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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0436400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0436400.4 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Niemann-Pick C1 protein; TAIR: AT1G42470.1 Patched family protein; Swiss-Prot: sp|P56941|NPC1_PIG Niemann-Pick C1 protein; TrEMBL-Plants: tr|K7KHM4|K7KHM4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0436400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:93075212..93092075) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAGAAACCATTGTTGCTGCCATTTGGTAATTTAACTAACACTCCATACAGTATTAACATTTTAAACATAAAGGTTCATTG TGATAGGGGTTTCTTTATAAGATTATTCTTTATTGAATTGCTTGAAAGTTTGATACTTATACTGAGATTGCTTTTGGCAG AGTGGTTTGCTTTTATTGGTAGAAAAGCAGCCCCTAATAGTCCCGGTTCACCATATGCGATTATGTTCCGGCCTAATGCA ACCAAGTCATCTGGGATGAAACCTATGAATGTTTCAGCTTATTCATGCAGTGATACTTCTCTTGGCTGTTCTTGTGGTGA CTGTCCTTCATCTTCAGTATGCTCTAATTCAGCTTCAACTACCATCAATAAGGCGAATTCCTGCTCCATAAAAGTGGGGA GTTTAACGGTAAGGGAGCATATGATAATGATTTTAATACTAACCATGTACATTTATTTACTTTCATGATGAACAAAATTT GATTTAAGCCTTCTGTGTATTCTCTAACTAACATGCTTTTACCTTTTGACTTCCGTAGGTGAAGTGCGTTGACTTTATTT TGGCAGTCTTATACATAATACTAATTTGTGTGTTCTTGGGTTGGGCACTGTATCATCGTATAAGGGAAAGAAAGATGACC TATCGAACAGAACCAGTGTCCAATGTCATTAGTGGTGGTGTGTTGTATGCTCGTAATCAGGAGAAGGATGAAAACCTCCC AATGCAGGTTCATTATAGTATGCTATATCTTTATTTTAAACATGTTTGAGAACTGTCTTCCCTTTTTTAATTAAAAAATT TCTTCATTTCCTTTCTTATGCATGCTTGTCTAGTTCTGACTTTGTTTCGACTGATGTTGATGATTATAAGATGATTGAAG ATGTTCCACAAAACAGAAATGGAGTCCGGCTCTCAGTTGTGCAAGGATACATGTCAAATTTTTACAGGTCACTATCTATG 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CACATATTATTTTGTCTTATATTTATGTATCATATCTTTCCTAAACAATACATTCTTTTTTATGCGATTGCAGTGGTATC ACACTAACAAAATTGGTTGGAGTTATTGTTCTTTACTTCTCAAGAACAGAAGTTTTTGTGGTATTGAACTCATCCTTAGT TTATGATCAGACTAATACATCATATATGTTTGTGATAACTAGCCTGTGTTTTGCAGATTTATTACTTTCAGATGTACTTG TCGTTAGTACTTCTTGGTTTTCTGCACGGACTTGTTTTCTTGCCGGTCAGTGACATTTCCTTCGTATAATTCGTTTTTTA TATATGAAAATGCATCAAGTAGAAGATACAATGCTGAAGAATTGCAGCTGAGTTGCACTGTTTAATATGTGTTGGGTTTC CATCTTTGAACTTTGTTCTAGTGGCTGAAAGCATAATATTATACTCTTTTTTTTTTGCTGCAGGTGGTATTAAGCATCTT TGGTCCACCTTCAAGATGTACTATCATTGAACAAGAGGAAAATCGTTCATCAACTTCTTCATAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0436400.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCATTAGTGGTGGTGTGTTGTATGCTCGTAATCAGGAGAAGGATGAAAACCTCCCAATGCAGGTTCATTATAATGAT TGAAGATGTTCCACAAAACAGAAATGGAGTCCGGCTCTCAGTTGTGCAAGGATACATGTCAAATTTTTACAGGAAATATG GATCACTTGTAGCTAGACATCCAATTAACGTCTTGGCTTTAACTCTGGCTATAGTTCTTTTACTTTGTCTTGGTCTAATT CGATTCAAGGTTGAGACACGGCCTGAGAAACTCTGGGTTGGACCTGGGAGTAAAGCAGCACAAGAGAAGCAGTTTTTTGA TAGCCATCTTGCTCCATTTTACAGAATTGAACAGCTCATACTGGCAACAGTCCCAGATCATATGAATAGCACATCACCAA GAATTGTATCTGCGGACAACATCAGATTTCTGTTCGAAGTACAAAAGAAGGTTGACGCAATTCGTGCTAATTATTCTGGC TTAATGGTATCTCTCCAAGACATCTGTATGAAGCCACTAGACAAAGATTGTGCCACTCAAAGTGTCCTGCAGTACTTCAA AATGGACCCTAGAAATTTTGATGATAGTGGGGCAGTTGAGCATCTCAATTACTGTTTCCAGCAATATTCCTCAGCAGATC AATGCATGAGCGCATTTAAAGCTCCTCTTGATCCTAGCACCGTGTTAGGAGGTTTTTCTGGGAAAGACTATTCTGGGGCA TCCGCTTTTATTGTAACTTATCCGGTAAATAATGCTATTGATGAAGAAGGTAATGAAACAGCAAAAGCAGTTGCTTGGGA GAAGGCCTTTATTCAGTTGGTGAAGGATGAACTGTTACCAATGGCGCAATCAAGGAATTTGACGCTTGCTTTTTCGTCTG AAAGCTCCATTGAGGAAGAGTTGAAAAGAGAAAGTACTGCTGATGCTATTACTATATTGGTTAGCTACCTTGTGATGTTT GCTTATATATCTCTTACTTTAGGAGATACACCCCATCCTTCTTCTTTCTATATTTCTTCAAAGGTATTGCTTGGTCTTTC AGGAGTAATTCTCGTTATGCTGTCTGTCCTTGGATCAGTTGCCATTTTTAGTGCCCTTGGTGTAAAATCTACTCTGATCA TTATGGAAGTTATCCCATTTCTTGTTCTAGCTGTTGGGGTGGATAATATGTGCATCCTAGTTCATGCTGTGAAAAGGCAA CCGCTGGAATTGCCTTTAGAAGGAAGAATAAGCAATGCGCTTGTGGAAGTTGGACCATCAATAACACTGGCTAGTCTGTC AGAGGTGTTAGCTTTTGCAGTTGGAAGCTTTATTTCCATGCCTGCATGCCGTGTCTTTTCCATGTTTGCTGCATTGGCAG TTCTTTTGGATTTTGTCCTGCAAGTTACTGCTTTTGTAGCTCTGATAGTTCTTGACTCTCAGCGAGCAGAGGATAAGAGA GTTGATTGTTTTCCATGCATAAAAGTGCATTCATTTCATGCAGACCCTGATAAAGGTATTAGACAAAGGAAACCTGGTTT ATTGGCTCGATATATGAAGGAGGTTCATGCTCCCATTCTTAGTATTTGGGGAGTAAAAATAGTTGTCATCGCTATTTTTG TGGCATTTGCATTGGCTAGCATTGCATTGAGCACTAGAATTGAACCTGGTTTAGAGCAGGAGATTGTTCTTCCCCGAGAT TCGTATCTTCAGGGCTATTTCAATAATGTTTCAGAATATCTTAGAATTGGACCACCTTTGTATTTTGTTGTAAAGAACTA TAACTACAGCTCAGAATCAACTCATACAAATCAGCTTTGCTCCATTAGCCAATGCAATTCAGACTCTCTTTTAAATGAGA TATCTAAGGCGTCTCTAGTACCAGAGACGAGTTATATTGCCAAGCCAGCTGCCTCGTGGCTTGATGATTTTCTTGTGTGG ATATCTCCAGAAGCATTTGGATGCTGCAGGAAGTTCACAAATGGGAGTTATTGCCCTCCTGATGATCAGCCTCCATGTTG TGCTCCTGAAGATGACTCTTGTGTTTCTGGAGCATGTAAAGATTGCACAACGTGTTTCCGTCACTCAGATCTTCGTAATG ATCGTACATCTACAATGCAATTTAGGGACAAACTCCCATGGTTTCTTAGTGCTTTGCCATCTGCTGATTGTGCAAAAGGT GGTCATGGGGCGTACACCAGCAGTGTTGATTTGAAAGGCTATGACAGTGGCATTATTCAAGCATCATCGTTCCGTACATA TCACACCCCACTCAACAAGCAGGTTGACTATGTTAATTCCATGAGGGCTGCTCGAGAGTTCAGTTCAAAAGTTTCTGATT CTTTGAAGATTGAGATTTTCCCATATTCAGTGTTCTATATGTTTTTTGAGCAATACCTTAATATATGGAAGACTGCACTG GTCACTCTTGCTATAGCTATTGGTGCAGTATTTATTGTGTGCTTGGTTATCACATGCAGTTTGTGGAGTTCAGCAATCAT TTTGTTGGTTTTGGCTATGATTGTTGTTGATCTTCTGGGTGTGATGGCCATTCTTAATATCCAGTTGAATGCTGTCTCGG TGGTCAACCTAGTTATGTCAGTGGGCATTGCTGTCGAGTTTTGTGTGCACATCACCCATTCTTTCACTGTAGCAAGTGGG GACAAAGATCAACGTGTTAAGGAGGCTCTGGGTACAATGGGTGCTTCAGTCTTCAGTGGTATCACACTAACAAAATTGGT TGGAGTTATTGTTCTTTACTTCTCAAGAACAGAAGTTTTTGTGATTTATTACTTTCAGATGTACTTGTCGTTAGTACTTC TTGGTTTTCTGCACGGACTTGTTTTCTTGCCGGTGGTATTAAGCATCTTTGGTCCACCTTCAAGATGTACTATCATTGAA CAAGAGGAAAATCGTTCATCAACTTCTTCATAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0436400.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSLVVVCCMLVIRRRMKTSQCRFIIMIEDVPQNRNGVRLSVVQGYMSNFYRKYGSLVARHPINVLALTLAIVLLLCLGLI RFKVETRPEKLWVGPGSKAAQEKQFFDSHLAPFYRIEQLILATVPDHMNSTSPRIVSADNIRFLFEVQKKVDAIRANYSG LMVSLQDICMKPLDKDCATQSVLQYFKMDPRNFDDSGAVEHLNYCFQQYSSADQCMSAFKAPLDPSTVLGGFSGKDYSGA SAFIVTYPVNNAIDEEGNETAKAVAWEKAFIQLVKDELLPMAQSRNLTLAFSSESSIEEELKRESTADAITILVSYLVMF AYISLTLGDTPHPSSFYISSKVLLGLSGVILVMLSVLGSVAIFSALGVKSTLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCILVHAVKRQ PLELPLEGRISNALVEVGPSITLASLSEVLAFAVGSFISMPACRVFSMFAALAVLLDFVLQVTAFVALIVLDSQRAEDKR VDCFPCIKVHSFHADPDKGIRQRKPGLLARYMKEVHAPILSIWGVKIVVIAIFVAFALASIALSTRIEPGLEQEIVLPRD SYLQGYFNNVSEYLRIGPPLYFVVKNYNYSSESTHTNQLCSISQCNSDSLLNEISKASLVPETSYIAKPAASWLDDFLVW ISPEAFGCCRKFTNGSYCPPDDQPPCCAPEDDSCVSGACKDCTTCFRHSDLRNDRTSTMQFRDKLPWFLSALPSADCAKG GHGAYTSSVDLKGYDSGIIQASSFRTYHTPLNKQVDYVNSMRAAREFSSKVSDSLKIEIFPYSVFYMFFEQYLNIWKTAL VTLAIAIGAVFIVCLVITCSLWSSAIILLVLAMIVVDLLGVMAILNIQLNAVSVVNLVMSVGIAVEFCVHITHSFTVASG DKDQRVKEALGTMGASVFSGITLTKLVGVIVLYFSRTEVFVIYYFQMYLSLVLLGFLHGLVFLPVVLSIFGPPSRCTIIE QEENRSSTSS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 2 | 2 | - | – | |
| Phobius | 1 | 21 | 21 | - | – | |
| Phobius | 3 | 12 | 10 | - | – | |
| Phobius | 13 | 21 | 9 | - | – | |
| Phobius | 22 | 61 | 40 | - | – | |
| PANTHER | 29 | 967 | 939 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 29 | 967 | 939 | 0.0 | – | |
| TIGRFAM | 33 | 951 | 919 | 0.0 | ||
| TMHMM | 58 | 80 | 23 | - | – | |
| Phobius | 62 | 80 | 19 | - | – | |
| Phobius | 81 | 304 | 224 | - | – | |
| Pfam | 103 | 587 | 485 | 1.9E-52 | ||
| SUPERFAMILY | 264 | 471 | 208 | 1.44E-18 | – | |
| Phobius | 305 | 323 | 19 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 308 | 471 | 164 | 40.542 | ||
| TMHMM | 309 | 328 | 20 | - | – | |
| Phobius | 324 | 342 | 19 | - | – | |
| Phobius | 343 | 366 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 343 | 365 | 23 | - | – | |
| Phobius | 367 | 377 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 372 | 394 | 23 | - | – | |
| Phobius | 378 | 397 | 20 | - | – | |
| Phobius | 398 | 416 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 414 | 436 | 23 | - | – | |
| Phobius | 417 | 438 | 22 | - | – | |
| Phobius | 439 | 444 | 6 | - | – | |
| Phobius | 445 | 471 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 449 | 471 | 23 | - | – | |
| Phobius | 472 | 519 | 48 | - | – | |
| TMHMM | 519 | 541 | 23 | - | – | |
| Phobius | 520 | 543 | 24 | - | – | |
| Phobius | 544 | 770 | 227 | - | – | |
| Pfam | 735 | 950 | 216 | 7.8E-32 | ||
| SUPERFAMILY | 759 | 951 | 193 | 4.05E-22 | – | |
| Phobius | 771 | 789 | 19 | - | – | |
| Gene3D | 774 | 963 | 190 | 2.3E-7 | – | |
| Phobius | 790 | 794 | 5 | - | – | |
| Phobius | 795 | 818 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 799 | 821 | 23 | - | – | |
| Phobius | 819 | 824 | 6 | - | – | |
| Phobius | 825 | 845 | 21 | - | – | |
| TMHMM | 825 | 847 | 23 | - | – | |
| Phobius | 846 | 856 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 854 | 876 | 23 | - | – | |
| Phobius | 857 | 878 | 22 | - | – | |
| Phobius | 879 | 889 | 11 | - | – | |
| Phobius | 890 | 915 | 26 | - | – | |
| TMHMM | 891 | 913 | 23 | - | – | |
| Phobius | 916 | 926 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 920 | 942 | 23 | - | – | |
| Phobius | 927 | 950 | 24 | - | – | |
| Phobius | 951 | 970 | 20 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Lipid transporter activity | Enables the directed movement of lipids into, out of or within a cell, or between cells. | ||
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0436400.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…