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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0299200 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0299200.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH protein; TAIR: AT1G79560.1 FTSH protease 12; Swiss-Prot: sp|Q9SAJ3|FTSHC_ARATH ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|K7L8H2|K7L8H2_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0299200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:62412472..62426824) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGGGTCTTGGTTGATAACTATTTTGGTATTCATGTCTTTTTTCTCCTTAGAACCATGTGTGCCTGGTCAATTTTTTTGAT TGCAATAGATCCAATGTTAGCTTTTGGACCAGCATGGAAAAAGTGGACTGCTTGCTTTGTTCATACAATTTGGCTCCAGT TTTTTTCGTATTTACTCTTTTTTTTTATGTGAACTGAAACAATGTTGCTTGTTTTTGTTTTAGGATCTCAAGAACTGGGA ACCTAAGAGAATTGGTGCATTAGTTCTTTATATCCTTGTTGTGGCATTTGCTTGTAGAGGAGTATATGTAGCAATTCAAG CACCTTACCTAAATCGCCAAAGAAAAGAATTGACTGAAGCTTACATGGAAGCTTTGATTCCTGAGCCGTCTCCCAGTAAT ATTAGAAGGTATGTCAATCCTCATTTATTTATATATTGTTTTAAACCATGCACTTATTTGATATGGTCATTAACTCATAA TTCTATTATAAATTAAATTTGATTTATATAACTATATTTCTTCTGAATGTCCAATATTCTTTCACTAGTTTCCTACTAAG ATAGTATTTTGATCAAATTGAATGAAAAAAGTCCTAATCCTAACCTTAGAAAGTAGACCGGTCATTTGTTAAAACGTGAC AGTTACAGCAACTGAAACCTAAACGTATACACCTGCATATTGAACTACGGACTGGCTTCTTCATTTAACAAAGACATGTT TGATGTTGTGTGTTAGTTTACTGTTCCACAAACTCACATTGGGCTATCAAAGAGGATGTACCACTTCTTATTTCGTCATC ACCAATTCCCCCAACCTCATAATTTTGATCTATCCACGAAATGTAATTTGCAGCGTAGCTGCAGCAATGACTGTATCAGC CGAAAGCTGATATGTTGAAGCTTTTGTTTGAAAAATAAAATTTCACGCCCAAACTTGAATAAAAATTAAAACCGTAACCA 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0299200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAGCTTTGATTCCTGAGCCGTCTCCCAGTAATATTAGAAGATTTGAGAAGGGTATGTGGAAGAGGACAATGCCGAA AGGCCTGAAAATGAAAAAGCTAATCGAAAGGCCTGATGGAACACTTGTTCATGATACTACATATGTTGGGGAGGATGCAT GGGAGGATGATCAAGAAACTCCTGAAGAACATGTAAAGCAAATTATAAAGGATGATGAAAGATTAAACAGACAAGAGAAG AAAGAACTAACCAAAGACTTGGGCATTTCAGGTGAAGTTCAAATTGAGGGTACATGGCGTGAGAGACTTCATAAATGGAA GGAGATCCTTAGAAAAGAACGCCTTGTTGAGCAACTGGATTCCTTAAATGCCAAATATGTAGTTGAGTTTGACATGAAAG AGGTTGAAAATAGTCTTCGCAAGGATGTGGCAGAAAAGGCGACAGCCACTCCGGGAACAAGGGGTCTGTGGATAGCTAAG AGATGGTGGCGCTATCGTCCTAAACTTCCTTACAATTATTTTCTTGAAAAACTTGATAGTTCTGAGGTAGCAGCTGTTGT CTTTACTGAAGACTTGAAAAGATTGTACGTGACAATGAAAGAAGGTTTCCCTTTGGAGTATGTTGTTGATATTCCTCTTG ATCCACATATGTTTGAGATTATTACAAGTTCTGGAGTTGAAGTAGATCTCCTTCAGAAGCAACAGATCCATTATTTTATG AAGGTTGTGATGGCATTATTACCTGGAATACTAATTCTCTGGCTTATAAGGGAGTCTATGACACTTCTACTCATCACTTC CAAACGCTTTCTTTACAAGAAGTATAATCAACTCTATGATATGGCTCATGCAGAAAATTTTATCATGCCAGTTGGAGATG TTGGTGAAACAAAATCTATGTACAAGGAAGTTGTGTTGGGGGGTGACGTTTGGGATCTTCTTGACGAGTTGATGATCTAT ATGGGAAATCCTATGCAGTTCTATGAAAAGGATGTGAATTTTGTTCGGGGTGTTCTACTCTCTGGACCTCCAGGAACAGG AAAAACTCTTTTTGCCAGGACACTTGCAAAAGAAAGTGGACTGCCTTTTGTTTTTGCTTCTGGTGCTGAGTTCACAGATA GTGAAAAAAGTGGAGCTGCCAGAATTAATGAGATGTTTTCCACTGCCAGGAGAAATGCACCTTGTTTTGTATTTGTAGAT GAAATAGACGCCATTGCTGGAAGACATGCTAGGAACGATCCACGTAGAAGGGCAACTTTTGAGGCTCTTATTACACAGCT TGACGGGGAGAAGGAAAAAACTGGTGTTGACCGTCATTCCCTCAGACAAGCTATCATATTCATCTGTGCCACAAACAGGC CTGATGAATTAGATCTTGAATTTGTTCGACCTGGACGTATTGATCGTCGTCTATACATAGGTTTGCCTGATGCGAAGCAA AGAGTCCAAATTTTTGGTGTGCATAGTTCTGGAAAGCAACTTGCAGAGGATGTGAATTTCGAAAAGCTTGTGTTCCGTAC TGTTGGATTCTCTGGAGCGGATATAAGAAACCTTGTCAATGAAGCTGCAATAATGTCGGTGAGAAAAGGGCATTCCAAAA TTTTCCAGCAAGACCTTATAGATGTACTAGATAAACAATTGCTTGAGGGTATGGGAGTCCTTCTCACTGAGGAGGAGCAG CAGAAATGTGAAGAAAGCGTATCTTTTGAAAAGAAGAGACTGCTTGCTGTTCATGAAGCTGGTCATGTTGTGCTAGCGCA CTTATTTCCTCGGTTTGACTGGCATGCATTTTCGCAGCTCCTACCCGGTGGTAAGGAAACTGCAATATCTGTATTCTATC CTCGAGAAGATATGGTAGACCAAGGTTATACCACATTTGGTTACATGATGATGCAAATGGTAGTGGCTCATGGTGGTCGA TGTGCTGAACGTCTTGTATTTGGCGATGATATAACTGATGGAGGAAGAGACGATCTAGAAAAGATAACAAAGATTGCTAG GGAGATGGTAATCAGTCCTCAAAATTCAAGGTTGGGGTTAATAGCTTTAACAAAAAGGATTGGCTTAGTTGATCGACCAG ACAGTTCAGATGGCGAGATGATAAGATATAGATGGGATGACCCTCAAGTGATTCCTGCTAATATGACACTTGAGGTATCT GAGCTCTTTACGCGGGAGTTGACAAGGTATATTGAAGAAACTGAAGAACTTGCAATGAATGCTTTGAGGGATAATAGGCA TATCCTGGACTTGGTTACAAGGGAGCTATTGGAGAGGTCAAGAATAACTGGATTGGAGGTTGAAGAAAAATTGAAGGGAC TATCGCCAGTAATGTTTGAGGACTTTATAAAGCCATTCCAGATAGACTTAGATGAGGATGGGCCACTTCCGCATAATGAT CGTGTACGGTATCAGACACCGAACCTGTATCCTGCTCCTCTCCATAGATGTTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0299200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEALIPEPSPSNIRRFEKGMWKRTMPKGLKMKKLIERPDGTLVHDTTYVGEDAWEDDQETPEEHVKQIIKDDERLNRQEK KELTKDLGISGEVQIEGTWRERLHKWKEILRKERLVEQLDSLNAKYVVEFDMKEVENSLRKDVAEKATATPGTRGLWIAK RWWRYRPKLPYNYFLEKLDSSEVAAVVFTEDLKRLYVTMKEGFPLEYVVDIPLDPHMFEIITSSGVEVDLLQKQQIHYFM KVVMALLPGILILWLIRESMTLLLITSKRFLYKKYNQLYDMAHAENFIMPVGDVGETKSMYKEVVLGGDVWDLLDELMIY MGNPMQFYEKDVNFVRGVLLSGPPGTGKTLFARTLAKESGLPFVFASGAEFTDSEKSGAARINEMFSTARRNAPCFVFVD EIDAIAGRHARNDPRRRATFEALITQLDGEKEKTGVDRHSLRQAIIFICATNRPDELDLEFVRPGRIDRRLYIGLPDAKQ RVQIFGVHSSGKQLAEDVNFEKLVFRTVGFSGADIRNLVNEAAIMSVRKGHSKIFQQDLIDVLDKQLLEGMGVLLTEEEQ QKCEESVSFEKKRLLAVHEAGHVVLAHLFPRFDWHAFSQLLPGGKETAISVFYPREDMVDQGYTTFGYMMMQMVVAHGGR CAERLVFGDDITDGGRDDLEKITKIAREMVISPQNSRLGLIALTKRIGLVDRPDSSDGEMIRYRWDDPQVIPANMTLEVS ELFTRELTRYIEETEELAMNALRDNRHILDLVTRELLERSRITGLEVEEKLKGLSPVMFEDFIKPFQIDLDEDGPLPHND RVRYQTPNLYPAPLHRC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 817 | 817 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 817 | 817 | 0.0 | – | |
| Phobius | 1 | 237 | 237 | - | – | |
| Phobius | 238 | 256 | 19 | - | – | |
| Phobius | 257 | 817 | 561 | - | – | |
| Gene3D | 294 | 476 | 183 | 6.9E-42 | – | |
| SUPERFAMILY | 300 | 545 | 246 | 1.24E-48 | ||
| SMART | 334 | 477 | 144 | 1.3E-18 | ||
| CDD | 336 | 475 | 140 | 7.33494E-20 | – | |
| Pfam | 338 | 474 | 137 | 6.7E-33 | ||
| Gene3D | 477 | 545 | 69 | 1.2E-20 | – | |
| Pfam | 497 | 540 | 44 | 7.8E-12 | ||
| Gene3D | 559 | 776 | 218 | 2.2E-47 | ||
| Pfam | 567 | 768 | 202 | 5.4E-23 | ||
| SUPERFAMILY | 569 | 781 | 213 | 3.4E-35 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Metalloendopeptidase activity | Catalysis of the hydrolysis of internal, alpha-peptide bonds in a polypeptide chain by a mechanism in which water acts as a nucleophile, one or two metal ions hold the water molecule in place, and charged amino acid side chains are ligands for the metal ions. | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Biological process | Proteolysis | The hydrolysis of proteins into smaller polypeptides and/or amino acids by cleavage of their peptide bonds. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0299200.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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