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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0034000 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0034000.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Protein strawberry notch like 1; TAIR: AT1G79350.1 RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4IF36|FGT1_ARATH Protein FORGETTER 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A072TQ60|A0A072TQ60_MEDTR RING/FYVE/PHD zinc finger protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0034000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:3587662..3605896) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCGCGATTTCTCGCGGAGGAGAATTATTCAGAAATGACACAGCCATCGGTTCCCACGCCACCGCCGCCTCTTCCACCACC GCCTCCGCCGTCCGATATTCGCGTCCGCTGTGCCGGCTGCCGCATGATCCTTGCCGTCGCGCCTGGGCTGACGGAATTCG CCTGCCCTACCTGCCGAATGCCGCAGATGCTTCCGCCTGAACTCATGCCACCTAGGGCCGACCAAACCGCCACCGCAACA ACCACATCGCCGCTTCCTGCTCCTCCTGCTTCTTCCGCGCCGGCGCACGGCATTGATCCTACCAAGATCCAGCTTCCCTG CGCTAACTGCAAGGCTCTTCTCAACGTCCCTCATGGCCTCTCACACTTCTCTTGTCCTCAATGTGAGGTTAACCTCGCCG TCGATCTCTCCAAGGTTAAACAGTTTCTCCCCTCCGCTCCTCCTCCCGAAGAAGTTAACGAGGTTCGGTTCCTTCACTCC AATCATGCTTTCTCAGTCCTTTGGTTTTTGAGCGTGTGCTTTTCATTGGATTTCTTAGTTGTGAAATGGTGAATGAAATT CGTGTCAGTTCTTTACTGTATAGGCTGATAATGACAGGGATTCTATATATACTTGGGTGCATTTTTTGATTGATATTGAT GACAGACAATGTTGTAGTTTCTAAATACTTCAATGCTGGGATTAGCTACTAGTTCGAATTAGATATAAGTTTATATTTCG TGGGAATTCGTTGGAATGTGTTCTTACCTAATAGGATTTTGGTTCAATTGTCCCATTGCAGCTTATGCTTGTAACAAAGC ATTTTGCACTGATCTTGTAGGGGATTTTTGGTTTATTATTAGGAATTCAGGTCTTTATTGGATAGTAGGTAATTTGGAGT TTCGGTATTTATTTCAAATATTCAGGAACTTTATTTATAAAGATGAGGTTAATGTCTTTTTTGATACTTTGTGGCTCAGT 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CGCGCTAGGGTTTACATTGTGAATCAAGTGTTGGTGCTATTCTCCTTTTTCTTCCTGATTTCTATACCCTTCAATTATGT TTAAACTTATTGTTATAATCAGTAACAGGCCATGTGCTTTCTTCTCCTTTTTCTCTCGACCTCTCTTCATCTTCAACAAA CATTGATGTAACTGCTCATGAAAACAGAAAACAGAAATAGAAAGCCTTTTCGGAAACCAATCAGGCTGTTACCAATGCTA ATCCTCCCTTGTGGGAGAACATCTATGAGAAACTGAAAGTAAGATTCACAATAATTGTTTTCGTTTTATACCCGTCCCTG CATTCCAATTACCATTCACAGCAGTAGTTGAGGGTTTAAATTTGCATGATAGCTGCCAGAACGGGGCTGTTACTGCTTGG TCTTTTGTTTGTGCTCTTTTGATCTGTGTCGCTTCAGTACCATGGATAGGTGTTGATTTCAGTTTGCCTTTATGTTTTAT CCATTTGGTCCATTTCATTGTGCTTGGAACCGGCTTTCTTAGTTGGCATGTCAAACTTAAGGTGACATCGCAATTATCAA AAATCAAAATATAATTTGTCTATTCCTATGATGTCATTTTCAAAAGTCCGATGAGTGAAATTTGATAGTTTTAGAAAACA TTTGAAAGTTTCTGGGTTGCTTGTTTGCATTTTTATCAAGATTACTCTGGCTTGATGCAGCTGACTCTGGTATTGAATCT ACTGACTCTGATGATGAATTTCAGATATGTGAAATCTGCACTACTGAGGAGGTAGTTTTTCTTTGATTTTATTTTTTTAA TTCTCTTCAATTTTTTTGATGCTTGGAATCGACAAATCATTAATTTTCCATGCAGGAAAAGAAAAAAATGCTACAGTGTT CCTGCTGTGGTAAATTGGTCCATTCCTCTTGCTTGATGCCACCAATTGGTGATATAGTTCCTGAAGAGTGGTCATGCCAT 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TGCATGGTCCCAAATGTAAGATTGGCGACTTCTGTACAGTTGGCAGAAGACTACAGGAAGTAAATGTCTTGGGTGGCCTC ATTCTTCCTGTTTGGGGAACCATAGAAAAGGCTCTTGCTAAGCAGGTATTTCTTTATCATATATGATGCCAGGAACCAAA ACATTCTAGTGAAAAAATTGTCTTGATGATTGACCTGCTGATTGGAGTTGAGTTTTGGCATAATAAGGTTTGCAACATGG TTATTGTAATGGATGGCTTGGATTATAATATAAATTGAAGTAATTTATTATAGTAACAGGTCACACAGATTCGTTCTGCA GGGTAGATGAACATTTAAACTTCATAAAAGTTATATCCTTTTTGAAATGGTTTTCATTGTAATGAGATTCTGGTTCCTTG CTGAATCGTTATCATACTTATCTCATGTCTTTACGTGTGACTCGTATGATATTTTTTTTAATTGGAACTACTTTCAGAAA TTACTTAAAATATTTCGCTGAAGAAAAATAAAAATAAAAACTAAACCACAAATCAACATCCATGCAGGCCCGCCTTAGCC ATAGGAGGCTTCGTGTTGTACGCATTGAGACTACTGTGGATAACCAACGTATTGTTGGGCTTCTTGTTCCTAATTCAGCT GTCGAAACTGTGCTTGAAGGTTCTTTCTCTATTTCTCTAAAACACATTCACGTTCGTGAATATGCATTTATGTTTTGCTT ACATAAAGGATAGAAAATGGATATATTTGTTTGTACTATGTGCATGTTGAATAGTTTTTTTTTTGAAGTTAGACCTGGTT TTTGACAGAACAAAATGGCTTTATTTGATCTATGTTGCTGACATCACTTGGTTGTAAAAGACTTTTGTTATTGTTGTATT GTAAACCTAACTTAATTGAATTTATTTTGAACTATAAGTTTTATAAAATTTATTTGATAACCATACATAAAATTC
CDS sequence (LotjaGi3g1v0034000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGACACAGCCATCGGTTCCCACGCCACCGCCGCCTCTTCCACCACCGCCTCCGCCGTCCGATATTCGCGTCCGCTGTGC CGGCTGCCGCATGATCCTTGCCGTCGCGCCTGGGCTGACGGAATTCGCCTGCCCTACCTGCCGAATGCCGCAGATGCTTC CGCCTGAACTCATGCCACCTAGGGCCGACCAAACCGCCACCGCAACAACCACATCGCCGCTTCCTGCTCCTCCTGCTTCT TCCGCGCCGGCGCACGGCATTGATCCTACCAAGATCCAGCTTCCCTGCGCTAACTGCAAGGCTCTTCTCAACGTCCCTCA TGGCCTCTCACACTTCTCTTGTCCTCAATGTGAGGTTAACCTCGCCGTCGATCTCTCCAAGGTTAAACAGTTTCTCCCCT CCGCTCCTCCTCCCGAAGAAGTTAACGAGGTTGCTGTTGATGTTGAGCGGGATGAAGATGAAGGTGGCATGGTTGGAGAA ACATTTACAGATTATCGACCACCAAAAGTATCTATTGGACCTCCACACCCTGATCCTGTTGTGGAGACTTCTTCCTTGGC TGCGGTGCAGCCACCTGAGCCTACTTATGACCCAAAAACTAGAGATAATTTGGAAAATTCGAAGTCTTTATCATGCCTGC AAATTGAAACATTGGTCTATGCTTGTCAGAGGCACCTTCAACACCTCCCTGGTGGAGCTAGGGCAGGTTTCTTTATTGGT GATGGAGCTGGTGTTGGTAAAGGTCGAACAATTGCAGGTCTAATTTTGGAGCACTGGCACCACGGAAGGAGAAAAGCATT GTGGATTTCTGTTGGTTCAGACTTGAAGTTCGATGCTAGAAGAGACTTGGATGATGTGGGTGCAACATGCCTTGAAGTGC ATGCTTTGAACAAACTGCCTTATTCTAAGCTTGATTCAAAGTCTGTTGGAGTCAAGGAGGGAGTTGTTTTCTTGACTTAC AATAGCCTCATAGCATCTTCTGAGAAAGGTCGTTCTCGTCTCCAACAGCTTGTACAGTGGTGCGGACCAGGGTTTGATGG TCTTGTAATTTTTGATGAGTGTCACAAAGCAAAAAATTTGGTCCCTGAATCTGGAAGTCAGCCAACACGAACTGGAGAAG CCGTGCTTGAAATCCAGGATCGACTACCGGAAGCACGTGTTGTTTATTGCTCAGCAACTGGTGCATCTGAACCTCGCAAC ATGGGTTATATGGTTCGACTTGGTCTTTGGGGAGCTGGGACTTCTTTTTCTGATTTCCGTGAATTTTTAGGTGCTCTTGA TAGAGGGGGTGTTGGAGCTCTAGAATTAGTTGCGATGGACATGAAAGCAAGGTTGGGAATGTATTTATGTCGAACTCTTA GCTACGAGGGTGCTGAGTTTGAAGTTGTTGAAGCACCATTAGAAGATAAAATGATGAACATGTATAAAAAGGCAGCAGAA TTTTGGGCAGAATTACGAGTAGAATTGCTCTCAGCCAGTGCCTTCTTAAATGATAAACCTAATTCTAGTCAAGTTTGGAG ATTATACTGGGCAAGCCACCAGCGTTTCTTTAGTCACATGTGCATGTCTGCTAAAGTCCCTGCTACTGTGAGGCTAGCGA AACAAGCTTTAAGTGAAGAAAAGTGTGTAGTCATTGGTCTTCAGAGTACTGGAGAAGCAAGGACAGAGGAAGCTGTGACA AAATATGGTTCTGAACTCGATGACTTTGTTTCTGGACCTCGAGAATTGCTGCTTAAATTTGTGGAAGAAAATTATCCCTT GCCTGAAAAACCTGAACTTCTCCCAGGGGAAGGGGAGGATGGGGTTAAGGAGCTCCAACGGAAGAGGCACTCTGCCACTC CTGGTGTTTCATTAAAAGGAAGGGTCAGAAAAGTAGCCAAGTTGCAGCCACCTAGTGATGCTGAAAGTGATGAAGAATCC GAAACTGACTCTGGTATTGAATCTACTGACTCTGATGATGAATTTCAGATATGTGAAATCTGCACTACTGAGGAGGAAAA GAAAAAAATGCTACAGTGTTCCTGCTGTGGTAAATTGGTCCATTCCTCTTGCTTGATGCCACCAATTGGTGATATAGTTC CTGAAGAGTGGTCATGCCATTTATGTAAGGAAAAAACAGATGAATATCTTCTAGCAAGACAAGCCTACATAGCTGAACTC CAGAAGAGGTATGATGCAGCCTTGGAACGTAGGACCAAAATATTAGAGATTATTCGTTCTTTGGACCTTCCAAATAATCC TTTGGATGATATTATTGACCAGCTGGGTGGCCCTGACAAAGTTGCAGAAATAACAGGAAGGAGAGGCATGCTCGTGAGGG CCTCTACTGGAAAGGGTGTTACTTATCAAGCTCGTAATACAAAGGATGTCACTACGGAAATGGTTAATATGCATGAAAAA CAGCTCTTTATGGATGGTAAAAAGTTAGTTGCTATTATCTCTGAAGCTGGATCAGCGGGCGTTTCTTTGCAGGCAGATAG AAGAGCTGGAAATCAGAAAAGAAGGGTTCATTTAACTCTAGAACTTCCATGGAGTGCTGACAGAGCAATTCAGCAGTTTG GAAGAACTCATCGATCAAATCAAGCTTCAGCACCAGAATATAGGATACTCTTTACTAATCTTGGTGGAGAACGACGATTT GCATCAATTGTTGCAAAGAGATTAGAATCCCTGGCTGGACCTTCGTTAAGTGCTTACAATTACGACAGTGCTTACGGAAA GAGGGCTCTGGTGATTATGTACAAAGGAATAATGGAGCAGGACTCTCTACCTGTTGTACCTCCAGGATGTTCATCTGACA GACCAGATACAATTAAAGATTTTATTGCACAGGCAAAAGCTGCTCTTGTATCTGTTGGTATAGTTAGGGACACAATTCTT GGTAATAATGGTAAAGATCTTGGAAGGTTATCTGGTCGCATAATTGATTCAGATATGCATGAAGTTGGACGATTCCTCAA CCGGCTTTTGGGACTACCTCCTGATATTCAGAACGGGCTGTTTGAGTTATTTGTGAGTATCTTGGATCTTCTCATTCGAA ATGCTCGAATTGAAGGTAACCTTGACACCGGCATTGTTGACTTGAAAGCCAATGTCATTGAACTACAGGGGACGCCAAAG ACAGTTCATGTTGATCAAATGACTGGGGCTTCAACAGTTCTGTTTACATTCATCTTGGATCGTGGGATCACGTGGGAGTT GGCAAGTAACATGCTGAATGAAAAGCAGAAGGACGGGCTTGGTTCAGCCCATGATGGCTTCTATGAGTCCAAGAGGGAGT GGTTGGGAAAACGTCATTTTATTTTAGCATTTGAAAGTTCTGCTTCTGGTATGTATAAGATTGTTCGTCCTCCCGTTGGA GAATCAAACCGGGAGATGCCACTGTCTGAATTAAAAAGTAAATATAGAAAAATCTCATCTTTAGAGAAGGCTCAAACTGG TTGGGAAGAGGAATATGAAGTTTCATCTAAACAGTGCATGCATGGTCCCAAATGTAAGATTGGCGACTTCTGTACAGTTG GCAGAAGACTACAGGAAGTAAATGTCTTGGGTGGCCTCATTCTTCCTGTTTGGGGAACCATAGAAAAGGCTCTTGCTAAG CAGGCCCGCCTTAGCCATAGGAGGCTTCGTGTTGTACGCATTGAGACTACTGTGGATAACCAACGTATTGTTGGGCTTCT TGTTCCTAATTCAGCTGTCGAAACTGTGCTTGAAGTTAGACCTGGTTTTTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0034000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTQPSVPTPPPPLPPPPPPSDIRVRCAGCRMILAVAPGLTEFACPTCRMPQMLPPELMPPRADQTATATTTSPLPAPPAS SAPAHGIDPTKIQLPCANCKALLNVPHGLSHFSCPQCEVNLAVDLSKVKQFLPSAPPPEEVNEVAVDVERDEDEGGMVGE TFTDYRPPKVSIGPPHPDPVVETSSLAAVQPPEPTYDPKTRDNLENSKSLSCLQIETLVYACQRHLQHLPGGARAGFFIG DGAGVGKGRTIAGLILEHWHHGRRKALWISVGSDLKFDARRDLDDVGATCLEVHALNKLPYSKLDSKSVGVKEGVVFLTY NSLIASSEKGRSRLQQLVQWCGPGFDGLVIFDECHKAKNLVPESGSQPTRTGEAVLEIQDRLPEARVVYCSATGASEPRN MGYMVRLGLWGAGTSFSDFREFLGALDRGGVGALELVAMDMKARLGMYLCRTLSYEGAEFEVVEAPLEDKMMNMYKKAAE FWAELRVELLSASAFLNDKPNSSQVWRLYWASHQRFFSHMCMSAKVPATVRLAKQALSEEKCVVIGLQSTGEARTEEAVT KYGSELDDFVSGPRELLLKFVEENYPLPEKPELLPGEGEDGVKELQRKRHSATPGVSLKGRVRKVAKLQPPSDAESDEES ETDSGIESTDSDDEFQICEICTTEEEKKKMLQCSCCGKLVHSSCLMPPIGDIVPEEWSCHLCKEKTDEYLLARQAYIAEL QKRYDAALERRTKILEIIRSLDLPNNPLDDIIDQLGGPDKVAEITGRRGMLVRASTGKGVTYQARNTKDVTTEMVNMHEK QLFMDGKKLVAIISEAGSAGVSLQADRRAGNQKRRVHLTLELPWSADRAIQQFGRTHRSNQASAPEYRILFTNLGGERRF ASIVAKRLESLAGPSLSAYNYDSAYGKRALVIMYKGIMEQDSLPVVPPGCSSDRPDTIKDFIAQAKAALVSVGIVRDTIL GNNGKDLGRLSGRIIDSDMHEVGRFLNRLLGLPPDIQNGLFELFVSILDLLIRNARIEGNLDTGIVDLKANVIELQGTPK TVHVDQMTGASTVLFTFILDRGITWELASNMLNEKQKDGLGSAHDGFYESKREWLGKRHFILAFESSASGMYKIVRPPVG ESNREMPLSELKSKYRKISSLEKAQTGWEEEYEVSSKQCMHGPKCKIGDFCTVGRRLQEVNVLGGLILPVWGTIEKALAK QARLSHRRLRVVRIETTVDNQRIVGLLVPNSAVETVLEVRPGF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 20 | 20 | - | – | |
| PANTHER | 19 | 135 | 117 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 19 | 135 | 117 | 0.0 | ||
| MobiDBLite | 55 | 86 | 32 | - | – | |
| PANTHER | 134 | 1238 | 1105 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 134 | 1238 | 1105 | 0.0 | ||
| MobiDBLite | 158 | 177 | 20 | - | – | |
| Pfam | 175 | 476 | 302 | 1.4E-131 | ||
| SUPERFAMILY | 184 | 418 | 235 | 7.44E-15 | ||
| Gene3D | 199 | 404 | 206 | 1.1E-7 | – | |
| CDD | 291 | 393 | 103 | 0.00490303 | – | |
| MobiDBLite | 589 | 650 | 62 | - | – | |
| MobiDBLite | 593 | 610 | 18 | - | – | |
| Gene3D | 621 | 708 | 88 | 1.3E-11 | ||
| MobiDBLite | 635 | 650 | 16 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 649 | 707 | 59 | 1.66E-11 | ||
| ProSiteProfiles | 655 | 705 | 51 | 9.205 | ||
| Pfam | 657 | 705 | 49 | 4.2E-7 | ||
| SMART | 657 | 703 | 47 | 1.1E-5 | ||
| ProSitePatterns | 658 | 702 | 45 | - | ||
| Pfam | 746 | 1027 | 282 | 3.9E-95 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Regulation of transcription, DNA-templated | Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular DNA-templated transcription. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0034000.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…