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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0072300 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0072300.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3; TAIR: AT2G01730.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit-II; Swiss-Prot: sp|Q8GUU3|CPS3B_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II; TrEMBL-Plants: tr|V7C7J5|V7C7J5_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0072300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:18119408..18134263) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGCTATCGAAACTCTAGTTCTTGGTACTTTTCTTGTTTCACTGTGTTGCTTATGTCTCTGTGTTGTGCAATGCAAGTG TTTGAATCTCAGTTTTTTGGGTGAATGTGTTGTTAGGCGCTGGTCAAGAGGGAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGACCATC AACGGGAAGCGAATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCTCTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTCTCAT CTCCTCTCAAGGCCATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTGTACCATCCATCATCATCATCTTCTC ATTTTTTTTTTTAAAGTTTTATTTAATACAATTATTTTGCATTAAAATTTCCTTGTTGTTGTTTGTGAAATTTTAAATGG GGGGCAGTCACTTGGACCATGTTGGAGCATTGGCTTACTTCACCGAAGTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTATATGACG GTACGTGTTTGATGAAATGTTTGCCTCAATATGACATGTTTGTTGATGTTTGCTAAGTTTCAATAGAATTTTGACTTTTA AGATAGGAACAAAAAAATAGGCAAGCATGTTCTTATTTTTGTTTGCTTTCTTGTTTGCACATGCATATAATTATGTTGTA ATCATGTTCACAAAACTACTGGCTGTTGTTGTACTGAGTATCGAGCGTTCCAATATGTAGTGCGTATATTGCATATAATC ATGTTCTGATTTTGTTTGCTTCTATGGGTGCTGTTCTGTTCAATGCTAACTGGTGAGGAAACTAGGGTTTGATGAATATG TTGGAGCTTTGAAGCCAACGTGATTTGGCCTAATGCTTTCTGATGGTGCTTTGAATGTTTAAGCTTATGTTCTTGGTTGT AATTTACAATCGCTAATTTAACTTGACTTTTATTTTAAGCAGTACCCAACTAAAGCTCTAGCTCCTTTGATGTTGGAAGA 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CTCTACACATAATGCATTTGATTTTAAGAATGGTAAGTTTATATTATTATATCTAAGTTCTGAGAAATTTCAAGATTTCA TTTTGTATTTACAGATCTGTGCATGCAGTCCTGTTTTTCTTTTTAAAAAATTGCAATAACTGCATAATGCTGTGATACAG AGCCTTGATGTTTGAGTGTTCCTGTGTTTAGACATTAGTGTTCTTTATATTCGATGGTCATGACAATTACACGCCATGAG CTCTGTTATTAAGTCAAAAAGGTTTGCCAGTTCATGGTCAGACCCCTTGACATGAACTAGACAGTTGTCAGGCAAATCCT ATGCTATTTACAAGGAACTCTTACTGCAGGGCTACTTATTCGGCTTGCTGTAGCTTCTTCCCTTCTTCCTATATTTATTG TTGTGTCGATTAGGCATCATACCCAAACGAAGTTCAACCTCAGGTGGCTGTCTTCCTTGGTCCGAACTTGATCTCTTGGT CGTCAAGGAAACAACAGGTTACAATTCCATTTTGCACGCTAGAACCAAACACATCCTCCAAGTTGCTGATGCCACCTCCA AGTTGCTAATGCTCTGACTAAGCCTGTATCCACCACCCACGTTAATGATCTAACCGCCAAGCTGAACGTGCGTGACACTG CCCCTCGTCAACCCACTTGAGATTGAAGGGCGGGGGGGTATATTTCAGTGTATGGTACTTGAGGAGTACACCATAGCTAT TCTAATGTCAGTTGCAAGGTAGACAGAAGCACACTTTAAAGCGCGCTTTAAGGGCACCCGCGCTTCAAGTGGGGGTTAAC GTGGGATTCAGGCAAAAGCGTGCTAAAGCGCGACAAAAGCGTGCAGAAGCGTGATTTTGAAGCTTCTGCCACTTTCAGGG AGATCCAGAAATCCTCGGGTTTTTTGACCCGATTCGCGACCTGGTAAGCCAAAATAGGGGTTTCACCCCAAACAACAATA TTCTCAGTTTCTCACTTAAAAACCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATTGCGCAGCCGCCAG CGACAGTCCTTCCTTTCGGTTCTCCTTCTCCAGTTCTCCTCGTTCACCTTCTCGAGTTCTCTTTTCAATCTGAATTATCT ATTATGAGTTATGGACTTATGGTACTTTATGATTTATGTATGACATTCCTAAGAATTTTTGTCAGTTATACCATTTATAT GCATTTAAGTATTTATAAGTGTAAATATATACATAAATGTTAAAAGCTACTAAATCGTACGCTTTAGGTTACGCTTTAGT GCTTTACCCTTTAGGACCCTCTATGCTTTATTGCTAAAGCTAGCTTTTGACTACCTTGGTCAAATGTATAAGATCCTAGC TTAGTCAGTTATTGGTTTGTTCTGTTGCTGATTAGTTAGGCAGGTTAGAAGTTAGTTAGGCAGCTCTACAATTTTCCCGA TTGTTAACACACTATATAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTAACCGACGAGATTGTTATTACACAAATTTTC TTCTCAAACTTCCTCTACTTCTAATAATCTTTAATGAAACATCTATTGAGGTTTCCAAGTCAACAGTGAAAATGATAGGT TCGGAAATAGAAAGAGAGAAAGAAGAAGAGGAAACATAGAAGAGAGAAATCAGAGGGACTAACATCATATCATTCATCAA CAACCATCTCTAGAGCCTTAGCTTGCTTATATAGACAAACAAGTTCTAACCGACTCATTTACCAAATACACGTGCATGAG ATCCCAACCCTCAAAATCTTTCTTGTCCTCAAGGAAATCCAGAAGAATCAAAATTGGAAAGTTTTGTGCAATTGTTACAT GGTTTTTCTTCATTGAACCAGACCCACAGTAGGCCCGACGTCATTGTTGTTCCGACGCGTACCATGCTCTGCTATCGTAA GGACGAAGACCGGCGGCTTGGCCAATGGTAGGCTGGCCATGACCGACTTGCAAGAATCATCGGTCAAGTAGCACAGATCA CCGCCGCAAAGGAACAAGTGCGGCTGTTTTCGTGGTGGCCTTCTTGCACCAACGAACCCTAAATCACCAATTTAGGGCCA AATGAATCCGTCGAACCCTAAATCACGAATTTGGGGCAGAATCCTCGAATTGTTCCGGATCCCTGTTGAGAAGTCCCACA TTTACTAGAGTTATGACAAAGATAACCCTTATATATGGGAAGACAATCCTCACCTATTGAGCTAGCATTTGGGTTGAGTT AAGCCTCCAAATTCTAATATGATATCAGAGCTTATCCTAGATCTGTAAAGTGAAGACCACCTGTATATGGGCCACCTGCA GATGTTAATTCCTGCATATTCCACGCTTCAGATGTCCATCCCTGGGTGAGGGGATGTGTTGAAAAGTTCCACATTGACTA GTGATATGACCAAGATAACCCTCATATATGGGAAGACAATCCTCACATCTTGAGCTAGCTTTTGGACTGAGTTAGGCCTC CCAAATTCTAATAATCCCCATCGACGAACCAATCTTCAGCTTCTGGACGAAGATGATCGTCCTTGTTTCAATTATTTCCA CTAATTATGAACCGATCTTCCGCTTCTCAAAGATGATGGTTTCATTCTTCGCCTTCACTGTCTTCGTGCTCTCTGCCTCC GCGGCGGCCGCTGTTGCTCGTTGCGCCTCAACTGTGGCTTCCATTGCTGCTCGTTCCGCTTCGGCTGCGACCTCCGCTAC GATCAACTCAATGAAACGATGCAGCACTTCTCTAAACCTTTCCTTGGTATCTGTCAAATTTTTCATTTGGCTTTTCCTGG TTATCAGAGCACCTAGATTGGTGCTTTGATACCAATGATAGGTTCAGAAATAGAAAGAGATAAAGAAGAAGAGGAAGAAA GAGAGAGGAGAGAAATCAGAGAGACTGTCATCTTATCATTCATCAACATACCATCTACAAAGCCGTAGCTTGCTTACATA GACAAAACAATCCCTAACCGACTCATTTACCCAATACCATCAAAATGAATCCGTCAATTTGGGGCCAAACGAATCCTTTG AACCCTAAATCACGAATTCGGGGCTTAATCCTCGAATCGTTCTGGATCTCCATCGTGAACCCCATTGACGAATCAATCTT CAGCTTCTGGATGAAGATGATCATCCCTGTTTCCATGATCTCAACCATTGACGAACCGATCTGCAGTTTCTCGAAGACGA TGTTTTCGTCCTTCTCCTTCACCGTCTTCGTGCGCTCCGATCAACTCAAAGAAATGATGCAGCGTTTCTCTAAACCTTTG CTAGATTTCTGTGAAATCTTCCATTTGGGCACAACACCTGGATCGATGCTCAAATACTAGTGCTAGGTTCAAAAATAGAA AGAGAGAAAGAAGAAGACGAAACAGAGAGAGGAGAGAAATCAGAGGGACTGACATCATTTCATTCATCAACATACCATCT ACAGAACCTTAGATTGCTTATATAGACAAACAACCCCTAACTGACTCATTTAGCCAATACATGTGCATCAGAAAAATCTG ATGGGAAACAAACTAGAAGGCCTAATTCAGTATTACGTGAAAATATGTGAAATTGTTCTTTGTATTAATATTGCTTTTTG AAGAAAAAATGTAATCAAATCTAGTCATATTAAAAATTTCATATGCTTTTAATAAAAGTTGAGGTTGGAGGTATAATTTA TTGCATGGATGTTTGTCATCTGATAAGTTTCATGTCTCGCTCATTTGTTTTAAATGTTGCAGTTCACCATTTTGAAAGGT CTATGATTAATGCTCCTGGTTCTTGTGTTCTCTTTGCCACTCCTGGGATGATAAGTGGTGGATTTTCACTTGAAGTTTTT AAGCACTGGGCACCGTCAGAAAATAACCTTATCACTTTGCCTGGGTACATTCTTATTTATTCTCTCTTTCTTGCTTTTCG CAGGAGGCATTTGATAAGAACATTAGTGAAATGTCGATATATGTCTCCTACATCTAGGTTATCACAATGAAATAAATGTA TATCAAACTTCTCCAAATGCTCTCACATGTACCTTTTTTTATTAAATCTTTATGAATTTGACAAACTATTTTTCCCTTGG ATAAAGTTTGGGATTAACATGAGATTGCAGTCATTGGAGCCTGGTTGTGGCTGCATACAAGTTTGTATTTGATATGCTAG CTGATTAGGAAGTTACTGAGCCACCTTTTGTGAAAGGATAGAAGATTTAAGATGCACTTAATTGTTATAGATATGAATAG GTTTGAGATTGCTTTTCTTAATCATGGGAAAGATCATATGCTTGTTTAGGATAAGTTACAGATTTTGGTTTCATGCTTTT TCCTTATATCACACACAGCAGGCGCACTGCATGAATCATACGTCATGGCTATCTGTTATTTTATTCCTTTGAAAAATTGA AACCTTAAAAGCTTTAGGTAACTTTTAGACTTGGTAGCCTTATATATAACTTTATCTGTTGTGATATATTTGTCCCATTT TCGTAGAATAACTATTGAGTGGGTTTCCTGGTTTTAAAGTAGTAAATGAAGAGTATAGTGGTCATTTTTTGTTCAGATAC CATCTTCACTTTCACCAAAATACCTAATTGATTCTCAAATGAAAGGTTGAGGGAACCAGCTAAGAATAAGAAAGAAACTG ATATTGTTCAAAGATAGAAAACTACAACAATGCTGAAAAATGCTAGCAACACTCTTTCCAAAACTCCCTTCAACACTCTC ATTGATTGATCAAAATTCAAGTGGGGTTCACTAAAAATATGGGACCCACATAAATTTCACCCGGTATATCCATCTTATAT AGCCATACATGCAGATCAATTGCTTATTCATTACTATGATACACTTCGTAGGTATTGTGTAGCTGGGACAGTAGGACATA GATTAATGTCAGGTAAGGCCACCAAAGTTGATGTGGATCCTGAGACACAAATAGACGTGCGTTGCCAGGTACATTTTATC TCCTACCCATTTATTTACAGTGGTGGTACATCTCCTGTGCAGGCAATTCATTATTTTAATGATCTTCAGCTTATAGATAT TCCACCTTGGTAAAAAAAGGGTCAAAAGTATATACAAGTAATTAAATTTGCTCAGTGATTAAAACAAATATAATAAGTGT GTTAAAAGCATGACAGAAATACCTCTTCGCTTTCCCATATTATAGTAGTCTAAACATTTTAGCAGTCAATTTTTTTTTTC TGAAAGTATTTATTTTCTTGAGTTTGACATAAAGAGTTTGCATCTTACATGACCTGAGATCAAAGTATTCTCTGAAACTA TATTTCGGCTGTTCTTTCTTTGTTGGGTAAACAAAATCTATCATCTTGTGCATAAGTTGACATAGCGGGTGAAGTCTTAT TCTCGAGAAGTTCATACTAAAGTTCCTCCAATGATCATGAAATTGATTAAAAAACTACCATTGATCATGAAATTGATTAA AAATTAGATTAAGAGCACGGTACATTGTACTACCATTGAAATTGAAATCAATGTTTTTCTATTCTTGAAATGCTTTAACC CCAAAAGAAAAGAGCTAATAATTAAAAGTTCATTTATATAAATTTTAAATTGAACAGTGTCCTGTACAAATTTGCATGGA AGGTAATCAAGTCAGTTCAATTTTAGTTTCTACAATAATTTTAACTGTTGTCTTAAATTGACAGATTCATCAATTGGCTT TTAGTCCTCACACAGATTCTAAAGGAATAATGGATCTTGTAAAATTTCTCTCCCCAAAGCATGTTATATTAGTGCATGGT GAGAAGCCTAAAATTGCTTTGCTTAAAGAGAAAATTCATTCTGAGTTGGGGATTCCGTGTCATGATCCTGCAAATCATGA AACCATATGCATTTCCTCCACTCCCTACGTAAAGACAGAAGCCTCTGGCACTTTCATTCAAAACTGCTTGAACCCGAACT TCAAATTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGACGAATGTGACTCTACTTTGACAGAAAAAAACTTAATGCCTGAACTTCAAGTT AAAAACTGCTTGAATCCGAACTTCAAGTTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGATGAATGTGACTCTACTTTGACAGAAAAAAA CCTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAGATGAAAGAGTAGCAGAAGGAGTTCTGGTTATGGAGAAAACAAAAAAGGCAAAGA TTGTTCACCAGGATGAACTTCTGCTCATGTTAGGTGAAAAGAAGCAAGGGGTTTAG
CDS sequence (LotjaGi2g1v0072300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTATCGAAACTCTAGTTCTTGGCGCTGGTCAAGAGGGAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGACCATCAACGGGAAGCG AATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCTCTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTCTCATCTCCTCTCAAG GCCATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTTCACTTGGACCATGTTGGAGCATTGGCTTACTTCACC GAAGTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTATATGACGTACCCAACTAAAGCTCTAGCTCCTTTGATGTTGGAAGACTATCG GAAGGTAATGGTTGATCGTCGGGGTGAGGAAGAGCTATTCACTTCAGAAAATATTGCAGAGTGCATCAAGAAAGTTATTG CTATAGATCTGAGGCAGACTGTGCAAGTAGATGAAGATCTGCAGATACGTGCATATTATGCAGGACATGTTATTGGAGCG GCAATGTTCTATGCAAAAGTTGGAGATGCAGAAATGGTTTATACAGGAGACTACAATATGACAGCAGATAGACACCTCGA AGCAGCTCAAATCGATAGATTACGGCTTGACCTTCTTATAACTGAATCCACGTATGCGACTACAATACGTGATTCAAAAT ATGCTCGTGAGAGGGAATTCCTCAAAGTCGTTCATAAATGTGTTTCTGGTGGAGGAAAGGTGCTTATTCCAACATTTGCT CTTGGTAGAGCTCAGGAATTATGCATTTTGTTGGATGACTACTGGGAGCGCATGAATTTGAAGGTTCCTATCTATTTCTC AGCAGGTTTAACTATTCAAGCTAATATGTACTACAAAATGCTTATTAGTTGGACAAGCCAGAAGATTAAAGATACATACT CTACACATAATGCATTTGATTTTAAGAATGTTCACCATTTTGAAAGGTCTATGATTAATGCTCCTGGTTCTTGTGTTCTC TTTGCCACTCCTGGGATGATAAGTGGTGGATTTTCACTTGAAGTTTTTAAGCACTGGGCACCGTCAGAAAATAACCTTAT CACTTTGCCTGGGTATTGTGTAGCTGGGACAGTAGGACATAGATTAATGTCAGGTAAGGCCACCAAAGTTGATGTGGATC CTGAGACACAAATAGACGTGCGTTGCCAGATTCATCAATTGGCTTTTAGTCCTCACACAGATTCTAAAGGAATAATGGAT CTTGTAAAATTTCTCTCCCCAAAGCATGTTATATTAGTGCATGGTGAGAAGCCTAAAATTGCTTTGCTTAAAGAGAAAAT TCATTCTGAGTTGGGGATTCCGTGTCATGATCCTGCAAATCATGAAACCATATGCATTTCCTCCACTCCCTACGTAAAGA CAGAAGCCTCTGGCACTTTCATTCAAAACTGCTTGAACCCGAACTTCAAATTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGACGAATGT GACTCTACTTTGACAGAAAAAAACTTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAGATGAAAGAGTAGCAGAAGGAGTTCTGGTTAT GGAGAAAACAAAAAAGGCAAAGATTGTTCACCAGGATGAACTTCTGCTCATGTTAGGTGAAAAGAAGCAAGGGGTTTAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0072300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAIETLVLGAGQEGGKSCVVVTINGKRIMFDCGMHMGLLDHRRYPDFSLISSQGHYDAALSCIIITHFHLDHVGALAYFT EVCGYRGPIYMTYPTKALAPLMLEDYRKVMVDRRGEEELFTSENIAECIKKVIAIDLRQTVQVDEDLQIRAYYAGHVIGA AMFYAKVGDAEMVYTGDYNMTADRHLEAAQIDRLRLDLLITESTYATTIRDSKYAREREFLKVVHKCVSGGGKVLIPTFA LGRAQELCILLDDYWERMNLKVPIYFSAGLTIQANMYYKMLISWTSQKIKDTYSTHNAFDFKNVHHFERSMINAPGSCVL FATPGMISGGFSLEVFKHWAPSENNLITLPGYCVAGTVGHRLMSGKATKVDVDPETQIDVRCQIHQLAFSPHTDSKGIMD LVKFLSPKHVILVHGEKPKIALLKEKIHSELGIPCHDPANHETICISSTPYVKTEASGTFIQNCLNPNFKFQKCSSVDEC DSTLTEKNLMPELQVKDERVAEGVLVMEKTKKAKIVHQDELLLMLGEKKQGV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 3 | 529 | 527 | 5.8E-250 | – | |
| SUPERFAMILY | 3 | 446 | 444 | 9.85E-136 | ||
| PANTHER | 3 | 529 | 527 | 5.8E-250 | – | |
| CDD | 6 | 203 | 198 | 2.3724E-128 | ||
| Gene3D | 8 | 423 | 416 | 9.0E-141 | ||
| SMART | 15 | 232 | 218 | 8.7E-21 | ||
| Pfam | 21 | 192 | 172 | 2.3E-21 | ||
| Gene3D | 212 | 389 | 178 | 9.0E-141 | – | |
| Pfam | 244 | 362 | 119 | 9.1E-24 | ||
| SMART | 244 | 362 | 119 | 9.8E-35 | ||
| Pfam | 378 | 436 | 59 | 2.3E-15 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0072300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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