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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0191200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0191200.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | DNA/RNA helicase protein; TAIR: AT5G07810.1 SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein / HNH endonuclease domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q6NZP1|ZRAB3_MOUSE DNA annealing helicase and endonuclease ZRANB3; TrEMBL-Plants: tr|V7CJZ0|V7CJZ0_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0191200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:37675669..37694984) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGTAAATGTGTGGGACGAAAAATGCAATTTTTTAATTTTCAACATGTGCTAGGCTCGGCACGTGCATTTGAAAAAGTTGA AACTCCTCCTCCCACCCAGTTTCAGTTTTGGGATCATCAGAATCAAATCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCCACTATC AGCGAGTGGCAACAATGGTGGAACTCACAGAAGAACAGCGAAAACGAGCGGAAGCCAACCGCGCCGCCGCCATCGCAAAA CGCAAAGCCTTCTTAGAATCCTCCAACAACCACCACGCCCCACCACAACGAGACCCATGGCACCTTTTCAAATGCCAGAA ATTCTCCCACCCCCAACCACAACCACCACCACCACCACAACTTCCTCCTCCCAAATTCCTCGCCTCCCTCGAAATTTGCG CCCCCGATTCCTTCTCCGTCACCCCTCACCCTCTCCCCGATTTCCCCTTCCCTCCGCCGCACACTTGCTTCCAGATTCTC AACTCCATTCTCTCTCAGGTCGTGCCGTCGCACTTTACGCAGACCAGCGCTGGTGGCCAGGCCTGCGTCTTCAAGCTGGT GGACTACGCCGCGGTATTGAAGCGGCTCAAGGCCGCGCCGGAGGTCCAGGTTGAGGAAATTCCGTGGGGGACGTTAAATG TGGTTGAGAGGCTGTCACATTCGTTCGCGGCGGGGCGGTGGATGCCGGTGAGGCCTGAGCACCTGAGTGATGAGGAGGTT GATTGTCTTATCGAGAAGCTGCCGGGGACTATTCGCCGTGCCTTGCTCCCTTTCCAGATGGATGGTTTGAGGTTTGCCCT CAGAAGAGGTGGCCGATGCCTCATCGCGGACGACATGGGCCTAGGGAAAACCCTTCAGGTAGCCAAAATGGTCTTCATTT TTACAAGAAATATGATATGATCATTCATGTGTCCTTTACCGAACAGCTTAAGCTTTTAGGATAATTGGTTCATGACAATT 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GTAGGCAATGGAGAGTCAAATGGAGATCCAAACATAGCCTTATATGAAATTGGAGGTGCAATGTGGTTGCGATCCTGAAC AACTGCAGATGGGAAAAAAAAAATGCAATATAAATTTTGTAGCCACAAGAAGGAAGCTCCATGTGGTGCAGTTGGATATA ACTCCAGAAGGTTACAGTCTTCCTGGAAGATTCCATCCATGGTTATTTGAGGAAATTCTTTGAACTGATTTTTGTGGCGT CTTGTTTAGTTGGAAAGCATGCAGCCGTCAACATGTGAATTTAGAAAAAGCCCTTAGAGTGTGTTTGGATGGAGGATTGT AAAAATCCAAGGGATTTTAAATGCTAGGGAATTCAATTGCATCAATTGAATTCCCTTGATTTTCAAATTCCCTTGTTTGG ATAAGGTGATGCAATTCCCTCAATTGAAAATTCCTTGTTTGGGTAATGTAATTAAATTTCCTTTATCTTATTTTTTTAAT CTAATTAATATTATTTGAATAATTATAATAAAAAAACTTAACTTAAAATCAGCCCATAATTTTATAATATGCCCAAACCC CCTGAATTGACTCAAAAATCTGAAATTAGTTGGATCACAACAGTGACATGATGAAAAGTTGGAAACACTATGTTTTTAAC AAGTGCGAACATCAATCCAAACAAACATTCATCGAGATATCACATTTTCTATTATTTAAATTTCAAATTGTGTTTATAAC AAGTGCTAACATCAATCCAAATGAAAAATAAATAAAACAAAGTCTCAACAGTGGCATAATGAAAAGTTGGAAACACTACA AATGAGTCCATAAACTATAGCAAATCACGAATCAGTGCATAAAAGCTATGATGTAATCTTTCTTTCTCTCCATGGGAAGA GCTTTCAAAATCTCCAACTTATTTGGATTTTCTGAAAGCCAATCCACTGCCTTTATCCATTGAGTGGCATTAAGGTCCGG AATGTTCTTTAGCTCATCCATCACATCATGAACCACTTCTTGGACATTTTTCACCCCTTTTCTAGTTGCTTGCACAAATT CACTCAATGACTCAGCCACTTTATTCATTGAAGTAATTATCCCATTCTTCTCTCCACTTTTTCCCTTTTTGAATTCCATT GGTTGTTTGCTTTTCCTTGTTGTAGAGCTTTGTTCATCAGCATCAATATCCACAATATAAGCTCCATCCTCATTTGCTTC TTTGCTCATGATGTCATCTGCATCCAAGGATGTCTCCGCTCCAATTCCTGTTGCTCTATCTTTAGCACACAAGTCTACAA TGTCATCCCAATTAGCAATCACCTTAAATCTAAACCTCTTAGCATCATTATGTGACTACAAAGAAAATAGGCAGCATATT AATACTAACACAAACACTAATTTAATTAAATAGTAATAACATTAAAAAGGATTACCTTGACATACTCATTCCATGCATCT TCATTTGTAACAGAAATCATATATTTGGTTCCATCCCAATCAAAACCACTTTGACTAAGGATGTCACTAACAATGCCATA CCATGATCTCCACAGCTTGATGCGGTTTTTAACATTCTCTCCAATAAGTTGCAAATTGAAGCGTGAAGACAACATTTGAG CCGCAGTGTTATATGCCACTGCTTTCCATGCACCACCACTCTTGTTTCCCATGCTTCTTTGATCTCTAAGTATATCAGCA AGTGCACGGTCCATCTCCAAGTTCCAAGTAAAGTAAGCTCTGCTATCATCTTTCTTATCCTCATTACTAGCTTCCGCCAT TTTCCTTTTTCCCCTCATCTCTCCTTCAAACATAAACAAACATTAGATAATTACTAATAACCAGAAGAATTTTGAAATAC ATCCACAGAACTGAACAAAGATAATAGCAGCAAAATGAGCTTCTATGATTGAATACATCATGTGCAGAAATCATAGGTGA TTATGATCCTGATTGCTGTTACAGTTTATGGTAGATTAAAATTGGATTGAACTCACATATCAGAACTCATTTTAAAAGCC TGTGATGATCTAAGTGTTTTTACTTCTTGCTTTTAC
CDS sequence (LotjaGi1g1v0191200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAATTTTTTAATTTTCAACATGTGCTAGGCTCGGCACGTGCATTTGAAAAAGTTGAAACTCCTCCTCCCACCCAGTT TCAGTTTTGGGATCATCAGAATCAAATCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCCACTATCAGCGAGTGGCAACAATGGTGG AACTCACAGAAGAACAGCGAAAACGAGCGGAAGCCAACCGCGCCGCCGCCATCGCAAAACGCAAAGCCTTCTTAGAATCC TCCAACAACCACCACGCCCCACCACAACGAGACCCATGGCACCTTTTCAAATGCCAGAAATTCTCCCACCCCCAACCACA ACCACCACCACCACCACAACTTCCTCCTCCCAAATTCCTCGCCTCCCTCGAAATTTGCGCCCCCGATTCCTTCTCCGTCA CCCCTCACCCTCTCCCCGATTTCCCCTTCCCTCCGCCGCACACTTGCTTCCAGATTCTCAACTCCATTCTCTCTCAGGTC GTGCCGTCGCACTTTACGCAGACCAGCGCTGGTGGCCAGGCCTGCGTCTTCAAGCTGGTGGACTACGCCGCGGTATTGAA GCGGCTCAAGGCCGCGCCGGAGGTCCAGGTTGAGGAAATTCCGTGGGGGACGTTAAATGTGGTTGAGAGGCTGTCACATT CGTTCGCGGCGGGGCGGTGGATGCCGGTGAGGCCTGAGCACCTGAGTGATGAGGAGGTTGATTGTCTTATCGAGAAGCTG CCGGGGACTATTCGCCGTGCCTTGCTCCCTTTCCAGATGGATGGTTTGAGGTTTGCCCTCAGAAGAGGTGGCCGATGCCT CATCGCGGACGACATGGGCCTAGGGAAAACCCTTCAGGCTATTGCTATTGCAGGATGTTTCAGGGATGAAGGGCCTATAC TTGTTGTTTGCCCTGCAGTTTTGCGGTATTCGTGGGCGGAAGAGTTGGAGCGTTGGCTTCCTTTATTCTTGCCTGCTGAT ATTCATCTCGTTTTTGGCCATCAAGACAATCCTGTACATTTAAAAAGATGTCCTAGAGTAGTGGTTATTTCTTATACCAT GCTCCATCGTCTAAGGAAGAGCATGCTTGAGCGTGAGTGGGCTCTTTTAATTGTTGATGAATCCCATCATGTGCGATGTA CACAGAAAGCCTCAGAACCAGAAGAGATAAAGGCTGTTCTTGATGTGGCTTCGAAAGTCAGGCGTATAATTCTGCTATCA GGGACACCTTCTTTGTCAAGGCCATATGACATATATCATCAGATAAATATGTTATGGCCAGGTTTGCTGGGGAAGAATAA ATATGAGTTTGCAAAAACTTATTGTGATTTGAAATATATGAAGGGCGTGCAAGGAAAATATTTTGCGAACTATTCAAAAG GAGTTCGCTTGGAGGAGTTGAATGTATTACTAAAGCAAACTGTTATGATAAGGCGTCTGAAGGAGCATGTGATGCTACAG TTACCTCCAAAACGACGGCAAATTATAAGACTGTTGTTGAAGAGATCTGATCTAGTTGCTGCAAAAACTGCAGTTGGGCC ATTGAAAATTGATGCATCTGAAAATGCAAATGAAGACATGCCTTTGGAAAATTTCGATGAACCTGATGGAAAGCTCTCTT ATCAAGAACTTGGAATTGCAAAGCTTTCTGGGTTTTGTGAATGGCTTTCCCTCCATCCACTTATTGAAGGATCAGAGAAT GCTTCAAAGATGTTAATTTTTGCTCATCACCACAAAGTTCTTGATGGAGTTCAGGAGTTTATATGTGAGAAAGGAATAAG TTTTGTGCGAATTGATGGAAATACTCTTGCTAGAGACCGACAATCAGCAGTTGTCTCATTTCGTTCATCACCAGAGGTTA AAATTGCGATAATAGGTATTCTAGCAGCAGGTTTTGGACTTGATTTCTCAATAGCACAAGATGTTGTGTTCTTGGAGCTG CCTCAGTGCCCAACTGTGATGCTTCAGGCTGAGGATAGAGCTCATCGACGAGGACAAACAAATGCAGTTAATGTATACAT ATTTTGTGCTAAGGATACTTTGGATGAATCACATTGGAAAAATTTGAACAAAAGTTTACATCGTGTTTCATGTACAACAG ATGGCAAATATGATGCAATGAAAGAGATAGAGGTTGAAGGTATTTCTTATTTAGACCCATCTTTGAAAACTGAAAGTCTT GAAAAGAAATCGACTTTCAAAGATGCATCAAGTGAAATACAAGTGGATAAGCACCCTTCCGCAGTAAATTCAAATGAATC AGAAGCAAGTCAAGATGATAAATCTGATGAGCCGGCGTCTTTTGAAAATAACACAATTCAGGGTGCTAATATTATGGATG AAAATGTTCCCTGCCTAGATTTAGGCAAGGATTCAGTTTTGGATGGCAATCTTGATGTAGATGTTTCTTACACTGTGGAG AGATGTTCTAAAAAGTGTTTGAAAGACGATAAAGTAATTGAGGATAAAAAATCAATTTCAACAACAGATGCAGATGACAA CCAGCCTGTTCTTTCAGTTGGAGCTGATGGACATTTCTCTAGTCAAGCTGATTCTCTGAGATTTGAGGTGAGCCCATACA CTGGAAGGGTCCACTTGTATGCTTGTGTTTTGGGTACAGACACAAGACCACAGCCACTTTATGAAAATTTCCGACCAGAG GAACTTGAGTTGCTAAGTTCTGCTGCTGTTGATGAGAAACAGAGTGTAGAGTCTCTGTCTGTCAAGGATAACCCTGCTTA TAGGCATGCACTTCTGGATTTTGCTAATGAATGGAAGAACTTGAGGTCAATTGAGCGCAAGAAGTTACATGGAAAACCAT TACAACTTCCTTTAGCTGTTGAATTGTGCTATTTGAGTGAAAGCAATAACCACAACAAGAAGGGATTATTAAATGGTGGA AGTAGACGTCGCAAGACACCTTTAATGGAGGTTAGCTATCCTTTACCATCAGGTGCTATTTGGAAAAAAATTAATCTCCG ATGGGGCCTCGGTAAGAAGGAAAAAGAATACTCTCAAGCCTGGAGTCTGGAAGATGAGCCACTCTGTAAGCTTTGTCAGA AGCAGTGCATGGGTGACAATGCCAAGACACCTGAATTTTTTGAAGATCTTTTTTGTAACCTTGCCTGTTATGAAGAGTAT CGCATGAGAACTAGCAACAGATTCCTTCGTCAGGAACTGTTCCAAATTGAACAAGGCGTATGTACAAATTGCCTATTGGA TTGTCATAAGCTAGTTGTGCATATAAGACCTTTGTCAATGAAAAGACGGCGGGAGTATATCGAGAAAGTGGCTCCAAAAA TTGCGAAGCGGGAGAAGATGCTTGAGAAGCTTGTCAATGATCCAACTGAAGGCAATGCATGGCATGCTGATCATATTATT CCAGTATATCAAGGCGGAGGTGAATGCAAACTGGAAAATATGAGAACTCTGTGTGTGGCCTGCCATTATGATGTTACTGC TGCACAGTGTGCTGAACGACGTTCAATAAGAGCAAATGCCAGGAAACAACTAAAAATGTTATTGAATAGCATGGAAAATG GTATGCAGGGTGCTGGTGGCACTAATATTAAGGACCACACGCCTCTCGAGGTACACGGGAGCACGCCTGAGGATGAGCTT TTAGTCATTGTTCCTGGAAGTGCCTACTCTCTAGCTGACAGCTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0191200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQFFNFQHVLGSARAFEKVETPPPTQFQFWDHQNQITLSLSLSLHYQRVATMVELTEEQRKRAEANRAAAIAKRKAFLES SNNHHAPPQRDPWHLFKCQKFSHPQPQPPPPPQLPPPKFLASLEICAPDSFSVTPHPLPDFPFPPPHTCFQILNSILSQV VPSHFTQTSAGGQACVFKLVDYAAVLKRLKAAPEVQVEEIPWGTLNVVERLSHSFAAGRWMPVRPEHLSDEEVDCLIEKL PGTIRRALLPFQMDGLRFALRRGGRCLIADDMGLGKTLQAIAIAGCFRDEGPILVVCPAVLRYSWAEELERWLPLFLPAD IHLVFGHQDNPVHLKRCPRVVVISYTMLHRLRKSMLEREWALLIVDESHHVRCTQKASEPEEIKAVLDVASKVRRIILLS GTPSLSRPYDIYHQINMLWPGLLGKNKYEFAKTYCDLKYMKGVQGKYFANYSKGVRLEELNVLLKQTVMIRRLKEHVMLQ LPPKRRQIIRLLLKRSDLVAAKTAVGPLKIDASENANEDMPLENFDEPDGKLSYQELGIAKLSGFCEWLSLHPLIEGSEN ASKMLIFAHHHKVLDGVQEFICEKGISFVRIDGNTLARDRQSAVVSFRSSPEVKIAIIGILAAGFGLDFSIAQDVVFLEL PQCPTVMLQAEDRAHRRGQTNAVNVYIFCAKDTLDESHWKNLNKSLHRVSCTTDGKYDAMKEIEVEGISYLDPSLKTESL EKKSTFKDASSEIQVDKHPSAVNSNESEASQDDKSDEPASFENNTIQGANIMDENVPCLDLGKDSVLDGNLDVDVSYTVE RCSKKCLKDDKVIEDKKSISTTDADDNQPVLSVGADGHFSSQADSLRFEVSPYTGRVHLYACVLGTDTRPQPLYENFRPE ELELLSSAAVDEKQSVESLSVKDNPAYRHALLDFANEWKNLRSIERKKLHGKPLQLPLAVELCYLSESNNHNKKGLLNGG SRRRKTPLMEVSYPLPSGAIWKKINLRWGLGKKEKEYSQAWSLEDEPLCKLCQKQCMGDNAKTPEFFEDLFCNLACYEEY RMRTSNRFLRQELFQIEQGVCTNCLLDCHKLVVHIRPLSMKRRREYIEKVAPKIAKREKMLEKLVNDPTEGNAWHADHII PVYQGGGECKLENMRTLCVACHYDVTAAQCAERRSIRANARKQLKMLLNSMENGMQGAGGTNIKDHTPLEVHGSTPEDEL LVIVPGSAYSLADS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Coils | 46 | 75 | 30 | - | – | |
| PANTHER | 63 | 1168 | 1106 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 63 | 1168 | 1106 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 225 | 496 | 272 | 2.0E-38 | ||
| SUPERFAMILY | 229 | 472 | 244 | 9.02E-40 | ||
| SMART | 244 | 430 | 187 | 7.5E-19 | ||
| CDD | 248 | 472 | 225 | 8.36211E-83 | – | |
| ProSiteProfiles | 257 | 421 | 165 | 19.349 | ||
| Pfam | 266 | 495 | 230 | 2.0E-27 | ||
| SUPERFAMILY | 358 | 710 | 353 | 1.12E-36 | ||
| CDD | 540 | 669 | 130 | 1.30054E-31 | – | |
| Gene3D | 547 | 754 | 208 | 6.4E-32 | – | |
| ProSiteProfiles | 550 | 704 | 155 | 11.575 | ||
| Pfam | 553 | 658 | 106 | 8.8E-10 | ||
| SMART | 575 | 658 | 84 | 2.9E-9 | ||
| MobiDBLite | 722 | 767 | 46 | - | – | |
| CDD | 1106 | 1146 | 41 | 8.23212E-5 | ||
| Pfam | 1112 | 1143 | 32 | 1.5E-6 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | Endonuclease activity | Catalysis of the hydrolysis of ester linkages within nucleic acids by creating internal breaks. | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0191200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…