHPANGGFSPIDCDGVHLSSCGHAVHQECLSRYLSSL KERSVRRIVFEGGHIVDPDQGEFLCPVCRRLVNCVLPTLPGELRKPIKQSIVLNGSMHTTSPLAGSSSMTYSLRLEHAMK LLQSAANALGNDKFLKAIPLNHIDRTRPNLENFSWVLSKMYFPGKQDKLSRFSRRNHSMLMWDTLKYSLTSMEIAARCGK TSLTPNFALSSMYEELKSASGFILSLLLKLVQKTRSKNSLHVLQRFLGLQSFAESICSGVSLYANNDVPGIGDKLSIMKS IEMDLSNTDLHFWSQASGPVLSHDPFSSLMWVLFCLPHPLLSCEESLLSLVHVFYIVAVTQAIVLYYQQSKDKSSSASAL SDDLINDIYRVLGESGYAQQYFVSNYFDPSIDIKDAIRRFSFPFLRRCALLWKILYYSIPAPFCGEENLLDRLWNTPKDT MDRINIDMFEATKIQELENMFQIPSLDVVLKDELSRSSVLIWCRHFCKEFESQRFKYNMHVTPVVPFELMRLPNVYQNLL QRCIKQRCPECKSLLDEPALCLLCGRLCSPSWKSCCRESGCQTHAITCGAGTGVFLLIRRTTVLLQRSARQAPWPSPYLD CFGEEDFEMNRGKPLYLNEERYAALTYMVASHGLDRSSKVLGQTTIGSFFLV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 1726 | 1726 | - | – | |
| PANTHER | 73 | 2046 | 1974 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 73 | 2046 | 1974 | 0.0 | ||
| SMART | 113 | 182 | 70 | 3.8E-20 | ||
| ProSiteProfiles | 113 | 183 | 71 | 10.699 | ||
| Gene3D | 115 | 183 | 69 | 5.0E-20 | – | |
| Pfam | 115 | 181 | 67 | 2.9E-19 | ||
| MobiDBLite | 472 | 492 | 21 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 859 | 945 | 87 | 4.9E-5 | ||
| MobiDBLite | 1122 | 1147 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 1165 | 1189 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 1172 | 1189 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 1382 | 1409 | 28 | - | – | |
| MobiDBLite | 1385 | 1409 | 25 | - | – | |
| CDD | 1417 | 1477 | 61 | 2.76398E-25 | – | |
| Phobius | 1727 | 1747 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1748 | 2052 | 305 | - | – | |
| Coils | 2052 | 2052 | 1 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Zinc ion binding | Interacting selectively and non-covalently with zinc (Zn) ions. | ||
| Molecular function | Ubiquitin protein ligase activity | Catalysis of the transfer of ubiquitin to a substrate protein via the reaction X-ubiquitin + S -> X + S-ubiquitin, where X is either an E2 or E3 enzyme, the X-ubiquitin linkage is a thioester bond, and the S-ubiquitin linkage is an amide bond: an isopeptide bond between the C-terminal glycine of ubiquitin and the epsilon-amino group of lysine residues in the substrate or, in the linear extension of ubiquitin chains, a peptide bond the between the C-terminal glycine and N-terminal methionine of ubiquitin residues. | ||
| Biological process | Ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway | The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of a protein or peptide covalently tagged with ubiquitin, via the N-end rule pathway. In the N-end rule pathway, destabilizing N-terminal residues (N-degrons) in substrates are recognized by E3 ligases (N-recognins), whereupon the substrates are linked to ubiquitin and then delivered to the proteasome for degradation. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0580400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…