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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0111300 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0111300.5 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Valine--tRNA ligase; TAIR: AT5G16715.1 protein EMBRYO DEFECTIVE 2247; Swiss-Prot: sp|F4KE63|SYVM2_ARATH Valine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2SHS3|A0A0B2SHS3_GLYSO Valine--tRNA ligase; Found in the gene: LotjaGi2g1v0111300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:39877264..39926072) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCAAATAAAAATGCTGGAGCCTGCTGTTTGTAAATTGCGGCAATGCTATTAAGAAACAATGGCCTTTTAGAAAACTTGTA TTTTGTCTGAACACAATGACCTTCGTGTAGTAACCTAGTAGAAAAAAGGCTTTTTATTGGTGTTGTTGGCAATAGAGAAC AAAATGTTAGGACATGTATATAACTGTGTGCACCCAAATTATTTAATACCTTGATGTTCTAAAGCTATTTGGAACATGGG TGGCATTTCTTTATGTGTATATATATATTTTGTTTTAATTACAATTATTGAATGCTAGGTGGGAGTCTCAAGGGTATTTT AAGCCGACTTTTGACCGGGGAAGTGATCCTTTTGTGATATCAATGCCGCCTCCTAATGTTACTGGTTCTCTGCACATGGG GCATGCGATGTTTGTGACACTTGAGGTGTTACAAATTTTCAGTCTGTTATTGTCCGTCACGTATTTATTACTATTTTGTT GTTACCTGAGTATTTATGTATCTAGATGTACCTTCTTGTGCATAAATGTTTTTGGATGGAAAAAGGCAAGATATATTATA TGGTTCTGTTATGAAGAGAGTATCATTTGATGCCCCTGCATGTTTAAATTTGTAATACTAATACTTTCTGTATTTACGTT GTGCTAAGTTTCCGTCTTGTTTTTACCCGTCACATGGTTTCCCAACGTCATTATAACAATGGATTTCTGGTGCAATTCAT TCAACTTCAGCTAGCTGCTTGTTTTATGCGCACATGATTGTTAATATTTGAGTATAGTGTTAGTATACTATACTCTCAGA TAGTGTAGTCTCGAAACTTAGACTTTTTGTACAGGATTATTTACAATCCATAGTTTTTTATATAAAGTTATGGATTAGCT GTCAAGTTAGTTATTCTCTTAGAGTTACGTAGCTCTATATATTAGTGATTGTACTCATTCAGATTCATACAATTGTAATC 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TCAAAGCAAAACATCGATCAATAGTGTGGCCAAGCTTATGACAATGATCACACTTGGGACGAGGCTTGCCCGTCTTCTGG AATCGGCCACGATCATTGCCTTGAGGACGATCACCTCCCTGAGTACGATCACGCCCCTGAGAAACCAAGGCAGATGAATC AACTGGTGTAGGTAGCATCCTCCTTCAGAGGATGATTTGGCTGGGACACGCAGCAAAGTAGACCAAGTAGCATTCAAAGT GGGGATTGTAGGAGAGCCCAATATCTAATCACGAACAGATGAATACTCCGTAGGCAACCCATATAATGCGAGAAGCATGA AAAAAGATTGTCGTTGTTCGATCTCCTTTTCAGATGTGGTAGCTGGAGGTAAAAACGGCGGAATCTGGAGAGAGCAGGAG AAGGCGAGCATGGCGGAAGAAGCGGCGGTCTGAACGGAGCCGGGACGCGCCGTATCGCGCGGCTGAGGTGAGCGGCGCGT GGGATTCATGCGCAGAGAGCGGTGGCGCGTGAAGGCGCGTGGAATGCGCATTCAGGTTGAAATCGCCGGGAACAAACAGC ACTTCTCCAGGAGATCCTTTTGGGGTGGTTGGAGTCGGTTTCCGTCGGGTGAAGGCGGCGGTAGCGGCTGGACAGCAGCG GTGCGAGCCAAAAAGGGTTGTCGGAATGCGGCACGACAACACTAAGAGCCAGAAACCGGAGATGCAACACGGTTTCTGGA AAAAAAAATATCCCCGATAGACAGTGGGTCTACCGAAACACGGATTAGGATTAGGGTTGCCTCTTGTTAGGCTCTTGATA CCATGTTGAATGACAAGAAAAGAAACAAGAGGAATTGGTGAATCCGTGTGTTGAACTACACAGCGGAGTTCATTATATAT AATAGGTACCATAAAGGTACAATAAATACAGAATATCTTATTTCTCTAATTACATGATTATTCTACCTATTTTCAATTAG 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0111300.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi2g1v0111300.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MLASEGIKRVEMTRDEFTTRVWQWKEKYGGTITNQIKRLGASCDWSREHFTLDEQLSHAVVEAFVRLHEKGLIYQGSYMV NWSPTLQTAVSDLEVEYSEESGYLYYIRYRIAGGSRDPIARSDYLTVATTRPETLFGDVALAVNPHDDRYSKYIGQMAIV PQTFGRHVPIIYDKHVDKEFGTGVLKISPGHDHNDYLLARKLGLPILNVMNKDGTLNDVAGLYSGLDRFEARKKLWAELE ETGLAVKKEPHTLRVPRSQRGGEVIEPLVSKQWFVSMEPLAEKALQAVEKGELTIIPERFEKIYNHWLSNIKDWCISRQL WWGHRIPVWYIVGKRNEEDYIVARNADEALEKARKKYGKDVEIYQDPDVLDTWFSSALWPFSTLGWPDLNAEDFKRLYPT TVLETGHDILFFWVARMVMMGIEFTGTVPFSYVYLHGLIRDSQGRKMSKTLGNVIDPIDTIKDFGTDALRFTLALGTAGQ DLNLSSERLTSNKAFTNKLWNAGKFILQNLPNENDTSAWENILSHKFDGEGSVLNLPLPECWVVSKLHLLIDSVSASYDK FYFGEVGRETYDFFWADFADWYIEASKVRLYNSGTGGSSDASVAQAVLLYTFENVLKVLHPFMPFVTEELWQALPYRKQA LIVSPWPESQLPRNTSSIRKFENLQALVRAIRNARAEYSVEPAKRISASVVASNEVIEYIAVRNADQSVHLVAGEGLEAY LPLADMVDISAEAQRLSKRLSKMQKEYDALIAKISSPQFVEKAPENVVRGVQEKAAEAEEKITLTKKRLEFLNSSVLASK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
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| PANTHER | 1 | 794 | 794 | 0.0 | – | |
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| Gene3D | 2 | 447 | 446 | 3.5E-248 | ||
| SUPERFAMILY | 4 | 491 | 488 | 5.63E-105 | – | |
| Pfam | 4 | 485 | 482 | 5.6E-167 | ||
| TIGRFAM | 4 | 774 | 771 | 1.0E-261 | ||
| Gene3D | 82 | 256 | 175 | 3.5E-248 | ||
| SUPERFAMILY | 98 | 256 | 159 | 7.98E-53 | ||
| PRINTS | 144 | 161 | 18 | 2.0E-28 | ||
| PRINTS | 260 | 273 | 14 | 2.0E-28 | ||
| PRINTS | 366 | 387 | 22 | 2.0E-28 | ||
| PRINTS | 398 | 416 | 19 | 2.0E-28 | ||
| Gene3D | 453 | 676 | 224 | 3.5E-248 | – | |
| CDD | 484 | 634 | 151 | 1.98471E-50 | ||
| SUPERFAMILY | 497 | 743 | 247 | 5.98E-49 | ||
| Pfam | 542 | 686 | 145 | 1.1E-37 | ||
| Gene3D | 721 | 792 | 72 | 2.9E-15 | ||
| Coils | 726 | 753 | 28 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 728 | 792 | 65 | 2.35E-12 | ||
| Pfam | 728 | 792 | 65 | 8.0E-15 | ||
| Coils | 768 | 795 | 28 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleotide binding | Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose. | ||
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA editing activity | The hydrolysis of an incorrectly aminoacylated tRNA. | ||
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA ligase activity | Catalysis of the formation of aminoacyl-tRNA from ATP, amino acid, and tRNA with the release of diphosphate and AMP. | ||
| Molecular function | Valine-tRNA ligase activity | Catalysis of the reaction: L-valine + ATP + tRNA(Val) = L-valyl-tRNA(Val) + AMP + diphosphate + 2 H(+). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Cellular component | Cytoplasm | All of the contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures. | ||
| Biological process | TRNA aminoacylation for protein translation | The synthesis of aminoacyl tRNA by the formation of an ester bond between the 3'-hydroxyl group of the most 3' adenosine of the tRNA and the alpha carboxylic acid group of an amino acid, to be used in ribosome-mediated polypeptide synthesis. | ||
| Biological process | Valyl-tRNA aminoacylation | The process of coupling valine to valyl-tRNA, catalyzed by valyl-tRNA synthetase. The valyl-tRNA synthetase is a class-I synthetase. The activated amino acid is transferred to the 2'-OH group of a valine-accetping tRNA. The 2'-O-aminoacyl-tRNA will ultimately migrate to the 3' position via transesterification. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0111300.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…