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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0090100 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0090100.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cleavage stimulation factor subunit 3; TAIR: AT1G17760.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q8GUP1|CTF77_ARATH Cleavage stimulation factor subunit 77; TrEMBL-Plants: tr|V7C004|V7C004_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0090100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:26475052..26517154) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TACTCCTATTGCTCAATCATGTTGTTCAGATTACTAATTTCATGTTGTTCATTGTTGTTTAGATTTTGCCAATTGCAGAG TCCACACCCATCTACGAGCAGCTTCTGCAACTGTTTCCAACAGCTGTGAGTGTTCTTTATGAATGCTTTTGTTGTTTGTT CTGTAAACTGCTGGTGTAATTTTAAAAGCAATGTTTTATTTTTTTGTGCTCTATGATGTTTTCTTCTGCAGTTTTGGAAG CTTATATTATACTATTATGTGACTGATTTTTTATGGTGCTTATTGGTCTTGTGCCCAGGCCAAGTTTTGGAAGCAATATG TGGAGGCACACATGGCTGTAAATAATGATGATGCTATCAGACAGATTTTTAGTCGGTGTTTGTTAAATTGTTATCAGATT CCTCTATGGTATGTTTGTTTAATCTTTGTTATGGCAGTGATTGGTGTATTATCATTATTGTTATCTTTCTAAACTCTGTT TTGGATATATTGTTTCAAAGGCTATGGTCTTATGTGAGTACCGATATTTTTTGACTACTTTAATCAACAATATGTGGAAT GGCATGGAGTGGATTTCTTTTGTGTAATTCAAGCTCGCACTACTAAGAATCAGTGTATACTTTACTATTGGTTGTTCACC CTCCAAGATGTATGGCTTAGTAGATCTAACATGGAAATTGAAGCTTGGGATTGGGGGTTGGGAGGTTTCTGGAAAGAGGA TGGGCTACATACCTACTGCTTGTTGTGTAGCTGAAATGTTTTTCCACCGAAATGAGTAAACTTATTCAATGTTATCTATA GATAGAATTGCAAGGGTGACTTCTAACTGTTCACAAATGGTGGTAGAATTAATTAAATCAGGAAGATCTTGTAAAATACT CATTTTTATTGGCACGATCTGTGAGTCTTTGTACTTTAATTGCTTCTTTCTTTCTGCTTGTTAGAACTTCTGATGTTTTT 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GTTTGTGACGAACTTTGGTGTGCCATCTCCACGACCACCACCATTACCGCGGCCACCGCCGTCTCCTTTGCCACCGCCAT CACCGCTGTTGACGCCCGAGTCAAGTGATTGTTCGCCGTGGTTGGCTGTGGATCCGGTGTAGGCCTCTGCTATGGAGGGC CACCTATTGCGACCTGCCATAGGAGGCTAAATGGGTATGTGAAACGGGTCGGGGAAGGAAATAGGTTGATCAGACTAGCT GTGGAAAGCTCTACAGTAGAAGTCCCAACCTAGGGCTCTTGATACCATATTGAAAAATAATAGGTAAATGCTGTTCTATT TTATTCCTCAGCCAAAGGCTGGTATTTATAGAGAGGATACAATTATTACTCCTTGAATTAAGGAGAGAATTACTACTCCT TGAATTAAGGAGAAAATTATTACATATAAAAAAGTCAATAATAGAATCTCTAGAATTGACTGGAAAACAATAAATACTGA TATATTTTCCAACAAAGTCTATGCCATGGTCAGACAGACATTGATTTTTCGCAACAATATCTAGAAAAAGGTTCTTGAGG GATCGCAAGAAAATGTTATTAGAATAATATCAATAATATTATATTCTTAAGATGCTTATGTCAGTAGAACAGCCCATGCA TGGGCAGGCAGTACACGGCTTTGATAATTTATCCTTGAACCTTATGTAGGTTGAGCAAAGAAGGAAGGAAGCACTTTCTG GAGCTGGTGAAGATGGAACAGCTGCATTAGACAGTTCCCTGCAAGATGTTGTATCCCGATATAGTTTCATGGACCTGTGG CCATGCTCCTCTAATTATCTTGATCAATTAGCTCGGCAAGAGGTACTAGTCATTTGTATATTTGTCTAAAAAGGATGTTT AACATATTGCTTGTTAATGTTATGAAGAACTGACTATCCCAAACTCATCACTCAAGGACTTTCATCCTTGTTGATTATGA TTGACATATTATTTCTAAAATATGTTTGTTTTAAAGTTTCCTGATTGGTTTCCCCAAACCAGTGCAGTCAATCTCACATA GCGACACATGTTGCCAATCCTAAAAATGCTATAGAAGTAAATCACTTAGCAGCACCTGCTATACTTAATTTTTCTATACA GTTTATATAATTTATACTATATACATATATAATTGCTCATAAATGATATAAAAAACTCAATATTCATTAGCAGTTATGAA TTAGGTTCGAGCCGTATTGAGAAGATGATGACAGTGTTTTTGCTCAGCCTCACTGTTTGGTTGAGGTGTGTGAGGAAAAC TAGACTGTTGTATGATGCACTGGGAAGTCATAAAGGAATTGAAGGGCGAAGAATAGCATTCCCTTACATTGTCAGTCCTA AAATCTCGAATTGTTCTCCAAAATTGAGTCTTAATCTCTTAACAAAAGGTTTAAAAGGCAAATTCAGAATGATATTTTGC TAAAATCATCCAGATACATCTTGAGAAATCATCAATAGAAATGTCATAGCACCTTTCTCTGAAAATAGGAGGAACACGAC TAAACCCCAAATATCTGAATCAAAATTATCAAAGCGAGAAATAGCTTTACTATTGACACTACTAGGAAAGACATCCTAAC ATGTTTACCAAGTTGACACGACTTACGCTTGAAGGATTTCAAATGTGAAAGTTGAGGAACCAATTTCATCCAGTTTAGAC TTAGTTGACCCAAACAATGGTGAATGAGACTAGGAGACTCTAAAATAGCACTCATGCTGGATGATGAGGCTTGAAGATAG TATACATCTCGTCATACCGATCCTGTTCCATTCTTCTGTTTGTACTCTCATCTTGTATGAGAAAATAATCAGTAGTAAAT GTTACAGAACAGTTTCTTGACCAAGTGAGTTGACTAATTGAAATCAAATTAAAAGGGAAATCAAGCACAAATAGGATAGA GTTTGGTGACAAGGAAGGAATAAGTGAAGCCTTACCAATAGATCTCTAGTCATTGTGGGACTTCTCAACACTATCTACCC TAATTAACGAATTTAAGTTACAATATGAAGCATAATCATAATCATATCCCTAAATATATTTACTCTCTATTTATGATATC CCAACACTCTACATTACTAGTTTAGTAACTTAGTTTTCAAAGACACCTCTATTGTGCAAATCCTTACTATCACTATTGTG TAAGGTAATCTACTTTCAACAAGCTATTGTTTTGTTTGCAAGTGCCTACATGCAACAACAATTTTTAAATTTCCCAACAT AGAAGTGTTTTCCATTCATGTCCTATATATAGTAATTCAAATTTTCATTTCTACCTCTTTAGTGGCTTGCCAAAAATATC AATAAGAGAGTGGAGAAGTCTGTCATGCCTAATGGAAGTGCTCTTTTAGGTACTGGTATTATATCTATTTTAACACACGG TTTGTTAATATTTTTTATCATGTGATGAAGGCTACATTATTAGTGCAGATAAGTCATCTATGGCAACCATTTCAACTATA TCCTCGAAAGTTATTTATCCTGATACTTCAAAGATGGTGTTATATGATCCAAAGCAAAATCCTGGTAAGTAGCCCTTCTT TTTTGGTGATATACTTCCAGTGTGTGTTACTCACTATGGACAACTACAGTCTGATTACCATCGCATATATACCTTACTGT AGCAAATGTTAAGAACCTTTTATATTCGGATTAATAATATTCCTTGTTCTTCAATCTTTGAAAAATACGGTGACTATAGT TTTAAATTTAGCAGCAAAGCCTGAAGGCGTTAGAAAAAGAATGCATGAGAAAAATTGACATAGTTTTGAAGTCATACTAA TTTACCTGAATTATTTTAATTTATAGACTGTTAAAGTTTCAACATTTTTACTAGTCATGTTTATGTTTCTTATGTAGTTA GTTATAGTTATTTAGCACAAAAAGAATGCATGAGAAAAATGCACTCCTGATTTTTTCTGTGTCCGAATATTGCTATGGTA TTATTTTAACTTTTGAATAGGAAGGTTTCGGGATGGAGTTATTGTTATTATGATTATCAATTTTGTCTAATGTGAGTTAT AATTTCATTTTTGTCACTGCACAATATGAATGGTTGCTTGTGAATTTTTTCTGTGTGCAATTACTCTTGGTTTGGGGACC TTCTCTAACTCAATTACCAGTGGCAGGTTCTGGAACAAATGCATGTAATGAAATTCTGAAAGCTACACCACCTGCGTTGT TAGCATTTTTAGCAAACCTACCTGCAGTTGAGGGTAATATTAGAAGTTATGACTATTAATTACAGTTTCTTATCCATTAT AGTATACATTACATTTTTTATGCTATTTTATAAGCAATCTATAATAGACTGGAATGACAAAGGTTGCGCCGTAGAAGAAC CACTACCTTGATAGCAAAAAAATTCCGAAGACAGTCAGTGCAATCCACTGTCTGGTTTTCTGCTCAAGGTTAACACAGAT GCACGCAAGGTGCTGAGAACTCATAATCTAAACGTGCTGTAGCCATTTTTAAATATAGAAAGGAGAGGAAGAATGGATCT TCATTATCTCTCAAATAAACTTTCTTTTAGTCCTTTATAAAATTTGACAAGGAATGAATAACCAATTTATCTAATTAAAA CCAATTATTTAATGGATTTAAAAGGTCATGAAAACGGAAACAAACAAAACAGATTTTGAGATTTAAGGAGACTTAATGCA ATGGCCAGCACAAGAGATATGTTACTTGTTAGAATTGGTTGCCATTAATCCTTCAATTCACCACTAATGGCAAGCAAGTG AATGAAAATTGAATGAAAACAAGCTGTACTTTACTTATATAGACTAAGAAGACAAGTGAAGTTAGTTCAGTTAGTATCTG ACTCAAACAACTCTATGGCAGCTGTACAATAAGCTCTAAGTAACTCAAAAAAGAAGGCTAACTACTATGGTTAATAACAA GACTGAAAACTGTGTTTTGGGGTTTCCAGGTCCAACACCAAATGTAGATATCGTGCTATCAATTTGTTTGCAGAGTGACC TACCAACAGGACAAAGTGGGAAGAAAACAGGGGCTCCAACACAATCGCCAGCAGGTCCTGCTCCTGCTACAAGTGAACTT TCTGGTTCAAACAAGTCTCACCCTGTTCAAAGTGGCCTATCTTTGAAGCGAACTGGTAATAGACAACATGGGAAAAGGAA AGAATTAGACAGTAAGTACATAATCCATTTTGACTAGACTTTATGCTTGTATTTTCTTATGCCTTCTCTTTTTGATTTGT TAGAAGTCCCACATTGGCTAGAGATAGAGCCAAGATAAGCTTTATAAGGGTAGTGCAAACCTCAACTCTTGAGCTAGCTT TTGTGGTTGAGTATAGGTCTCCCAATTTCTAATATGGTATCAGAGCCTATCCTAGATCCATTTGTTCCACATTGGCTAGA GATAGATCCAAGATAAGCTTTATAAGGGTAGTGCAAACCTCAACTCTTGAGCTAGCTTTTGTGGTTGAGTATAGGCCTCC CAATTTCTAATATGATTATTATCCTGTACAATGATGTTTATTTAAATGAGCCATGGGACTTTTGGAGCATTTCTGCATGT GTCCTTAAGTGCTTTTGGATGGTCTTAATATTGAATATGGTGAGCGTTTGTTTCATAGTTTTGGTTAAGTTACCTTGGTT TTTTCACATGTTAACTTAAGTTTGTCCTTTTCTATTGTTCGGCAAAAGTCAAGTAATATTATTAACTTGTGTTTTCTCTT CACTAAACTTGAGTTTATTTAAAGTAGGTTAATGTTACTTTTCTGTTATTGTTTCCTCAGTTTAGTTCTAAAATTACCTT ATATCCCATATTCATCTCTGTTTACCACTTTAAACGGTTACCCACTATATCTATTTAGTAATTTTATCCGATTTCAATTT ATCCTTTCCATACAATATTCATTTTTCTAAAACTTTCTTTTAGACTCATTCCCAAACACAAATTCATTCTTTTAAACATA ATTCTTTCAAACTTACTTTTATCAAGCTTAATTTTGTCCATCTGCAAAATAAACAGACCAAAGGGTCATGACTCGGTTAT GATTCTATAGCAGCTTCAGAATTCATTTCATGCAGCTCTGCTTTTATACTTATTAGTAGGCATTATCGTGAACACTGATT CTCTGTTAAAGCTATGTTGGTACTTTAATCCGAGCTATGCCGCTATGTTTACAACTTCATTTTGCATGCATAGTAGTTGT ATACAATTAATGTACCTTTACGATTTCGACACGAATAGTTGCCCATATTTGCACAAGTGCTTTCTTTTCATGCCTAATTT TATCCGTTTATGGTTCAACACAAGTAAACTTGAAATAACAGGAAATCGATTCACCTCGATAATGATGGTTATAAATTGCA ACTTTCAGATTGGACGCTTAGTAATCAAATGTGCATGTCTGTTTTTGACATCAAAATTTATGTTTTCTCCCATTTGATAT TTGTCATTATATTGTCTAGGACAAGAGGATGATGATACTACAACTGTCCAGAGCCAACCACTTCCTCGAGATGCTTTCCG GATACGACAGTACCACAAAGCTCGAGCCAGCAGCACTTCGCAAACAGGATCAGTTTCATATGGAAGTGCATTTTCTGGCG ATTTATCTGGTAGCACTGGTTGA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0090100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCTCAACTTTGTTGGAGAAGACATAGCATCTGGCCCTGTATGGATGGAGTACATATCTTTTCTAAAATCATTGCCGTC TATAAATACTCAAGAAGAATCACAAAGGATGCTTGCTCTGAGGAAAGTCTATCAGAAGGCTATTGTTACTCCTACCCATC ACATTGAGCAACTTTGGAAGGATTATGAAAATTTTGAAAATTCTGTCAATCGTCAGTTGGCTAAAGGACTGGTATCTGAA TATCAACCTAAATACAATAGTGCCAGGGCAGTTTACAGGGAGCGGAAGAAGTATGTTGATGAAATCGATTGGAATATTCT TGCTGTACCCCCAACCGGATCGTACAAGGAAGAAACGCAGTGGATGGCGTGGAAGAGACTTCTAGCTTTTGAAAAAGGAA ATCCACAGAGAATAGATACTGCTTCCTCCAATAAACGAGTTGTGTTTACTTATGAGCAGTGTCTGATGTATATGTACCAT TATCCGGATATATGGTATGACTTTGCCACATGGCATGCTAAAGGTGGTTCAATAGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGAG GTCCCTGAAGGCTCTTCCTGATTCAGAAATGCTACAATATGCTTATGCAGAGCTAGAAGAGTCTCGCGGAGCAATTCAGG CTGCAAAGAAAATATATGAAAGCCTTTTAGGAGATGGTGTTAGCGCAACAACACTTTCACATATTCAGTTTATTCGTTTT CTAAGAAGAACAGAAGGTGTTGAAGCTGCAAGGAAGTATTTTCTGGATGCTCGCAAATCCCCTACTTGTACATATCATGT TTATGTCGCTTATGCAACAATGACGTTTTGTCTTGACAAGGATCCAAAGATGGCTCATAATGTTTTTGAAGCAGGACTAA AACGCTTTATGCACGAGCCTGTTTATATTCTCGAATATGCTGATTTCTTGACTCGTTTGAATGATGACCAAAACATACGT GCTTTATTTGAGAGGGCTTTAAGTTCACTTCCACCAAAGGAATCAGTTGAGGTCTGGAAAAAGTTTACCCAGTTTGAGCA AACTTATGGGGATCTTGCTAGCATGCTGAAGGTTGAGCAAAGAAGGAAGGAAGCACTTTCTGGAGCTGGTGAAGATGGAA CAGCTGCATTAGACAGTTCCCTGCAAGATGTTGTATCCCGATATAGTTTCATGGACCTGTGGCCATGCTCCTCTAATTAT CTTGATCAATTAGCTCGGCAAGAGTGGCTTGCCAAAAATATCAATAAGAGAGTGGAGAAGTCTGTCATGCCTAATGGAAG CTACATTATTAGTGCAGATAAGTCATCTATGGCAACCATTTCAACTATATCCTCGAAAGTTATTTATCCTGATACTTCAA AGATGGTGTTATATGATCCAAAGCAAAATCCTGTGGCAGGTTCTGGAACAAATGCATGTAATGAAATTCTGAAAGCTACA CCACCTGCGTTGTTAGCATTTTTAGCAAACCTACCTGCAGTTGAGGGTCCAACACCAAATGTAGATATCGTGCTATCAAT TTGTTTGCAGAGTGACCTACCAACAGGACAAAGTGGGAAGAAAACAGGGGCTCCAACACAATCGCCAGCAGGTCCTGCTC CTGCTACAAGTGAACTTTCTGGTTCAAACAAGTCTCACCCTGTTCAAAGTGGCCTATCTTTGAAGCGAACTGGTAATAGA CAACATGGGAAAAGGAAAGAATTAGACAGACAAGAGGATGATGATACTACAACTGTCCAGAGCCAACCACTTCCTCGAGA TGCTTTCCGGATACGACAGTACCACAAAGCTCGAGCCAGCAGCACTTCGCAAACAGGATCAGTTTCATATGGAAGTGCAT TTTCTGGCGATTTATCTGGTAGCACTGGTTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0090100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MLNFVGEDIASGPVWMEYISFLKSLPSINTQEESQRMLALRKVYQKAIVTPTHHIEQLWKDYENFENSVNRQLAKGLVSE YQPKYNSARAVYRERKKYVDEIDWNILAVPPTGSYKEETQWMAWKRLLAFEKGNPQRIDTASSNKRVVFTYEQCLMYMYH YPDIWYDFATWHAKGGSIDAAIKVFQRSLKALPDSEMLQYAYAELEESRGAIQAAKKIYESLLGDGVSATTLSHIQFIRF LRRTEGVEAARKYFLDARKSPTCTYHVYVAYATMTFCLDKDPKMAHNVFEAGLKRFMHEPVYILEYADFLTRLNDDQNIR ALFERALSSLPPKESVEVWKKFTQFEQTYGDLASMLKVEQRRKEALSGAGEDGTAALDSSLQDVVSRYSFMDLWPCSSNY LDQLARQEWLAKNINKRVEKSVMPNGSYIISADKSSMATISTISSKVIYPDTSKMVLYDPKQNPVAGSGTNACNEILKAT PPALLAFLANLPAVEGPTPNVDIVLSICLQSDLPTGQSGKKTGAPTQSPAGPAPATSELSGSNKSHPVQSGLSLKRTGNR QHGKRKELDRQEDDDTTTVQSQPLPRDAFRIRQYHKARASSTSQTGSVSYGSAFSGDLSGSTG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 597 | 597 | 1.7E-219 | – | |
| Gene3D | 1 | 404 | 404 | 3.2E-135 | – | |
| SUPERFAMILY | 2 | 408 | 407 | 1.9E-94 | ||
| SMART | 35 | 68 | 34 | 2.1 | ||
| SMART | 142 | 174 | 33 | 77.0 | ||
| ProSiteProfiles | 162 | 195 | 34 | 9.116 | ||
| ProSiteProfiles | 162 | 195 | 34 | 8.823 | ||
| SMART | 176 | 208 | 33 | 0.74 | ||
| SMART | 210 | 243 | 34 | 160.0 | ||
| Pfam | 231 | 514 | 284 | 3.6E-72 | ||
| SMART | 280 | 312 | 33 | 4.1 | ||
| SMART | 314 | 348 | 35 | 3.0E-5 | ||
| MobiDBLite | 515 | 557 | 43 | - | – | |
| MobiDBLite | 515 | 623 | 109 | - | – | |
| MobiDBLite | 562 | 576 | 15 | - | – | |
| MobiDBLite | 596 | 623 | 28 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Cellular component | Nucleus | A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent. | ||
| Biological process | RNA processing | Any process involved in the conversion of one or more primary RNA transcripts into one or more mature RNA molecules. | ||
| Biological process | MRNA processing | Any process involved in the conversion of a primary mRNA transcript into one or more mature mRNA(s) prior to translation into polypeptide. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0090100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…