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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0299200 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0299200.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH protein; TAIR: AT1G79560.1 FTSH protease 12; Swiss-Prot: sp|Q9SAJ3|FTSHC_ARATH ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7HBE4|A0A1J7HBE4_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0299200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:62411374..62427332) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCTAAAGCATAAACCCATCCTCCCAAAATCATGAACAAGAAACTCAGAACCTGCTCCTCCATGTAGTAGTAGGAGTTGAA AAATCCATCAATGGATCTCATCATTTCACACAGCCCAAACCCACTTTTTGTTTCCTCATCACCATTTCCCTCAACCTCTC AAAATCCCACCTTTTTAACGTTTGCCGCACCCTACTCCCGTCGCAGAAAGCTCAAGTTTCGAGCTTCAGCGAGCGCAGAC CCAAATGGCGCTGGTGCGTCTTCTTGGTTCCAACCGTTGCAACGCGCTTCGAGGCGGTTTTGGGTGAAATTTGGGGATTT GGTGAAGAAGGAGACGGGTGTTGACTTGGAGGATGGTGCTGTGAAGTTGGGTGAGTTTGTGGATGGTGTGAAGTATAATG GAGATGAATTTGGAAGGATTGGGACTCGTTCGGTGACTCAGTTTGTCGATTGGAACCGGTTGGAGCGTTGGAAGGTGAGT CAATCAATTGCTGTAATGGGATTTTGTTGTTAATTTGATAATTTCATTTTTAGTGAAATGGAATGGTTGTTGGAGAAGTG CTGGATTAAGTGTTTGGTATGTATGTGATTGTGTTGTTTTCAGTGAGGTTAGTGTTTCTTTCTTTATGTGAGGGTGGTGA TGTTGGGGCCTATAATTTTACTAATAAGTAAGTAATAGTTGTGAATATTATTTTTACTAGTTCTTGTAGAAAGATGAATC AATGCAAAAATAATGTGTCACTTTGTAATTATTACTGAACAAGAAATGAAAATGGAAAAAATTTCTTGAAACCAAACACA CCCGTGTTTTGGTTTATTGTTGTAGCTGTGAGGGTGTCGAGTTAGAGCTAAAACTAAATTCCTCAGTCAAGGGCTTCATA AGAGAGTGCTGGCTAGAATTTTGTGGCAGTGCCTGCATTTCAGTGGCACCTGTTTTTCTTTGCATACTTGATAGGATGAC 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0299200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATCTCATCATTTCACACAGCCCAAACCCACTTTTTGTTTCCTCATCACCATTTCCCTCAACCTCTCAAAATCCCAC CTTTTTAACGTTTGCCGCACCCTACTCCCGTCGCAGAAAGCTCAAGTTTCGAGCTTCAGCGAGCGCAGACCCAAATGGCG CTGGTGCGTCTTCTTGGTTCCAACCGTTGCAACGCGCTTCGAGGCGGTTTTGGGTGAAATTTGGGGATTTGGTGAAGAAG GAGACGGGTGTTGACTTGGAGGATGGTGCTGTGAAGTTGGGTGAGTTTGTGGATGGTGTGAAGTATAATGGAGATGAATT TGGAAGGATTGGGACTCGTTCGGTGACTCAGTTTGTCGATTGGAACCGGTTGGAGCGTTGGAAGGATCTCAAGAACTGGG AACCTAAGAGAATTGGTGCATTAGTTCTTTATATCCTTGTTGTGGCATTTGCTTGTAGAGGAGTATATGTAGCAATTCAA GCACCTTACCTAAATCGCCAAAGAAAAGAATTGACTGAAGCTTACATGGAAGCTTTGATTCCTGAGCCGTCTCCCAGTAA TATTAGAAGATTTGAGAAGGGTATGTGGAAGAGGACAATGCCGAAAGGCCTGAAAATGAAAAAGCTAATCGAAAGGCCTG ATGGAACACTTGTTCATGATACTACATATGTTGGGGAGGATGCATGGGAGGATGATCAAGAAACTCCTGAAGAACATGTA AAGCAAATTATAAAGGATGATGAAAGATTAAACAGACAAGAGAAGAAAGAACTAACCAAAGACTTGGGCATTTCAGGTGA AGTTCAAATTGAGGGTACATGGCGTGAGAGACTTCATAAATGGAAGGAGATCCTTAGAAAAGAACGCCTTGTTGAGCAAC TGGATTCCTTAAATGCCAAATATGTAGTTGAGTTTGACATGAAAGAGGTTGAAAATAGTCTTCGCAAGGATGTGGCAGAA AAGGCGACAGCCACTCCGGGAACAAGGGGTCTGTGGATAGCTAAGAGATGGTGGCGCTATCGTCCTAAACTTCCTTACAA TTATTTTCTTGAAAAACTTGATAGTTCTGAGGTAGCAGCTGTTGTCTTTACTGAAGACTTGAAAAGATTGTACGTGACAA TGAAAGAAGGTTTCCCTTTGGAGTATGTTGTTGATATTCCTCTTGATCCACATATGTTTGAGATTATTACAAGTTCTGGA GTTGAAGTAGATCTCCTTCAGAAGCAACAGATCCATTATTTTATGAAGGTTGTGATGGCATTATTACCTGGAATACTAAT TCTCTGGCTTATAAGGGAGTCTATGACACTTCTACTCATCACTTCCAAACGCTTTCTTTACAAGAAGTATAATCAACTCT ATGATATGGCTCATGCAGAAAATTTTATCATGCCAGTTGGAGATGTTGGTGAAACAAAATCTATGTACAAGGAAGTTGTG TTGGGGGGTGACGTTTGGGATCTTCTTGACGAGTTGATGATCTATATGGGAAATCCTATGCAGTTCTATGAAAAGGATGT GAATTTTGTTCGGGGTGTTCTACTCTCTGGACCTCCAGGAACAGGAAAAACTCTTTTTGCCAGGACACTTGCAAAAGAAA GTGGACTGCCTTTTGTTTTTGCTTCTGGTGCTGAGTTCACAGATAGTGAAAAAAGTGGAGCTGCCAGAATTAATGAGATG TTTTCCACTGCCAGGAGAAATGCACCTTGTTTTGTATTTGTAGATGAAATAGACGCCATTGCTGGAAGACATGCTAGGAA CGATCCACGTAGAAGGGCAACTTTTGAGGCTCTTATTACACAGCTTGACGGGGAGAAGGAAAAAACTGGTGTTGACCGTC ATTCCCTCAGACAAGCTATCATATTCATCTGTGCCACAAACAGGCCTGATGAATTAGATCTTGAATTTGTTCGACCTGGA CGTATTGATCGTCGTCTATACATAGGTTTGCCTGATGCGAAGCAAAGAGTCCAAATTTTTGGTGTGCATAGTTCTGGAAA GCAACTTGCAGAGGATGTGAATTTCGAAAAGCTTGTGTTCCGTACTGTTGGATTCTCTGGAGCGGATATAAGAAACCTTG TCAATGAAGCTGCAATAATGTCGGTGAGAAAAGGGCATTCCAAAATTTTCCAGCAAGACCTTATAGATGTACTAGATAAA CAATTGCTTGAGGGTATGGGAGTCCTTCTCACTGAGGAGGAGCAGCAGAAATGTGAAGAAAGCGTATCTTTTGAAAAGAA GAGACTGCTTGCTGTTCATGAAGCTGGTCATGTTGTGCTAGCGCACTTATTTCCTCGGTTTGACTGGCATGCATTTTCGC AGCTCCTACCCGGTGGTAAGGAAACTGCAATATCTGTATTCTATCCTCGAGAAGATATGGTAGACCAAGGTTATACCACA TTTGGTTACATGATGATGCAAATGGTAGTGGCTCATGGTGGTCGATGTGCTGAACGTCTTGTATTTGGCGATGATATAAC TGATGGAGGAAGAGACGATCTAGAAAAGATAACAAAGATTGCTAGGGAGATGGTAATCAGTCCTCAAAATTCAAGGTTGG GGTTAATAGCTTTAACAAAAAGGATTGGCTTAGTTGATCGACCAGACAGTTCAGATGGCGAGATGATAAGATATAGATGG GATGACCCTCAAGTGATTCCTGCTAATATGACACTTGAGGTATCTGAGCTCTTTACGCGGGAGTTGACAAGGTATATTGA AGAAACTGAAGAACTTGCAATGAATGCTTTGAGGGATAATAGGCATATCCTGGACTTGGTTACAAGGGAGCTATTGGAGA GGTCAAGAATAACTGGATTGGAGGTTGAAGAAAAATTGAAGGGACTATCGCCAGTAATGTTTGAGGACTTTATAAAGCCA TTCCAGATAGACTTAGATGAGGATGGGCCACTTCCGCATAATGATCGTGTACGGTATCAGACACCGAACCTGTATCCTGC TCCTCTCCATAGATGTTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0299200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDLIISHSPNPLFVSSSPFPSTSQNPTFLTFAAPYSRRRKLKFRASASADPNGAGASSWFQPLQRASRRFWVKFGDLVKK ETGVDLEDGAVKLGEFVDGVKYNGDEFGRIGTRSVTQFVDWNRLERWKDLKNWEPKRIGALVLYILVVAFACRGVYVAIQ APYLNRQRKELTEAYMEALIPEPSPSNIRRFEKGMWKRTMPKGLKMKKLIERPDGTLVHDTTYVGEDAWEDDQETPEEHV KQIIKDDERLNRQEKKELTKDLGISGEVQIEGTWRERLHKWKEILRKERLVEQLDSLNAKYVVEFDMKEVENSLRKDVAE KATATPGTRGLWIAKRWWRYRPKLPYNYFLEKLDSSEVAAVVFTEDLKRLYVTMKEGFPLEYVVDIPLDPHMFEIITSSG VEVDLLQKQQIHYFMKVVMALLPGILILWLIRESMTLLLITSKRFLYKKYNQLYDMAHAENFIMPVGDVGETKSMYKEVV LGGDVWDLLDELMIYMGNPMQFYEKDVNFVRGVLLSGPPGTGKTLFARTLAKESGLPFVFASGAEFTDSEKSGAARINEM FSTARRNAPCFVFVDEIDAIAGRHARNDPRRRATFEALITQLDGEKEKTGVDRHSLRQAIIFICATNRPDELDLEFVRPG RIDRRLYIGLPDAKQRVQIFGVHSSGKQLAEDVNFEKLVFRTVGFSGADIRNLVNEAAIMSVRKGHSKIFQQDLIDVLDK QLLEGMGVLLTEEEQQKCEESVSFEKKRLLAVHEAGHVVLAHLFPRFDWHAFSQLLPGGKETAISVFYPREDMVDQGYTT FGYMMMQMVVAHGGRCAERLVFGDDITDGGRDDLEKITKIAREMVISPQNSRLGLIALTKRIGLVDRPDSSDGEMIRYRW DDPQVIPANMTLEVSELFTRELTRYIEETEELAMNALRDNRHILDLVTRELLERSRITGLEVEEKLKGLSPVMFEDFIKP FQIDLDEDGPLPHNDRVRYQTPNLYPAPLHRC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 137 | 137 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 992 | 992 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 992 | 992 | 0.0 | – | |
| TMHMM | 137 | 159 | 23 | - | – | |
| Phobius | 138 | 159 | 22 | - | – | |
| Phobius | 160 | 412 | 253 | - | – | |
| Phobius | 413 | 431 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 417 | 439 | 23 | - | – | |
| Phobius | 432 | 992 | 561 | - | – | |
| Gene3D | 469 | 651 | 183 | 9.4E-42 | – | |
| SUPERFAMILY | 475 | 720 | 246 | 1.8E-48 | ||
| SMART | 509 | 652 | 144 | 1.3E-18 | ||
| CDD | 511 | 650 | 140 | 3.17286E-20 | – | |
| Pfam | 513 | 649 | 137 | 8.9E-33 | ||
| Gene3D | 652 | 720 | 69 | 1.5E-20 | – | |
| Pfam | 672 | 715 | 44 | 9.9E-12 | ||
| Gene3D | 734 | 950 | 217 | 3.3E-47 | ||
| Pfam | 742 | 943 | 202 | 7.5E-23 | ||
| SUPERFAMILY | 744 | 956 | 213 | 4.84E-35 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Metalloendopeptidase activity | Catalysis of the hydrolysis of internal, alpha-peptide bonds in a polypeptide chain by a mechanism in which water acts as a nucleophile, one or two metal ions hold the water molecule in place, and charged amino acid side chains are ligands for the metal ions. | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Biological process | Proteolysis | The hydrolysis of proteins into smaller polypeptides and/or amino acids by cleavage of their peptide bonds. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0299200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…