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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0053100 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0053100.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3; TAIR: AT2G01730.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit-II; Swiss-Prot: sp|Q8GUU3|CPS3B_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II; TrEMBL-Plants: tr|V7C7J5|V7C7J5_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0053100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:8855212..8878233) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAATATTAGTTTGTTATGACAAATATAAATGACAACATAATTTTGTCAACAATGAGGCCATTCTAATTTTGATAACTTCT ACCCCTTGTCTCTTACCGTGAGCAATCAGAGTTGGAAATTCCCACAGCAATCACCGATAGCAAGGAAATAAAAAATTGCA ACGAAATAAAAAATACTAAGAACATAGTCAGGGGGGATGCGGCAGCAGAGAATTAGGATTCATCTCTTCCATTGCTCAAC CCTAGACTGCTTCCCTGCAACGAAACAACGTTTTTTGCTTGACACTGTATTGTTCCTCCTCCTTGTTTTGTCAATCACGT GAGGCAAGTTATAGATAAAAGTTTTAATCTGTCATCACCATCCTTAATCTTCTTCTTTCATCTTAACCTAGAAATCTTCA TTCTTCATCTTCTAAATCAACATAGGCCACCGCGCCTTCAGCCTTGAAGCACGCTGATCCCCGTCACCGAGAGCAGCGAT GGCTATCGAAACTCTAGTTCTTGGTACTTTTCTTGTTTCACTGTATTGCTTATGTCTGTGTTGTGCAATGAGAGTGTCAG TGTTTGAATCTCAGTTTTTTGGGTGAATGTGTTGTTAGGTGCTGGTCAAGAGGTAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGACCA TCAACGGAAAGCGAATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCACTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTCTC ATCTCTCAAGGCCATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTGTACTATCATCATCATCTTTTCATTTT TTTTTCAATTTTTTTTTTTGCATTAACATTTCCTTGTTGTTTGTGAAATTTTATATGGGAGGCAGTCACTTGGACCATGT TGGAGCATTGGCTTACTTCACCGAAGTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTACATGACGGTACGTGTTTGATGAAATGCTT 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TTCCTTGGTATCTGTCAAATATTCCATTTGGCATTTCCTGGTTATCTGAGCACCTAGATTGTTGCTTTGATACCAATGAT AGGTTCAGAAATAGAAAGAGAGAAAGAAGAAGAGGAAGAAAGAGGAGAGAAATCAGAGAGACTAACATTGTATTATTCAT CAACATACCATCTACAAAGCCTTAGCTTGCTTACATAGACAAACCATCCCTAGCCGTTCATTTACCCAATACCATCAAAA TGAATACGTCAATTTGGGGCCAAACGAATCCGCTGAGCCCTAAATAACAAATTCCGGGCATAATCCTCGAATCGTTCTGG ATCTCCATCGTGAACCCCATCGACAAACCAATCTTCAGCTTCTGGATGAAGATTATCATTCGTGTTTCCATGATCTCTAC CATTGACGAACCGATCTGCAGTTTCTCGAAGACGATGTTTTCGTCCTTCTCCTTCACCGTCTTCGTGTGCTCCGCTCCGA TCAACTCAAAGAAACGTCGCATCGCTTATGTGAAATCTTCCATTTGGCCACAACACCTAGATCGATGCTCAAATACTAAT GCTATGGTTCAAAAATAGAAAGAGTGAAAGAAGAAGAAGAAACAAAGAGAGAAGAGAGAAATCAGAGGGACTGACATCAT TTCATTCATCAACATACCATCTACAGAACCCTAGCTTGCTCATATAGACAAACAACCCCTAACCGACTCATTTAGCCAAT ACATGTGCATCAGAAAAATTTGATGGGAAAAAAACTAGAGGGCCTAATTGAGTATTATTAGAGAATACCAAGTGGAGACT CAAAGAAGTCCCACATTGGCTAGATTAGCTAGTGTACAAGTGTATATATAATAAAGAACACACACCCATTGCTTTAAGCC TAAGGTTTTGTTGTGTGGTTCTAACTTAGGATTTCTAACATGGTATCAGTCAGGTCTGATCCAAGCCATGGGTGTGTGTT CTTTATTATATATACACTTGTACACTAATGACCTTCCGCTTCAAAAAAAAAATGTAAAAAAAAAAAGAGAAAAAAAAAGT AAAAAAAAATTCCAAAAAAAGAAAGATGCATATACAGTTCAAGGCCTAATGACCTTCCGCTGAGCTCAAGCCCAAGACAA TGCAAGCCGTAAGGCCTCTGAGACTCGGACAAACGGGTACAAGCCCAGACAAGAAGAAGAAGAAAAATGGAGTCCCACTT GGAGTATTATGTGAAAATATGTGAAATTGTTCTTTGTATTAATATTACTGTTTAAAGAAAAAACGTAATCAAATCTAGTC ATATTGAAAATTTCATATGCTTTTAATAAAAGTTGAGGTTGGAGGTATAATTTATTGCATGGATTTGTGTCATCTGATAA GTTTCATGTCTCGCTCATTTGTTTTGAATGTTGCAGTTCACCATTTTGAAAGGTCTATGATAAATGCTCCTGGTCCTTGT GTTCTCTTTGCCACTCCTGGGATGATAAGTGGTGGATTTTCACTTGAAGTTTTTAAGCACTGGGCACCGTCAGAAAATAA CCTTATTACTTTGCCTGGGTACATTCTTATTTATTCTCACTTTCTTTCTTTTCGCAGTAGGCATTAGATAAGAACATAAG TGAAATGTAGATAAATTTCTCCTACATCTAGGTTATCGCAATGAAATATATGTATATCAAACTTCTCCAAATGCACTCAC ATGTACCTTTTTTTATTAAATCTTAATGAATTTGGCAAACTATTTTTCCCTTGGATAAAGTTTGGGATTAACATGAGATT GCAGTCATTGGAGCCGGGTAGTGGCTGCATACAAGTTTGTATTTGATATGCTAGCTGATTAGGAACTTACTGAGCCACCT TTTGTGAAAGGACAGAAGATTTAAGATGCACTTAAATTTTTATAGATATGTATAGGTTTGAGATTGCTTTTTTTAATCAT GGGAATGATCATATACTTGTTTTCGATAAGTTACAGATTTTAGTTTCATGCTTTTTCCTTATATCGCACACAGCAGGCGC ACTGCATGAATCATACGTCATGGCTATCTGTTATTTGATTCTTTTGAAAAATTGAAACCTTAAAAGCTTTAGGTGACTTT TACACTTGGTAGCCTTAAATATAACTTTATCTGTTGTGATATATTTGTCCCATTTTGGTAGAATAACTATTGAGTGGGTT TCCTGGTTTTTAAGTTGTAAATGAAGAGTATAGTGGTCATTTCTGTTCAGATACCATCTTCACTTTCACCAAAATACCTA ATCGATTCTCAAATGAAAGGTTGAAGGGAACCAGCTAAGAATAAGAAAGAAACTGATATTGTTCAAAGATAGAACACTAC AACAATGCTGAAAAATGCTAGCATCACTCTCTTTCCAACACCCCCTTCAACACTCTTATTGATTGATCAAAATTCAAGTG GGGCTCACTAAAAATATGGGACCCACATGAATTTCACCGGGTATATCCATCTTATTTAGCTATACATGCAGATCAATTGC TTATTCATTCCTATGATATACTTTGTAGGTATTGTGTAGCTGGGACAGTAGGACATAGATTAATGTCAGGTAAGGCCACC AAAGTTGATGTGGATCCTGATACACAAATAGACGTGCGTTGCCAGGTACATTTTATCTCCTACCCATTTATTTACAGTGG GGGTACATCTCCTGTGCAGGCAATTCATTACTTTTATGATCTTCAGCATAGATGTTCCACCTTGGTAAAAAAAAAAAGGT TAAAAGTATATACAAGTAATTAAATTTGCTCAGTGATTAAAAGTTAAAACAATGTAATAAGTGTGTTAAAAGCATGACAG AAATACCTCTTCGCTTTCCCATATTATATTAGTCTAAACATTTTAGTATTCTATTTTCTTGAGTTTGACGTAAAGAGTTT GCATCTTACATGACCTGAGATCAAAGTATTCTCTGAAACTATATTTCGGCTGCTCTGTCTTTGTTGGGTAAACAAAATCT ATCGTCCTGTGCATAAGTTGACCTAGCGGGTGAGTTCTTATTTTCGAGAAGTTCATGCTTCACTTCAACTAATAAAATTC TGTGTCACCTACTAAAGTTCCTCCAATGATCATGAGATTGATTAAAAAATTTATATACTTTAGAATAAGAGCCCGATACA TTGTTCTACTATTGAAATGGTATTCAATGTTTTTCTAGTCTTGAAATGCTTTAACCCCAAAAGAAAAGAGCTAATAATTA AAAGTACATATATATAAATTTTAAATTGAACAGTGTACTGTACAAATTTGCATGGAAGGTAATTGAGTCAGTTCAATTTT AGTTTCTACAATAATTTTAACTGTTGTCTTAAATTGACAGATTCATCAATTGGCTTTTAGTCCTCACACAGATTCTAAAG GAATAATGGATCTTGTAAAATTTCTCTCCCCAAAACATGTTATATTAGTGCATGGTGAGAAGCCTAAAATGGCTTTGCTT AAAGAGAAAATTCATTCTGAGTTGGGGATTCCGTGTCATGATCCTGCAAATCATGAAACCATATGCATTTCCTCCACTCC CTACGTAAAGACAGAAGCCTCTGGCACTTTCATTCAAAACTGCTTGAACCCGAACTTCAAATTCCAGAAATGCAGTTCAG TGGACGAATGTGACTCTACTTTGACAGAAAAAAACTTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAAACTGCTTGAATCCGAACTTC AAGTTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGATGAATGTGACTCTACTTTGACAGAAAAAAACCTAATGCCTGAACTTCAAGTTAA AGATGAAAGAGTAGCAGAAGGAGTTCTGGTTATGGAGAAAACAAAAAAGGCAAAGATTGTTCACCAGGATGAACTTCTGC TCATGTTAGGTGAAAAGAAGCAAGGGGTTTAGTTTGCATATGGCTGTCCTTTACATATTGATCGCTCAATGGAAAGCTTA AGTTAACAAGTGCTCTTGGCCTCAATTCTTGCATTTGACTTTTTTGGTGACTATCCGCGAAAGAATCTTTTTGGTGAAGG TCACACTCGATATCTTAGAGAAATCTGTAAATGCAATCATTTTATGCATCTCTCCTCTGCATAATTATTGTCCTTGTAGG ATTGAGGACAGGCATAACCATAGATCATAGCAGTGTATTTCTGCTTCATTTGGTCAGCAGTTAGAAAAAAAAAGACTTGT CAGGGAACAAATTTCAGCAGTATCAATGGGTATGAGTGAATCAGTAAAACAAATATAGAAAGTGAAACAGTTTAAACATA ACAGCTAGAGTTGGGGTCATTCTTTTTGTTGGGCGATTGATGGGAATGGATTCCAATAGATGGAGACATCGTACAAGGTT CAGGTACTATGGGCTCAAAATGTAGCAGAAATGAGATTCTGGTGTTTATTTTACCCCTTACTTTGCTGTAGTTATTTTAG GTTATGTTAGTAAAGAATTATTGGTAGGTATCATTTAATTATTTCAGTTTGGATTTATGTTTCATTTTTTTATTTTGAAA ATTGCCCTTTGTATAACCAATTTTTGCAGAATTAACTACAAGACCTGTGGTTGTATGAAATGTGATTAGTTCCTTAAAAA ATTGTACCAGCAAGTGATCTCTGTAGTGTCGAATAATCATTAATAGAATGGCTGAGCTAAATTAATAAATGATGCATCTA TTAGGGATAAAAATAAGGTTTAGTCTAAGTTTTAAATCGATCAAAATCCTTCAATGTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAA ACTATTCATTGCCTTTTTTATACGCCTTATTCTTTTTTTCTAGCTTCACTACGCAGAAGATC
CDS sequence (LotjaGi5g1v0053100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTATCGAAACTCTAGTTCTTGGTGCTGGTCAAGAGGTAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGACCATCAACGGAAAGCG AATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCACTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTCTCATCTCTCAAGGCC ATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTTCACTTGGACCATGTTGGAGCATTGGCTTACTTCACCGAA GTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTACATGACGTACCCAACTAAAGCTCTAGCTCCTTTGATGTTGGAAGACTATCGGAA GGTAATGGTTGATCGTCGGGGTGAGGAAGAGCTATTCACTTCAGAAAATATTGCAGAGTGCATGAAGAAAGTTATTGCTA TAGATCTGAGGCAGACTGTGCAAGTAGATGAAGACCTGCAGATACGTGCATATTATGCAGGACATGTTATTGGAGCTGCA ATGTTCTATGCAAAAGTTGGAGATGCAGAAATGGTTTATACAGGAGACTACAATATGACAGCAGATAGACACCTCGGAGC AGCTCAAATCGATAGATTACGGCTTGACCTTCTTATAACTGAATCCACGTATGCGACTACAATACGTGATTCAAAATATG CTCGTGAGAGGGAATTCCTCAAAGCCGTTCATAAATGTGTTTCTGGTGGAGGAAAGGTGCTTATTCCAACATTTGCTCTC GGTAGAGCTCAGGAATTATGCATTTTGTTGGATGACTACTGGGAGCGCATGAATTTGAAGGTTCCTATCTATTTCTCAGC AGGTTTAACTATTCAAGCTAATATGTATTACAAGATGCTTATTAGTTGGACAAGCCAGAAGATTAAAGATACATACTCTA CACATAATGCATTTGATTTTAAGAATGTTCACCATTTTGAAAGGTCTATGATAAATGCTCCTGGTCCTTGTGTTCTCTTT GCCACTCCTGGGATGATAAGTGGTGGATTTTCACTTGAAGTTTTTAAGCACTGGGCACCGTCAGAAAATAACCTTATTAC TTTGCCTGGGTATTGTGTAGCTGGGACAGTAGGACATAGATTAATGTCAGGTAAGGCCACCAAAGTTGATGTGGATCCTG ATACACAAATAGACGTGCGTTGCCAGATTCATCAATTGGCTTTTAGTCCTCACACAGATTCTAAAGGAATAATGGATCTT GTAAAATTTCTCTCCCCAAAACATGTTATATTAGTGCATGGTGAGAAGCCTAAAATGGCTTTGCTTAAAGAGAAAATTCA TTCTGAGTTGGGGATTCCGTGTCATGATCCTGCAAATCATGAAACCATATGCATTTCCTCCACTCCCTACGTAAAGACAG AAGCCTCTGGCACTTTCATTCAAAACTGCTTGAACCCGAACTTCAAATTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGACGAATGTGAC TCTACTTTGACAGAAAAAAACTTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAAACTGCTTGAATCCGAACTTCAAGTTCCAGAAATG CAGTTCAGTGGATGAATGTGACTCTACTTTGACAGAAAAAAACCTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAGATGAAAGAGTAG CAGAAGGAGTTCTGGTTATGGAGAAAACAAAAAAGGCAAAGATTGTTCACCAGGATGAACTTCTGCTCATGTTAGGTGAA AAGAAGCAAGGGGTTTAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0053100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAIETLVLGAGQEVGKSCVVVTINGKRIMFDCGMHMGHLDHRRYPDFSLISQGHYDAALSCIIITHFHLDHVGALAYFTE VCGYRGPIYMTYPTKALAPLMLEDYRKVMVDRRGEEELFTSENIAECMKKVIAIDLRQTVQVDEDLQIRAYYAGHVIGAA MFYAKVGDAEMVYTGDYNMTADRHLGAAQIDRLRLDLLITESTYATTIRDSKYAREREFLKAVHKCVSGGGKVLIPTFAL GRAQELCILLDDYWERMNLKVPIYFSAGLTIQANMYYKMLISWTSQKIKDTYSTHNAFDFKNVHHFERSMINAPGPCVLF ATPGMISGGFSLEVFKHWAPSENNLITLPGYCVAGTVGHRLMSGKATKVDVDPDTQIDVRCQIHQLAFSPHTDSKGIMDL VKFLSPKHVILVHGEKPKMALLKEKIHSELGIPCHDPANHETICISSTPYVKTEASGTFIQNCLNPNFKFQKCSSVDECD STLTEKNLMPELQVKNCLNPNFKFQKCSSVDECDSTLTEKNLMPELQVKDERVAEGVLVMEKTKKAKIVHQDELLLMLGE KKQGV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 3 | 562 | 560 | 2.5E-252 | – | |
| PANTHER | 3 | 562 | 560 | 2.5E-252 | – | |
| SUPERFAMILY | 6 | 445 | 440 | 3.98E-139 | ||
| CDD | 6 | 202 | 197 | 2.74388E-131 | ||
| Gene3D | 8 | 422 | 415 | 2.0E-144 | ||
| SMART | 15 | 231 | 217 | 1.6E-20 | ||
| Pfam | 21 | 190 | 170 | 2.9E-21 | ||
| Gene3D | 211 | 388 | 178 | 2.0E-144 | – | |
| Pfam | 243 | 361 | 119 | 1.1E-24 | ||
| SMART | 243 | 361 | 119 | 4.8E-36 | ||
| Pfam | 377 | 435 | 59 | 9.3E-16 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0053100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…