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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0224300 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0224300.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transcription factor jumonji domain-containing protein; TAIR: AT4G00990.1 Transcription factor jumonji (jmjC) domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9SSE9|JMJ25_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ25; TrEMBL-Plants: tr|K7M755|K7M755_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0224300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:50808555..50839615) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTTCGTAGTACCATCGGCACTCGCAAACTTTGTCGTGACTGCATTCCAATTTCTAACACAAGTACACAACACCTTCTCT CTCTTTTCCCTCTCGCTTTGCTGTCATGTTCAGTCTAGTCTAGTCCACTCTCCATTGACAGTACATTGTGCTGTGCTTTC CTTTTTCTTCTTTTACTTTTCTAATCCACCATTACTTTCAAGTTCTTGTTTTTCGTTAATGGTAATCAATTTTGAAATTC ACAAGAGAAGTTTTACCTCAATTGATTCTGAATTCTGACTTCAGAACCAACGGCGTATAAGGGTTTTCCAAACATGCCCA AAGTCCTTACCTTAGTGTCCAAATTTTCGTTTTTGTGATTCAAAATTGGAGCTGAGAGCGTAGGAATTCCAATAAATTTC CCTTCTCATTTTTGTCGCTGAATGGATGAAACAGGTGAGGAGTGCAGGCGGTGCGGCAGAAAAGCGCCACCGGGGTGGAG ATGCACGGAGAGGGCTCTGAGTGGAAAATCCGTGTGTGAGAGGCATTTTCTGTATAACCAGAAAAAAACTGAGAGGTGGA AGGAAGGTGCTTCTGGTATAACCCCTAAAAGGAGAAGCGGAAGAAGAAAACCTGTAGATAATTCAGAAAATGGGGTTGTT GATGATGGTTGTAAAGAGCTGTTTGGTGATCCAAATGGTACTCCCACTGTCGTTGACGAATTTACTGGGCTTTGTGGTGT ATCTGAAGGGGATGCTGGAGTGAATCTTAATCTTGGTTGTGAAAGTCTTAACCTTCAGGACAAAGGAGAGGAGGGTCAAC AAGTTCATTCTGGTGGATTTGGGGAAGGATGTGGACGTATGGGTCAGGTTCTTGGTGATTATGGAGTCGAATATGCTGAG GATAGAAATGCAGTTGCTGGTTTAGGTGCCTTTAGAAATGTTGGCAATGAAGATCATGGATGTGTGGCTGGTAGGAATGT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0224300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATGAAACAGGTGAGGAGTGCAGGCGGTGCGGCAGAAAAGCGCCACCGGGGTGGAGATGCACGGAGAGGGCTCTGAG TGGAAAATCCGTGTGTGAGAGGCATTTTCTGTATAACCAGAAAAAAACTGAGAGGTGGAAGGAAGGTGCTTCTGGTATAA CCCCTAAAAGGAGAAGCGGAAGAAGAAAACCTGTAGATAATTCAGAAAATGGGGTTGTTGATGATGGTTGTAAAGAGCTG TTTGGTGATCCAAATGGTACTCCCACTGTCGTTGACGAATTTACTGGGCTTTGTGGTGTATCTGAAGGGGATGCTGGAGT GAATCTTAATCTTGGTTGTGAAAGTCTTAACCTTCAGGACAAAGGAGAGGAGGGTCAACAAGTTCATTCTGGTGGATTTG GGGAAGGATGTGGACGTATGGGTCAGGTTCTTGGTGATTATGGAGTCGAATATGCTGAGGATAGAAATGCAGTTGCTGGT TTAGGTGCCTTTAGAAATGTTGGCAATGAAGATCATGGATGTGTGGCTGGTAGGAATGTTTGTGTAAATGATCGTCTTGG TCTTCCTTCTGAAGGAATAGAGAGCCTGATTGGTGAAGAACCAGGTTTTGGGAGTTTTCAAGCACTTCTTTGTAAAGACA GGGGTTGTGCAGAAGATGTGATTTTCATTGGTGATGTTACAGGCTTTGAGGGTTTGAGTGGTGAAAATACTCATGGATTT AGAGATGAAGTTGGTGGGTTTGTGGAAAATCCATGTTTTGAAGGTGAAAATGATAGTAACAAAGAGGGACCTGGGTCAAA TTACAAGATGTCAGCTCTTGGCTTCGAAGAGGAAATAGGACTGTTATTAAGCCGAGGAGGTACCACCAATGAAGAGGCAA GATGTGAAGCATTGAGGCCACTGTCTAAAAGAGGCCGGCCTAAGGGTTCCAAGAATGAGAATGACAATAAACAGCTTAGC 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GACAATGACAAAGCCACTCTTGCTAGTGACAGGGACCAGGAAACACCTAACCAAACCCTTGCTCAAGATGAGGTTCAAAA TGATAAAAGCTCTGTTAAACCAAAGCGCGGTCGACCAAAAGGATCTAAAAATAAGATGAAAAGCATTGCTAATAAAGCTA GAAACAAGTTTGGTAAGGTCAGAAATATGCGTGGTAGGCCAAAAGGTTCTCTTAGAAAGAAAAATGAGACTGCATATTGT TTGGATTCACAGAATGAGAGGAATAGTCTTGACGGAAGAACTTCTACTGAAGCTGCCTACAGAAATGATGTTGATCTACA GAGAGGTCATTGTAGCCAAGAAGAACTACTGAGAATGTTGTCAGTCGAACACAAGAATATTCAGGGTGTTGGAGTTGAAG AAACTATAGACTATGGATTACGTTCTTCAGGATTGATGGGTGATACTGAAAGGAAAAAGGAGACGAGAATTTTAAGGTGC CACCAGTGCTGGCGGAATAGTTGGAGTGGAGTTGTCATTTGTGCCAAGTGCAAAAGAAAGCAATATTGTTATGAGTGCAT AACAAAATGGTACCCCGGTAAAACTAGAGAGGAGATAGAGATTGCTTGTCCCTTTTGTCTTGGTAATTGCAATTGCCGAT TGTGCTTGAAGAAAGATATATCTGTAATGACTGGGAGTGGTGAAGCTGATACAGGTGTCATATTACAAAAGTTGCTGTAC TTGCTTAACAAAACTCTGCCCTTACTCCAACATATCCAACGGGAGCAGATATCAGAAATGGAAGTAGAAGCTAGCATGCA TGGTTCCCCATTGATGGAAGAGGATATTCAATTGTCAGTGATTGATAATGATGATCGAGTTTATTGTGACAATTGCAATA CATCCATTGTCAATTTCCACAGAAGTTGTCCCAATCCTAATTGTAGGTATGATCTTTGTCTCACTTGTTGCATGGAACTA AGAAACGGACTTCATTATGAAGATATTCCTGCTAGTGGTAATGAGGAAACCATTGATGAACCACCTATAACTTCTGCTTG GAGAGCAGAGATAAATGGTAGGATTCCTTGCCCTCCAAAAGCTAGAGGAGGTTGCGGTACTTCTATCCTTTCATTGAGGC GCCTTTTTGAAGCTAATTGGGTGAACAAGTTGGTTAGGAATGCGGAGGAGCTTACTATCCAATATCATCCACCTAGTGTT GATCTTTTGGTAGGGTGTTTACAGTGCCATAGGTTTGTGGTAGATCTGGCACAAAATTCTGTAAGGAAGGCAGCTTCTAG AGAAACAAATCATGATAACTTTTTGTACTGCCCGGATGCTGTTGACATGGGAGACACAGAATATGAGCATTTCCAAAGGC ACTGGATAAGAGGTGAACCTGTTATAGTTAGGAATGTTTTTGAAAAGGCTAGTGGCCTTAGCTGGCACCCAATGGTGATG TGGAGAGCTTTTAGGGGGGCAAATAAGATATTAAAAGAGGAGCCAACTACTTTCAAAGCCATTGACTGCCTGGATTGGTG TGAGGTTCAAATTAACATCTTTCAGTTCTTCAAAGGCTACTTGGAAGGTCGTAGGTACAGAAATGGATGGCCAGAGATGC TGAAGCTAAAGGATTGGCCCCCATCAAATTCTTTTGAAGAGTGTTTTCCGAGGCATGGTGCCGAGTTCATAGCTATGCTT CCTTTTAGTGACTATACCCATCCCAAATTTGGTATTTTAAATCTTGCCACAAAGCTCCCTGCTGTTTTGAAGCCTGATTT GGGCCCCAAAACATACATTGCTTATGGATCTTTAGAAGAATTAAGCAGAGGTGATTCTGTGACAAAACTACATTGTGACA TTTCAGATGCGGTCAATATTCTGACGCACACAGAGGAAGTAAAGGCACCACTATGGCAACCCAAAATTATAAAAAAATTA CAGAAGAAGTATGAAGCTGAAGATATGCGCGATCTCTATGGTAGGATCAATAAGACAGTTGTTTCACATAGAAGTAAGCA CAAAAAGTGTCGTACAGGTATTAGCATGGATCCTAAAATCCCTGAAAATGATGACACTATGGGAAGAAACTCAAACTTAC GGGGAAGTCAAAGTAATGAAGAGATAGTAGTTAATGAACTGTCAACTAGATCCTCGAGTTTGGGAGAATCAAGATCAGAT AGTGCAGCTTGTGTTCAAGGGTTCTCAGAATCCAGCGAAAGTAAATCAGTTTTAAATGCTGGAAAAGATTGTGAGTGGAT GCATTATGACGTGAATAATGGGAAACAATGGTGCTCATCACCAGGTGATGGATCTTTTAAAGGAATTTCATTACAAGAAG ATATGAAGTTTAAGACATGCACAGATGTCGATTATGAAAAAAGAAGAGTGATTGATGTGGACTTAAATAAAGAAAAGTTT TGTTTCAAAGATCATACAGGTTCCTTATTTGTTGATTTGAACTTCTCCACTCCACCAGCAAGGGTAAATCAGGAGCATCA GAGAAATTTTTCTGTTTGTGAAAATATGGCTGACAGTAATAGTATTTCTAAAGAAGGGACAGTTGTGGGTAATTTCTTCC CTCTAGATGAATCTCATGAACAAGATCTCGGTAATGATACTAAAAAAAATCCAAATGCCAGTGAATGTAATCAGCCTTGT ACTGGAAAAGGAGAAACAATTTTTTTCAATAGATCGAGTTCTTCAGTCATGCCATGTTCAAAGATCCAGATCGACAAAAC TGTGCCAGTTAAAAATGACATATCGAGTAATAATTTCTTTCAAAATGATGATCATATGGAGACTCAATTTGGGAGTGCTG TGTGGGACATATTCCGCAGACAGGATGTACCTAAACTAACCGAGTACCTCAAGAAGCACCATAAAGAATTTCGCCACGCT AATAATCTTCCAGTTGATTCTGTGACCCATCCCATTCATGACCAGATCCTTTATCTAAATGAGAAGCATAAAAGACAGCT TAAGAAAGAGTATGGCATTGAACCATGGACGTTTGAGCAACACCTTGGCGAGGCTGTTTTCATACCTGCAGGGTGCCCAC ATCAAGTGAGAAATAGAAAGTCTTGCATGAAAGTGGCTCTGGACTTTGTTTCACCTGAGAATGTTCAGGAATGCGTTCGA TTGACAGAGGAATTTCGAATGCTTCCGAAAGGCCATAGATCTAAGGAAGATAAATTGGAGATAAAGAAGATGGCACTGTA TGCCACTGATATTGCCATAACAGAAGCTACAAAACTGATGGGAGCTAAATGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0224300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDETGEECRRCGRKAPPGWRCTERALSGKSVCERHFLYNQKKTERWKEGASGITPKRRSGRRKPVDNSENGVVDDGCKEL FGDPNGTPTVVDEFTGLCGVSEGDAGVNLNLGCESLNLQDKGEEGQQVHSGGFGEGCGRMGQVLGDYGVEYAEDRNAVAG LGAFRNVGNEDHGCVAGRNVCVNDRLGLPSEGIESLIGEEPGFGSFQALLCKDRGCAEDVIFIGDVTGFEGLSGENTHGF RDEVGGFVENPCFEGENDSNKEGPGSNYKMSALGFEEEIGLLLSRGGTTNEEARCEALRPLSKRGRPKGSKNENDNKQLS TALDGQSVGGDDNAGTIGMSSVTDLGIEIAVLSGEKDKSSDEVADLGETARAEKSGRPKVSKNKIRRVEHVGNVVAVKIV GPKKHGRPKSSKCRKKNIMEAGDEAAGEIGGDKKLGRPKGSLNKLKNTVDCNNEGSGAGEIVRPKKRGRPRGSKNKVNNI MEVSKKAASGGDCKIAGPKKCGRPKGSKNKQKNIVQVSQEVAGSADCEIAGPKKCGRPKGSMKKRKSLVCASILEGAGGI TREGLENKMLSNLCQEHIEYTQPVVRGGRPKGSRNKKIKLAFQDMVDEVRFANKESDKATCAVGEEQKDHGSDIGKPIGL DNDKATLASDRDQETPNQTLAQDEVQNDKSSVKPKRGRPKGSKNKMKSIANKARNKFGKVRNMRGRPKGSLRKKNETAYC LDSQNERNSLDGRTSTEAAYRNDVDLQRGHCSQEELLRMLSVEHKNIQGVGVEETIDYGLRSSGLMGDTERKKETRILRC HQCWRNSWSGVVICAKCKRKQYCYECITKWYPGKTREEIEIACPFCLGNCNCRLCLKKDISVMTGSGEADTGVILQKLLY LLNKTLPLLQHIQREQISEMEVEASMHGSPLMEEDIQLSVIDNDDRVYCDNCNTSIVNFHRSCPNPNCRYDLCLTCCMEL RNGLHYEDIPASGNEETIDEPPITSAWRAEINGRIPCPPKARGGCGTSILSLRRLFEANWVNKLVRNAEELTIQYHPPSV DLLVGCLQCHRFVVDLAQNSVRKAASRETNHDNFLYCPDAVDMGDTEYEHFQRHWIRGEPVIVRNVFEKASGLSWHPMVM WRAFRGANKILKEEPTTFKAIDCLDWCEVQINIFQFFKGYLEGRRYRNGWPEMLKLKDWPPSNSFEECFPRHGAEFIAML PFSDYTHPKFGILNLATKLPAVLKPDLGPKTYIAYGSLEELSRGDSVTKLHCDISDAVNILTHTEEVKAPLWQPKIIKKL QKKYEAEDMRDLYGRINKTVVSHRSKHKKCRTGISMDPKIPENDDTMGRNSNLRGSQSNEEIVVNELSTRSSSLGESRSD SAACVQGFSESSESKSVLNAGKDCEWMHYDVNNGKQWCSSPGDGSFKGISLQEDMKFKTCTDVDYEKRRVIDVDLNKEKF CFKDHTGSLFVDLNFSTPPARVNQEHQRNFSVCENMADSNSISKEGTVVGNFFPLDESHEQDLGNDTKKNPNASECNQPC TGKGETIFFNRSSSSVMPCSKIQIDKTVPVKNDISSNNFFQNDDHMETQFGSAVWDIFRRQDVPKLTEYLKKHHKEFRHA NNLPVDSVTHPIHDQILYLNEKHKRQLKKEYGIEPWTFEQHLGEAVFIPAGCPHQVRNRKSCMKVALDFVSPENVQECVR LTEEFRMLPKGHRSKEDKLEIKKMALYATDIAITEATKLMGAK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ProSiteProfiles | 2 | 49 | 48 | 13.524 | ||
| MobiDBLite | 44 | 69 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 297 | 313 | 17 | - | – | |
| MobiDBLite | 297 | 336 | 40 | - | – | |
| SMART | 303 | 313 | 11 | 50.0 | ||
| MobiDBLite | 314 | 336 | 23 | - | – | |
| MobiDBLite | 356 | 382 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 356 | 379 | 24 | - | – | |
| PANTHER | 359 | 1721 | 1363 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 359 | 1721 | 1363 | 0.0 | – | |
| SMART | 402 | 414 | 13 | 280.0 | ||
| SMART | 432 | 444 | 13 | 140.0 | ||
| MobiDBLite | 456 | 475 | 20 | - | – | |
| SMART | 464 | 476 | 13 | 3.2 | ||
| SMART | 498 | 510 | 13 | 11.0 | ||
| SMART | 532 | 544 | 13 | 22.0 | ||
| MobiDBLite | 620 | 714 | 95 | - | – | |
| MobiDBLite | 620 | 637 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 651 | 667 | 17 | - | – | |
| SMART | 673 | 685 | 13 | 85.0 | ||
| MobiDBLite | 676 | 708 | 33 | - | – | |
| Pfam | 798 | 865 | 68 | 3.9E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 800 | 846 | 47 | 8.875 | ||
| Gene3D | 1071 | 1320 | 250 | 4.2E-86 | – | |
| SUPERFAMILY | 1087 | 1716 | 630 | 6.04E-35 | – | |
| SMART | 1189 | 1686 | 498 | 1.7E-77 | ||
| ProSiteProfiles | 1196 | 1686 | 491 | 21.954 | ||
| MobiDBLite | 1307 | 1340 | 34 | - | – | |
| MobiDBLite | 1325 | 1340 | 16 | - | – | |
| Gene3D | 1502 | 1695 | 194 | 4.2E-64 | – | |
| Pfam | 1564 | 1669 | 106 | 5.3E-17 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0224300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…