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LotjaGi4g1v0386800.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0386800
Transcript ID LotjaGi4g1v0386800.3
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Calpain, putative; TAIR: AT1G55350.1 calpain-type cysteine protease family; Swiss-Prot: sp|Q8RVL2|DEK1_ARATH Calpain-type cysteine protease DEK1; TrEMBL-Plants: tr|V7CN28|V7CN28_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0386800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:76530091..76556202) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GGGAAGAAACTGTTGTTTTTTGCTGATCTAATAATGCAATTAAATTACGCTGAATTTTTTACCCTATGCTGGGCTTCTTT ACATATGTAATTTTATTTGTTGGTTTCTGTTTCCAGTTGGATCTTTGCTCGGAAATGGCCAAATATCTTGCATGGTCCTC AACTCCATTTGCTCTGTGGTTTCCTGAATCTTTCTGCATGGTTTGTTGTTGTTTCTCCAATTATGGTGCTTATCATTTGG GGCTCCTGGTTGATTGTAATATTGAATCGAGACCTGATCGGTTTGGCTGTAATAATGGCCGGCACTGCTCTTCTATTGGC ATTTTATTCTATTATGTTGTGGTGGAGAACACAATGGCAAAGCTCTAGTATGTATTTGCTGACCAGTTTGTTATTTAATA AAATTTAACTTTATGTCTTATATGTTGGCTCTTGCTATAATCCTTCTAGCTAATATTCACATTTTTCGTTCACAGGGGCT GTTGCAATCCTGCTTCTTCTGGCGGTTGCTCTACTTTGTGCATATGAACTTTGTGCAGTATATGTTACAACTGGATCACG AGCATCTGATCGTTATTCTCCTTCTGGTTTCTTTTTTGGAGTTTCAGCAATTGCTCTGGCGATCAACATGCTATTTATTT GCCGAATGATATTTAATGGTATGTTTTTGAGTCACTAATTGTATGCAAATTGTTAGTGATTATTATTAGAGCCAGAGGTT AAAATATATCATTGGTCATTATGTATGATTCTCATTTTCAATTTGGTTCTTATACCAAAGTTTTCAATTATCCAGTTATG TACAGTTACTTTGAATACTTTCAATTATCCGGTTATGTTCCCTGAGATTGCCATGGTGTTGCTGTAAATTACAGGGACTA AGTTGAAATGATTATCACACATAGGGACCAAAATGCTATCTTTTTGGTCCCTATAAATGATACTCATCTTATGTGATAAC 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Protein sequence (LotjaGi4g1v0386800.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

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TMHMM 159 181 23 -
Phobius 160 180 21 -
Phobius 181 185 5 -
Phobius 186 209 24 -
TMHMM 187 209 23 -
Phobius 210 215 6 -
Phobius 216 237 22 -
TMHMM 216 238 23 -
Phobius 238 242 5 -
TMHMM 243 262 20 -
Phobius 243 261 19 -
Phobius 262 540 279 -
MobiDBLite 290 359 70 -
Phobius 541 559 19 -
TMHMM 542 561 20 -
Phobius 560 578 19 -
TMHMM 576 598 23 -
Phobius 579 599 21 -
Phobius 600 610 11 -
TMHMM 611 628 18 -
Phobius 611 629 19 -
Phobius 630 634 5 -
Phobius 635 657 23 -
TMHMM 643 665 23 -
Phobius 658 684 27 -
Phobius 685 705 21 -
TMHMM 685 707 23 -
Phobius 706 733 28 -
Phobius 734 757 24 -
TMHMM 735 757 23 -
Phobius 758 763 6 -
Phobius 764 786 23 -
TMHMM 764 786 23 -
Phobius 787 801 15 -
TMHMM 801 823 23 -
Phobius 802 823 22 -
Phobius 824 834 11 -
Phobius 835 857 23 -
TMHMM 836 858 23 -
Phobius 858 862 5 -
TMHMM 863 885 23 -
Phobius 863 884 22 -
Phobius 885 895 11 -
Phobius 896 916 21 -
TMHMM 897 916 20 -
Phobius 917 927 11 -
TMHMM 920 942 23 -
PANTHER 921 2072 1152 4.1E-215
PANTHER 921 2072 1152 4.1E-215
Phobius 928 950 23 -
Phobius 951 970 20 -
Phobius 971 990 20 -
Phobius 991 995 5 -
TMHMM 996 1018 23 -
Phobius 996 1018 23 -
Phobius 1019 2076 1058 -
Gene3D 1339 1519 181 1.0E-10
SUPERFAMILY 1349 1514 166 3.7E-13
SMART 1605 1928 324 4.5E-89
SUPERFAMILY 1613 1929 317 1.26E-104
ProSiteProfiles 1620 1922 303 62.494
CDD 1621 1920 300 3.14136E-113
Pfam 1621 1920 300 9.9E-87
PRINTS 1680 1696 17 8.0E-35
ProSitePatterns 1680 1691 12 -
PRINTS 1743 1766 24 8.0E-35
PRINTS 1768 1795 28 8.0E-35
Gene3D 1799 1928 130 1.2E-35
PRINTS 1898 1919 22 8.0E-35
SMART 1924 2074 151 4.4E-40
CDD 1926 2076 151 8.27338E-37
SUPERFAMILY 1928 2074 147 6.8E-29
Gene3D 1929 2076 148 1.8E-29
Pfam 1932 2069 138 3.8E-18
PRINTS 2040 2068 29 8.0E-35

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity Catalysis of the hydrolysis of nonterminal peptide bonds in a polypeptide chain by a mechanism using a cysteine residue at the enzyme active center, and requiring the presence of calcium.
Biological process Proteolysis The hydrolysis of proteins into smaller polypeptides and/or amino acids by cleavage of their peptide bonds.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0386800.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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