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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0053100 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0053100.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3; TAIR: AT2G01730.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit-II; Swiss-Prot: sp|Q8GUU3|CPS3B_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II; TrEMBL-Plants: tr|V7C7J5|V7C7J5_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0053100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:8856122..8877755) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGCTATCGAAACTCTAGTTCTTGGTACTTTTCTTGTTTCACTGTATTGCTTATGTCTGTGTTGTGCAATGAGAGTGTC AGTGTTTGAATCTCAGTTTTTTGGGTGAATGTGTTGTTAGGTGCTGGTCAAGAGGTAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGAC CATCAACGGAAAGCGAATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCACTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTC TCATCTCTCAAGGCCATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTGTACTATCATCATCATCTTTTCATT TTTTTTTCAATTTTTTTTTTTGCATTAACATTTCCTTGTTGTTTGTGAAATTTTATATGGGAGGCAGTCACTTGGACCAT GTTGGAGCATTGGCTTACTTCACCGAAGTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTACATGACGGTACGTGTTTGATGAAATGC TTGCCTCAATAAGACATGTTTGTTGATGTTTGCTAAGTTCCAATAGAATTTTGACTTTTAAGATAGGAACAAAAAAATAG GCAAGCATGTTTTAGTTTTTGTTTGCTTTCTTGTTTGCACATGCATATAATCATGTTGTAATCATATTCACAAAACTACT GGCTGTTGTTGTACTGAGTATCGAGCGTTCCAATATGTAGTCCCTGGCGTATATTGCATATACTCATGTTCTGATTTTGT TTGCTTCTATGGGTGCTGTTCTGTTCAATGCTAACTGGTGAGGAAAGTAGGGTTTGATGAATATGTTGGAGCTTTGAAGC CAACGTGATTTGGCCTAAGGCTTTCTGATGGTGCTTTGAATGTTTAAGCTTATGTTCTTGGTTGTAATTTACAATGGTTA ATTTAACTTGACTTTTATTTTAAGCAGTACCCAACTAAAGCTCTAGCTCCTTTGATGTTGGAAGACTATCGGAAGGTAAT 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TATTGGTTTGTTCTGTTACAGATTAGTTTGGCAGGTTAGAAGTTAGGCAGCTCTACAACTTTCCCAATTGTTAACACACT ATATAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTTATAA CTGATGAGATTGGTATTACACAAATTTACTTCTCAAACTTTCTCTACTTCTAATAATCTTTAATGAAACATCTATTGAGG TTTCCAAGTCAACAGTGAAAATGATAGGTTCAGAAATAGAAAGAGAGAAAGAAGAAGAGGAAACAGAGAAGAGAAAAATC AGAGGGACTAACATCATATCATTCATCAACAACCATCTCCAGAGCCTTAGCTTGCTTATATACACAAACAACTTCTAACC GACTCATTTACCAAATACACGTGCATGAGATCCCTCCGCTCAAAATCTTCCTTGTCCTCAAGGGAACCCAGAAGAATCAA AATTGGAAAGTTTTCTGCAATTGTTACAGGGTTTTTCTTCATTGAACCAGACCCACAGTAGGCCCGATGTCATTGTTGTT CCAACGCTTTCCATGCTCTGCTATCGTAAGGATGAAGTCCGGTGGCTTGGCCAATGGTAGGCTGGCCATGACCGGCTTGC AAGAATCACCGGTCAAGTAGCACAGATCACCGCTGCAAAGGAACAAATCCGGCTGTTTTCGTGGTGGCCTTCTTGCACCA ATGAACCCTAAATCACCAATTTGGGGCAGAACAAACTCTGCCAATTTGTGGCCAAACGAATCCGTCGAACCCTAAATCAC GAATTTGGGGGAGAATCCTCGAATCGTTCTGGATCCCTGTTGAGAAGCCCCACTTTTACTAGAGATATGGCAAAGATAAC CCTTATATATGGGAAGACAATCCTCACCTCATGAGCTAGCTTTTGGGTTGAGTTAGCCTCCCAAATTCTAATATGATATC AGATCTTATCCTAGATCTGTAAAGTGAAGACCACGTGTATATGGGCCACCTACAGATGTTATTACTGCATATTCCACGCT CCAGATGTCCATCCCTGGGTGTGAGGGGGTGTGTTGAGAAGTCCCACATTGACTAGAGATATGACCAAGATAACCCTTAT ATATGGGAAGACAGTCCTCACATCTTGAGCTAGCTTTTGGGCTGAGTTAGGCCCCCCAAATTCTAATAATCCCCATCGAC GAACCAATCTTCAGCTTCTAGACGATCGTCCCTGTTTCAATGATCTCCACCAATGACGAACCGATCTTCTGCTTCTCGAA GATGATGGTTTCGTTCTTTGCCTTTACTGTCTTCATGCTCTCTGCCTCCGCGGCAGCCGCCGTTGCTCCTCAACTGTGGC TTCCATTGCCTGCTCGTTTCGCTTCGGCTGCGACCTCCGCTACGATGAACTCAAAGAAACGATGCAGCACTTCTCTAAAT CTTTCCTTGGTATCTGTCAAATATTCCATTTGGCATTTCCTGGTTATCTGAGCACCTAGATTGTTGCTTTGATACCAATG ATAGGTTCAGAAATAGAAAGAGAGAAAGAAGAAGAGGAAGAAAGAGGAGAGAAATCAGAGAGACTAACATTGTATTATTC ATCAACATACCATCTACAAAGCCTTAGCTTGCTTACATAGACAAACCATCCCTAGCCGTTCATTTACCCAATACCATCAA AATGAATACGTCAATTTGGGGCCAAACGAATCCGCTGAGCCCTAAATAACAAATTCCGGGCATAATCCTCGAATCGTTCT GGATCTCCATCGTGAACCCCATCGACAAACCAATCTTCAGCTTCTGGATGAAGATTATCATTCGTGTTTCCATGATCTCT ACCATTGACGAACCGATCTGCAGTTTCTCGAAGACGATGTTTTCGTCCTTCTCCTTCACCGTCTTCGTGTGCTCCGCTCC GATCAACTCAAAGAAACGTCGCATCGCTTATGTGAAATCTTCCATTTGGCCACAACACCTAGATCGATGCTCAAATACTA ATGCTATGGTTCAAAAATAGAAAGAGTGAAAGAAGAAGAAGAAACAAAGAGAGAAGAGAGAAATCAGAGGGACTGACATC ATTTCATTCATCAACATACCATCTACAGAACCCTAGCTTGCTCATATAGACAAACAACCCCTAACCGACTCATTTAGCCA ATACATGTGCATCAGAAAAATTTGATGGGAAAAAAACTAGAGGGCCTAATTGAGTATTATTAGAGAATACCAAGTGGAGA CTCAAAGAAGTCCCACATTGGCTAGATTAGCTAGTGTACAAGTGTATATATAATAAAGAACACACACCCATTGCTTTAAG CCTAAGGTTTTGTTGTGTGGTTCTAACTTAGGATTTCTAACATGGTATCAGTCAGGTCTGATCCAAGCCATGGGTGTGTG TTCTTTATTATATATACACTTGTACACTAATGACCTTCCGCTTCAAAAAAAAAATGTAAAAAAAAAAAGAGAAAAAAAAA GTAAAAAAAAATTCCAAAAAAAGAAAGATGCATATACAGTTCAAGGCCTAATGACCTTCCGCTGAGCTCAAGCCCAAGAC AATGCAAGCCGTAAGGCCTCTGAGACTCGGACAAACGGGTACAAGCCCAGACAAGAAGAAGAAGAAAAATGGAGTCCCAC TTGGAGTATTATGTGAAAATATGTGAAATTGTTCTTTGTATTAATATTACTGTTTAAAGAAAAAACGTAATCAAATCTAG TCATATTGAAAATTTCATATGCTTTTAATAAAAGTTGAGGTTGGAGGTATAATTTATTGCATGGATTTGTGTCATCTGAT AAGTTTCATGTCTCGCTCATTTGTTTTGAATGTTGCAGTTCACCATTTTGAAAGGTCTATGATAAATGCTCCTGGTCCTT GTGTTCTCTTTGCCACTCCTGGGATGATAAGTGGTGGATTTTCACTTGAAGTTTTTAAGCACTGGGCACCGTCAGAAAAT AACCTTATTACTTTGCCTGGGTACATTCTTATTTATTCTCACTTTCTTTCTTTTCGCAGTAGGCATTAGATAAGAACATA AGTGAAATGTAGATAAATTTCTCCTACATCTAGGTTATCGCAATGAAATATATGTATATCAAACTTCTCCAAATGCACTC ACATGTACCTTTTTTTATTAAATCTTAATGAATTTGGCAAACTATTTTTCCCTTGGATAAAGTTTGGGATTAACATGAGA TTGCAGTCATTGGAGCCGGGTAGTGGCTGCATACAAGTTTGTATTTGATATGCTAGCTGATTAGGAACTTACTGAGCCAC CTTTTGTGAAAGGACAGAAGATTTAAGATGCACTTAAATTTTTATAGATATGTATAGGTTTGAGATTGCTTTTTTTAATC ATGGGAATGATCATATACTTGTTTTCGATAAGTTACAGATTTTAGTTTCATGCTTTTTCCTTATATCGCACACAGCAGGC GCACTGCATGAATCATACGTCATGGCTATCTGTTATTTGATTCTTTTGAAAAATTGAAACCTTAAAAGCTTTAGGTGACT TTTACACTTGGTAGCCTTAAATATAACTTTATCTGTTGTGATATATTTGTCCCATTTTGGTAGAATAACTATTGAGTGGG TTTCCTGGTTTTTAAGTTGTAAATGAAGAGTATAGTGGTCATTTCTGTTCAGATACCATCTTCACTTTCACCAAAATACC TAATCGATTCTCAAATGAAAGGTTGAAGGGAACCAGCTAAGAATAAGAAAGAAACTGATATTGTTCAAAGATAGAACACT ACAACAATGCTGAAAAATGCTAGCATCACTCTCTTTCCAACACCCCCTTCAACACTCTTATTGATTGATCAAAATTCAAG TGGGGCTCACTAAAAATATGGGACCCACATGAATTTCACCGGGTATATCCATCTTATTTAGCTATACATGCAGATCAATT GCTTATTCATTCCTATGATATACTTTGTAGGTATTGTGTAGCTGGGACAGTAGGACATAGATTAATGTCAGGTAAGGCCA CCAAAGTTGATGTGGATCCTGATACACAAATAGACGTGCGTTGCCAGGTACATTTTATCTCCTACCCATTTATTTACAGT GGGGGTACATCTCCTGTGCAGGCAATTCATTACTTTTATGATCTTCAGCATAGATGTTCCACCTTGGTAAAAAAAAAAAG GTTAAAAGTATATACAAGTAATTAAATTTGCTCAGTGATTAAAAGTTAAAACAATGTAATAAGTGTGTTAAAAGCATGAC AGAAATACCTCTTCGCTTTCCCATATTATATTAGTCTAAACATTTTAGTATTCTATTTTCTTGAGTTTGACGTAAAGAGT TTGCATCTTACATGACCTGAGATCAAAGTATTCTCTGAAACTATATTTCGGCTGCTCTGTCTTTGTTGGGTAAACAAAAT CTATCGTCCTGTGCATAAGTTGACCTAGCGGGTGAGTTCTTATTTTCGAGAAGTTCATGCTTCACTTCAACTAATAAAAT TCTGTGTCACCTACTAAAGTTCCTCCAATGATCATGAGATTGATTAAAAAATTTATATACTTTAGAATAAGAGCCCGATA CATTGTTCTACTATTGAAATGGTATTCAATGTTTTTCTAGTCTTGAAATGCTTTAACCCCAAAAGAAAAGAGCTAATAAT TAAAAGTACATATATATAAATTTTAAATTGAACAGTGTACTGTACAAATTTGCATGGAAGGTAATTGAGTCAGTTCAATT TTAGTTTCTACAATAATTTTAACTGTTGTCTTAAATTGACAGATTCATCAATTGGCTTTTAGTCCTCACACAGATTCTAA AGGAATAATGGATCTTGTAAAATTTCTCTCCCCAAAACATGTTATATTAGTGCATGGTGAGAAGCCTAAAATGGCTTTGC TTAAAGAGAAAATTCATTCTGAGTTGGGGATTCCGTGTCATGATCCTGCAAATCATGAAACCATATGCATTTCCTCCACT CCCTACGTAAAGACAGAAGCCTCTGGCACTTTCATTCAAAACTGCTTGAACCCGAACTTCAAATTCCAGAAATGCAGTTC AGTGGACGAATGTGACTCTACTTTGACAGAAAAAAACTTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAAACTGCTTGAATCCGAACT TCAAGTTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGATGAATGTGACTCTACTTTGACAGAAAAAAACCTAATGCCTGAACTTCAAGTT AAAGATGAAAGAGTAGCAGAAGGAGTTCTGGTTATGGAGAAAACAAAAAAGGCAAAGATTGTTCACCAGGATGAACTTCT GCTCATGTTAGGTGAAAAGAAGCAAGGGGTTTAG
CDS sequence (LotjaGi5g1v0053100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTATCGAAACTCTAGTTCTTGGTGCTGGTCAAGAGGTAGGGAAGAGTTGCGTGGTGGTGACCATCAACGGAAAGCG AATCATGTTCGATTGCGGAATGCACATGGGCCACTTGGACCACCGTCGATACCCTGATTTCTCTCTCATCTCTCAAGGCC ATTACGACGCTGCACTCTCCTGCATCATCATCACTCACTTTCACTTGGACCATGTTGGAGCATTGGCTTACTTCACCGAA GTTTGCGGGTATCGCGGTCCTATTTACATGACGTACCCAACTAAAGCTCTAGCTCCTTTGATGTTGGAAGACTATCGGAA GGTAATGGTTGATCGTCGGGGTGAGGAAGAGCTATTCACTTCAGAAAATATTGCAGAGTGCATGAAGAAAGTTATTGCTA TAGATCTGAGGCAGACTGTGCAAGTAGATGAAGACCTGCAGATACGTGCATATTATGCAGGACATGTTATTGGAGCTGCA ATGTTCTATGCAAAAGTTGGAGATGCAGAAATGGTTTATACAGGAGACTACAATATGACAGCAGATAGACACCTCGGAGC AGCTCAAATCGATAGATTACGGCTTGACCTTCTTATAACTGAATCCACGTATGCGACTACAATACGTGATTCAAAATATG CTCGTGAGAGGGAATTCCTCAAAGCCGTTCATAAATGTGTTTCTGGTGGAGGAAAGGTGCTTATTCCAACATTTGCTCTC GGTAGAGCTCAGGAATTATGCATTTTGTTGGATGACTACTGGGAGCGCATGAATTTGAAGGTTCCTATCTATTTCTCAGC AGGTTTAACTATTCAAGCTAATATGTATTACAAGATGCTTATTAGTTGGACAAGCCAGAAGATTAAAGATACATACTCTA CACATAATGCATTTGATTTTAAGAATGTTCACCATTTTGAAAGGTCTATGATAAATGCTCCTGGTCCTTGTGTTCTCTTT GCCACTCCTGGGATGATAAGTGGTGGATTTTCACTTGAAGTTTTTAAGCACTGGGCACCGTCAGAAAATAACCTTATTAC TTTGCCTGGGTATTGTGTAGCTGGGACAGTAGGACATAGATTAATGTCAGGTAAGGCCACCAAAGTTGATGTGGATCCTG ATACACAAATAGACGTGCGTTGCCAGATTCATCAATTGGCTTTTAGTCCTCACACAGATTCTAAAGGAATAATGGATCTT GTAAAATTTCTCTCCCCAAAACATGTTATATTAGTGCATGGTGAGAAGCCTAAAATGGCTTTGCTTAAAGAGAAAATTCA TTCTGAGTTGGGGATTCCGTGTCATGATCCTGCAAATCATGAAACCATATGCATTTCCTCCACTCCCTACGTAAAGACAG AAGCCTCTGGCACTTTCATTCAAAACTGCTTGAACCCGAACTTCAAATTCCAGAAATGCAGTTCAGTGGACGAATGTGAC TCTACTTTGACAGAAAAAAACTTAATGCCTGAACTTCAAGTTAAAGATGAAAGAGTAGCAGAAGGAGTTCTGGTTATGGA GAAAACAAAAAAGGCAAAGATTGTTCACCAGGATGAACTTCTGCTCATGTTAGGTGAAAAGAAGCAAGGGGTTTAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0053100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAIETLVLGAGQEVGKSCVVVTINGKRIMFDCGMHMGHLDHRRYPDFSLISQGHYDAALSCIIITHFHLDHVGALAYFTE VCGYRGPIYMTYPTKALAPLMLEDYRKVMVDRRGEEELFTSENIAECMKKVIAIDLRQTVQVDEDLQIRAYYAGHVIGAA MFYAKVGDAEMVYTGDYNMTADRHLGAAQIDRLRLDLLITESTYATTIRDSKYAREREFLKAVHKCVSGGGKVLIPTFAL GRAQELCILLDDYWERMNLKVPIYFSAGLTIQANMYYKMLISWTSQKIKDTYSTHNAFDFKNVHHFERSMINAPGPCVLF ATPGMISGGFSLEVFKHWAPSENNLITLPGYCVAGTVGHRLMSGKATKVDVDPDTQIDVRCQIHQLAFSPHTDSKGIMDL VKFLSPKHVILVHGEKPKMALLKEKIHSELGIPCHDPANHETICISSTPYVKTEASGTFIQNCLNPNFKFQKCSSVDECD STLTEKNLMPELQVKDERVAEGVLVMEKTKKAKIVHQDELLLMLGEKKQGV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 3 | 528 | 526 | 5.8E-253 | – | |
| PANTHER | 3 | 528 | 526 | 5.8E-253 | – | |
| SUPERFAMILY | 6 | 445 | 440 | 4.44E-139 | ||
| CDD | 6 | 202 | 197 | 3.38888E-131 | ||
| Gene3D | 8 | 422 | 415 | 1.6E-144 | ||
| SMART | 15 | 231 | 217 | 1.6E-20 | ||
| Pfam | 21 | 190 | 170 | 2.5E-21 | ||
| Gene3D | 211 | 388 | 178 | 1.6E-144 | – | |
| SMART | 243 | 361 | 119 | 4.8E-36 | ||
| Pfam | 243 | 361 | 119 | 9.9E-25 | ||
| Pfam | 377 | 435 | 59 | 8.5E-16 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0053100.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…