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LotjaGi4g1v0138200.6

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0138200
Transcript ID LotjaGi4g1v0138200.6
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description DIS3-like exonuclease 2; TAIR: AT2G17510.1 ribonuclease II family protein; Swiss-Prot: sp|Q9SHL7|RP44A_ARATH Exosome complex exonuclease RRP44 homolog A; TrEMBL-Plants: tr|V7AVD4|V7AVD4_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0138200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:20531376..20554784) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AGTGGTTATGCAGCTATCCGGGTGGCTACTCAGTGGTATCAGAATCATCTTGGTGGTGCAGTGAAGGTTTTGCTTATAAC TAATGATAGAGAGAACAAACGGAAAGCTAGTGAAGAGGGGATTTGTGCAGAAACAGGTAGTTGAATTATTGCTTTTGATA ATTGAAATGTATGTAAAAGTGTTAAACAGCGAGCAACCAATGTAGTTCAACTGTGTTTATGAGGAATACCAAAATGAACA GCTTCGTTGAATGGATTTATCCTACTTAGAATTTAGGGTGAATGAAATGTTTTTCATTACCTTACTTACGCTGAATATAT ACATGAGTCCCAAACTAGTTTGGAAAACTAGGAAAATTAGAATGATCCTTTGATTTAAGGGATTAAATACAGAAAGTAAA TCACCATAGCTATTATAGAACATTCCTAAAATATACAGTTTCCCACACTCCCCCTCAAGCTGGTGAACAAGTGGTATCTG CTCAAGCTTGGAAACAATGTTCTCAAAGTTGAGGCTGCTTAGTCCTTTGTGAGGATGTTTGCAAGTTGGCCATGAGAGGA CACACAATGACCATGACACAAGGAGTGCATATCAACTATCAAGGCACTATATAGTTTTTCCTTGATAAAGTGCCTGTCTA TTTAAATATGCTTTTTTCCATAATGCTACACAGGATTGCTAGCCATGCTTATTGCTGACTTATTATTTCAATAGAGCTTC ATTGGTTCTTCCCATTTGATCCGCAAATCTTCTAGGATGATTTTGAGCCAGAGGATCTCACACACACCTTGTGCCATGGC TCGGAATCCTTCTCTGCACTGGATCAGGCCATGGCACTTGTTTTTTGGTTATCCAAATCATGAGCTTTTCTCCAAGATAT GTATAATGCATGTAGTTGACCTTCTGTGATCTGTCGACAATCGAACTTATATAATCAACATCTGTATAATCTTTAAGTTT 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TAACAGAATGGAGAGAGAGTGAGAAAGGTTGCAACGTCATACTATAAGGAGAATAGAGAGAGGTTGAGAGGTTATCGAAT CTTTTGAGCTAATTTGAGTCATGGAAAGGAAGCTGTAGCTTCCTTAGGAGCAGTGCTCTGGTCAGGATTGGAATACCATT CCTTCTCTGTAATTTTCCCTTTCACACATTAATAAGCCATCTACGTTGAGTCCTTTGGTGTTTTTCCTGACTGTTTACTT GTTGGGATTTAGCATCCTAACAGACAACAATACGTGTATACGTCTCACAGACGTTTATAACTACCTATCTGGTTATGCTC TATGCCATTTCTTTTTTAAATTGAGTACTGGATCATTGAAAGAGCATTTCGATTTAATTTTTATGATACATAAGACCATA ACTTAATAGCTTCAAGCGGATCTACAACCCATTTATTATTTACCATGTTGAATCCTGTTCATGCTTAGTTTGACCTACTA GTCTGTTCAAGTGTTGGTACTGCCTTGGTCCCCAGACCCTAGAGTGTTGGCGTCTCTCCTATCTTCTAAGATGCACAATG CAGAAAGTTCATATGCATTTCTATTGGTTATTTGTTATTCTTCCTTTATTCATATGATATCTATTCTGTCTTTAACAATG TGATTAGAATATTCTCTTCGCATAATTGCTCTTGAACTTCTTACATATGTTCAGGAAATGACACCAGAAGCAGACATTAT TTCCAGCAGATACACAAAAAGTGTCATAAAATCCTGTGCAGCACTGTCTTATGTTGAAGCACAAGCGAGGATGGATGATA GGTGGGCTTTTATTTCTCCTTGGATGCTTTATGTTGATATGAATTGACTTGTCTTTAATTTTGTAATATTATTTAAAGCT AGGACTGAAGAAAAAAAAGTAGGTAACGTGACATATGTTTCTCTTCTGGGATTGTGGTATCCCAGCGTATATTCCTGCTA CAATTGCTAGTGAAATAGCTGTACTGACCCAATTGATTTTTGCAAAATAAACAAAAAGGTAAGACAGAGGATTGTATTCT GACAGCTATCAAACAAAAACCCACGCTAAATGACTGGGCACATGTTTATGCCAACAATTCGAACTGATTGTTGAAATATC ACCTATGCTTTCTTGTTCAACTTTTTGTGTTAACATGATAATTTATTTTGTTGCCCCTAGGGGTTAGGCATCGTGTTGAA ATGACTAATTGTTTCTTCTAGTCTATTAATGTATGCAATTTCTGTTTGGTGAAGATGTTTGGTCACTGTATTGTGTGTTC TCTTTGTACAGTCGATTGATGGATCCGGTAACTACAGATTTGAGGAATATGAATAGTTTAGCCAAGGTATGGATTTTTGG ATGCACATTTATTATTTACTGAGATAATTATAACTATGGTTTTATTTACATGCTCTTTAATGAAATTGTCTGAAAAGTAA ATCTCTGTTTATGATCCATCAGAAAATGAGATTAAGACGTATTGACAACGGAGCTTTGACACTTGCATCTGCTGAAGTTA AATTTCAAATTGACACAGAGACTCATGACCCCCTTGATATTGGTATAATTTTCTTAACTCTTAATGTCATTTGGTATTTC TTTTTGAGGTCGTGGAAGATGGGATTTTTTTTGTTATTCATCATTTCACTATTGAAATGTATGTCTTTTTTTCCTTTCAA TCTTGTCAAATAGCCAATTATCCCAAAAACTCAAGCTGTTGGGTACGGGTCAAATGAATGGCTTTATATCATAGTCTAAC AAATCCAATCCCTAAAATTTCAGTAGTAATTTATTTGCTTTCTCTTAAGTATGTTTCCTATATTTAAATTGGGAACTTTT TTGGAGAGAGATTGAGGTTAATGATATACATTTTTAATTGCTTTTAGCTATTCATTCATGAAAGGAGAAGGGAAAGTCAG TTCCTCCTTTTTTTAAAAATTAATTATTTTGTTTGCTTTTATTTGCAGGCATGTACCAAATCCGAGAAGCCAACCAAATG GTGGAGGAGTTTATGCTTGCTGCTAATGTTTCTGTTGCACAACAAATTCTTAGAAGTTTTCCTTTGTGCTCATTATTAAG GTTATTTTCTTATCTGGAACTTTAACTTTTATCATTATAATGGTGTTTTACTAGGATGAGGGAAACAGTATTGATCATAT GAAGAGTTATTTTCATAAATTTTATGTAAGGACATGAGTCTGTGAACTTTGGTAGATAGACTTAACATTAGAGAGAAGGA TAAAAAATTACTCCTACTCCCAAAATATGAGAATCTGATGTAAAATAAGCATTGAAGAGTATGACTATTGACATAACATG GACAATGCACAGACCCACCTACCATGTGCTGAAATTCAACTTTTTTTTATTAGAGGAATTGGGCGGCAAGGATCGAAATC TAGACCGCTTGGTCATAGAGGCTTTAATACCATGTCAAGAACCAATTATCCCAAAAGCTTAAGCTGTTGGGTAAAGGACT CCGAATGGTTTATATTATATTTCTAACAGCTATTTTGGTAATTGTTTGTTGGATCTTGTGTAGGCGTCATCCAATTCCAA CTAGAGAGATGCTTGAACCCTTTCTAAGAATTGCTACTGCGGTTGGCCTGCACTTGGATGTTTCATCATCGAAAGCATTG GCTGATTCCCTTGACCATGCTGTGGTAAATATTTTTGTATTGTTTTCCATTGACAATATAATGATTTATGGATAGTGTTA TTATATATAAATAATGATGTAATGGGATCTGTATATTGTGGACCAAAAATAATTGAGCAAATTGCTAACCTCCCCTGATG TTTATCATCATTGTACTGACCTCCCCTGTTGTTTATCATTATTGCCCTGACCTCTCCCATCTATGATTTAACCAGATACT AACTGCCATTATTTTATTGGGGACATTGCACTTACCTCTCTCGAGGTTTATCTTTATTACACTGACCTCCCTTAAGATTT ATTATTAGAACAATCAACATCCCTCTATCATTCTAAATGGTCTATAAGGAAGGGGGGTCAGTGAAATTTGTAAAATAGAG GAGAGATTAATGCAATGATGATAAACCTCAGGGGTGGTCAGTGCAATTTGCCCAAAATAATTTGGTCCATGGGTGCACCA AGGGTATAACTGGTAATGCATACACAATTATTACACATGCTTCAAACCGCCTTCCCTCCGTGCTCTGTCCCCCCCCCCCC CCCGACCACAATGCCGTCCTCTGTTGGCCATGGACCCGTTTTGCCCTTTACCACATTTTTCCTTCTCATTCCTCAGTGGG TGCTACAGGGCTCCATGACCGCAGCTGTAACAAACGACATTGGTTTGTCAGCCAGATGTCTTCATCACCATTTGTCAGCA ATAAAACCCCCTTTTCCCATGCTCACCACACTCTTTCTTGAGTACCACCGCTAGCCATCGCGTCATCGTTTTTTTTCCCA CTGCACACGATCACAAACTGCTGATCATTCCATTGCGAGCTTCCATGGCTGTGTTTCTATATGCCTTGCCATTCATTCAA GTCACTGCAGTACAACAGATCTTGACCCCCGTGTTTTCTGGAATGCAGCGCCAACCTTAACGATGCCTACGCCTACCCAC CGACTTCTACTTCGAACTGACAACAAATATTCTGTTACCTTCGCTGCTGTCGACTTTCACCTTCGAGAAATTATTCCTGG AATCTTGATCCCAGTGTTAAAATCATGAGCCTACCTCATTAGTGTACTGGCAGACCAAATTATTTTTGGTCCACCCTTGA TATAATAGCTTATGTTGCAACATCTTTAATGATTGACTTTTAATACCTTACACATTGCTAGCTCAAACATTAGGTTTTGA AGGCCTTCATTTCTTTTCAATTTCTGTTTCTCTTATGCCATGTACTTTTTCAGGGTGATGATCCATACTTCAACAAGTTA ATCCGTATTATGGCAACTAGATGCATGACTCAGGTAATTGAATTTGAATGAGAACCCAGATTTACAGTTTATAAGCGAAT ATTAATTTTTTGTTTTGCTTTTTAGGCAGTTTATTTCTGTAGTGGGGATCTTAGCCCTCCAGAATATCATCATTATGGAC TTGCAGCTCCTTTGTACACCCATTTCACTTCACCTATAAGAAGATATGCGGGTAGGCATGTTATGATTTAATGTTTACTT GGTCAATTGTGCACGATAATATGTTTTAGTTTTTTTTTTTTTCCTTGTAGATGTCATTGTGCACAGGCTACTTGCTGCTT CTTTAGGAATATCCAAGTTACCATCTGTATTTCAGGACAGGCTCCAGCTGACTAGTATTGCAGACAGTATGAAATCTCTT TCATGATCTATTAGAACTTGGTCTTTTTTTCTTTTCCTTATGGAAGTTTTCTCGTGGTTAACTATATTCATCATGAATAA ATTAGTACATTTTTCTTCACTGGTCTTATTCATTGGATGTGAAATATTTAAAATCATAATAACGCTTTTCACTCAATGTG GTTTAGATTTAAATTATCGGCACAGGAATGCTCAAATGGCTGGGAGGGCCTCTATAGAGCTGCACACACTTATTTATTTC CGTAAAAGGTTTGCGACATAACTTCCCCTCCCTGTTACTGTTAATGTTTTCTATCTATATGCACTTTGCAGCTTATTCTG GAGGTTGTTTATCTTCATTCATGCAGGCCAACAGATACGGAGGCAAGGATAGTGAAAATAAGATCTAATGGATTTTTTGT GTTTGTTCCCAAGTAATGTATCTTATCCTTTTTCTTTTTCCTTTTTTAGTTTGGTTTTTCATATGACCAATGAAAAGGTG AATAAGGATGACAAACAATAAAGAAAAAAAAAAGAATGTTTTGATTTATTCTAGCTAGTAGATGGTTATCTTGGAAAAAT TCAATCGTTTAAGCAGCTATTAGATGTCTTTCTACTTTGACTGAGGTTGTCATTTATAGCTTGTGCGTGAACATTTTTTT CTGCCCACAGATACGGCATAGAAGGACCTGTATATTTGACAACACGAGCTGAAAAGGGAAATGGAGACTGGTATGTTGAT GAGCAAGAGCAGAAGATTAAAAAGATGGATGGAAGCGTTTCATATAGCATTTTGCAGTCAGTCCAAATTCACATGGAGGT TGTGGAGCCCCAGCCTAACAGGCCAAAACTTCAGCTTACTCTCATCTAG 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0138200.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGAAGAGGTTGAAGATCTCAGACCATCCAAGAGGAAAGTAATCTATTCGGAGCATAAGCCGATGTCAGAAATTACTTC CGGTTTGCATCGTGGAATCTATCATCAAGGGAAACTTCGTGTAAACCGTTACAATCCATTTGAAGCATATGTTGGCAGTG AGAGCATTGGTGATGAAATAATCATTTATGGGCGCTCAAATATGAATCGAGCTTTTGATGGTGATATTGTGGCAGTTGAA CTTCTGCCACAGGACCAGTGGCATGAAGAAAAGTCTCTATCTATTCGCGGTGAAGAAGATGAGGATGACGACGAAGATGT TCATCTAGCTCCAAATAGTGCTGATGATGCACCGAGAACTATTCCCCAACAAGGTTCTACTGGAGGAATCAATGCAGTGT GCAATCGGCCATCTGGTGTTGTAGTGGGCATTATAAAGAGAAACTGGCATTCGTATTGTGGATCTCTGGAGCCAATGCCT CTGCCTGCAGGGAGTGGTGGTGTTGCTTATGCCTTGTTTGTTTCCAAAGATCGTAGAATTCCCAAAATTCGACTCCAAAC CCGCCAACTTGAAAACCTGTTGGATAAGAGGATTATTGTGGCAGTTGATTCTTGGGATCGCCAATCTCGTTATCCATCAG GCCATTATGTGCGAACTATAGGAGATATCGGTGATAGAGATACTGAGAGCGAGGTGGTATTGATAGAAAATGATATCAAC ACAAGACCGTTCTCTTCACAAGTGCTAGCATGCTTGCCACCATTGCCATGGTCTGTCTCTTCTGAGGATTTCTCCAAACC AATTAGGCAGGATTTGCGTCATCTACGTGTCTTCAGTGTGGACCCTCCAGGCTGCACGGATATTGATGATGCACTCCACT GTTATGCTCTTCCAAATGGAAACTTTGAAGTTGGAGTTCATATTGCTGATGTGACAAATTTTGTACATCCTGGAACTCCT CTTGATGATGAAGCTTCTCAGAGGGGAACATCGGTCTACCTTGTTGAGCGACGGATAGACATGCTTCCGAAACCTCTTAC AGAGGACATATGTTCTCTTCGGTCTGATGTGGAAAGGCTAGCATTCTCTGTCATATGGGAAATGACACCAGAAGCAGACA TTATTTCCAGCAGATACACAAAAAGTGTCATAAAATCCTGTGCAGCACTGTCTTATGTTGAAGCACAAGCGAGGATGGAT GATAGTCGATTGATGGATCCGGTAACTACAGATTTGAGGAATATGAATAGTTTAGCCAAGAAAATGAGATTAAGACGTAT TGACAACGGAGCTTTGACACTTGCATCTGCTGAAGTTAAATTTCAAATTGACACAGAGACTCATGACCCCCTTGATATTG GCATGTACCAAATCCGAGAAGCCAACCAAATGGTGGAGGAGTTTATGCTTGCTGCTAATGTTTCTGTTGCACAACAAATT CTTAGAAGTTTTCCTTTGTGCTCATTATTAAGGCGTCATCCAATTCCAACTAGAGAGATGCTTGAACCCTTTCTAAGAAT TGCTACTGCGGTTGGCCTGCACTTGGATGTTTCATCATCGAAAGCATTGGCTGATTCCCTTGACCATGCTGTGGGTGATG ATCCATACTTCAACAAGTTAATCCGTATTATGGCAACTAGATGCATGACTCAGGCAGTTTATTTCTGTAGTGGGGATCTT AGCCCTCCAGAATATCATCATTATGGACTTGCAGCTCCTTTGTACACCCATTTCACTTCACCTATAAGAAGATATGCGGA TGTCATTGTGCACAGGCTACTTGCTGCTTCTTTAGGAATATCCAAGTTACCATCTGTATTTCAGGACAGGCTCCAGCTGA CTAGTATTGCAGACAATTTAAATTATCGGCACAGGAATGCTCAAATGGCTGGGAGGGCCTCTATAGAGCTGCACACACTT ATTTATTTCCGTAAAAGGCCAACAGATACGGAGGCAAGGATAGTGAAAATAAGATCTAATGGATTTTTTGTGTTTGTTCC CAAATACGGCATAGAAGGACCTGTATATTTGACAACACGAGCTGAAAAGGGAAATGGAGACTGGTATGTTGATGAGCAAG AGCAGAAGATTAAAAAGATGGATGGAAGCGTTTCATATAGCATTTTGCAGTCAGTCCAAATTCACATGGAGGTTGTGGAG CCCCAGCCTAACAGGCCAAAACTTCAGCTTACTCTCATCTAG 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0138200.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MEEVEDLRPSKRKVIYSEHKPMSEITSGLHRGIYHQGKLRVNRYNPFEAYVGSESIGDEIIIYGRSNMNRAFDGDIVAVE LLPQDQWHEEKSLSIRGEEDEDDDEDVHLAPNSADDAPRTIPQQGSTGGINAVCNRPSGVVVGIIKRNWHSYCGSLEPMP LPAGSGGVAYALFVSKDRRIPKIRLQTRQLENLLDKRIIVAVDSWDRQSRYPSGHYVRTIGDIGDRDTESEVVLIENDIN TRPFSSQVLACLPPLPWSVSSEDFSKPIRQDLRHLRVFSVDPPGCTDIDDALHCYALPNGNFEVGVHIADVTNFVHPGTP LDDEASQRGTSVYLVERRIDMLPKPLTEDICSLRSDVERLAFSVIWEMTPEADIISSRYTKSVIKSCAALSYVEAQARMD DSRLMDPVTTDLRNMNSLAKKMRLRRIDNGALTLASAEVKFQIDTETHDPLDIGMYQIREANQMVEEFMLAANVSVAQQI LRSFPLCSLLRRHPIPTREMLEPFLRIATAVGLHLDVSSSKALADSLDHAVGDDPYFNKLIRIMATRCMTQAVYFCSGDL SPPEYHHYGLAAPLYTHFTSPIRRYADVIVHRLLAASLGISKLPSVFQDRLQLTSIADNLNYRHRNAQMAGRASIELHTL IYFRKRPTDTEARIVKIRSNGFFVFVPKYGIEGPVYLTTRAEKGNGDWYVDEQEQKIKKMDGSVSYSILQSVQIHMEVVE PQPNRPKLQLTLI 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D 5 112 108 6.8E-31
PANTHER 11 732 722 0.0
PANTHER 11 732 722 0.0
SUPERFAMILY 13 221 209 5.74E-42
Pfam 17 108 92 1.1E-13
MobiDBLite 94 129 36 -
Gene3D 149 224 76 1.6E-28
Pfam 170 238 69 1.8E-18
SUPERFAMILY 227 645 419 2.4E-130
Pfam 269 598 330 9.5E-96
SMART 269 600 332 9.7E-138
ProSitePatterns 567 591 25 -
SUPERFAMILY 649 729 81 2.74E-12
Pfam 649 719 71 1.8E-8
Gene3D 649 733 85 9.1E-8

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function RNA binding Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof.
Molecular function Ribonuclease activity Catalysis of the hydrolysis of phosphodiester bonds in chains of RNA.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0138200.6, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…