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LotjaGi1g1v0436400.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0436400
Transcript ID LotjaGi1g1v0436400.1
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Niemann-Pick C1 protein; TAIR: AT1G42470.1 Patched family protein; Swiss-Prot: sp|P56941|NPC1_PIG Niemann-Pick C1 protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2RND6|A0A0B2RND6_GLYSO Niemann-Pick C1 protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0436400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:93074558..93094985) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TGAAAACGTTACCTCGCGAAGGGTGGTTACGTCACTCCCGAAAGCAATGTTTCTCATGCTCGATATGAGTGATGAGTCAT GTGAGCTGTGACTATAAAATGCAGTTTTGACTATCACAATACTCAACCGCAAACGGTTTTCTCTTTGTGGCGCACACACC ACAACACTCCTCTCAGCAACCACAACCGTTTCCACCGTAACCGAAAGCTCTCGCCGTCGCAATGGACCTTCTCCGGCTAG GGTTTCTCACCTCGCTCTCTCTATTACAGGCAATGACTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACAATTC TCAGTTTGCTCTGTTCAGCTTCACTCCAATTCGAATTCTATGCACGAGTACTCATCATCATTCGTCAGATTCAGAGGATG CAAGTTGTTTTTGGTGTTTTGACTGTTTTCTCTATTTTTCTTTCTTATCTGTTCGGTTTACCGCGAAAATGGAAGGGGAA GAGACTGAGAAAGTGACAGCAGAGAGAGCAATTTAGTAAAGTGAAATTTCAATTTCAGTTTTCTGAGAGTTGGAAACGGT GGAGGAGGATCAAGGACTTCAAATTGTTGATGATTTTTTGCTGGTTACTAAATTCAGCTTCATGATTCTTCAAATTTGTT GATGATTTTTGCGGTTCATATTTTGCAGGTTTGGCTAATTTTATCTTCTGTAGAAGCTGACGATTCATCCACAAGGCTTC TTTTGGCATCCAATGCCGAAACGCCAGGGTAAGTCTTCTTTATACCTTAAAATGTTAGGTGTTAGTCTCTTGCTGAAAAG TGAAAATCAATTGATTCATGCACAGCTATGTTTGGTAATGTATATATTTACAGCGCTAAGAAAATTTTCATGCCTGTATG AGTAGTAATAGTACATACTGGATAGAAATTGAATGTCTGTGCACCGATCTGGAAAACCGAAAATTTTGGTAATGTATATA 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GTATTTCTGTATTGTTTGTTTAATGATTACAATCATATCAAAGGGCTCCAGGTTTAACTGTGAAACTATTTTAGGTTGAC TATGTTAATTCCATGAGGGCTGCTCGAGAGTTCAGTTCAAAAGTTTCTGATTCTTTGAAGGTAATGTATCTTTCAGTCCT ACTTGCTGATTCAGTTTTTTTTAGTCATTAGATATAAAATGTAGAAACAAATGATAATATACTAATTAGAGGTGAAAGGG TTGACTTGCTTGTTTCTTGCACTCCATGAAATATATCATTCTCTTGCAATTATTACAGTTTAAAAGAATGAAGTAGGTGA CTATGCTTTTACCACATTTATTATATCCAAACTAACAATCCTTTTCTGCCGCAGATTGAGATTTTCCCATATTCAGTGTT CTATATGTTTTTTGAGCAATACCTTAATATATGGAAGACTGCACTGGTCACTCTTGCTATAGCTATTGGTCAGTATTGAG ACTTAGAATTCTGTGTATTTTATTATACATTGTTAATTTCATGGGGAAAATGCATGATCAATGTCATGGAAAAGACTTTT AGCTTGAGGGGGAAGTGAGGGTGAATGGGTGATATTGGGAAATTTTGAGCAAAATTTGAATCACTCATTTAAATGTTTAA TGATTACATTCTACAATTTATTCATTATGCCTGTTGATGTTGAGCCTGTAAAATATTAACACAATCTAACAATGATGTAA CAGGTGCAGTATTTATTGTGTGCTTGGTTATCACATGCAGGTAAGGATGAGCTTATTTAAGAACATGGTTTAAGCTTTTT CTTCCTTCTAACTTCCTGAATTATATAGAAGCATTAATGCGTTATTGTCTTATGAATCAATCTGTTCTTGGTTCAATCCT CCTTTGCTTTAACCTCTATGCAGTTTGTGGAGTTCAGCAATCATTTTGTTGGTTTTGGCTATGATTGTTGTTGATCTTCT GGTATTTTTCCTTCTTTTTAACTGTTACTAGACCTTTCACTTTCTTTCTGATTGAAAATACATAAAATAGCTCTTTGACA TGTAGTTCCATATTTTTATTGGTTCTTGATATTTAGAATATCAATTATCAAATTATCTAGTTAATTTGTTTACCAGCACT ATTATGCTTTGTAGGGTGTGATGGCCATTCTTAATATCCAGTTGAATGCTGTCTCGGTGGTCAACCTAGTTATGTCAGTG GGCATTGCTGTCGAGTTTTGTGTGCACATCACCCATTCTTTCACTGTCAGTATAATACCTATATTTCTTGTTTAAAATTT TAGATCTATCACTTCTTCCCTTCTTGATTTAGGTGAAATTTAGTGAGAAATATATCTTTGTATATTTTTGTCATTCTCTA TCTTGTATTATCTTTGTAAAAACTTCCCATAAAACTTGAATTGGTGTTATAGTTTCTGGTGACAAAATAAATGCTGAAAA TGACTACTTGTTTATTGGTGCACTTTCAAGTTATAAATCTGCGCCTATAAAAAAAAACAAAAAAAAGTTATAAATCTGCA AAATATTTGAAAGACATGTCACTATCTTGATTTATTTATGAACTAGTTTCTGTCAATTTCACATGGCCAAATCTTGCTAC AGGTAGCAAGTGGGGACAAAGATCAACGTGTTAAGGAGGCTCTGGGTACAATGGGTGCTTCAGTCTTCAGGTGATTTTGT GATAGCCTAGAAAAAATATAGTGTTCGGTTTCTTGACTTGCACACTTGCATGGAAGCAGCAATGTAGAAGCAATATTCTC CAAGCTACTCTTTGGTGTAGCTACTAATTCTCTGAAGGAATTGATGGACAATCAATTTTTAGATATGAACTCATGAAGGA GCATACATGATCTTTCTTGACCACCTTACAAAACTATGGGGAATTTATTCCCTCCAGTTTAATTTTCAACACATTTCATG GTTTTTGTGCCACATCTGCATCTGCGCATCCACATATTATTTTGTCTTATATTTATGTATCATATCTTTCCTAAACAATA CATTCTTTTTTATGCGATTGCAGTGGTATCACACTAACAAAATTGGTTGGAGTTATTGTTCTTTACTTCTCAAGAACAGA AGTTTTTGTGGTATTGAACTCATCCTTAGTTTATGATCAGACTAATACATCATATATGTTTGTGATAACTAGCCTGTGTT TTGCAGATTTATTACTTTCAGATGTACTTGTCGTTAGTACTTCTTGGTTTTCTGCACGGACTTGTTTTCTTGCCGGTCAG TGACATTTCCTTCGTATAATTCGTTTTTTATATATGAAAATGCATCAAGTAGAAGATACAATGCTGAAGAATTGCAGCTG AGTTGCACTGTTTAATATGTGTTGGGTTTCCATCTTTGAACTTTGTTCTAGTGGCTGAAAGCATAATATTATACTCTTTT TTTTTTGCTGCAGGTGGTATTAAGCATCTTTGGTCCACCTTCAAGATGTACTATCATTGAACAAGAGGAAAATCGTTCAT CAACTTCTTCATAGCTATAAACTTTCAATCATCTGTAAAGTACAGGATGCTTTAGGCGGAAAAGAAGATAGGAAGCATAC CAGTTTTGACATGTTCGCTACGAAACTTATATATATGACCCTTTGGAATCCATTTAGTAATCTCTTGCTTGTAAGGCTAC GGTGAAAGTTCATGAAATACAAATTTAAATCGTAGGACTGTGGAAGAAAAAGAAAGTTCTGTAACACGTTAGTGTAATTA TTAGTTATTACAGTCAAATATTTAACATGTATTAAGTATAATTGATATTTTCATTTTAACAAGTTATCTTTCCTTTATTT CTATAATGTACTGCTATTTTTTTTAGTTACAGGAGGAAAATAATGATGTACTGCTATTTAACTTTATGATTGTGATCGAG TAAATATAGCCTTTTGTATTGATAACATACCTATGAATGTTTTAAGAGTGAACCACCAATTTCGTCTAATGTTTTTTCAC ACCTTAGTTATGTTCCTATACTTAATGTATGCAATATTTGGCCTTAATGTTTTCACGCACCTTTTTTTTGTTAATGAAGA CGATAACAAGGATAAGTGGTTTGAATTACTCGTAGTCATTTTCATCTTTGCTTTCTTTGTCAAACTTGAAGCCATTTCCA CCCTTTAAAAAGGGATAGAAGGTCCAGT 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0436400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGATTTTTGCGGTTCATATTTTGCAGGTTTGGCTAATTTTATCTTCTGTAGAAGCTGACGATTCATCCACAAGGCTTCT TTTGGCATCCAATGCCGAAACGCCAGGGGAAAGACATTCTGAGGATTATTGTGCAATGTATGACATTTGTGGAACACGCA GCGATGGTAAAGTATTGAACTGTCCATTTGGTTCCCCAGCTGTAAAGCCAGATGATTTGCTTTCGTCTAAGATCCAAAGT ATGTGTCCAACAATTACTGGGAACGTTTGCTGTACAAAAGCTCAATTTGACACATTGCAGACACAAGTGCAACAGGCAAT TCCTTTTCTTGTAGGTTGTCCAGCTTGCTTAAGAAACTTCTTGAATCTGTTCTGTGAGCTTACATGCTCTCCAAATCAGA GTTTATTCATCAATGTGACTTCAGTTGACAAGGCTGGTGGTAATTCGACAGTGGGTGGGATTGATTATTTTGTAAGTGAT GCTTTTGGTGAAGGGTTATATGAGTCCTGCAAGGATGTGAAGTTTGGCAGCATGAACTCTCGAGCTATACAATTTATTGG TGCCGGTGCTCAAAATTTTAAAGAGTGGTTTGCTTTTATTGGTAGAAAAGCAGCCCCTAATAGTCCCGGTTCACCATATG CGATTATGTTCCGGCCTAATGCAACCAAGTCATCTGGGATGAAACCTATGAATGTTTCAGCTTATTCATGCAGTGATACT TCTCTTGGCTGTTCTTGTGGTGACTGTCCTTCATCTTCAGTATGCTCTAATTCAGCTTCAACTACCATCAATAAGGCGAA TTCCTGCTCCATAAAAGTGGGGAGTTTAACGGTGAAGTGCGTTGACTTTATTTTGGCAGTCTTATACATAATACTAATTT GTGTGTTCTTGGGTTGGGCACTGTATCATCGTATAAGGGAAAGAAAGATGACCTATCGAACAGAACCAGTGTCCAATGTC ATTAGTGGTGGTGTGTTGTATGCTCGTAATCAGGAGAAGGATGAAAACCTCCCAATGCAGATGATTGAAGATGTTCCACA AAACAGAAATGGAGTCCGGCTCTCAGTTGTGCAAGGATACATGTCAAATTTTTACAGGAAATATGGATCACTTGTAGCTA GACATCCAATTAACGTCTTGGCTTTAACTCTGGCTATAGTTCTTTTACTTTGTCTTGGTCTAATTCGATTCAAGGTTGAG ACACGGCCTGAGAAACTCTGGGTTGGACCTGGGAGTAAAGCAGCACAAGAGAAGCAGTTTTTTGATAGCCATCTTGCTCC ATTTTACAGAATTGAACAGCTCATACTGGCAACAGTCCCAGATCATATGAATAGCACATCACCAAGAATTGTATCTGCGG ACAACATCAGATTTCTGTTCGAAGTACAAAAGAAGGTTGACGCAATTCGTGCTAATTATTCTGGCTTAATGGTATCTCTC CAAGACATCTGTATGAAGCCACTAGACAAAGATTGTGCCACTCAAAGTGTCCTGCAGTACTTCAAAATGGACCCTAGAAA TTTTGATGATAGTGGGGCAGTTGAGCATCTCAATTACTGTTTCCAGCAATATTCCTCAGCAGATCAATGCATGAGCGCAT TTAAAGCTCCTCTTGATCCTAGCACCGTGTTAGGAGGTTTTTCTGGGAAAGACTATTCTGGGGCATCCGCTTTTATTGTA ACTTATCCGGTAAATAATGCTATTGATGAAGAAGGTAATGAAACAGCAAAAGCAGTTGCTTGGGAGAAGGCCTTTATTCA GTTGGTGAAGGATGAACTGTTACCAATGGCGCAATCAAGGAATTTGACGCTTGCTTTTTCGTCTGAAAGCTCCATTGAGG AAGAGTTGAAAAGAGAAAGTACTGCTGATGCTATTACTATATTGGTTAGCTACCTTGTGATGTTTGCTTATATATCTCTT ACTTTAGGAGATACACCCCATCCTTCTTCTTTCTATATTTCTTCAAAGGTATTGCTTGGTCTTTCAGGAGTAATTCTCGT TATGCTGTCTGTCCTTGGATCAGTTGCCATTTTTAGTGCCCTTGGTGTAAAATCTACTCTGATCATTATGGAAGTTATCC CATTTCTTGTTCTAGCTGTTGGGGTGGATAATATGTGCATCCTAGTTCATGCTGTGAAAAGGCAACCGCTGGAATTGCCT TTAGAAGGAAGAATAAGCAATGCGCTTGTGGAAGTTGGACCATCAATAACACTGGCTAGTCTGTCAGAGGTGTTAGCTTT TGCAGTTGGAAGCTTTATTTCCATGCCTGCATGCCGTGTCTTTTCCATGTTTGCTGCATTGGCAGTTCTTTTGGATTTTG TCCTGCAAGTTACTGCTTTTGTAGCTCTGATAGTTCTTGACTCTCAGCGAGCAGAGGATAAGAGAGTTGATTGTTTTCCA TGCATAAAAGTGCATTCATTTCATGCAGACCCTGATAAAGGTATTAGACAAAGGAAACCTGGTTTATTGGCTCGATATAT GAAGGAGGTTCATGCTCCCATTCTTAGTATTTGGGGAGTAAAAATAGTTGTCATCGCTATTTTTGTGGCATTTGCATTGG CTAGCATTGCATTGAGCACTAGAATTGAACCTGGTTTAGAGCAGGAGATTGTTCTTCCCCGAGATTCGTATCTTCAGGGC TATTTCAATAATGTTTCAGAATATCTTAGAATTGGACCACCTTTGTATTTTGTTGTAAAGAACTATAACTACAGCTCAGA ATCAACTCATACAAATCAGCTTTGCTCCATTAGCCAATGCAATTCAGACTCTCTTTTAAATGAGATATCTAAGGCGTCTC TAGTACCAGAGACGAGTTATATTGCCAAGCCAGCTGCCTCGTGGCTTGATGATTTTCTTGTGTGGATATCTCCAGAAGCA TTTGGATGCTGCAGGAAGTTCACAAATGGGAGTTATTGCCCTCCTGATGATCAGCCTCCATGTTGTGCTCCTGAAGATGA CTCTTGTGTTTCTGGAGCATGTAAAGATTGCACAACGTGTTTCCGTCACTCAGATCTTCGTAATGATCGTACATCTACAA TGCAATTTAGGGACAAACTCCCATGGTTTCTTAGTGCTTTGCCATCTGCTGATTGTGCAAAAGGTGGTCATGGGGCGTAC ACCAGCAGTGTTGATTTGAAAGGCTATGACAGTGGCATTATTCAAGCATCATCGTTCCGTACATATCACACCCCACTCAA CAAGCAGGTTGACTATGTTAATTCCATGAGGGCTGCTCGAGAGTTCAGTTCAAAAGTTTCTGATTCTTTGAAGATTGAGA TTTTCCCATATTCAGTGTTCTATATGTTTTTTGAGCAATACCTTAATATATGGAAGACTGCACTGGTCACTCTTGCTATA GCTATTGGTGCAGTATTTATTGTGTGCTTGGTTATCACATGCAGTTTGTGGAGTTCAGCAATCATTTTGTTGGTTTTGGC TATGATTGTTGTTGATCTTCTGGGTGTGATGGCCATTCTTAATATCCAGTTGAATGCTGTCTCGGTGGTCAACCTAGTTA TGTCAGTGGGCATTGCTGTCGAGTTTTGTGTGCACATCACCCATTCTTTCACTGTAGCAAGTGGGGACAAAGATCAACGT GTTAAGGAGGCTCTGGGTACAATGGGTGCTTCAGTCTTCAGTGGTATCACACTAACAAAATTGGTTGGAGTTATTGTTCT TTACTTCTCAAGAACAGAAGTTTTTGTGATTTATTACTTTCAGATGTACTTGTCGTTAGTACTTCTTGGTTTTCTGCACG GACTTGTTTTCTTGCCGGTGGTATTAAGCATCTTTGGTCCACCTTCAAGATGTACTATCATTGAACAAGAGGAAAATCGT TCATCAACTTCTTCATAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0436400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MIFAVHILQVWLILSSVEADDSSTRLLLASNAETPGERHSEDYCAMYDICGTRSDGKVLNCPFGSPAVKPDDLLSSKIQS MCPTITGNVCCTKAQFDTLQTQVQQAIPFLVGCPACLRNFLNLFCELTCSPNQSLFINVTSVDKAGGNSTVGGIDYFVSD AFGEGLYESCKDVKFGSMNSRAIQFIGAGAQNFKEWFAFIGRKAAPNSPGSPYAIMFRPNATKSSGMKPMNVSAYSCSDT SLGCSCGDCPSSSVCSNSASTTINKANSCSIKVGSLTVKCVDFILAVLYIILICVFLGWALYHRIRERKMTYRTEPVSNV ISGGVLYARNQEKDENLPMQMIEDVPQNRNGVRLSVVQGYMSNFYRKYGSLVARHPINVLALTLAIVLLLCLGLIRFKVE TRPEKLWVGPGSKAAQEKQFFDSHLAPFYRIEQLILATVPDHMNSTSPRIVSADNIRFLFEVQKKVDAIRANYSGLMVSL QDICMKPLDKDCATQSVLQYFKMDPRNFDDSGAVEHLNYCFQQYSSADQCMSAFKAPLDPSTVLGGFSGKDYSGASAFIV TYPVNNAIDEEGNETAKAVAWEKAFIQLVKDELLPMAQSRNLTLAFSSESSIEEELKRESTADAITILVSYLVMFAYISL TLGDTPHPSSFYISSKVLLGLSGVILVMLSVLGSVAIFSALGVKSTLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCILVHAVKRQPLELP LEGRISNALVEVGPSITLASLSEVLAFAVGSFISMPACRVFSMFAALAVLLDFVLQVTAFVALIVLDSQRAEDKRVDCFP CIKVHSFHADPDKGIRQRKPGLLARYMKEVHAPILSIWGVKIVVIAIFVAFALASIALSTRIEPGLEQEIVLPRDSYLQG YFNNVSEYLRIGPPLYFVVKNYNYSSESTHTNQLCSISQCNSDSLLNEISKASLVPETSYIAKPAASWLDDFLVWISPEA FGCCRKFTNGSYCPPDDQPPCCAPEDDSCVSGACKDCTTCFRHSDLRNDRTSTMQFRDKLPWFLSALPSADCAKGGHGAY TSSVDLKGYDSGIIQASSFRTYHTPLNKQVDYVNSMRAAREFSSKVSDSLKIEIFPYSVFYMFFEQYLNIWKTALVTLAI AIGAVFIVCLVITCSLWSSAIILLVLAMIVVDLLGVMAILNIQLNAVSVVNLVMSVGIAVEFCVHITHSFTVASGDKDQR VKEALGTMGASVFSGITLTKLVGVIVLYFSRTEVFVIYYFQMYLSLVLLGFLHGLVFLPVVLSIFGPPSRCTIIEQEENR SSTSS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 19 19 -
Phobius 1 2 2 -
SignalP_EUK 1 19 19 -
Phobius 3 14 12 -
PANTHER 6 1282 1277 0.0
PANTHER 6 1282 1277 0.0
Phobius 15 19 5 -
Phobius 20 282 263 -
Pfam 42 274 233 8.8E-64
TIGRFAM 44 1266 1223 0.0
TMHMM 281 303 23 -
Phobius 283 302 20 -
Phobius 303 375 73 -
TMHMM 375 397 23 -
Phobius 376 395 20 -
Phobius 396 623 228 -
Pfam 417 902 486 3.6E-52
SUPERFAMILY 579 786 208 2.22E-18
TMHMM 621 643 23 -
ProSiteProfiles 623 786 164 40.542
Phobius 624 645 22 -
Phobius 646 656 11 -
TMHMM 655 677 23 -
Phobius 657 681 25 -
Phobius 682 686 5 -
Phobius 687 712 26 -
TMHMM 687 709 23 -
Phobius 713 731 19 -
Phobius 732 754 23 -
Phobius 755 759 5 -
Phobius 760 786 27 -
TMHMM 764 786 23 -
Phobius 787 834 48 -
TMHMM 834 856 23 -
Phobius 835 858 24 -
Phobius 859 1109 251 -
Pfam 1050 1265 216 1.2E-31
SUPERFAMILY 1074 1266 193 6.41E-22
Gene3D 1089 1278 190 3.5E-7
Phobius 1110 1133 24 -
TMHMM 1114 1136 23 -
Phobius 1134 1139 6 -
Phobius 1140 1160 21 -
TMHMM 1140 1162 23 -
Phobius 1161 1171 11 -
TMHMM 1169 1191 23 -
Phobius 1172 1193 22 -
Phobius 1194 1204 11 -
Phobius 1205 1230 26 -
TMHMM 1206 1228 23 -
Phobius 1231 1241 11 -
TMHMM 1235 1257 23 -
Phobius 1242 1265 24 -
Phobius 1266 1285 20 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Lipid transporter activity Enables the directed movement of lipids into, out of or within a cell, or between cells.
Cellular component Integral component of membrane The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0436400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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