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LotjaGi2g1v0344200.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0344200
Transcript ID LotjaGi2g1v0344200.2
Related isoforms 6
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Transcription initiation factor tfiid subunit 1; TAIR: AT1G32750.1 HAC13 protein (HAC13); Swiss-Prot: sp|Q8LRK9|TAF1_ARATH Transcription initiation factor TFIID subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|I1L578|I1L578_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0344200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:82127040..82145619) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CAAATACCCATCAAGGGATGCAGCAACAACAACAACGAGAGGGAACCCAATTCCCGATCACCGAAAACCTCTGTTTCGCC GGAATATTCCATTCACCGTCGCTCCTTCTGATCACGAATAGGTCAAACTAAGCCTCTGCTCTGGTTCTCGCTTCACCGAA TCTCGTCGAGGAAGCCTGAAAACTGCGCGAAATCGGAGGGTTTTGATTTCCGGCACGGAGCATCGAACGCGTTGCTTTCT GAGCTGGAATTGGTTCAACAGCGTAGGGTTTAGAATCTTGACGCGAATTTCGTTAGGGTTCGTCGCCGGCGGTGAGGGGA GGAAACCTAATTCGTGAAGTTCACTTTCGTGAGGGTCTCAACAAGGAAGAGGAAGATTGCAAAGTGATAGGGCGCTAGTA CAGTTCCAGAGTGTAGGGTTCTGATCGGGTTGAACAGCCACCGGCGCAGAAGGTGCGGGGAGAAGATAGTGATGGGAATT GACCTAGGCTGGAAAAACTGTGCACGGTTGATTCTTGTGTAGTGTTGGGATATAGGTTCGTTCTGCAACAACATGGGGTA CGATTCAGATAGCCCCTGGCGCAACGGGAGGGAAGAAGGTATGTTTGTTCAATGGTGATTATGGATTAGCAGCATGAGAA GTTACAGATACTAGGAGAGTAGAATAAAACTACACTAGCTTATCAAACTGCACAATTTGAATGTATTTCTAATAGGTCTT AGTTGATTTTCTTTTGCTTGTACTGGGTGTTGATAAGAAATTAAGCTTTCTTGTATTTAATACATGGGGTAGTGTTCAAA ATAGGATTGGATGATGGCATTTAAATTCTAAGCTTATGAATGTATAATGAAATCTGTGACATTAACATTCGGTTGTGTTC TTAGTTGCGTTCGTTTACGTGGTTTAGTTTCTTGCTTGGTATAGTTTATTAACTCACTGTTTGATAAAATGGAATTGATA 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AGAAAGAAGAAAAAAAAGCAGATGCAGATTAGTGCACATAAGAATCTTTACTAACTATAGACATTTTTGCAACTATTACT GATGAAGAAACCTTTCAAAATGATTTTTGCATTTATAACCATTCTTCTTTAAGGGCTCGTTTGGTGACCAGGACAGGATA GGATAGGACAGGATAATAATCATATCCTGTTATCTATTGTTTGTTGCGGCAGCAGGATATGATAACACTATCATGTCTCC TATCCTATCCTGTCAATCATGTGTAAAAGTTATCCTGAGGGGGGAGCTATGATAGAGCAGGATAGGATACCAGTTATATA TTTCCTTTTCGTATCCTAAC 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0344200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGGGTACGATTCAGATAGCCCCTGGCGCAACGGGAGGGAAGAAGACGATGAAGAAGAGTACGAGGAGTCTGACAAGGG TAATCGTTTTCTGGGGTTCATGTTCGGAAATGTTGATAACTCTGGCGATCTTGATGTTGATTATCTTGACGAGGATGCAA AGGAGCATCTTTCTGCATTGGCGGATAAGCTGGGTCCATCACTGACAGATATAGATTTGTCAGGAAAATCACCACAAACA CCGCATGATGTTGTTGAACAAGACTGTGGTGAAAAAGCTGAAGATGCAGTTGATTATGAAGATATTGATGAAGAATATGA TGGTCCTGAGACTGAAACAGCCAATGAAGAGGACTATTTACTGCCCAAAAAGGATTTTTTCTCTGGTGAAGCTTCCCTTG AAGCTTTGGCGTCCAGATCTTCTGTCTTTGATGATGAAAATTATGATGAAGAATCTGATAAGGAACAAGACTTAGTGACC AACGATTCTAAAGTTGACAGCTCTTTAGCTGGGGAGCAGGAAGAGAATTTTGTTGATGCATCTAAAGGAGACAGGGCTCT AGAGCATGATTTACAAGCTGGCTCACAGCAGACCGAAGAATCGGACACTGATATACAAAAACTTGATGAGGAAGGGCCTG AAGTTTTAAAAAGGTCTATGGCTGCACCGTTGCCTGTTTTGTATGTGGAAGATGGGATGGCAATTTTACGCTTTTCTGAA ATCTTTGGTATTAGTGAGCCTCTCAGAAAGGGAGAAAAGAGAGAGCATCGACATTCCATTCCTAGAGATAGATACAAGTC TTTGGATTTATCTGATGATATCGTAGAAGAAGATGAAGAGGAGTTCCTCAAAGGATTCTCTAAGAGTCTCCCACTTACTA AACAGATTTCTGTAGTCCGTAATGATGCATCAGAAAGCAGTGATGTTGACTTAGAATTTCCAAAATTTGGATTTCTTCAT GGGGATGCTACAATGGCTGGGAAAGATGATCGGCAACCAAAGGACTCTTGTCTTAGTGCTGAACCATTGAAAGTGGATTT CACAGAAGATCTTCTGTTGAAAGATCATCATCTGACGCGGGCCAACTTTTATCCTCTTGATCAGCGAGACTGGGAAGAGG AAATCCTTTGGGGAAATTCTCCTGTTGCCAGTGATATTAATGTTGAGAGCTGTGAAATTTCTGGACCTGAACTGGGAGTT TCTGGTGATTGTGAAATCGAAATTGAAAGTGGGATCCAGAATCTCCAGTTAGAGCCCCAGCACATGCTGGAAGAGAAAGA TCACAATTTCTTCATGTGCTACTCTCCTGTCACATTAGATAGCTTTGGCTCAAGGGATTCTACTGGGGATAAATCCAATT TAATGTCAAAAAGTCTATTTCATCCCCAACTGTTGAGGCTAGAATCCAGATCTGAAGTAGATGGTTCTAGTCTTGCAGAT GGAGGGGGGGAAGGTATATCTGAGAAGCGTAATCAAAGTGGTCAATTAAAGCGTTTTACGAAGTTTATGTCACAAAACAG AGACCTGATGGAGGGCTCGTGGTTAGACAAGATAATATGGGAGGAGCAGGGTAGGCCTATGATGAAATCAAAGCTTATAT TTGATCTTCAGGATGATAAAATGCACTTTGAAGTTTTGGATAACAAGGATGGTACACATCTTCGCGTTCATGCTGGGGCT ATGATTTTAACTCATTCTTTAAAATCAAGCAGTGTAGATTCTTCTGAGCAACCAGGACATGGAGTTCAATATGGATGGCG ATATGTTGCTAATGACAAACACTATTCAAACCGGAAAACTTCCCAGCAACTGAAATCGAATTCAAAAAAGCGCTCAGCTC ATGGTGTCAAAGTTTTTCACTCACAACCTGCATTGAAGCTTCAGACAATGAAATTGAAGTTGAGCAATAAAGATATTGCA AATTTTCACCGACCTAAAGCATTGTGGTATCCCCATGACAGTGGAGTGACTGTCAAGGAACAAGGGAAATTGCCAACACA CAGACCCATGAAAATTATTATTAAGAGCTTGGGTGGCAAGGGTAGTAAACTGCATGTTGATGCTGAAGAAACTCTTTCTT CTGTTAAAGCTAAAGCTTCCAAAAAGCTAGATTTCAAGGGATCAGAAACAGTGAAATTATACTATTTAGGGAGGGAGCTT GAAGATCACAAATCACTTGCAGCACAAAATGTTAAACCAAACTCCTTGATACATCTTGTCCGTACAAAGATACATTTGTG GCCAAGGGCACAAAGGGTTCCGGGTGAGAATAAGTCGTTGCGTCCTCCTGGGGCATTCAAGAAAAAGTCTGATCTGTCTG TGAAAGATGGACATGTTTTTCTGATGGAGTATTGTGAAGAAAGGCCTTTACTTTTAAGCAATGTGGGAATGGGTGCAAGA CTTTGTACATACTATCAAAAATGTTCCCCGGATGACCAATCTGGCTCCTTATTACGCAACACAGACAGTAGCTTGGGGCA CATCATTTCTCTTGATCCTGCTGATAAATCTCCTTTCATTGGAGATTTAAAACCTGGTTGCAGTCAGTCATCACTTGAGA CAAATATGTACAGAGCACCCATATTTCCTCATAAAGTTCCATTAACTGACTACCTCCTGATTCGTTCAGCAAAGGGAAAA CTATCGTTAAGGCGGATCGATAAAATTAATGTTGTTGGTCAGCAGGAGCCTCTCATGGAGGTATTATCACCTGGAAGTAA GAATTTTCAGACTTATATGATGAACAGGCTGCTGGTACAAATGTGCCGTGAATTCCAAGCAGCAGAGAAACGACGCTTGC CTCCATACATTCGTATTGATGAGTTACTGTCACAGTTTCCTTACCTATCAGAAGCGTCATTCCGTAAGAAAATCAAGGAA TATGGAAATTTACAGAGGGGAGCCAATGGACAGTCAGTTTTGGTTAAAAAGCGAAATTTCCGCATGTGGTCAGAGGATGA ATTGAGAAAAATGGTGACACCAGAGCTTGTTTGTGCCTATGAAAGCATGCAAGCTGGACTCTACCGTCTAAAACATCTAG GGATAACTGAAACACATCCAACTCATATTTCATCCGCAATGAGTCGGCTTCCTGATGAAGCAATAGCATTGGCTGCTGCA TCACACATCGAGAGGGAATTGCAGATTACTCCTTGGAACTTGAGTAGCAATTTTGTAGCCTGTACAAGCCAGGGTAAGGA AAATATTGAACGGATGGAAATTACTGGTGTTGGTGATCCATCAGGTCGTGGCATGGGTTTTAGCTATGCTAGGGCACCTC CAAAGGCGCCAGTGTCTAATGCAATGGTGAAGAAGAAAGCAGCAACCCGAGGAGGTTCCACTGTCACTGGTACAGATGCT GATCTACGTAGACTGAGCATGGAAGCTGCTCGAGAGGTTCTTCTTAAGTTCAATGTTCCTGAGGAAATAATTGCTAAACA GACCAGGTGGCATCGCATTGCTATGATTCGCAAACTTTCAAGTGAGCAAGCTGCATCTGGGGTTAAGGTTGATCCAACAA CAATCAGCAAGTATGCTCGTGGGCAGCGCATGTCATTTCTTCAGTTACAGCAGCAGACCAGAGAGAAGTGCCAAGAGATT TGGGATCGACAGGCTCAGAGTTTGTCAGCTATAAATGGTGATGAAAATGAGAGTGATTCAGAAGGGAATAGTGATCTAGA TTCTTTTGCTGGAGATCTGGAGAATTTACTTGATGCCGAGGAGTGTGAAGAGGGAGATGAGGGCACAAATGACTTAAAAC GCGATAAGGGAGATGGTGTTAAGGGTCTTAAAATGAGAAGACACCCAACTTTGGCCCAGGCAGAGGAGGAAATAGAAGAT GAAGCAGCTGAGGCCGCTGAGTTACGCAGGTTGCTTATGGATGATGTTGAAGCTGATAGGAAGAAAAAGAAGAAAGCTAG GGTTGTGGTGGATGAAGCAAGATTAATACCAAAGCTGCGACCAAAATTCATCTTTGACAACACTGAACAAGTTAAGCAAA TAGCAAATACATTGCAACTAGATGGAGCTAATCATTTTAGAGAGGATTCAATTGCAGAGCTTAGGGAGGAGGAAAATTTT CCTGCTAAAAAAAGCAAAACAATGAAGGCCAATAAAGCGAAAAAGAATGACATCACACCTATTAGTGTACCCAATAAAAA AATCAAACTAAATATGGGAGAAGGAATTAAGGTATTCAAGGAGAAAAAACCATCAAGGGAAACTTTTGTTTGTGGAGCAT GTGGCCAGCTTGGGCACATGCGGACAAACAAGAACTGTCCAAAATATGGTGAAGATCTAGAAGCACAACTTGAATCTACT GATATCGAAAAATCAGGAAAATCCATCTTTGTTGATCCCTCTAGTCAGTCCCAGCATAAAGCGCCTTCCAGAAGGTCAAT ATCAAAAAGCTCAACAAAAATTGCTCCTGTTGACAATTCAACAAAAATCCCATTGAAATTCAAATGCAGCTCCACTGAGA AATCTTCTGATAAACCTGCAATAGAAATATTTCAGAGTTCCGACAAGCCAGTCACTTCTGACTCAGAAACTGCCAAGTCT GCTAAGGTCAACAAGATAATTATTCCCAGCAAAGTGAAACCAGATGATACACAGGCTGAGTCTCTTAAGCATGCTATTGT TATACGGCCTCCTGCTGATTCCGGTCGAGGTCTTGCTGATTCTCACAAGTTTCCAATTAAAATACGGTCGTCTACAGAAA TTGATAGGGAGCAAAGTCACAAAAAGATCATTATAAAACGTACAAAAGAGGTTGTTGATTTGGAACTGGACAGTCCTGTT GCAAGCGCTGGACTTGAACACAGAAAAACTAAAAGAATTGTTGAATTATCGAATTTTGAGAAGTACAGTAGGCAGGAGAC CGTGTATTCAACCGAAGGTTTGGTAAAATGGAAAGGTAATGAGGATAGAAGATGGTGGGAAGAGCAAGAGAAACGGAGAA ATGAAGTGAGGCTCAGAGAAGACAGAGCAAGGAGGCATCACAAAGATGAGATCAGGATGCTCAAAGAGCAAGAAAGGTTA GATGAGTTAAAAAGATATGAAGAAGATATTAGAAGAGAGAGGGAGGAGGAAGAACAGCAAAAAGCTAAGAAGAAAAAGAA GAAGAAAAAACATGATTTCCGAGATGATTATTTAGATGACCCCAGATCGAGGAGATATGACAAGAGGATGCTCGAAAGAG ACCGGAGTGGAAAGAGGAGATCTGCTGAGTTGGGAAATATTGGTGTAGATATTATGCCACCAACAAAGCGCCGACGAGGG GGAGGGGGAGAGGTTGGTTTGGCAAATATATTGGAGGGCATTGTGGACGTCCTTGTGAAAGATAGGCATGATCTGTCTTA TCTTTTCCAGAAACCGGTGTCGAAGAAAGAGGCTCCTGACTACTTTGACATTATAGAGAGGCCAATGGATCTTTCCAGAA TCAGGGAGAGGGTACGGAACATGGAATACAAGAGCCGAGAAGATTTCAGACATGATATCTGGCAGATCACTTACAATGCT CATAAATATAACAACGGAAGAAATCCTGGAATTCCTCCCCTTGCAGACAGGCTTTTAGAATATTCTGATTATTTGTTGAA TGAGAATGATGATAATCTCACTGCTGCGGAAGCTGGTATCGAAAATAAAGATTTCTAA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0344200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MGYDSDSPWRNGREEDDEEEYEESDKGNRFLGFMFGNVDNSGDLDVDYLDEDAKEHLSALADKLGPSLTDIDLSGKSPQT PHDVVEQDCGEKAEDAVDYEDIDEEYDGPETETANEEDYLLPKKDFFSGEASLEALASRSSVFDDENYDEESDKEQDLVT NDSKVDSSLAGEQEENFVDASKGDRALEHDLQAGSQQTEESDTDIQKLDEEGPEVLKRSMAAPLPVLYVEDGMAILRFSE IFGISEPLRKGEKREHRHSIPRDRYKSLDLSDDIVEEDEEEFLKGFSKSLPLTKQISVVRNDASESSDVDLEFPKFGFLH GDATMAGKDDRQPKDSCLSAEPLKVDFTEDLLLKDHHLTRANFYPLDQRDWEEEILWGNSPVASDINVESCEISGPELGV SGDCEIEIESGIQNLQLEPQHMLEEKDHNFFMCYSPVTLDSFGSRDSTGDKSNLMSKSLFHPQLLRLESRSEVDGSSLAD GGGEGISEKRNQSGQLKRFTKFMSQNRDLMEGSWLDKIIWEEQGRPMMKSKLIFDLQDDKMHFEVLDNKDGTHLRVHAGA MILTHSLKSSSVDSSEQPGHGVQYGWRYVANDKHYSNRKTSQQLKSNSKKRSAHGVKVFHSQPALKLQTMKLKLSNKDIA NFHRPKALWYPHDSGVTVKEQGKLPTHRPMKIIIKSLGGKGSKLHVDAEETLSSVKAKASKKLDFKGSETVKLYYLGREL EDHKSLAAQNVKPNSLIHLVRTKIHLWPRAQRVPGENKSLRPPGAFKKKSDLSVKDGHVFLMEYCEERPLLLSNVGMGAR LCTYYQKCSPDDQSGSLLRNTDSSLGHIISLDPADKSPFIGDLKPGCSQSSLETNMYRAPIFPHKVPLTDYLLIRSAKGK LSLRRIDKINVVGQQEPLMEVLSPGSKNFQTYMMNRLLVQMCREFQAAEKRRLPPYIRIDELLSQFPYLSEASFRKKIKE YGNLQRGANGQSVLVKKRNFRMWSEDELRKMVTPELVCAYESMQAGLYRLKHLGITETHPTHISSAMSRLPDEAIALAAA SHIERELQITPWNLSSNFVACTSQGKENIERMEITGVGDPSGRGMGFSYARAPPKAPVSNAMVKKKAATRGGSTVTGTDA DLRRLSMEAAREVLLKFNVPEEIIAKQTRWHRIAMIRKLSSEQAASGVKVDPTTISKYARGQRMSFLQLQQQTREKCQEI WDRQAQSLSAINGDENESDSEGNSDLDSFAGDLENLLDAEECEEGDEGTNDLKRDKGDGVKGLKMRRHPTLAQAEEEIED EAAEAAELRRLLMDDVEADRKKKKKARVVVDEARLIPKLRPKFIFDNTEQVKQIANTLQLDGANHFREDSIAELREEENF PAKKSKTMKANKAKKNDITPISVPNKKIKLNMGEGIKVFKEKKPSRETFVCGACGQLGHMRTNKNCPKYGEDLEAQLEST DIEKSGKSIFVDPSSQSQHKAPSRRSISKSSTKIAPVDNSTKIPLKFKCSSTEKSSDKPAIEIFQSSDKPVTSDSETAKS AKVNKIIIPSKVKPDDTQAESLKHAIVIRPPADSGRGLADSHKFPIKIRSSTEIDREQSHKKIIIKRTKEVVDLELDSPV ASAGLEHRKTKRIVELSNFEKYSRQETVYSTEGLVKWKGNEDRRWWEEQEKRRNEVRLREDRARRHHKDEIRMLKEQERL DELKRYEEDIRREREEEEQQKAKKKKKKKKHDFRDDYLDDPRSRRYDKRMLERDRSGKRRSAELGNIGVDIMPPTKRRRG GGGEVGLANILEGIVDVLVKDRHDLSYLFQKPVSKKEAPDYFDIIERPMDLSRIRERVRNMEYKSREDFRHDIWQITYNA HKYNNGRNPGIPPLADRLLEYSDYLLNENDDNLTAAEAGIENKDF 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 28 28 -
Pfam 20 61 42 2.4E-9
SUPERFAMILY 24 62 39 3.27E-7
PANTHER 27 1883 1857 0.0
PANTHER 27 1883 1857 0.0
MobiDBLite 66 121 56 -
MobiDBLite 93 114 22 -
MobiDBLite 139 205 67 -
MobiDBLite 471 492 22 -
Pfam 589 1155 567 1.2E-125
MobiDBLite 597 616 20 -
SUPERFAMILY 640 740 101 7.37E-15
Gene3D 663 746 84 4.1E-13
SMART 670 742 73 1.1E-11
ProSiteProfiles 670 740 71 14.295
CDD 670 741 72 8.1308E-32
Pfam 672 742 71 2.4E-10
MobiDBLite 1241 1261 21 -
MobiDBLite 1247 1261 15 -
Coils 1271 1291 21 -
MobiDBLite 1447 1475 29 -
MobiDBLite 1449 1475 27 -
MobiDBLite 1498 1519 22 -
Coils 1673 1712 40 -
MobiDBLite 1691 1739 49 -
MobiDBLite 1712 1739 28 -
SUPERFAMILY 1752 1872 121 6.28E-27
Gene3D 1754 1884 131 1.0E-25
SMART 1760 1871 112 2.3E-23
CDD 1770 1866 97 2.73346E-25
ProSiteProfiles 1781 1851 71 19.178
Pfam 1782 1848 67 2.7E-18
PRINTS 1784 1797 14 3.9E-10
ProSitePatterns 1786 1843 58 -
PRINTS 1798 1814 17 3.9E-10
PRINTS 1814 1832 19 3.9E-10
PRINTS 1832 1851 20 3.9E-10

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0344200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…