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LotjaGi2g1v0344200.4

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0344200
Transcript ID LotjaGi2g1v0344200.4
Related isoforms 6
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Transcription initiation factor tfiid subunit 1; TAIR: AT1G32750.1 HAC13 protein (HAC13); Swiss-Prot: sp|Q8LRK9|TAF1_ARATH Transcription initiation factor TFIID subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|I1L578|I1L578_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0344200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:82127736..82145084) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTGAATGTATTTCTAATAGGTCTTAGTTGATTTTCTTTTGCTTGTACTGGGTGTTGATAAGAAATTAAGCTTTCTTGTAT TTAATACATGGGGTAGTGTTCAAAATAGGATTGGATGATGGCATTTAAATTCTAAGCTTATGAATGTATAATGAAATCTG TGACATTAACATTCGGTTGTGTTCTTAGTTGCGTTCGTTTACGTGGTTTAGTTTCTTGCTTGGTATAGTTTATTAACTCA CTGTTTGATAAAATGGAATTGATAGACGATGAAGAAGAGTACGAGGAGTCTGACAAGGGTAATCGTTTTCTGGGGTTCAT GTTCGGAAATGTTGATAACTCTGGCGATCTTGATGTTGATTATCTTGACGAGGTAATTTTATGTGGCATTTGATTGATGT TACCTGTGAACTTGGCCGTCAAAGTGAATTGAGAATCAAGATTGAACTGATGCATGCATATCTGTTGTTGTGTTTTTGGA TTACTGGCCTATTTTTTAATTGTCTGTTATTTTCCATGATTCACTATGTATATGCTGAGTAGTTATACAGTTTAGAGTTT CTGAAATTTCTTAGCTGTTGCAGTTTGCATGATTGGTTAGTGGAAAGTTTTTAAGTTGCTAAACTTTTATATTAGAAGAT TCAAAACCACTATTACTGTGAAGTTCAAAAACTTGCATTGTAACTTTTCAGAAAACAAAAAGAAGGCAGTTAGGAAGCTT TTGTACAGTATGGATGTCTAAACTAACAAAATAGCGTGGAATTCAACTTTGGAGGATGTAGTTTAGTTTAGTGTGCAAAG ATTCATTTACAAAGGTTAAGATCAATTTGTTACTATACAAATAAAATTAGTAATTTATCAAATGGGTTTAGGCACCTGAA TTTACGGCTGAGTTCTGAGTGCAATATGTGCTTGACCTGAAATTTATTTACAATAAGATTGATATATATACTTTATGCTT 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TATTTGTTGAATGAGAATGATGATAATCTCACTGCTGCGGAAGCTGGTATCGAAAATAAAGATTTCTAA 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0344200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGAATTGATAGACGATGAAGAAGAGTACGAGGAGTCTGACAAGGGTAATCGTTTTCTGGGGTTCATGTTCGGAAATGT TGATAACTCTGGCGATCTTGATGTTGATTATCTTGACGAGGATGCAAAGGAGCATCTTTCTGCATTGGCGGATAAGCTGG GTCCATCACTGACAGATATAGATTTGTCAGGAAAATCACCACAAACACCGCATGATGTTGTTGAACAAGACTGTGGTGAA AAAGCTGAAGATGCAGTTGATTATGAAGATATTGATGAAGAATATGATGGTCCTGAGACTGAAACAGCCAATGAAGAGGA CTATTTACTGCCCAAAAAGGATTTTTTCTCTGGTGAAGCTTCCCTTGAAGCTTTGGCGTCCAGATCTTCTGTCTTTGATG ATGAAAATTATGATGAAGAATCTGATAAGGAACAAGACTTAGTGACCAACGATTCTAAAGTTGACAGCTCTTTAGCTGGG GAGCAGGAAGAGAATTTTGTTGATGCATCTAAAGGAGACAGGGCTCTAGAGCATGATTTACAAGCTGGCTCACAGCAGAC CGAAGAATCGGACACTGATATACAAAAACTTGATGAGGAAGGGCCTGAAGTTTTAAAAAGGTCTATGGCTGCACCGTTGC CTGTTTTGTATGTGGAAGATGGGATGGCAATTTTACGCTTTTCTGAAATCTTTGGTATTAGTGAGCCTCTCAGAAAGGGA GAAAAGAGAGAGCATCGACATTCCATTCCTAGAGATAGATACAAGTCTTTGGATTTATCTGATGATATCGTAGAAGAAGA TGAAGAGGAGTTCCTCAAAGGATTCTCTAAGAGTCTCCCACTTACTAAACAGATTTCTGTAGTCCGTAATGATGCATCAG AAAGCAGTGATGTTGACTTAGAATTTCCAAAATTTGGATTTCTTCATGGGGATGCTACAATGGCTGGGAAAGATGATCGG CAACCAAAGGACTCTTGTCTTAGTGCTGAACCATTGAAAGTGGATTTCACAGAAGATCTTCTGTTGAAAGATCATCATCT GACGCGGGCCAACTTTTATCCTCTTGATCAGCGAGACTGGGAAGAGGAAATCCTTTGGGGAAATTCTCCTGTTGCCAGTG ATATTAATGTTGAGAGCTGTGAAATTTCTGGACCTGAACTGGGAGTTTCTGGTGATTGTGAAATCGAAATTGAAAGTGGG ATCCAGAATCTCCAGTTAGAGCCCCAGCACATGCTGGAAGAGAAAGATCACAATTTCTTCATGTGCTACTCTCCTGTCAC ATTAGATAGCTTTGGCTCAAGGGATTCTACTGGGGATAAATCCAATTTAATGTCAAAAAGTCTATTTCATCCCCAACTGT TGAGGCTAGAATCCAGATCTGAAGTAGATGGTTCTAGTCTTGCAGATGGAGGGGGGGAAGGTATATCTGAGAAGCGTAAT CAAAGTGGTCAATTAAAGCGTTTTACGAAGTTTATGTCACAAAACAGAGACCTGATGGAGGGCTCGTGGTTAGACAAGAT AATATGGGAGGAGCAGGGTAGGCCTATGATGAAATCAAAGCTTATATTTGATCTTCAGGATGATAAAATGCACTTTGAAG TTTTGGATAACAAGGATGGTACACATCTTCGCGTTCATGCTGGGGCTATGATTTTAACTCATTCTTTAAAATCAAGCAGT GTAGATTCTTCTGAGCAACCAGGACATGGAGTTCAATATGGATGGCGATATGTTGCTAATGACAAACACTATTCAAACCG GAAAACTTCCCAGCAACTGAAATCGAATTCAAAAAAGCGCTCAGCTCATGGTGTCAAAGTTTTTCACTCACAACCTGCAT TGAAGCTTCAGACAATGAAATTGAAGTTGAGCAATAAAGATATTGCAAATTTTCACCGACCTAAAGCATTGTGGTATCCC CATGACAGTGGAGTGACTGTCAAGGAACAAGGGAAATTGCCAACACACAGACCCATGAAAATTATTATTAAGAGCTTGGG TGGCAAGGGTAGTAAACTGCATGTTGATGCTGAAGAAACTCTTTCTTCTGTTAAAGCTAAAGCTTCCAAAAAGCTAGATT TCAAGGGATCAGAAACAGTGAAATTATACTATTTAGGGAGGGAGCTTGAAGATCACAAATCACTTGCAGCACAAAATGTT AAACCAAACTCCTTGATACATCTTGTCCGTACAAAGATACATTTGTGGCCAAGGGCACAAAGGGTTCCGGGTGAGAATAA GTCGTTGCGTCCTCCTGGGGCATTCAAGAAAAAGTCTGATCTGTCTGTGAAAGATGGACATGTTTTTCTGATGGAGTATT GTGAAGAAAGGCCTTTACTTTTAAGCAATGTGGGAATGGGTGCAAGACTTTGTACATACTATCAAAAATGTTCCCCGGAT GACCAATCTGGCTCCTTATTACGCAACACAGACAGTAGCTTGGGGCACATCATTTCTCTTGATCCTGCTGATAAATCTCC TTTCATTGGAGATTTAAAACCTGGTTGCAGTCAGTCATCACTTGAGACAAATATGTACAGAGCACCCATATTTCCTCATA AAGTTCCATTAACTGACTACCTCCTGATTCGTTCAGCAAAGGGAAAACTATCGTTAAGGCGGATCGATAAAATTAATGTT GTTGGTCAGCAGGAGCCTCTCATGGAGGTATTATCACCTGGAAGTAAGAATTTTCAGACTTATATGATGAACAGGCTGCT GGTACAAATGTGCCGTGAATTCCAAGCAGCAGAGAAACGACGCTTGCCTCCATACATTCGTATTGATGAGTTACTGTCAC AGTTTCCTTACCTATCAGAAGCGTCATTCCGTAAGAAAATCAAGGAATATGGAAATTTACAGAGGGGAGCCAATGGACAG TCAGTTTTGGTTAAAAAGCGAAATTTCCGCATGTGGTCAGAGGATGAATTGAGAAAAATGGTGACACCAGAGCTTGTTTG TGCCTATGAAAGCATGCAAGCTGGACTCTACCGTCTAAAACATCTAGGGATAACTGAAACACATCCAACTCATATTTCAT CCGCAATGAGTCGGCTTCCTGATGAAGCAATAGCATTGGCTGCTGCATCACACATCGAGAGGGAATTGCAGATTACTCCT TGGAACTTGAGTAGCAATTTTGTAGCCTGTACAAGCCAGGGTAAGGAAAATATTGAACGGATGGAAATTACTGGTGTTGG TGATCCATCAGGTCGTGGCATGGGTTTTAGCTATGCTAGGGCACCTCCAAAGGCGCCAGTGTCTAATGCAATGGTGAAGA AGAAAGCAGCAACCCGAGGAGGTTCCACTGTCACTGGTACAGATGCTGATCTACGTAGACTGAGCATGGAAGCTGCTCGA GAGGTTCTTCTTAAGTTCAATGTTCCTGAGGAAATAATTGCTAAACAGACCAGGTGGCATCGCATTGCTATGATTCGCAA ACTTTCAAGTGAGCAAGCTGCATCTGGGGTTAAGGTTGATCCAACAACAATCAGCAAGTATGCTCGTGGGCAGCGCATGT CATTTCTTCAGTTACAGCAGCAGACCAGAGAGAAGTGCCAAGAGATTTGGGATCGACAGGCTCAGAGTTTGTCAGCTATA AATGGTGATGAAAATGAGAGTGATTCAGAAGGGAATAGTGATCTAGATTCTTTTGCTGGAGATCTGGAGAATTTACTTGA TGCCGAGGAGTGTGAAGAGGGAGATGAGGGCACAAATGACTTAAAACGCGATAAGGGAGATGGTGTTAAGGGTCTTAAAA TGAGAAGACACCCAACTTTGGCCCAGGCAGAGGAGGAAATAGAAGATGAAGCAGCTGAGGCCGCTGAGTTACGCAGGTTG CTTATGGATGATGTTGAAGCTGATAGGAAGAAAAAGAAGAAAGCTAGGGTTGTGGTGGATGAAGCAAGATTAATACCAAA GCTGCGACCAAAATTCATCTTTGACAACACTGAACAAGTTAAGCAAATAGCAAATACATTGCAACTAGATGGAGCTAATC ATTTTAGAGAGGATTCAATTGCAGAGCTTAGGGAGGAGGAAAATTTTCCTGCTAAAAAAAGCAAAACAATGAAGGCCAAT AAAGCGAAAAAGAATGACATCACACCTATTAGTGTACCCAATAAAAAAATCAAACTAAATATGGGAGAAGGAATTAAGAA CCAGGTATTCAAGGAGAAAAAACCATCAAGGGAAACTTTTGTTTGTGGAGCATGTGGCCAGCTTGGGCACATGCGGACAA ACAAGAACTGTCCAAAATATGGTGAAGATCTAGAAGCACAACTTGAATCTACTGATATCGAAAAATCAGGAAAATCCATC TTTGTTGATCCCTCTAGTCAGTCCCAGCATAAAGCGCCTTCCAGAAGGTCAATATCAAAAAGCTCAACAAAAATTGCTCC TGTTGACAATTCAACAAAAATCCCATTGAAATTCAAATGCAGCTCCACTGAGAAATCTTCTGATAAACCTGCAATAGAAA TATTTCAGAGTTCCGACAAGCCAGTCACTTCTGACTCAGAAACTGCCAAGTCTGCTAAGGTCAACAAGATAATTATTCCC AGCAAAGTGAAACCAGATGATACACAGGCTGAGTCTCTTAAGCATGCTATTGTTATACGGCCTCCTGCTGATTCCGGTCG AGGTCTTGCTGATTCTCACAAGTTTCCAATTAAAATACGGTCGTCTACAGAAATTGATAGGGAGCAAAGTCACAAAAAGA TCATTATAAAACGTACAAAAGAGGTTGTTGATTTGGAACTGGACAGTCCTGTTGCAAGCGCTGGACTTGAACACAGAAAA ACTAAAAGAATTGTTGAATTATCGAATTTTGAGAAGTACAGTAGGCAGGAGACCGTGTATTCAACCGAAGGTTTGGTAAA ATGGAAAGGTAATGAGGATAGAAGATGGTGGGAAGAGCAAGAGAAACGGAGAAATGAAGTGAGGCTCAGAGAAGACAGAG CAAGGAGGCATCACAAAGATGAGATCAGGATGCTCAAAGAGCAAGAAAGGTTAGATGAGTTAAAAAGATATGAAGAAGAT ATTAGAAGAGAGAGGGAGGAGGAAGAACAGCAAAAAGCTAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAAAAACATGATTTCCGAGATGA TTATTTAGATGACCCCAGATCGAGGAGATATGACAAGAGGATGCTCGAAAGAGACCGGAGTGGAAAGAGGAGATCTGCTG AGTTGGGAAATATTGGTGTAGATATTATGCCACCAACAAAGCGCCGACGAGGGGGAGGGGGAGAGGTTGGTTTGGCAAAT ATATTGGAGGGCATTGTGGACGTCCTTGTGAAAGATAGGCATGATCTGTCTTATCTTTTCCAGAAACCGGTGTCGAAGAA AGAGGCTCCTGACTACTTTGACATTATAGAGAGGCCAATGGATCTTTCCAGAATCAGGGAGAGGGTACGGAACATGGAAT ACAAGAGCCGAGAAGATTTCAGACATGATATCTGGCAGATCACTTACAATGCTCATAAATATAACAACGGAAGAAATCCT GGAATTCCTCCCCTTGCAGACAGGCTTTTAGAATATTCTGATTATTTGTTGAATGAGAATGATGATAATCTCACTGCTGC GGAAGCTGGTATCGAAAATAAAGATTTCTAA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0344200.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MELIDDEEEYEESDKGNRFLGFMFGNVDNSGDLDVDYLDEDAKEHLSALADKLGPSLTDIDLSGKSPQTPHDVVEQDCGE KAEDAVDYEDIDEEYDGPETETANEEDYLLPKKDFFSGEASLEALASRSSVFDDENYDEESDKEQDLVTNDSKVDSSLAG EQEENFVDASKGDRALEHDLQAGSQQTEESDTDIQKLDEEGPEVLKRSMAAPLPVLYVEDGMAILRFSEIFGISEPLRKG EKREHRHSIPRDRYKSLDLSDDIVEEDEEEFLKGFSKSLPLTKQISVVRNDASESSDVDLEFPKFGFLHGDATMAGKDDR QPKDSCLSAEPLKVDFTEDLLLKDHHLTRANFYPLDQRDWEEEILWGNSPVASDINVESCEISGPELGVSGDCEIEIESG IQNLQLEPQHMLEEKDHNFFMCYSPVTLDSFGSRDSTGDKSNLMSKSLFHPQLLRLESRSEVDGSSLADGGGEGISEKRN QSGQLKRFTKFMSQNRDLMEGSWLDKIIWEEQGRPMMKSKLIFDLQDDKMHFEVLDNKDGTHLRVHAGAMILTHSLKSSS VDSSEQPGHGVQYGWRYVANDKHYSNRKTSQQLKSNSKKRSAHGVKVFHSQPALKLQTMKLKLSNKDIANFHRPKALWYP HDSGVTVKEQGKLPTHRPMKIIIKSLGGKGSKLHVDAEETLSSVKAKASKKLDFKGSETVKLYYLGRELEDHKSLAAQNV KPNSLIHLVRTKIHLWPRAQRVPGENKSLRPPGAFKKKSDLSVKDGHVFLMEYCEERPLLLSNVGMGARLCTYYQKCSPD DQSGSLLRNTDSSLGHIISLDPADKSPFIGDLKPGCSQSSLETNMYRAPIFPHKVPLTDYLLIRSAKGKLSLRRIDKINV VGQQEPLMEVLSPGSKNFQTYMMNRLLVQMCREFQAAEKRRLPPYIRIDELLSQFPYLSEASFRKKIKEYGNLQRGANGQ SVLVKKRNFRMWSEDELRKMVTPELVCAYESMQAGLYRLKHLGITETHPTHISSAMSRLPDEAIALAAASHIERELQITP WNLSSNFVACTSQGKENIERMEITGVGDPSGRGMGFSYARAPPKAPVSNAMVKKKAATRGGSTVTGTDADLRRLSMEAAR EVLLKFNVPEEIIAKQTRWHRIAMIRKLSSEQAASGVKVDPTTISKYARGQRMSFLQLQQQTREKCQEIWDRQAQSLSAI NGDENESDSEGNSDLDSFAGDLENLLDAEECEEGDEGTNDLKRDKGDGVKGLKMRRHPTLAQAEEEIEDEAAEAAELRRL LMDDVEADRKKKKKARVVVDEARLIPKLRPKFIFDNTEQVKQIANTLQLDGANHFREDSIAELREEENFPAKKSKTMKAN KAKKNDITPISVPNKKIKLNMGEGIKNQVFKEKKPSRETFVCGACGQLGHMRTNKNCPKYGEDLEAQLESTDIEKSGKSI FVDPSSQSQHKAPSRRSISKSSTKIAPVDNSTKIPLKFKCSSTEKSSDKPAIEIFQSSDKPVTSDSETAKSAKVNKIIIP SKVKPDDTQAESLKHAIVIRPPADSGRGLADSHKFPIKIRSSTEIDREQSHKKIIIKRTKEVVDLELDSPVASAGLEHRK TKRIVELSNFEKYSRQETVYSTEGLVKWKGNEDRRWWEEQEKRRNEVRLREDRARRHHKDEIRMLKEQERLDELKRYEED IRREREEEEQQKAKKKKKKKKHDFRDDYLDDPRSRRYDKRMLERDRSGKRRSAELGNIGVDIMPPTKRRRGGGGEVGLAN ILEGIVDVLVKDRHDLSYLFQKPVSKKEAPDYFDIIERPMDLSRIRERVRNMEYKSREDFRHDIWQITYNAHKYNNGRNP GIPPLADRLLEYSDYLLNENDDNLTAAEAGIENKDF 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Pfam 9 50 42 2.4E-9
SUPERFAMILY 13 51 39 3.27E-7
PANTHER 16 1874 1859 0.0
PANTHER 16 1874 1859 0.0
MobiDBLite 59 110 52 -
MobiDBLite 82 103 22 -
MobiDBLite 133 194 62 -
MobiDBLite 460 481 22 -
Pfam 578 1144 567 1.2E-125
MobiDBLite 586 605 20 -
SUPERFAMILY 629 729 101 7.37E-15
Gene3D 652 735 84 4.1E-13
SMART 659 731 73 1.1E-11
ProSiteProfiles 659 729 71 14.295
CDD 659 730 72 9.1814E-32
Pfam 661 731 71 2.4E-10
MobiDBLite 1230 1250 21 -
MobiDBLite 1236 1250 15 -
Coils 1260 1280 21 -
MobiDBLite 1438 1466 29 -
MobiDBLite 1440 1466 27 -
MobiDBLite 1489 1510 22 -
Coils 1664 1703 40 -
MobiDBLite 1682 1730 49 -
MobiDBLite 1703 1730 28 -
SUPERFAMILY 1743 1863 121 6.28E-27
Gene3D 1745 1875 131 1.0E-25
SMART 1751 1862 112 2.3E-23
CDD 1761 1857 97 2.88344E-25
ProSiteProfiles 1772 1842 71 19.178
Pfam 1773 1839 67 2.7E-18
PRINTS 1775 1788 14 3.8E-10
ProSitePatterns 1777 1834 58 -
PRINTS 1789 1805 17 3.8E-10
PRINTS 1805 1823 19 3.8E-10
PRINTS 1823 1842 20 3.8E-10

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0344200.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…