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LotjaGi6g1v0087600.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0087600
Transcript ID LotjaGi6g1v0087600.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description ABC transporter ATP-binding protein; TAIR: AT4G39850.1 peroxisomal ABC transporter 1; Swiss-Prot: sp|Q94FB9|AB1D_ARATH ABC transporter D family member 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2SHL3|A0A0B2SHL3_GLYSO ABC transporter D family member 1; Found in the gene: LotjaGi6g1v0087600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:17726225..17740382) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTATCCTCTGCATTGATTGTTGCTATCTTTCCTTGTATTATAATTTGTATCCTCTCATTGATTGCAGGTTTGTAATCATT AAATCATTAGGTTGCTTAACAAATTCGCATATATACAGTAATATTCTTAATTATTTATGCATACGGTTAATGACAGGAAA GCTTTACTACTTGCATCTGGTATCTTAGTTGCTGGTGGAACAGCTGCATATATGCAATCAAGGTTTAGAGCCAATAAACA TGATTTATTTGGCCAATGCAATGGCCAACATAGTGATAAAGAAGTCACAGAGGACGAGGTTATGAAAGAAACTACTCCGC CAAAAAATAAACAAAAGAAAGGGGGAGCGAAGTCACTTCAAGTCCTTGCTGCAATTCTTCTTTCTGAGATGGGAAAATTA GGTGCAAGGGATCTTTTAGCTTTAATTGGCATAGTGGTAAGGCTGTTTTGTTGTGGATGATTATGCTGCGTGTTTTTCTT CATTTTTTTTTTTATAAATGAGTCATTTGAATACATATTCAATTTTCCATCATGGTATTCGATTCCATCTATTTATCTTT GTGATTATTTAATCTAGTCCTGACGTAGTGACACCTCCCCTGCCACAAGTAATGTAATGATGCACTTCAGGTGAATGATA TTGATCAAAATCAGATACTTCGTTAATTCTGTCATTCATATTTTGGGGCCAATGTAGACTCTGCTGTTACTCATACCTTC GGTCATTGTGTAGTCAGATATGCTTCTCCTGCTGCTACTCTTATTAAGGAGGAACAAGACTCTTATGTGTTGTATGTATG CTGTTGTTTCGTTCTAGTTAGACTGGGAACTGTGGTTGAAAATCTATGCATTGTTTTCCTTTTTCTTATAAAGAATTTGA GTGTTTCATGAAAGAGCAGAGTGGAAAATGGTTTAATATTTGTATGTTGAAAAAAGAGTGTTGGAGTTGAGAGGGTTTTA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0087600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCAATCAAGGTTTAGAGCCAATAAACATGATTTATTTGGCCAATGCAATGGCCAACATAGTGATAAAGAAGTCACAGA GGACGAGGTTATGAAAGAAACTACTCCGCCAAAAAATAAACAAAAGAAAGGGGGAGCGAAGTCACTTCAAGTCCTTGCTG CAATTCTTCTTTCTGAGATGGGAAAATTAGGTGCAAGGGATCTTTTAGCTTTAATTGGCATAGTGGTGCTGCGAACTGCT TTGAGCAACCGGCTTGCTAAAGTGCAAGGCTTCCTATTTCGTGCTGCTTTTCTTCGACGTGTACCATTGTTTTTCCGGTT AATTTCAGAAAATATTCTTTTGTGCTTCCTCTTATCAACCATTCATTCTACATCAAAGTTCATAACAGGAACTTTGAGTC TGCATTTCAGAAAAATATTGACAAAGCTTATCCATTCCCACTATTTTGAGAACATGGTATACTACAAAATATCACATGTG GATGGTCGTATTACTAACCCAGAGCAAAGACTTGCCAGTGATGTGCCGAAGTTCTGTTCGGAATTAAGTGAAATTGTACA GGATGATCTAACAGCAGTGACTGATGGAATTCTATATACATGGCGGCTGTGTTCTTATGCTAGCCCAAAATATGTCTTCT GGATATTGGCCTATGTACTCGGAGCTGGGACTGCGATCAGAAACTTCTCTCCTTCGTTTGGCAAACTTATGTCCAGAGAG CAGCAACTGGAAGGAGAGTATCGACAGCTTCAGTCACGATTAAGGACTCACTCAGAAAGTATAGCATTTTATGGTGGAGA GAGGAGAGAAGAATCTCATATTCAAGAGAAATTTAAGGCATTGGTTAGGCACATGAATAGAGTGCAACATGACCATTGGT GGTTTGGCATGATTCAGGACTTTTTATTGAAGTACCTTGGTGCAACTGTTGCTGTTATTTTGATCATTGAACCGTTCTTT TCTGGACATTTAAGGCCCGACAGTTCAACTTTAGGGCGTGCAGAGATGTTAAGCAATCTAAGATATCATACCAGTGTTAT AATTTCCTTATTTCAGTCTCTGGGAACTCTTTCTATCAGTGCAAGACGGCTCAATCGTCTCAGTGGGTATGCTGATCGTA TTTATGAGTTAATGTCTGTATCAAGGGAGCTACACTTGGTGGATGAGAAATCTTCACTGCAAAGACAAGGGAGTAGAAAT TGCATAAGTGAAGCTAACTACATTGAATTTTCTGGTGTCAAGGTTGTGACCCCCACTGGTAACGTCTTGGTGGATGATCT GACCCTCAGGGTTGAGCCAGGATCCAATCTTTTGATTACAGGTCCAAATGGCAGTGGAAAGAGCTCTCTTTTCAGGGTTT TAGGCGGTCTTTGGCCAATGATATCTGGACATATCGTGAAACCTGGCATTGGTTCTGATCTTAATAAGGAAATTTTCTAT GTGCCACAACGACCATACACAGCTGTAGGAACACTTCGTGATCAGCTAATTTATCCTCTTACTGCAGATCAAGAGGTTGA ACCACTCTCAGATTGGGGGATGGTGGAGCTATTGAAAAATGTTGACCTTGAATACTTGTTGGATCGTTACCCGGCTGAAA AAGAGGTAAACTGGGGTGATGAACTTTCATTGGGCGAGCAACAGAGACTGGGCATGGCTAGACTTTTCTACCATAAGCCT AAATTTGCAATTCTTGATGAGTGCACAAGTGCTGTCACTACGGATATGGAAGAACGATTTTGTGCTAAAGTTCGAGCTAT GGGAACATCATGCATTACCATATCACATCGTCCAGCGTTGGTTGCCTTCCATGATGTGGTTTTGTCCTTGGATGGTGAAG GTGGATGGAGTGTACATTATAGAAGGGAGGACTCTTCTACTGAAATGGGGATTGATACAATGAAGGAAACAGAAACCAAA CGACAGAGTGATGCAAAAACTGTTCAACGAGCATTTGCCATGATCAATAAGGATTCTGCATTCTCAAGTTCAAAGGCACC GTCGTATATTGCAGAGGTGATATCTTCATCTCCATCTATGAGTCATACAATATCACCATCTGCTGTTCCCCAACTCCGTG GTAATACTAGGGCATTACCGCTGAGAGTAGCTGCCATGTGTAAAGTATTGGTACCCACTGTACTTGATAAACAAGGTGCA CGACTATTTGCTGTTGCTATTCTTGTTGTTTCTAGAACATGGGTCTCAGATCGTATTGCATCGCTGAATGGTACTACTGT GAAGTTTGTTTTAGAGCAGGATAAAGCTTCCTTTATTCGGTTAATTGGTTTAAGTATTCTTCAAAGTGGTGCATCTTCTT TCATTGCACCTTCTATAAGACACTTGACAGCCAAGCTGGCCCTAGGGTGGCGGATTCGTTTGACACAACATCTACTCAAT AACTACTTGAGACACAATGCATTCTACAAGGTCTTCCACATGGCAAGCAAAAATATTGATGCAGATCAGAGGATAACTCA AGATTTGGAGAAGTTAACAGCAGACTTGTCTGGATTGGTTACTGGATTAGTAAAGCCATCTGTGGATATTTTATGGTTCA CATGGAGAATGAAGCTTTTAACTGGTCAGAGAGGAGTTGCTATACTCTATGCTTACATGTTACTTGGCCTGGGATTTTTA AGAACTGTTACGCCGAATTTTGGTGATTTGATTAGCCAAGAACAACAGCTTGAAGGAACCTTTAGGTTTATGCATGAAAG ACTTTGTGCTCATGCTGAATCTGTTGCTTTCTTTGGAGGTGGTGCTCGAGAAAAAGCTATGGTTGAATCAAGGTTCAGAG AGCTTCTGACCCATTCCAAGTACCTTCTAAAAAAGAAGTGGTTGTTTGGTATACTCGACGATTTTATCACTAAGCAACTC CCTCATAATGTGACTTGGTTGCTTAGCTTGTTGTATGCTATGGAACATAAGGGAGACCGTGCCTCAATAAGTACTCAGGG TGAGCTGGCACATGCATTGAGGTTCTTAGCATCTGTTGTTTCTCAAAGCTTTTTAGCTTTTGGTGACATTCTTGAGTTGA ATAGGAAGCTTGTAGAGCTTTCGGGTGGCATTAATCGTATTTTTGAACTTGAAGAGTTCCTGGATGCAGCACAATCTGAG AACTTAATCAACGGTGGTGCTGTACATCCAGTGAGGGACAATCATTCTAAAGATGTTATTTCATTTTCTAAGGTTGATAT TGTAACTCCTACCCAGAAGATGTTGGCCAGAGAGTTGACTTGTGATGTTGAGCTTGGGGGAAGCCTGCTTGTTACTGGTC CAAATGGAAGTGGAAAAAGTTCAATTTTCAGGGTTCTTAGAGGACTCTGGCCCATTGCTTCTGGAAGACTCTACCGACCA TCTGAAGATATGGATCAAGAGGCTGGATCAGGTTGTGGCATCTTCTATGTTCCTCAGCGGCCATATACATGCTTGGGAAC CCTGCGGGATCAAATTATATATCCCCTGTCCCGTGAGGAAGCAGAGTTTAAAGCATTGAAGTTGTACGGAAAAGGTGAAA AACATCCTGTTACTGGAAATTTGTTGGACATGCATTTGGAAGTTATCCTAGCGAATGTTCGGTTGAATTATCTTCTAGAA AGAGACGCAAGTGGCTGGGATGCAAAGCTAAATTGGGAAGACATTCTATCACTTGGAGAACAACAGAGGCTAGGCATGGC GCGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAAGTTGGTATCCTCGACGAGTGTACCAATGCAACTAGTGTGGATGTTGAAGAGCACC TATATGGACTTGCGAAGCAAATGGGAATCACATTTGTTACTTCGTCACAACGTCCTGCACTAATACCATTCCATTCCACG GAGTTACGGCTGATCGATGGCGAGGGTAATTGGGAACTTCGTCAGATCAAGCAATGA 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0087600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MQSRFRANKHDLFGQCNGQHSDKEVTEDEVMKETTPPKNKQKKGGAKSLQVLAAILLSEMGKLGARDLLALIGIVVLRTA LSNRLAKVQGFLFRAAFLRRVPLFFRLISENILLCFLLSTIHSTSKFITGTLSLHFRKILTKLIHSHYFENMVYYKISHV DGRITNPEQRLASDVPKFCSELSEIVQDDLTAVTDGILYTWRLCSYASPKYVFWILAYVLGAGTAIRNFSPSFGKLMSRE QQLEGEYRQLQSRLRTHSESIAFYGGERREESHIQEKFKALVRHMNRVQHDHWWFGMIQDFLLKYLGATVAVILIIEPFF SGHLRPDSSTLGRAEMLSNLRYHTSVIISLFQSLGTLSISARRLNRLSGYADRIYELMSVSRELHLVDEKSSLQRQGSRN CISEANYIEFSGVKVVTPTGNVLVDDLTLRVEPGSNLLITGPNGSGKSSLFRVLGGLWPMISGHIVKPGIGSDLNKEIFY VPQRPYTAVGTLRDQLIYPLTADQEVEPLSDWGMVELLKNVDLEYLLDRYPAEKEVNWGDELSLGEQQRLGMARLFYHKP KFAILDECTSAVTTDMEERFCAKVRAMGTSCITISHRPALVAFHDVVLSLDGEGGWSVHYRREDSSTEMGIDTMKETETK RQSDAKTVQRAFAMINKDSAFSSSKAPSYIAEVISSSPSMSHTISPSAVPQLRGNTRALPLRVAAMCKVLVPTVLDKQGA RLFAVAILVVSRTWVSDRIASLNGTTVKFVLEQDKASFIRLIGLSILQSGASSFIAPSIRHLTAKLALGWRIRLTQHLLN NYLRHNAFYKVFHMASKNIDADQRITQDLEKLTADLSGLVTGLVKPSVDILWFTWRMKLLTGQRGVAILYAYMLLGLGFL RTVTPNFGDLISQEQQLEGTFRFMHERLCAHAESVAFFGGGAREKAMVESRFRELLTHSKYLLKKKWLFGILDDFITKQL PHNVTWLLSLLYAMEHKGDRASISTQGELAHALRFLASVVSQSFLAFGDILELNRKLVELSGGINRIFELEEFLDAAQSE NLINGGAVHPVRDNHSKDVISFSKVDIVTPTQKMLARELTCDVELGGSLLVTGPNGSGKSSIFRVLRGLWPIASGRLYRP SEDMDQEAGSGCGIFYVPQRPYTCLGTLRDQIIYPLSREEAEFKALKLYGKGEKHPVTGNLLDMHLEVILANVRLNYLLE RDASGWDAKLNWEDILSLGEQQRLGMARLFFHKPKVGILDECTNATSVDVEEHLYGLAKQMGITFVTSSQRPALIPFHST ELRLIDGEGNWELRQIKQ 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 102 102 -
MobiDBLite 13 43 31 -
MobiDBLite 21 40 20 -
Pfam 52 320 269 9.1E-82
PANTHER 54 186 133 0.0
PANTHER 54 186 133 0.0
Gene3D 57 386 330 3.9E-6
Phobius 103 122 20 -
TMHMM 103 125 23 -
SUPERFAMILY 104 378 275 4.71E-9
ProSiteProfiles 112 302 191 10.813
Phobius 123 210 88 -
PANTHER 185 280 96 0.0
PANTHER 185 280 96 0.0
Phobius 211 229 19 -
TMHMM 211 230 20 -
Phobius 230 301 72 -
Coils 240 260 21 -
PANTHER 276 597 322 0.0
PANTHER 276 597 322 0.0
TMHMM 293 315 23 -
Phobius 302 320 19 -
Phobius 321 339 19 -
Phobius 340 359 20 -
Phobius 360 864 505 -
Gene3D 404 666 263 1.9E-42
SUPERFAMILY 406 612 207 2.77E-37
CDD 408 616 209 8.57583E-79
ProSiteProfiles 408 637 230 13.832
Pfam 425 570 146 1.9E-19
SMART 433 612 180 5.5E-7
ProSitePatterns 542 556 15 -
PANTHER 595 1297 703 0.0
PANTHER 595 1297 703 0.0
Pfam 707 972 266 2.3E-77
SUPERFAMILY 721 1030 310 4.19E-6
Phobius 865 883 19 -
Phobius 884 1298 415 -
SUPERFAMILY 1055 1286 232 3.52E-26
Gene3D 1056 1292 237 1.2E-30
CDD 1060 1291 232 8.85339E-62
ProSiteProfiles 1060 1297 238 9.504
Pfam 1078 1244 167 2.6E-14
SMART 1085 1288 204 0.25
ProSitePatterns 1216 1230 15 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Cellular component Integral component of membrane The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane.
Molecular function ATPase activity Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate + 2 H+. May or may not be coupled to another reaction.
Molecular function ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate, to directly drive the active transport of a substance across a membrane.
Biological process Transmembrane transport The process in which a solute is transported across a lipid bilayer, from one side of a membrane to the other.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0087600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…