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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0364800 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0364800.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA ligase isoform 1; TAIR: AT1G07910.2 RNAligase; Swiss-Prot: sp|Q9FR53|TOR_ARATH Serine/threonine-protein kinase TOR; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0E4L3|A0A0R0E4L3_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0364800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:75049084..75067401) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGTGGAGAAAGTGAGAGATTGGTTTCTGGTTTCGGGCCTTTTCGGTCAAAACCAACACGCAACCATTTCTTCTTCTTCTT CCTCCTCCGCCCCCAATCGGCGGTGCGCCACCCTCCACCGCCCTCTAACCCTAATCACCACCACCTTCTCGATTCATTCC TGATTCCAGCTCAAATTCCCCTACATCAATTCATTACGGTTCTCCTCCTCACTCCCAATTCCGTAATTCGATTGATTTCT CTTCTTTTTCTGATCTGATCACGCTGATTATCATGTGCTAGCTAGCTTCTTCCCTCGTTGATTATCATTTATCATTATCC ACCTGCTGCTTATTCTGTTTGTGCTGAATTGTTGGAGGACATGGATTCAGGACCGAGTATCAAGGTAAAGGGTTTATCAT CATCATTCCTGCTCTAATTTCAAAGTTTGGTCAACACTTGTTCATCATCATTTCCGATGACTCGCTTTTCAGCTCGTTAG TTTTGCATGCGTTGCACGTTTGAATTTTGCTTTGTACTTTTTGGTCAACATGTTTGTGCAGCGATAGCTTTTCATTTTCC TGCTGATGAGTGATATATATATATATGTGGTTTTTAAGATTAAGCACGCATGAAGAGCTAGGAATTTCGTGTTTTTTCTT TTGGGTTAGATGACATTTTACTTTTTTGTTGTTTTCCTTGTTGATTTTGTTACGGAAACATTGTTAACCACGGTGTTTAG AGAAGGTTTTATGTCCTTTTAACCACGGGCCAATTGCTATCCCTAATAATCACTTTACAGTCTCATAATAATCATGTACA TCGCGCGTGCAGGGTAATTAATCTGCAAACACGTGTTCTGTGTTTGCCATCACCTCCAATAAACAGTTACTACCCTTTTG CCGGGTCTCTCTGGCGCAGCAACGCCGCTTCTGGAAAAACCGCCGAGTCAGTGCTCACTCACTCACTCACTCGTCGTTTC 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CTGCCTTTCATGGCTTATTCTTGTTGTGTAATCTATTTTTTTACCCTGGTAAGTGAGTTAGATTGAAATTTCAAATAA
CDS sequence (LotjaGi3g1v0364800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCGGCACCGCATAAGTTTCTCTGCACATTCTCACACCGCATCCTCCTCCTCCCTCCTCTCTCAACTTCCACAACCTT CCTCTTCCTCCCCTCCTCCCACCGCTTCTTCTGCACCCTTCCTCCCTCAACAATGCCTTGCAATCAGCGAAGTGGTGGTC ACGGTGGCCAGCAATGGACGGAGAAACCGAAGGATGAGGCGCCGTTATCATCGGCTATGGGAGATTCTGCAACTGCTGCT GAAACTGTTTCTAACAAGCTTGCTGGAATGCATATTGGTGAAAACAGTGAGCAAACGGGGTTAGGGCATGCTAATAAGGG TGCAATTTGGAAACATAAATCATATGGAACTACTGCTGCACCTGAAGTCGACAACAAACCGGCGGGTAAAGTCGCGGTTG ATGGTGCAAGGGTTGATGCTGGTGGTGTGGCTTCTACTCAGAAGAGTGGTATTAGTGGTGCTGGTTTGAGCAAGTTATTT CAAGGTAATCTGTTGGAAAAATTCGAAGTGGACAACTCTACCTACTCACAAGCACATATCAGAGCAACTTTCTACCCCAA ATTTGAGAATGAAAAGTCAGATCAAGAGACCAGGACAAGGATGATTGAGATGGTATCAAAAGGTTTGGCTACCTTAGAGG TTTCACTTAAACATTCTGGTTCTCTTTTTATGTATGCGGGCCATGAGGGTGGAGCTTATGCAAAAAACAGTTTTGGAAAT ATATATACTGCTGTTGGTGTATTTGTTCTTGGGCGGATGTTTCGTGAGGCTTGGGGAACTGAAGCTTCGAAAAAACAGGC TGAATTTAATAATTTTCTTGAGAGAAACCATATGTGCATATCAATGGAACTAGTAACAGCTGTACTTGGAGACCATGGGC AGCGTCCGCAAGAAGATTTTGTGGTAGTTACAGCAGTCACTGAACTGGGAAATGGAAAGCCAAAGTTCTATTCAACTCCT GAGATAATTGCTTTTTGCAGAAAATGGCGCCTACCGACAAATCATGTGTGGTTGTTTTCAACAAGAAAATCAGCCTCTTC CTTCTTTGCTGCCTATGATGCCTTATGTGAGGAAGGTACTGCAACGTCTGTATGCAAGGTTCTTGATGAAATTGCAGACG TATCTGTACCAGGTTCAAAAGACCATGTAAAAGCCCAAGGAGAAATTTTAGAGGGTCTTGTTGCTCGTCTTGTGAGTCAT GAGAGTTCAAACCATATTGAAAAAGTTTTGAAAGAATTTCCTCCTCCACCTGCTGATGGAGTTGCCCTTGATTTCGGACC AAGCCTAAGGGAAATTTGTGCAGCAAATAGATCTGATGAAAAGCAGCAAATAAAAGCACTTCTCGAGAGTGTTGGCAGCT CTTTTTGTCCTGACTATTCAGATTGGTATGGGACTGATGGTGCTGATATTCATTCAAGAAATGTAGACAGATCCGTTGTT TCAAAATTTTTACAAGCCCATCCTGCAGACTATTCAACAAAAAAGTTGCAGGAAATTATTCGACTGATGAGGGAAAAACG CTTCCCTGCTGCATTCAAATGTTATCATAACTTCCACAAGGTTGATGCCATATCAAGCGACAACGTGTTTTACAAAATGG TCATTCATGTACACAGTGATTCTGCTTTTCGACGATACCAAAAAGAGATGAGGCATAGACCTGGATTGTGGCCGCTGTAT CGAGGATTTTTTGTAGATATCAATTTATTTAAAGCAAACAAGGAGAAAGCAGCTGAAATTTCTATGAAAAGCAGTATAAA TGAAAGTGATAGTACTAGCTCTGAGAAAGATGATTTTGCTGATGAAGATGCAAATTTAATGGTCAAATTGAAATTTCTTA CATATAAGTTGCGAACCTTTCTCATTCGAAATGGCTTACCAGTTCTGTTTAAAGAAGGTCAAAGTGCTTACAAGGCTTAT TATCTGAGACAAATGAAAATATGGGGAACCTCTCCAGGAAAGCAGAAAGAACTTAGCATGATGCTTGATGAATGGGCTGT GCATATAAGAAGGAAGTGTGGAAATAAGCAATTGTCATCATCAATATATCTTAGTGAAGCTGAACCTTTCCTTGAACAGT TTGCTAAACGTAGCCCACAGAACCAAGCCTTAATAGGTTCTGCCGGTAGTTTAGTTAGAACTGAAGATTTCTTGGCCATT GTTGAGGAAGGCCAGGATGAAGAAGGTGATCTTGTGGCAGAGCGAGATATGGCACCATCCGGGCCTAGTATCTCAGTCAA AGACACAGTTCCGAAGAACGAAGGGTTGATTGTATTCTTTCCCGGAATACCTGGTTGTGCCAAGTCTGCCCTTTGCAAAG AATTGCTAAATGCCCAAGGAGGACTAGGAGATGATCGTCCAGTTCATAGTCTCATGGGTGATCTGATCAAAGGAAAATAT TGGCAGAAAGTGGCTGAAGAGCGTAGAAAGAAACCAAATTCTATAATGCTTGCTGACAAGAATGCCCCAAATAAAGAAGT TTGGAGACAGATAGAAGACATGTGTCGCAAGACCAAGGCATCTGCTGTCCCAGTTGTGCCTGAATCTGAAGGAACTGATT CAAATCCATTTTCTCTTGATGCATTAGCTGTTTTTATGTTTCGTGTTCTTCAACGAGTCAATCACCCGGGAAATCTTGAC AAGGCATCTCCAAATGCTGGCTATGTTCTGTTAATGTTTTATGACCTTTATGATGGCGAGAGCCGTAAAGAGTTTGAGGG TGAATTAATTGAGCGTTTTGGGTCACTTGTGAAGATGCCATTACTTAAATCCGATAGGAATCCTCTTCCTGAAGCAGTGC AGTGCATTTTGGTGGAAGGAATTAATTTATTTAAGCTTCACTCTAAAAGACATGGAAGATTAGAGTCTACCAAGGGATCG TACGCGAAGGAATGGATAAAATGGGAGAAACAATTACGGGATATTCTAAATCAAACTGCTGAGTATTTTAATTCAATTCA GGTTCCATTTGATTTTGCTGTCAAGCAAGTCTCGGAACAATTGAGAAACATTGCTAAGGGAGAGTACACAGCACCAGATA CCGAAACGAGGAAACTTGGTGCCATTGTTTTTGCTGCAATCAGTGTGCCAGTTGCAGAAATTCAAGGTGTCCTTAATAAT TTGGCCGAGAAGAATCCCAAGATTGATGCATTCCTTAAAGGCAACCATTTAGAGAATCTTAATCGAGCTCATTTGACTCT TGCCCACAAAAGAAGTCATGGCATCAAAGCTGTAGCTGATTATGGTCTCTGGCTGCATATAAAGGTACCCGTGGAGTTGA CGGCACTGCTCTTATCAGATAAAATGGCTGCACTTGAAGCTTGTCCTGGCTCAGTGGACGGTGATAAGATAGTTTCAAAA AATGCGTGGCCCCATATTACCTTATGGACTGGTGAAGGGGTTGCAGCCAAGGATGCCAACATGTTACCACAGTTGTTTGC AGAGGGGAAAGCAAATCGGATTGACTTCAACCCTCCCATCAGTATATATGGCACAATGGAATTTTATTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0364800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSAPHKFLCTFSHRILLLPPLSTSTTFLFLPSSHRFFCTLPPSTMPCNQRSGGHGGQQWTEKPKDEAPLSSAMGDSATAA ETVSNKLAGMHIGENSEQTGLGHANKGAIWKHKSYGTTAAPEVDNKPAGKVAVDGARVDAGGVASTQKSGISGAGLSKLF QGNLLEKFEVDNSTYSQAHIRATFYPKFENEKSDQETRTRMIEMVSKGLATLEVSLKHSGSLFMYAGHEGGAYAKNSFGN IYTAVGVFVLGRMFREAWGTEASKKQAEFNNFLERNHMCISMELVTAVLGDHGQRPQEDFVVVTAVTELGNGKPKFYSTP EIIAFCRKWRLPTNHVWLFSTRKSASSFFAAYDALCEEGTATSVCKVLDEIADVSVPGSKDHVKAQGEILEGLVARLVSH ESSNHIEKVLKEFPPPPADGVALDFGPSLREICAANRSDEKQQIKALLESVGSSFCPDYSDWYGTDGADIHSRNVDRSVV SKFLQAHPADYSTKKLQEIIRLMREKRFPAAFKCYHNFHKVDAISSDNVFYKMVIHVHSDSAFRRYQKEMRHRPGLWPLY RGFFVDINLFKANKEKAAEISMKSSINESDSTSSEKDDFADEDANLMVKLKFLTYKLRTFLIRNGLPVLFKEGQSAYKAY YLRQMKIWGTSPGKQKELSMMLDEWAVHIRRKCGNKQLSSSIYLSEAEPFLEQFAKRSPQNQALIGSAGSLVRTEDFLAI VEEGQDEEGDLVAERDMAPSGPSISVKDTVPKNEGLIVFFPGIPGCAKSALCKELLNAQGGLGDDRPVHSLMGDLIKGKY WQKVAEERRKKPNSIMLADKNAPNKEVWRQIEDMCRKTKASAVPVVPESEGTDSNPFSLDALAVFMFRVLQRVNHPGNLD KASPNAGYVLLMFYDLYDGESRKEFEGELIERFGSLVKMPLLKSDRNPLPEAVQCILVEGINLFKLHSKRHGRLESTKGS YAKEWIKWEKQLRDILNQTAEYFNSIQVPFDFAVKQVSEQLRNIAKGEYTAPDTETRKLGAIVFAAISVPVAEIQGVLNN LAEKNPKIDAFLKGNHLENLNRAHLTLAHKRSHGIKAVADYGLWLHIKVPVELTALLLSDKMAALEACPGSVDGDKIVSK NAWPHITLWTGEGVAAKDANMLPQLFAEGKANRIDFNPPISIYGTMEFY
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 6 | 6 | - | – | |
| Phobius | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| SignalP_EUK | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| Phobius | 7 | 18 | 12 | - | – | |
| Phobius | 19 | 24 | 6 | - | – | |
| Phobius | 25 | 1169 | 1145 | - | – | |
| MobiDBLite | 48 | 78 | 31 | - | – | |
| PANTHER | 85 | 1169 | 1085 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 85 | 1169 | 1085 | 0.0 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | RNA ligase (ATP) activity | Catalysis of the reaction: ATP + ribonucleotide(n) + ribonucleotide(m) = AMP + diphosphate + ribonucleotide(n+m). | ||
| Biological process | TRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation | Splicing of tRNA substrates via recognition of the folded RNA structure that brings the 5' and 3' splice sites into proximity and cleavage of the RNA at both the 3' and 5' splice sites by an endonucleolytic mechanism, followed by ligation of the exons. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0364800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…