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LotjaGi4g1v0043300.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0043300
Transcript ID LotjaGi4g1v0043300.1
Related isoforms 7
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Squalene monooxygenase; TAIR: AT1G58440.1 FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein; Swiss-Prot: sp|O48651|ERG1_PANGI Squalene monooxygenase; TrEMBL-Plants: tr|I1KL88|I1KL88_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0043300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:5117536..5142936) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATATACACTTGAGAGGATTCAAAGAAACATTGGCACATTTGTTTTGTGTCATTTGGTTTTTTGTGAGAATTCTAGTTTCA TTTGAGAGAGTTATTTTGTGAGAAAAATATTTCTCTTTGTCCTCATTTTTATAAGAGGATTTGTTGTACTCTCCTTTTTA CATAGTGGAACTTTGCTCGTGATCGCCCGTGGTTTTTTACCTCTCACATTGGGAGGGTTTTTACACGTTAATCTTGTGTG TTCTTTTTCTTGCCACTTTACTTTTACTTCTCTTTAATTCTCAATTATCTCGATCCTGTGCTTCCGCATTGCGTTGATAC CCTAACAATGACTCATGAGAAAGTTTGGGTTAAATCACTCATCATCCAATCACATTGGAGATAAGTGAGTTGAAAATAAA ATAATAAATAAAATATAGAAATTCCAAAACTTGTTAAACCCTTCTACGTACTCCTCTCAAGTTTAGGTGAAAATGGCTGT TGTATAGAATCAATTCTTAGACTCTTGGACCTTTTCACAGTTAGTGGAATTTTATACGTGTACACTTTTTATAGTTCTCA CACAACCAAATATTAAATAGGTGTGGAGGTTATTTACTTTCCATTAAAAAACACAGAATAATTCTCTGCTGCACTCTATG CCTGCGGCTGGTCTGAGATGCTTGATGTTAGCTCTGCTCTTTCTTCTGAAGTGGGGCGGTGCTGCTGGGGTCTTTTGTTG ATCTGTCATTGAATGTTGGTGATTCTTACTGCTGGAATGTATTAGTCCCCTGGTTTTCCCCTGTTGTTCTCTTGTTCCAT CTTTGTTGTTTTTCTTTCGTTCTTTTGTCTCTTGCTGTAGCTCTTCTGTTGCTTTTGCCTACCCTCTACTATTGAGGTGT ACTTGGCCTTGAGATTTTTCTCTTGACTTTTACCAATAATATCATTTCTCCTTTAAAAAAAACACAGAATAATGAGTTTA 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ATGTACTCTGGCAACACTTGGACTGCTTTAATATCCCAACTGGAAGAAATACATTTTTGGAAATATAATAATGATTAACA GTTTCAGGAACAGTATTTTGTTAATCAATAATTAGTCCGTTTGTCATTGTTAAAAAAAGTTATTTGACTTTTAAAAAATA ATTGATTTTATTTTAAGTGATTTTTTTAAAGCAAAAATTTATTTATATTTGTGCATAAATATGATAAGTGATTTTCAAAT GGTTTGGATACAAAACTGTAAAAGTGCTTTTTTAAATAATTATTTAAGAATAACAACTATAATTGATATTATTTGAAAAG CTACACAAAATAGGTTGAAAAATAATCAGTTTTTTTTTTAAATTATTTATTTTTTTCAAAAAAGCAATCACAAGCACCAA AAAAATATGCATATATAAGTGATTATTAAAAAAAAATAAGTAATTACTTAAGAAAAAGCAATCACAAACAGAAATATGAT TGTTGAGTGAGGGTCGGCCCAGGGTAAAGCCACCCAAGCAGGAGCTTTAGGCCTCTCAAAAAAAAATTATTAAGGAAAAA ATGCCTCAAAATATTTTTTTACTAAGTAAAAGAGGCCACAAAAAAATCAAAGACCTCACTTTAAAGTTGGCTTTAGGCCT CATTTAGTGTTGGGCCGACCCTAAGTCTCTATATGTATTAACAATGTTGTGAAAAGCTAGATTCTGTGTAGAATCGGAGA GGGTGTTCAAAATCGTACAATCGTAAATTGAATCGTAAGATTCTACCATAAATAGAAAAACAAAAAAATAACATAGATAT CTTGTAAGTCACATCATTTAACAAAAATTGGAATAAAAGTTCATCAGAGATTAACATGCTATAGATTTTGCTAACATTGT ATTTCAAGCATGTAAAGAACAAGGAAATTACCTTTCTACGGCTGCTGTGAAGAGTTCTAATTCATCCAAAGTGCCATACA CATCATAAATGTCATCAATTGTAGTTATTAGTGAAGTTACTTTGGTTAAACCTTTGCGGATATCACTATACTGAGTCTCA AAAGTCATTCCAACCGTCCAAAAGAAGCACTCCATTAACCTGTCGCGAGTGAAGCTTAACTTTGGGGCTAGTCCCATTCC CTTCCACCACCTTCATTAACAAGTAACAATGAAATTGAAACCAAGTTGTTACAAATTAGGAAAGTATTGATGATGAAATC ATATATAGTAATGATATATACTTTTTAATTGTGTCCCAACTTGAAGTCTAAAACAACCACTTCTTAATTTAATTAATAAA AAGTAAGAGTAATGATAAGTAAGTTCTTAACTAGACATATAACAGACATACACTTCAGTACTGGTTTTCAATCGCTCTAA ACATTAGTTGTGGTTAAAAATCGCATAAAACTGTATGTCGATGGTTAATTAGTGAAATGCGTATATCCACACATAATTTC TGATATGTATATTTCCTAGCTAAGCTTACCTTGACATTTCTTGGAGATCCTTTAGCAATGTTGATTGGACAATGTTAAAA TCCAGTTTGGCTGCTTCAAGCAAAACCTTATTTGCATTTTTTCTTTTTGCATATGAATCAATATACCACCGCGCTTCAAG CCTTTGGACTCTACGATGTAGTGGAAGCTCCAAAGCATGATTCACTTGTTCTAAGAGATAATTGCTACTATCATCACTCA TGGCGCTCTTGAGGTGCAAAATAGTGAAGGTCTTTGCCTCATCTAATATTTGTTCTCCTTCATAAGAGAGAAATGATGCC TCATAGAGACTCAACATTCCTTTTACATCCTTACCAATTAGGTTCGCCTCAAAATTACCATCAAGGTTCATGAAGCTCAT AAAAATATCTACACGATTGCAAAGACATAGATGAATTAAAAAAGTCAATTCAATACTTCTTGAGCATGATGAGCTTGATA ATTTTTTAATATATCATTATTATATGTGTGGGGTTGTCAACGAAAAGTCATAAAAATCAAATGGACTCTAGAGTACTTAT AAATTGTAAATCATTGTACATTGTGTTTAATTTTATCATTTTCTTGAGATATATAAATGAAAAGATAAAAAAAAGTAAAC TAGTAAATATATAGCTATAGACCGGTGAGGTTAATTAGATGAAGATACAATTGATAAAGTAAGCAATATTGCAACACAAT TAACATATTGAAGTTGGATAACATAGTGGCAAAAATAGTTAATAGTTATATACATATTTGTTTTATGTCAAAGTTTTTTC CAAAACGTTTGGAAGCCATGATCAAAGAGAACTAATTGTCTTCACCTCTTGTAAAAAAAATAATCTAATTGAATTTCTTT ACTAAAATATATATGTATTATATAAGCTTCAATAAATATTTTTTAATCCGTATCCAGACGAGTAATCCAATTTCTAGGAT AATGTTATATATATATTATTTATATATATATATGTGTGTAAATACCTGCGGAGGCATGGTAGCCATACTCCCTGAGAAGC CTAAAGCTTAAAGCCGTCTCATGTAGACTTGTGTGATTAATTGTACCACTATGCTCTCTTTTGAAATGTAGAAACCTATC AAGTGCTTCTCTTATCTCCTTCTCAAAATGGTAACCGAGGCCCAAGCGTCTCACATCATCGACAAGCTCTAATGTGGTCC ATATCTCTGTTTTTTCATCCTTAATCATTCTCCTCACTTCCTCTCTCAGCTTCCTTGCCCTTTCCCCATATCTTACATCC TATAAATAAATATAAAGATTATTATATATACAAATAGCAGATATCACGTGTGAGTATACATGCATAAGGAATTAAAAATC ACTATATACATATATTTATAACACAATGTAAGATGATTAAATTAATCACCGCATAGTCATGTTTCAAGGACTGCAAGAAA TCATAATCCCAGAGATTAGGTTCATAATGAGCTGATTTTCTTTGAGAATTAGCATCTGAAGTAGTTGCCATGCATCGAAT AGGGGAAACAGTAATTCCCTGCCAACTTTTCTTTAGATACGCCCATGCTCGTGGCTTCTGAGGATTATTGGCAAAACTAG AAACTGAATTAATGAAGGATGAATTAAGCAATGTGGAACTAGCTTGGGCCATTGATACTTGCGGTTTGAAGTTAGGATGA TTGATCACATTAATTTATATACATCGTAATGTTAGCAATAAAAATTAAATTATTAGCAGATTAGTCAAGTTGCTATTGGG TGATCACTTTGTATATTGCATCATTTGCATGGCATACCAAAGGGAATCGTAATTGAGATATGGCAGTAGGCTGAACTTGT TTTTTTCTATTGAAAACATAGCCACGTCATTAAGAATAAGA 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0043300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGATTATCAGTATTTGCTGGGAGGTATATTGGCTTGTTACGCTTGTAGTTTGGCCTTTTTGTTTGTTCTGTACAGTTT TGCAGCAAAGAGGAATGCCACAAGTTCAAGTTTATTACATTTAAAGAGTAATGGGAGTGCAAAGACATCAGAAAATGGAA TATGCCAACAAAAGGGTGAAGGAAGTATAGATGTCATCATTGTTGGTGCTGGGGTTGCTGGTGCAGCTCTTGCTTACACA CTTGGAAAGGATGGAAGGCGAGTGCATGTGATTGAAAGGGACTTGAGTGAACCTGATAGGATTGTGGGTGAATTGTTACA ACCTGGGGGCTATCTCAAGTTAATTGAGTTGGGTCTTGAGGATTGTGTGGATGAAATTGATGCTCAAAAAGTCTTTGGCT ATGCTCTTTATAAGGATGGTAAAGATACCAAGTTGTCTTACCCCTTGGAAAAATTTCATTCTGATGTTTCTGGGAGAAGC TTTCACAATGGCCGTTTCATACAGAGAATGCGAGAAAAGGCTTCATCTCTTCTAAATGTAAACTTAGAACAAGGAACTGT TACATCTCTACTTGAAGAGAATGGAACCATTACAGGGGTGCACTACAAAACCAAGAGTGGACAAGAGCTAATAGCAAAGG CTCCCCTCACCGTTGTATGTGATGGTTGTTTTTCCAACTTGAGACGTTCTCTTTGCAACCCTAAGGTTGAAGTACCCTCT CATTTTGTTGGCCTAGTCTTAGAGAACTGTAATCTTCCATATGCAAATCATGGACATGTTATCTTGGGTGATCCTTCACC CATTTTATTCTATCCCATCAGTAGCACTGAGATTCGTTGTTTGGTTGATGTGCCTGGCCAAAAATTACCGTCCCTTGGTA ATGGTGAAATGGCCCTCTATTTGAAAACTGTGGTAGCTCCCCAGGTTCCCCCAGAGCTGTATACTTCTTTTGTAGCTGCA GTTGATAAAGGAAACATGAGAACCATGCCAAATAGAAGCATGCCTGCCTCACCTCATCCTACACCCGGTGCCCTTCTGAT GGGAGACGCCTTCAATATGCGCCACCCGTTAACCGGAGGAGGAATGACCGTGGCTTTGGCTGATATTGTTGTGCTCAGGA ATCTACTGAGACCTCTGCGTGATCTGCGTGATGCTTCTTCTCTTTGCAAATACCTTGAATCATTCTACACCCTGCGCAAG CCAGTGGCATCTACAATAAACACATTAGCTGGGGCATTGTACAAGGTGTTTTGTGCATCTCCTGATCCTGCTATGAAGGA AATGAGACAAGCATGTTTTGATTATTTGAGCCTTGGAAGTGTTTTCTCAGAGGGACCAACAGCTCTGCTCTCTGGTCTAA ATCCTCGTCCACTGAGCTTAGTTCTCCATTTCTTCGCGGTGGCTATATATGGCGTTGGCCGACTTATGATACCATTTCCT TCTCCAAAACGGATATGGATTGGAGCTAGATTGATTTCAGGTGCAGCAGGTATCATTTTCCCCATTATCAAGGCTGAAGG AGTAAGACAAATGTTCTTCCCAGCAATGGTGCCAGCATATTATAGAGTGCCTCCTGTCTATTAA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0043300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDYQYLLGGILACYACSLAFLFVLYSFAAKRNATSSSLLHLKSNGSAKTSENGICQQKGEGSIDVIIVGAGVAGAALAYT LGKDGRRVHVIERDLSEPDRIVGELLQPGGYLKLIELGLEDCVDEIDAQKVFGYALYKDGKDTKLSYPLEKFHSDVSGRS FHNGRFIQRMREKASSLLNVNLEQGTVTSLLEENGTITGVHYKTKSGQELIAKAPLTVVCDGCFSNLRRSLCNPKVEVPS HFVGLVLENCNLPYANHGHVILGDPSPILFYPISSTEIRCLVDVPGQKLPSLGNGEMALYLKTVVAPQVPPELYTSFVAA VDKGNMRTMPNRSMPASPHPTPGALLMGDAFNMRHPLTGGGMTVALADIVVLRNLLRPLRDLRDASSLCKYLESFYTLRK PVASTINTLAGALYKVFCASPDPAMKEMRQACFDYLSLGSVFSEGPTALLSGLNPRPLSLVLHFFAVAIYGVGRLMIPFP SPKRIWIGARLISGAAGIIFPIIKAEGVRQMFFPAMVPAYYRVPPVY 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 526 526 0.0
PANTHER 1 526 526 0.0
Phobius 1 5 5 -
Phobius 6 28 23 -
TMHMM 7 29 23 -
Phobius 29 459 431 -
SUPERFAMILY 63 438 376 1.22E-46
Gene3D 64 402 339 2.3E-43
PRINTS 64 86 23 3.2E-10
Pfam 67 93 27 2.0E-5
Gene3D 105 329 225 2.3E-43
PRINTS 213 228 16 3.2E-10
Pfam 213 486 274 8.1E-119
PRINTS 341 356 16 3.2E-10
PRINTS 356 372 17 3.2E-10
Phobius 460 479 20 -
Phobius 480 484 5 -
Phobius 485 503 19 -
Phobius 504 527 24 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Squalene monooxygenase activity Catalysis of the reaction: H(+) + NADPH + O(2) + squalene = (S)-2,3-epoxysqualene + H(2)O + NADP(+).
Cellular component Integral component of membrane The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane.
Biological process Sterol biosynthetic process The chemical reactions and pathways resulting in the formation of sterols, steroids with one or more hydroxyl groups and a hydrocarbon side-chain in the molecule.
Molecular function Flavin adenine dinucleotide binding Interacting selectively and non-covalently with FAD, flavin-adenine dinucleotide, the coenzyme or the prosthetic group of various flavoprotein oxidoreductase enzymes, in either the oxidized form, FAD, or the reduced form, FADH2.
Biological process Oxidation-reduction process A metabolic process that results in the removal or addition of one or more electrons to or from a substance, with or without the concomitant removal or addition of a proton or protons.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0043300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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