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LotjaGi5g1v0062300.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0062300
Transcript ID LotjaGi5g1v0062300.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Pleiotropic drug resistance ABC transporter; TAIR: AT1G15520.1 pleiotropic drug resistance 12; Swiss-Prot: sp|Q76CU2|PDR1_TOBAC Pleiotropic drug resistance protein 1; TrEMBL-Plants: tr|I1MWN5|I1MWN5_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0062300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:10384996..10400774) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GCAAGAGTGGCGGTGGCATGTTGTACTTGTAGGAAATAGGGAGATGATGTGAAAATCGGACAGCAGAGGATGCAGAAGAT AATATTGCAGGTTGGAAAACTAACTTCGCAAGGACACTCAGAGATCATTGCAGAGCTTGCTTATGGAGCTTTCCAACCAG GAATTACAGAGAAGAAGGCTTCACTAACCAACCAGCACCAGAACCTAAAGAAGCAAGGGGTAACACTCTATACCAGGTTC CACTTATCATACACATTTTCCTATCTGTAGTCTGTTGTTTATTCTGTGATTGAAACCTGTCTACTCTGTTTTGCTTTCTT CCTCTATGCTGGCTTGCATGTTCCTTAGTTTTCAAAATGGCTAAGTAAAACTAATTTGAAACCGGGTATTAGCATTCCAG TGCACATTAACATCAGCCCCTTTCTTCCCTCTTGTCCTCTCGCCGGCTCGCCGGAGAGTCTTCCACCGCACCGATTCCAT CAAGCACCAAGGGACAAAAGATACCGAGAAGGTTAATGAAGGGGAGGGACTAATATTGACTAATGGATTAATTAAATGAT TGCTAATTCACTGATGTCAGTTTGTTAAAATATGCCCAAGCATGATAAGGTTACATGTATTTGAAATGCAAGATAACTAG TTGATTGGTTGATTAATAGATTAGTTAGTTAATTTAATCATATTGGAACATGTATAGGAAATTTGAATAATGTAAGTGCT TCACCCCTTTTGTGGTTTCAAATCTCAGTATACTCTCTTCAATATAAATTTGTGGTGTCTTTTTGTACTTATGTACCTCA AAAATTTAAAGATAACAACCCTTTTTTAAAAAATAATTTAGTAACGGTAATGTAATATCATTTCTATCCTTTACTTTGAC TATTCGTTTGGTAGTAAAAATTCTAAAGATATACTTCATAAACAATAATAGATTAAGACGTCCTTTGCCTATAAAAAAAA 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0062300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCACAAGAAGATAATGAGAAGTTCTTGTTGAAAATCAGGGAACGCTTGGACAGAGTGGGACTTGATATACCAACAGT TGAAGTTCGGTTTGAAAATTTAAACGTGGAGGCACAAGTTTATGTTGGAGCCAGAGCATTGCCTTCATTATTCAAATTTT TTGCTAACGTGCTAGAGGGGTTCTTATATTATCTTCATATAATTCGGAGTCCCAAGAATCAGTTACATGTCCTTCAGAAT ATTAGTGGAATCATAAAGCCTCAAAGGATGACATTGCTTTTGGGGCCACCAGGCTCAGGAAAGACTACTTTGCTGTTGGC GTTAGCTGGAAAACTTGGGAAAGATTTGAAACATTCTGGGAGAGTAACATACAATGGTCATGAGCTGGACGAGTTTGTGC CACAAAGGACATCAGCTTATATAAGTCAACATGATAATCACATTGGAGAAATGACTGTCCGAGAAACGCTAGCTTTCTCA GCAAGATGTCAAGGAGTTGGACAGAACTATGAGTTGTTGACTGAACTACTAAGAAGAGAGAAGGAAGCAAAGATTAAACC AGATGCTGATGTTGATGCCTCTATGAAGGCAGCTGTACTAGAAGGACAACAGACAAGTGTGGTCACTGACTATATTCTTA AGATTTTGGGGCTTGAAGTGTGTGCTGACATTATGGTAGGTGATGGAATGATAAGAGGCATCTCAGGAGGGCAGAAAAAA CGAGTCACAACAGGGGAGATGCTAGTTGGACCTGTAAGGGTGTTTTTCATGGATGAGATATCAACTGGTTTGGACAGCTC CACTACTTTTCAAATAATCAACTCAATCCGGCAATCCATCCATATTCTAAATGGAACCGCACTTGTGTCCTTACTACAGC CAGCACCAGAAACTTATGAACTGTTTGATGATATAATAGTTCTAACAGATGGGCATATTGTGTACCAAGGACCAAGAGAA AATGTGCTTGAGTTTTTTGAATCAATGGGTTTCAAGTGTCCTGAGAGAAAAGGAGTTGCTGACTTCTTACAAGAAGTGAC ATCAAGAAAAGATCAATGGCAATATTGGGCATATAAGGATGAACCTTATAGATTTGTTACAGTCAAGGATTTTTCTGAAG CATTCCAGTCATTTGACGTTGGTCAGAAACTTCGAGAAGAGTTGGCCAATCCTTTTGACAAGTCTAAATGCCATCCAAAT GCCTTGACGAAAAAGAAGTATGGTGTTAACTCAAAGGAACTGCTGAGTGTTTGTGCTAGCAGAGAATTTTTGCTTATGAA GCGAAATTCCATTGTTTACATATTCAAAGTCACCCAACTTATTTTTTTAGCTGTCATGGCATCAACATTATTTATACGAA CTAAGATGCATCGAGATACCGTGGAGGATGGAGGAGCTTACATGGGTGCTCTGTTCTTCACAGTTAGTGTAGCAATGTTC AATGGAATATTAGAGCTACATATGACCATCTTGAAACTTCCTGTCTTTTACAAGCAAAGGGACCTTCTTTTCTATCCTTC ATGGGCTTATTCTCTTCCACCATGGATCCTCAAAATACCAATAACCCTCTTAGAAGTTGCCATCTGGGAAGGCATCTCTT ACTATGCCATTGGCTATGATCCAATTTTTGCTAGGCTTTTAAAACAATACTTGATAATTCTATGCATTAATGTGATGGCT TCTGCATTATTTCGATTGATAGCAGCATTAGGAAGGGATGTTGTAGTCGCAAACACTATTGGGTCCTTTACGTTACTAGT AGTTCTGGTTTTGGGAGGATTTGTGATTTCACGAGACGATGTGCACAAATGGCTTATATGGGGTTACTGGTCCTCACCAT TGATGTATGGACAGAATGCTATAGTTGTCAATGAATTTCTCGGGCATAGTTGGACAAAGGTTATTCCTAATTCCAATGAG ACATTGGGAGTTTTGATATTGAAAACGCGTGGGTTTTTCACAGAAGCTTATTGGTATTGGATTGGTGTAGGAGGATTGAT TGGTTATATTTTTCTATTTAATTTCCTCTTCATCTTGGCTTTGCGATATCTCAGTCCACTCCGAACGGATCAAGCAGGGC TATCCAAAGAGAAATTGCTCGAGAGAAATGCTTCAACAGCTGAGGAGTTCATTGAGTTACCAACACGAAAGAGTTCTTCT GAAACAAAGATGGTAGAAGAAGCAAGTATATCATCCAGGTCGTTTTCTGGAAGAGTCAATGATGTTAATGCGAGAAGTGG AAGGAGGGGCATGGTTCTTCCTTTTAAACCCCTCTCTCTCACTTTTGATGAGATATCATATTCCGTAGACATGCCGCAGG AAATGAAAAATCAAGGAGTTTTCGAGGACCGTCTTAAACTTTTGAAGGGTGTCAGTGGAGCCTTTAGGCCTGGAGTACTA ACAGCTCTAATGGGTGTAAGTGGTGCTGGCAAGACTACTCTGATGGATGTTTTAGCTGGAAGGAAAACTGGTGGATATAT TGAAGGAGCCATCAAGATATCTGGGTACCCAAAGAATCAACAAACATTTGCTCGCATAGCAGGTTATTGTGAACAATTTG ATATCCACTCACCTAATGTTACAGTTTATGAATCTTTGCTATATTCTGCCTGGCTTCGATTACCACGTGAAGTGGATACT GCAACTAGAAAGATGTTCATTGAGGAAGTTATGGAGCTTGTGGAGCTTAATTCATTAAGGGAAGCACTTGTTGGATTGCC GGGTGAGACTGGACTTTCAACTGAGCAGCGCAAGAGACTTACAATTGCAGTTGAACTTGTAGCCAATCCATCAATAATAT TCATGGATGAGCCAACCTCTGGTCTTGATGCTAGAGCAGCTGCAATTGTAATGAGAACTGTGAGGAACACCGTGGACACA GGACGGACTGTGGTTTGCACCATCCACCAGCCAAGTATTGATATATTTGATGCATTTGATGAGCTGCTACTTCTAAAATT GGGAGGGGAGCAAATATATGCTGGTCCATTAGGCCGCCAGTGTTCCCAACTGATTCAGTTCTTTGAGGCTATTCATGGAG TTCCCAAGATTAGAGACGGTTATAATCCTGCAACCTGGATGTTGGAAGTTACATCAGCAGGGACTGAAGCTAGTCTTAAG GTCAATTTCACCGATGTTTACAAAAACTCAGAACTACACCGGAGAAATAAACAACTGATCCAGGAGCTCAGTACACCTCC TCAAGGTTCAAAGGATCTACACTTTGATACTCAGTATTCACAGACTTGGGTGGCACAATTTAAAGCTTGCATATGGAAAC AACATTTATCTTATTGGCGGAACACATCATATACTGCAGTTAGACTCCTATTTACAACACTGATAGCTTTATTGTTTGGG CTCCTATTTTGGCAGATTGGTTCCAAAAGGGGAAAGGAGCAAGATCTTTTCAATGCACTGGGTTCAATGTATGCTGCAGT TAACTTCATTGGAGTTCAAAATAGTGCCTCAGTGCAGCCAATCATATCAGTTGAGAGAACAGTATTCTACAGAGAAAGAG CTGCTGGAATGTATTCAGCTTTGCCATATGCTTTTGCACAGGTTTGTATCGAGCTTCCTCACATCTTGGCTCAATCCTTT ATATATGGGATTGTAGTATATGCCATGATGGGGTTCAATTGGTCATCATCAAAGTTCTTATGGTATCTTTTCTTCACGTA CTTCACATTCTTGTACTTCACCTTCTATGGTATGATGACCATGGCCATCAGTCCCAACCCACAAATTGCCAGCATAATAT CCTCGGCATTTTACTCAATTTGGAGCCTTTTCTCAGGCTTCATCATTCCCTTATCAAGAATGCCCATATGGTGGAAGTGG TACTATTGGATTTGCCCTGTTGCATGGACCATAAATGGACTAGTGACTTCCCAATATGGAGATGACACGAGCAAACTGGA AAATGGTCAACGTATTGAAGAATTTGTGGAGAGTTACTTCGGATTTCATTATGACTCTCTGGGAATGGTCGCAGTTGTGG TGGCTGGTTTTTCAGTGTTATTTGCACTCATCTTCACGTTTGGCATCAGAGCATTTAACTTCCAAAAAAGATGA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0062300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAQEDNEKFLLKIRERLDRVGLDIPTVEVRFENLNVEAQVYVGARALPSLFKFFANVLEGFLYYLHIIRSPKNQLHVLQN ISGIIKPQRMTLLLGPPGSGKTTLLLALAGKLGKDLKHSGRVTYNGHELDEFVPQRTSAYISQHDNHIGEMTVRETLAFS ARCQGVGQNYELLTELLRREKEAKIKPDADVDASMKAAVLEGQQTSVVTDYILKILGLEVCADIMVGDGMIRGISGGQKK RVTTGEMLVGPVRVFFMDEISTGLDSSTTFQIINSIRQSIHILNGTALVSLLQPAPETYELFDDIIVLTDGHIVYQGPRE NVLEFFESMGFKCPERKGVADFLQEVTSRKDQWQYWAYKDEPYRFVTVKDFSEAFQSFDVGQKLREELANPFDKSKCHPN ALTKKKYGVNSKELLSVCASREFLLMKRNSIVYIFKVTQLIFLAVMASTLFIRTKMHRDTVEDGGAYMGALFFTVSVAMF NGILELHMTILKLPVFYKQRDLLFYPSWAYSLPPWILKIPITLLEVAIWEGISYYAIGYDPIFARLLKQYLIILCINVMA SALFRLIAALGRDVVVANTIGSFTLLVVLVLGGFVISRDDVHKWLIWGYWSSPLMYGQNAIVVNEFLGHSWTKVIPNSNE TLGVLILKTRGFFTEAYWYWIGVGGLIGYIFLFNFLFILALRYLSPLRTDQAGLSKEKLLERNASTAEEFIELPTRKSSS ETKMVEEASISSRSFSGRVNDVNARSGRRGMVLPFKPLSLTFDEISYSVDMPQEMKNQGVFEDRLKLLKGVSGAFRPGVL TALMGVSGAGKTTLMDVLAGRKTGGYIEGAIKISGYPKNQQTFARIAGYCEQFDIHSPNVTVYESLLYSAWLRLPREVDT ATRKMFIEEVMELVELNSLREALVGLPGETGLSTEQRKRLTIAVELVANPSIIFMDEPTSGLDARAAAIVMRTVRNTVDT GRTVVCTIHQPSIDIFDAFDELLLLKLGGEQIYAGPLGRQCSQLIQFFEAIHGVPKIRDGYNPATWMLEVTSAGTEASLK VNFTDVYKNSELHRRNKQLIQELSTPPQGSKDLHFDTQYSQTWVAQFKACIWKQHLSYWRNTSYTAVRLLFTTLIALLFG LLFWQIGSKRGKEQDLFNALGSMYAAVNFIGVQNSASVQPIISVERTVFYRERAAGMYSALPYAFAQVCIELPHILAQSF IYGIVVYAMMGFNWSSSKFLWYLFFTYFTFLYFTFYGMMTMAISPNPQIASIISSAFYSIWSLFSGFIIPLSRMPIWWKW YYWICPVAWTINGLVTSQYGDDTSKLENGQRIEEFVESYFGFHYDSLGMVAVVVAGFSVLFALIFTFGIRAFNFQKR 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 430 430 -
Pfam 4 51 48 2.9E-9
ProSiteProfiles 62 335 274 15.54
Gene3D 66 370 305 3.1E-45
SUPERFAMILY 73 335 263 3.27E-34
Pfam 78 260 183 2.3E-15
SMART 87 312 226 8.1E-10
PANTHER 116 1357 1242 0.0
PANTHER 116 1357 1242 0.0
Pfam 414 626 213 2.1E-37
TMHMM 430 452 23 -
Phobius 431 452 22 -
Phobius 453 463 11 -
Phobius 464 484 21 -
TMHMM 464 486 23 -
Phobius 485 514 30 -
Phobius 515 537 23 -
TMHMM 515 537 23 -
Phobius 538 548 11 -
Phobius 549 568 20 -
TMHMM 550 569 20 -
Phobius 569 573 5 -
TMHMM 574 596 23 -
Phobius 574 596 23 -
Phobius 597 656 60 -
Pfam 631 692 62 1.6E-26
TMHMM 656 678 23 -
Phobius 657 681 25 -
Phobius 682 1105 424 -
CDD 757 995 239 2.50385E-94
ProSiteProfiles 760 1012 253 14.333
Gene3D 774 1003 230 3.7E-46
SUPERFAMILY 776 996 221 3.55E-36
Pfam 788 940 153 6.3E-19
SMART 797 989 193 7.9E-11
Pfam 1086 1298 213 2.4E-56
TMHMM 1105 1127 23 -
Phobius 1106 1124 19 -
Phobius 1125 1135 11 -
Phobius 1136 1162 27 -
TMHMM 1140 1162 23 -
Phobius 1163 1181 19 -
Phobius 1182 1207 26 -
TMHMM 1184 1206 23 -
Phobius 1208 1218 11 -
TMHMM 1219 1239 21 -
Phobius 1219 1243 25 -
Phobius 1244 1248 5 -
TMHMM 1249 1271 23 -
Phobius 1249 1268 20 -
Phobius 1269 1279 11 -
TMHMM 1278 1300 23 -
Phobius 1280 1299 20 -
Phobius 1300 1326 27 -
TMHMM 1327 1349 23 -
Phobius 1327 1349 23 -
Phobius 1350 1357 8 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Cellular component Membrane A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it.
Molecular function ATPase activity Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate + 2 H+. May or may not be coupled to another reaction.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0062300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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