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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi6g1v0087600 |
Transcript ID | LotjaGi6g1v0087600.2 |
Related isoforms 2 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | ABC transporter ATP-binding protein; TAIR: AT4G39850.1 peroxisomal ABC transporter 1; Swiss-Prot: sp|Q94FB9|AB1D_ARATH ABC transporter D family member 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2SHL3|A0A0B2SHL3_GLYSO ABC transporter D family member 1; Found in the gene: LotjaGi6g1v0087600 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:17726225..17740382) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTATCCTCTGCATTGATTGTTGCTATCTTTCCTTGTATTATAATTTGTATCCTCTCATTGATTGCAGGTTTGTAATCATT AAATCATTAGGTTGCTTAACAAATTCGCATATATACAGTAATATTCTTAATTATTTATGCATACGGTTAATGACAGGAAA GCTTTACTACTTGCATCTGGTATCTTAGTTGCTGGTGGAACAGCTGCATATATGCAATCAAGGTTTAGAGCCAATAAACA TGATTTATTTGGCCAATGCAATGGCCAACATAGTGATAAAGAAGTCACAGAGGACGAGGTTATGAAAGAAACTACTCCGC CAAAAAATAAACAAAAGAAAGGGGGAGCGAAGTCACTTCAAGTCCTTGCTGCAATTCTTCTTTCTGAGATGGGAAAATTA GGTGCAAGGGATCTTTTAGCTTTAATTGGCATAGTGGTAAGGCTGTTTTGTTGTGGATGATTATGCTGCGTGTTTTTCTT CATTTTTTTTTTTATAAATGAGTCATTTGAATACATATTCAATTTTCCATCATGGTATTCGATTCCATCTATTTATCTTT GTGATTATTTAATCTAGTCCTGACGTAGTGACACCTCCCCTGCCACAAGTAATGTAATGATGCACTTCAGGTGAATGATA TTGATCAAAATCAGATACTTCGTTAATTCTGTCATTCATATTTTGGGGCCAATGTAGACTCTGCTGTTACTCATACCTTC GGTCATTGTGTAGTCAGATATGCTTCTCCTGCTGCTACTCTTATTAAGGAGGAACAAGACTCTTATGTGTTGTATGTATG CTGTTGTTTCGTTCTAGTTAGACTGGGAACTGTGGTTGAAAATCTATGCATTGTTTTCCTTTTTCTTATAAAGAATTTGA GTGTTTCATGAAAGAGCAGAGTGGAAAATGGTTTAATATTTGTATGTTGAAAAAAGAGTGTTGGAGTTGAGAGGGTTTTA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0087600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAATCAAGGTTTAGAGCCAATAAACATGATTTATTTGGCCAATGCAATGGCCAACATAGTGATAAAGAAGTCACAGA GGACGAGGTTATGAAAGAAACTACTCCGCCAAAAAATAAACAAAAGAAAGGGGGAGCGAAGTCACTTCAAGTCCTTGCTG CAATTCTTCTTTCTGAGATGGGAAAATTAGGTGCAAGGGATCTTTTAGCTTTAATTGGCATAGTGGTGCTGCGAACTGCT TTGAGCAACCGGCTTGCTAAAGTGCAAGGCTTCCTATTTCGTGCTGCTTTTCTTCGACGTGTACCATTGTTTTTCCGGTT AATTTCAGAAAATATTCTTTTGTGCTTCCTCTTATCAACCATTCATTCTACATCAAAGTTCATAACAGGAACTTTGAGTC TGCATTTCAGAAAAATATTGACAAAGCTTATCCATTCCCACTATTTTGAGAACATGGTATACTACAAAATATCACATGTG GATGGTCGTATTACTAACCCAGAGCAAAGACTTGCCAGTGATGTGCCGAAGTTCTGTTCGGAATTAAGTGAAATTGTACA GGATGATCTAACAGCAGTGACTGATGGAATTCTATATACATGGCGGCTGTGTTCTTATGCTAGCCCAAAATATGTCTTCT GGATATTGGCCTATGTACTCGGAGCTGGGACTGCGATCAGAAACTTCTCTCCTTCGTTTGGCAAACTTATGTCCAGAGAG CAGCAACTGGAAGGAGAGTATCGACAGCTTCAGTCACGATTAAGGACTCACTCAGAAAGTATAGCATTTTATGGTGGAGA GAGGAGAGAAGAATCTCATATTCAAGAGAAATTTAAGGCATTGGTTAGGCACATGAATAGAGTGCAACATGACCATTGGT GGTTTGGCATGATTCAGGACTTTTTATTGAAGTACCTTGGTGCAACTGTTGCTGTTATTTTGATCATTGAACCGTTCTTT TCTGGACATTTAAGGCCCGACAGTTCAACTTTAGGGCGTGCAGAGATGTTAAGCAATCTAAGATATCATACCAGTGTTAT AATTTCCTTATTTCAGTCTCTGGGAACTCTTTCTATCAGTGCAAGACGGCTCAATCGTCTCAGTGGGTATGCTGATCGTA TTTATGAGTTAATGTCTGTATCAAGGGAGCTACACTTGGTGGATGAGAAATCTTCACTGCAAAGACAAGGGAGTAGAAAT TGCATAAGTGAAGCTAACTACATTGAATTTTCTGGTGTCAAGGTTGTGACCCCCACTGGTAACGTCTTGGTGGATGATCT GACCCTCAGGGTTGAGCCAGGATCCAATCTTTTGATTACAGGTCCAAATGGCAGTGGAAAGAGCTCTCTTTTCAGGGTTT TAGGCGGTCTTTGGCCAATGATATCTGGACATATCGTGAAACCTGGCATTGGTTCTGATCTTAATAAGGAAATTTTCTAT GTGCCACAACGACCATACACAGCTGTAGGAACACTTCGTGATCAGCTAATTTATCCTCTTACTGCAGATCAAGAGGTTGA ACCACTCTCAGATTGGGGGATGGTGGAGCTATTGAAAAATGTTGACCTTGAATACTTGTTGGATCGTTACCCGGCTGAAA AAGAGGTAAACTGGGGTGATGAACTTTCATTGGGCGAGCAACAGAGACTGGGCATGGCTAGACTTTTCTACCATAAGCCT AAATTTGCAATTCTTGATGAGTGCACAAGTGCTGTCACTACGGATATGGAAGAACGATTTTGTGCTAAAGTTCGAGCTAT GGGAACATCATGCATTACCATATCACATCGTCCAGCGTTGGTTGCCTTCCATGATGTGGTTTTGTCCTTGGATGGTGAAG GTGGATGGAGTGTACATTATAGAAGGGAGGACTCTTCTACTGAAATGGGGATTGATACAATGAAGGAAACAGAAACCAAA CGACAGAGTGATGCAAAAACTGTTCAACGAGCATTTGCCATGATCAATAAGGATTCTGCATTCTCAAGTTCAAAGGCACC GTCGTATATTGCAGAGGTGATATCTTCATCTCCATCTATGAGTCATACAATATCACCATCTGCTGTTCCCCAACTCCGTG GTAATACTAGGGCATTACCGCTGAGAGTAGCTGCCATGTGTAAAGTATTGGTACCCACTGTACTTGATAAACAAGGTGCA CGACTATTTGCTGTTGCTATTCTTGTTGTTTCTAGAACATGGGTCTCAGATCGTATTGCATCGCTGAATGGTACTACTGT GAAGTTTGTTTTAGAGCAGGATAAAGCTTCCTTTATTCGGTTAATTGGTTTAAGTATTCTTCAAAGTGGTGCATCTTCTT TCATTGCACCTTCTATAAGACACTTGACAGCCAAGCTGGCCCTAGGGTGGCGGATTCGTTTGACACAACATCTACTCAAT AACTACTTGAGACACAATGCATTCTACAAGGTCTTCCACATGGCAAGCAAAAATATTGATGCAGATCAGAGGATAACTCA AGATTTGGAGAAGTTAACAGCAGACTTGTCTGGATTGGTTACTGGATTAGTAAAGCCATCTGTGGATATTTTATGGTTCA CATGGAGAATGAAGCTTTTAACTGGTCAGAGAGGAGTTGCTATACTCTATGCTTACATGTTACTTGGCCTGGGATTTTTA AGAACTGTTACGCCGAATTTTGGTGATTTGATTAGCCAAGAACAACAGCTTGAAGGAACCTTTAGGTTTATGCATGAAAG ACTTTGTGCTCATGCTGAATCTGTTGCTTTCTTTGGAGGTGGTGCTCGAGAAAAAGCTATGGTTGAATCAAGGTTCAGAG AGCTTCTGACCCATTCCAAGTACCTTCTAAAAAAGAAGTGGTTGTTTGGTATACTCGACGATTTTATCACTAAGCAACTC CCTCATAATGTGACTTGGTTGCTTAGCTTGTTGTATGCTATGGAACATAAGGGAGACCGTGCCTCAATAAGTACTCAGGG TGAGCTGGCACATGCATTGAGGTTCTTAGCATCTGTTGTTTCTCAAAGCTTTTTAGCTTTTGGTGACATTCTTGAGTTGA ATAGGAAGCTTGTAGAGCTTTCGGGTGGCATTAATCGTATTTTTGAACTTGAAGAGTTCCTGGATGCAGCACAATCTGAG AACTTAATCAACGGTGGTGCTGTACATCCAGTGAGGGACAATCATTCTAAAGATGTTATTTCATTTTCTAAGGTTGATAT TGTAACTCCTACCCAGAAGATGTTGGCCAGAGAGTTGACTTGTGATGTTGAGCTTGGGGGAAGCCTGCTTGTTACTGGTC CAAATGGAAGTGGAAAAAGTTCAATTTTCAGGGTTCTTAGAGGACTCTGGCCCATTGCTTCTGGAAGACTCTACCGACCA TCTGAAGATATGGATCAAGAGGCTGGATCAGGTTGTGGCATCTTCTATGTTCCTCAGCGGCCATATACATGCTTGGGAAC CCTGCGGGATCAAATTATATATCCCCTGTCCCGTGAGGAAGCAGAGTTTAAAGCATTGAAGTTGTACGGAAAAGGTGAAA AACATCCTGTTACTGGAAATTTGTTGGACATGCATTTGGAAGTTATCCTAGCGAATGTTCGGTTGAATTATCTTCTAGAA AGAGACGCAAGTGGCTGGGATGCAAAGCTAAATTGGGAAGACATTCTATCACTTGGAGAACAACAGAGGCTAGGCATGGC GCGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAAGTTGGTATCCTCGACGAGTGTACCAATGCAACTAGTGTGGATGTTGAAGAGCACC TATATGGACTTGCGAAGCAAATGGGAATCACATTTGTTACTTCGTCACAACGTCCTGCACTAATACCATTCCATTCCACG GAGTTACGGCTGATCGATGGCGAGGGTAATTGGGAACTTCGTCAGATCAAGCAATGA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0087600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQSRFRANKHDLFGQCNGQHSDKEVTEDEVMKETTPPKNKQKKGGAKSLQVLAAILLSEMGKLGARDLLALIGIVVLRTA LSNRLAKVQGFLFRAAFLRRVPLFFRLISENILLCFLLSTIHSTSKFITGTLSLHFRKILTKLIHSHYFENMVYYKISHV DGRITNPEQRLASDVPKFCSELSEIVQDDLTAVTDGILYTWRLCSYASPKYVFWILAYVLGAGTAIRNFSPSFGKLMSRE QQLEGEYRQLQSRLRTHSESIAFYGGERREESHIQEKFKALVRHMNRVQHDHWWFGMIQDFLLKYLGATVAVILIIEPFF SGHLRPDSSTLGRAEMLSNLRYHTSVIISLFQSLGTLSISARRLNRLSGYADRIYELMSVSRELHLVDEKSSLQRQGSRN CISEANYIEFSGVKVVTPTGNVLVDDLTLRVEPGSNLLITGPNGSGKSSLFRVLGGLWPMISGHIVKPGIGSDLNKEIFY VPQRPYTAVGTLRDQLIYPLTADQEVEPLSDWGMVELLKNVDLEYLLDRYPAEKEVNWGDELSLGEQQRLGMARLFYHKP KFAILDECTSAVTTDMEERFCAKVRAMGTSCITISHRPALVAFHDVVLSLDGEGGWSVHYRREDSSTEMGIDTMKETETK RQSDAKTVQRAFAMINKDSAFSSSKAPSYIAEVISSSPSMSHTISPSAVPQLRGNTRALPLRVAAMCKVLVPTVLDKQGA RLFAVAILVVSRTWVSDRIASLNGTTVKFVLEQDKASFIRLIGLSILQSGASSFIAPSIRHLTAKLALGWRIRLTQHLLN NYLRHNAFYKVFHMASKNIDADQRITQDLEKLTADLSGLVTGLVKPSVDILWFTWRMKLLTGQRGVAILYAYMLLGLGFL RTVTPNFGDLISQEQQLEGTFRFMHERLCAHAESVAFFGGGAREKAMVESRFRELLTHSKYLLKKKWLFGILDDFITKQL PHNVTWLLSLLYAMEHKGDRASISTQGELAHALRFLASVVSQSFLAFGDILELNRKLVELSGGINRIFELEEFLDAAQSE NLINGGAVHPVRDNHSKDVISFSKVDIVTPTQKMLARELTCDVELGGSLLVTGPNGSGKSSIFRVLRGLWPIASGRLYRP SEDMDQEAGSGCGIFYVPQRPYTCLGTLRDQIIYPLSREEAEFKALKLYGKGEKHPVTGNLLDMHLEVILANVRLNYLLE RDASGWDAKLNWEDILSLGEQQRLGMARLFFHKPKVGILDECTNATSVDVEEHLYGLAKQMGITFVTSSQRPALIPFHST ELRLIDGEGNWELRQIKQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
Phobius | 1 | 102 | 102 | - | – | |
MobiDBLite | 13 | 43 | 31 | - | – | |
MobiDBLite | 21 | 40 | 20 | - | – | |
Pfam | 52 | 320 | 269 | 9.1E-82 | ||
PANTHER | 54 | 186 | 133 | 0.0 | – | |
PANTHER | 54 | 186 | 133 | 0.0 | – | |
Gene3D | 57 | 386 | 330 | 3.9E-6 | ||
Phobius | 103 | 122 | 20 | - | – | |
TMHMM | 103 | 125 | 23 | - | – | |
SUPERFAMILY | 104 | 378 | 275 | 4.71E-9 | ||
ProSiteProfiles | 112 | 302 | 191 | 10.813 | ||
Phobius | 123 | 210 | 88 | - | – | |
PANTHER | 185 | 280 | 96 | 0.0 | – | |
PANTHER | 185 | 280 | 96 | 0.0 | – | |
Phobius | 211 | 229 | 19 | - | – | |
TMHMM | 211 | 230 | 20 | - | – | |
Phobius | 230 | 301 | 72 | - | – | |
Coils | 240 | 260 | 21 | - | – | |
PANTHER | 276 | 597 | 322 | 0.0 | – | |
PANTHER | 276 | 597 | 322 | 0.0 | – | |
TMHMM | 293 | 315 | 23 | - | – | |
Phobius | 302 | 320 | 19 | - | – | |
Phobius | 321 | 339 | 19 | - | – | |
Phobius | 340 | 359 | 20 | - | – | |
Phobius | 360 | 864 | 505 | - | – | |
Gene3D | 404 | 666 | 263 | 1.9E-42 | – | |
SUPERFAMILY | 406 | 612 | 207 | 2.77E-37 | ||
CDD | 408 | 616 | 209 | 8.57583E-79 | – | |
ProSiteProfiles | 408 | 637 | 230 | 13.832 | ||
Pfam | 425 | 570 | 146 | 1.9E-19 | ||
SMART | 433 | 612 | 180 | 5.5E-7 | ||
ProSitePatterns | 542 | 556 | 15 | - | ||
PANTHER | 595 | 1297 | 703 | 0.0 | – | |
PANTHER | 595 | 1297 | 703 | 0.0 | – | |
Pfam | 707 | 972 | 266 | 2.3E-77 | ||
SUPERFAMILY | 721 | 1030 | 310 | 4.19E-6 | ||
Phobius | 865 | 883 | 19 | - | – | |
Phobius | 884 | 1298 | 415 | - | – | |
SUPERFAMILY | 1055 | 1286 | 232 | 3.52E-26 | ||
Gene3D | 1056 | 1292 | 237 | 1.2E-30 | – | |
CDD | 1060 | 1291 | 232 | 8.85339E-62 | – | |
ProSiteProfiles | 1060 | 1297 | 238 | 9.504 | ||
Pfam | 1078 | 1244 | 167 | 2.6E-14 | ||
SMART | 1085 | 1288 | 204 | 0.25 | ||
ProSitePatterns | 1216 | 1230 | 15 | - |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. | ||
Molecular function | ATPase activity | Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate + 2 H+. May or may not be coupled to another reaction. | ||
Molecular function | ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances | Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate, to directly drive the active transport of a substance across a membrane. | ||
Biological process | Transmembrane transport | The process in which a solute is transported across a lipid bilayer, from one side of a membrane to the other. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0087600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…