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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0538500 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0538500.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Exportin-1; TAIR: AT5G17020.1 exportin 1A; Swiss-Prot: sp|Q9SMV6|XPO1A_ARATH Protein EXPORTIN 1A; TrEMBL-Plants: tr|I1LII4|I1LII4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0538500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:95484905..95497810) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTGGTTAGTCCTTCACTTGCCTTTGTGTTCCCATACTGACTTACGTGTGGCCCCCTCTTTCCTCTCCCTCTTGTTTCGAA GTCTCCAACCCTCTCTATCTCTCACTCTGCTTCAAATTCAAGCTAAAGCTGTCTTTACCTTCTCTTTCTCTTTTCTCCCT CCCTCCTTCTCTCTCTCTCTCTATATATATTATTTTTCCTTAATTGATTTAACAAAAAGAAATAAATAGAAGAGTCTCCA CCTGTTCTTTCTCCCCAGAAATCTCTCTCACTCTAGAATCTCCCTTTTCTAGGGTTTTGGTATCTGCTTGCTACTGCTCT CACTGCCACTCCACTCCATTCCATTCTAGGGTTTTACCACACTCCGTCGTCATGGCCGCCGAGAAACTCAGAGATTTGAC CCAACCCATGGACGTCCCTCTCCTCGACGCCACCGTCTCCGCCTTCTACGGCACCGGATCTAAGGAAGAGGTTCAATTCC ACTTCTCTACTTTTCGAATTTCTGTCACCAACTTGGACGGGTTTGAGACACCAAAACATTTTCGAATTTCTCTTCACTGG TTCTCATGTTTTCGATGAATGTAGTTAATCACTGACGCTAGGGCGTTCTGGTTTTTCCTTTTTGTGAGAATGTACTTCTG ATTAGGGCTCTTTTTTATGATTTTTTGTGCGTTTGAATCATGCAGAGAAGTGCTGCTGATCAGATTCTGCGGGAGTTGCA GAATAATCCTGACATGTGGCTCCAAGTCATGCATATTCTGCAGAACACTCAGAGTCTCAATACCAAGTTCTTCGCCTTGC AGGTTGGTTTGTTTATTAGGTGTTTCTGTTGCGACTGATTATGAGTTGTGGTGAAGATAAAAAAAAATCTGTGCTAGGTT GACCATGTTAGCAATGTACCGTGTTTAAAAGCATGCTTACTTTAAAGTACTTTAACTGAGGTGCTTTAATTTGAATGTAA 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TTTTCTTTTCCATTTGTAAATTCAATCGGCTTAGTGTTTTAATTACCCTTTATTTTGATAAATAACTCTTTTTGGGTGGG ATTCTAAACACATTTACTGATGAAGATTCAAGATAAAAACATATCTTTTCTGCAGATTCCTTGAAACTTTTGTGATAAAG ATGCAGATTTCTTATCACTTCTAAAAATCCACAATCTCCTTAGCTCTGCATTGTTGTTTCTTTCTTTTGTTTTTGGTATC TATGCATGAATTTCCGTGTGACTAAAGGCTGTATATTATGGTGTGGTTATGTCTCATATGCAGATTCTGAAGCATGAATG GCCAGCAAGATGGAGAAGCTTTATCCCTGATCTTGTTTCAGCAGCTAAAACTAATGAAACCATTTGTGAGAATTGCATGG CTATATTGAAAGTAAGTCAGTACTATTTTTCCTCAGGTTATGTTTCTTATGTCAATGACTAACTTGAAAAATTCTATTCA GCTTTTGAGTGAAGAGGTTTTTGATTTTTCAAGAGGAGAGATGACTCAGCAGAAGATAAAAGAGCTTAAACAATCTTTGA ACAGGTAGCTGCTGATAGCTCGATTTCTATTTTTTCTTCATGCTTGCCATTTCATTTCTCTTTCTTTTATGTTAGGTGTT TTAAATATTGAGTTTTAATTACTGGTTGCACAGTAATAGATTTTTAAGGTTGCATTATTATAGTTCGAAGTTTTGATGCT ATATGGTCTTTAAGGCTTACTTTTGTTAGTGCTTTATTTATTGAAAGACTAGCAAGTGATTCACTGCTTATATCTGTGGC TAGGTAAAGAAATTAATGATAGCTGGTTGGGTAAAAATAAATTGTGACTGCTATTGCTTTGGTTGTTAAGTGATATCTGC CTTTATCAGCTGTAAGATTAAATCGGGGTGGTTTACAGTTGTTGATTAATAATGATTTGTTTGTTTTAGAACAAAATAGT 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CAAAAGTTATTTTCCTCTGAATTTCATTTTAATAGATTGCTTATTCAAAATATCCATAAATTTTGGACTTAACAATGTTT AATTCAACAGATTATGAGGGAAACTCTTATTTACTTGTCACACCTTGATCATGATGATACTGAAAAGCAGGTATGTGAAT CGGAAAGCGCTGGTCCCTTTGTTTTTTTTCCTGGAAACCCAATCATATTATTTGGTGGTTCTTTCTTACCTGTTTGAATT GTTATTGTAGTGAAGTTTATATTGTTTCAAACATGATCTAGTTTTCTATTTGTCATTGTGAAGCCAGCATATCAAATTTC TTGCATTTCAATATCAATGACATAAGATTCAACAGAGTAACCTAAAAGTCAAATGTTATATTAAAATATTGTTTTGATTT ATAGTGATATGATATCAAAGGTACCTATTTTAATGTTGCATGTTTGTTGCACCTTCATATTATCGTGTAATATGCAGATG CTGAGGAAGTTAAATAAACAACTCAGTGGTGAGGACTGGACATGGAACAATTTAAACACACTCTGCTGGGCAATAGGGTC TATATCTGGTTCCATGATGGAAGAACAGGTACTGTGAGCTTCGCATTATTGTTCAATCAGTGTTATGTCCCAATATGCGT GGGTCAATTTCAAAATTAACAACTAGTCAAGTTATGGTGATCTTTGAGGTGTTTCTGTTTTTTGGCATCATGCTGGTTTT AGGATTTGTAATTTAAATTTAGGAGACAACCATGTAGACTTTGTTGATATCTTGAAGGGACTGGAGTGTACCATGGATGG CATAGAGTATCTTAATGCATCAAATATAACTTTTGATAGAATCTTAACTACTCTTTCATAAACTCTCTCTCTCTCTCTCT GGTGTATGTTTCTGTTTCTGTCTCTTTTATGCATTCCTGCTTTTTGTTCATTTACTTTTCTAAGACTGATACATGTTTAA 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AATGAGAATGGAAAGGGGGGGTTGGGAATCTAGCTCAATACTTTAATGGTAAGTGTTTATAATGGGAAATGTGTTCCCAA TGTCATGATTGAAAATGTTTTTTATGTGTTTGGTTCTTAAAAACGTTGGAACACAATGAGATGTCATATTCATCCGAGTT ATAATAACTTGGTGGACATTTAATTGAGAAATTATCTAAATCGAGTGGGTTGGTTAGGTGTATGGATCACGATATTTTGA TAAAAAAATTAGATTCAAACAGATCCCACAAGAAAGATAACGAAATGAGGAGGATATAAAGATAATACATATTCAGAAAT GGTTGCTCTGGCCTATGGCTCAAAACAAAACTAAACGCAAGAATGAAGAACAAATATAAATATAGAAAAATCCTACAACA AAGATACTAAGCCCTAACCATTGCAC
CDS sequence (LotjaGi3g1v0538500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi3g1v0538500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAAEKLRDLTQPMDVPLLDATVSAFYGTGSKEERSAADQILRELQNNPDMWLQVMHILQNTQSLNTKFFALQVLEGVIKY RWNALPAEQRDGMKNFISDVIVQLSSNEASFRMEKLYVNKLNIILVQILKHEWPARWRSFIPDLVSAAKTNETICENCMA ILKLLSEEVFDFSRGEMTQQKIKELKQSLNSEFQLIHELCLYVLSASQRTELMRATLSTLHAFLSWIPLGYIFESPLLET LLKFFPVPAYRNLTLQCLTEVAGLQFGNYYDVQYVKMYNIFMVQLQGVLPPTTNIPEAYAHGSSEEQAFIQNLALFFTSF YKVHIRILESTQENISALLLGLEYLINISYVDDTEVFKVCLDYWNSLVSELYEPNRSLDNPASAATMMGLQVPGMLPGMV DGHGSQHLQRRQLYAGPMSKLRMLMISRMAKPEEVLIVEDENGNIVRETLKDNDVLVQYKIMRETLIYLSHLDHDDTEKQ MLRKLNKQLSGEDWTWNNLNTLCWAIGSISGSMMEEQENRFLVMVIRDLLNLCEITKGKDNKAVIASNIMYVVGQYPRFL RAHWKFLKTVVNKLFEFMHEIHPGVQDMACDTFLKIVQKCKRKFVITQLGENEPFVSELLSGLPITIADLEPHQIHSFYE SVAHMIQAESDAQKRDEYLQRLMQLPNQKWMEIIGQAHQNVEFLKDQDVIRTVLNILQTNTSVASSLGTYFLPQITLIFL DMLNVYRMYSELISKSISEGGPFTSRTSYVKLLRSVKRETLKLIETFLDKAEDQPQIGKQFVPPMMDPVLGDYARNVPDA RESEVLSLFATIVNKYKAAMIEDVPRIFEAVFQCTLEMITKNFEDYPEHRLKFFSLLRAIATHCFPALICLSSQQLKLVM DSIIWAFRHTERNIAETGLNLLLEMLKKFQGSEFCNQFYRTYFLTIEQEIFAVLTDTFHKPGFKLHVLVLQHLFCLLETG ALTEPLWDAATNPYPYPSNAAFVREFTIKLLSTSFPNMTTAEVTQFVNGLFESTTDLSTFKTHIRDFLIQSKEFSAQDNK DLYAEEAAAQRERERQRMLAIPGLIAPNELQDEMVDS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
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| PANTHER | 2 | 1077 | 1076 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 1077 | 1076 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 13 | 1025 | 1013 | 6.84E-118 | ||
| ProSiteProfiles | 37 | 103 | 67 | 15.796 | ||
| SMART | 37 | 103 | 67 | 1.4E-10 | ||
| Pfam | 37 | 103 | 67 | 3.9E-14 | ||
| Pfam | 115 | 258 | 144 | 9.2E-41 | ||
| Pfam | 337 | 372 | 36 | 6.5E-19 | ||
| Pfam | 410 | 477 | 68 | 3.1E-30 | ||
| Pfam | 491 | 540 | 50 | 3.6E-27 | ||
| SMART | 714 | 1036 | 323 | 7.1E-188 | ||
| Pfam | 714 | 1035 | 322 | 2.9E-127 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nuclear export signal receptor activity | Combining with a nuclear export signal (NES) on a cargo to be transported, to mediate transport of a the cargo through the nuclear pore, from the nuclear lumen to the cytoplasm. The cargo can be either a RNA or a protein. | ||
| Biological process | Intracellular protein transport | The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell. | ||
| Molecular function | Ran GTPase binding | Interacting selectively and non-covalently with Ran, a conserved Ras-like GTP-binding protein, implicated in nucleocytoplasmic transport, cell cycle progression, spindle assembly, nuclear organization and nuclear envelope (NE) assembly. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0538500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…