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LotjaGi4g1v0052100.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0052100
Transcript ID LotjaGi4g1v0052100.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein; TAIR: AT1G61140.1 SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein / zinc finger protein-like protein; Swiss-Prot: sp|Q94BR5|CHR28_ARATH Helicase-like transcription factor CHR28; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7HC54|A0A1J7HC54_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0052100
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:6288932..6303067) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GACAACACTCACCGATCCACTGGACAATGAGAAATGCACCAATTATTTTTATAAGTGATTGCCGTTGCAGATAATTAGTC AATTTTATTTTCGTTCTATTTCCATGTTGATTGGTGGGAGTGTGTTCTAACTCCAATTTCAATACCGAAAGGGGCTTTTG CATTTTTCTTGGTGATTATGTGTTATTTTATCTTTATAATATTTTTTAATTTTACGCATTCCAGATGATTTTATTTTTGG GCATTTTTTTCCCAATGCTTACCAAATTACCAATTTACCTTTATGCTAAATTATAATTTTCTGGATATCATAGGTGAATG GTCCTGATCCTGAAAATTGTGCATCAAAAAATGCTCCACCTAATGAGTCTGGCATCCTTGATACTTCTCAGATTCACCAA GGTATGTAATCTTCTGTTATTTTTCCTAGTAATTACTGCTTGTACTTGTTGGTTTTGCAATTGGTCTGTTGATCATGAAA AGTAGTCATCTGGTTGAGTTAGTTTTGAATCATGGACATAATGTGTAATTGCTGAGATATTCTTATCTTACATGCATGTT CTTTGCCTATTTCATTAGTGCCTCAAGTGTTAGAAGAACCTCATTTCTCTGGGTTGGATTTAGTCAATTCGGGCACAAGG TGGTCTCCATTCTGTTTAGATGTATCAGATTCCTGGGCCGGAGGTTCCGATTCTTTATTTGATTCTGCAGTAAAATCTTT GCGTGACGACCGTAAACATGAAAACCTGGGACCTCAATCTCTGGCTTGCTCTTCACCGGGTGATTTCTTCGGGGACGCGT TCTCTTTTGGTGAAGATGATGAGATTTGCCCGAAAGAAAGGACCGGAGTTTCTAGCCGCGAGATACCTGCTAATGGTGTG GAATCTAGTCCCCTTGAGGCACATTCATATGGAGATAACTTGAATTTTGGTACATGGAGAGGTGAAAATGAGAGCCAACT 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AACTGATTCTGTAACAACAAGCACGACATAATCTTCTGCAATCTCCCAGCTATAACTTCGGCTAACAATTTGTATACACT TCCTATTAGAGAAATAGAACGATAATCGGAAAGGGAGTTGGGATTTCCAACCTTTGGGATCAGAGTTATGAAGGCAACAT TAAGGTCCCTAACAAGTTTTCCATTTGAGTGAAAATCCTTGAAAACCTTCAGGACATCCTCTTTTATGATATGCCAAAAC TGCTTGAAGAAATTAATATTGAAGTCGTCGGGCCTAGGTGAACTATTTCCATATCTTAATTGTATCCCAAATTTCCTCCA AAGAGAACTCTCCTTCCAGCAACTCCATGTCTTCTACCCTAACTTTCACAAGACCACCATTTGTGTCTCTGTTTTCCCAC TCTCCTCTAGTGGTAGTGACAACACTTTCCTACTCCTTGTCACTCCTTGTATTTTATTGCAATCATCAAACATACGCCCC CTTATTCTTCGTATCATTTTATAGTAAGATAGAAATAGGCATCCATTTCCTTACTCCTTGAGTAAGTATTCCTCAAAACC TGCTTAGGTCAGAGCTTTTGCAAGATCAGGTAGTCGGGTTTTCCAAACAGGAAATCTTCACTCCGTCTGATAATGGTCAT ATACTCTTTCTTTTGAATAGGGTTCATTGCGTACTTCTTCTCCTTAATTCTTATTATCAATCTAACTATCCTAAATGCGA ATTCCTAACAAGTTATGGGTAGGCTTATTTTCATAAACTAGTATTAGTAACTCATTATGCAGCGAGATCATTTTCCTCTT CCCTTCTACCCCAAATGCATAAGTGTCATTGTCTTATGAAAATTTTGCTACCAAGCCATAAGGCTATCATTCCTAAGTAC CACTATATCCTATAGTGTACTTCTAACCCTTTATAACAAGGCAGCATTACGGTTATGTACAATCACTTCAGCAACAATAA 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AACCTTCCTTCTTCAAGCTTCCCAAGAAGGTGAGATAATTAATTTCTCTCCTCAGGATCTCTCTTAATCTTCTAGGTTAC CTATCACGTTCAACAGGGTTCCAGGGTTCCTATCATGGTCTCGTGGTGCTCAAAAGCTCGACCAGAGCTCCAACTCAAGA AAAATTCAAGTAATATAGCTCAAACTTGTCTCTCTTGATTCCTATGGTTCCAAGGCATAAAACTATCCTAATGCTTCCTA AATTCATCTTAATAAGCTTAAGGATGAATTTAGAATCGAAAAACACGAAGAAAAACAAGTTGTGGGTTCATACAATCGAT GGTTCGCCGGAGAAGACGAGGTTGACGGCGGCGCTCGCGGTGGTTGGCTCGCCAGAGCACCTCTAGGTACTGGGCCTTGT TCCCCTTGTTGAGAGGAAGAAAATGGTGGTGATGGGTGACGCTAGAGTGATCAGAGATGGCCAAAAAGTGGAGTTTCAGG TCGCTTGATTATGGGCAGCTTCGCTGGAATCGTTAAATCTTCATCGGTTTCCCTATTTTCTTGCCTAGATCTTCACCAAA CCAACCCATATCGAGTCCTCTACCTCCTAGGGACTCAATGGAGGAATAATTACTCATAAAATCTCAAATAAAAGGAAGAA TCAAAGAGAGGAAATGGTGATGATGATGACTCAGTTTTGAGAGAGTTGAGGGCTCTTCTCTCTGCCTCACTTGCTTATGA ACTTCAAGCTCTGTTTCTGGGTGTCTAAGGGCTTCAAAGGATGCCATTTTATAGCCTATAAGATGATTATTTTTCAAAAT CAAGCTTTGCACTTAAGCTTGTTGCACTACCAATGGAGTTTCATGCTAGAGGTTTAGCTCAAGCTTTAAGGCTGATGTGA TTGTGAATCACGAGCTGGTCTGCTGTAGAGGTGGTCTGAGTGAGTTTAAGGTTGGTTAGGGTTAGTAACTATTGATGAAT AATGACCTAATCAATCAGGCATAATGACAAGTTACCCCGGTTGGTCGTACGTTCAAATCGACTTTAATTATGTCTTAAGA ACAGAACGAACATGTCATTGTGCCCTATTAATCAAGCATAGTGCTGAGTTATGAGAGTGTATTTCCCTTCTCAATGCTCA GTATCATGTGATATAAGTCATTAGAGTCTAAGTGTTTCGACTCAGCTCAAGTTTTGATCACTTTGAGATAATACTCCTCA TTATCAAGAGAGTTGATCAGATTGCTTCTCTCTTAGGTTTTGAGCTCCTATTGGGTTGTGACAACCATGTCCTTGGTCCT CATGGTCGGTGTTGCCCTAATCGATTCATGGACTGTTTGACTACGCATAAATTGAGATTTAACATGCACAAACATACCAT ACCACACGCGCGCGTACACACACACACACACATATATTCTTAGCTTATTCTCAACACTAATGTAAAGTCATTACTGGTCG GCGAGAGTGCGAGATGTTACATTCACACATGACTATACCAAATAATAGGCGTCTTTAAAAAGGTGAGGCCAAAAGAGCAC ATATTGTAATACGTTACATGTAACACCCCGATTTCCGGGTGTCACTTTAGTAACCAAAAATAAACTTTACGCGGAAAACA GGTAAATTTTTTTTCGTTTGATTCCTTTTAAATAAAGCGATAGAAAATAAAGACAT 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0052100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGATGCTGATAGATCTTTTCCTGTTGCATCTTCAGCTAATTCTACTGTTGGTCAAGATTCCCGTGTTCCTGATAATTT TATTGATTGCCAGCTATCTTCAAATTGTTACCTGGGAACATATGGTAGACCCGTTGTTTCTGACTCATCTATTCGTATAT TGCCCTCTCAACCATGGACAAATGAAGAAATGATGAGTAACATGAAGGCTGAAAATGGGAAGTTCAATGCTGATATGGCA TCGACACATATGAGTCGTGGCATGCACTCAAGCACTACTGGGGATATATCTTATCAAGATGGTCAAATTGTGTTAGCAGA TAGTGGTTATCCATCTTTTTCTTCTGGTAATGTTATCTTCAATGGTGAGATTTCAATGCCGCTCTCAACCTACATGTCAA GTAGAGACCAATCATTTTATGTAAAAGCTGAAAGAAAACAACAGATTACACCTTACCAAAATAACTTTCACAATGGTGCT GCTGAGTTAAATGTAGGCCAAGAGGTGAAGCAATTAACTAGTGTTTTTCCTTCAATGGGGTATCAGAGTAATGAATGTTT TAAGAATGAGGACACTTATGCAGTTCAAACATCTGCAGTATCCAATAATTATCAGCATATCATTGATGGAACTAATAGTA ATTTTGAAGGAAGCGTGGGGAATTTGAATTTAAAAGTTGTAGATAGATCATTGCCCCATGCTCGAGCTCCAATTGCTAGT GAGAATCAGTTTGCTCGTGTTAAGAGAAGAGACAAGGAAATTATTCAACATAAACATGTTGATTCTGAAAAAGTCGGGAA TTCTCTTAATATATCTCAATCTTCTAAACAAGTTAATTCCCAGCTCAATATGGTTGGAAGCAACAGACGGAAGGCATGTG ATGAGAGAAATATATTACAAGTTGCTTTGCAGGTTTTGTCTCAGCCAAAATCAGAAGTTAGCTTACCAGATGGGTTGTTG GCAGTTCCTCTGTTAAGACATCAGAGAATTGCTTTATCATGGATGGTTCAGAAGGAAACATCATGTTCATATTGCTCAGG AGGAATTCTTGCAGATGATCAGGGACTTGGAAAAACGGTGACAACTATTGCATTAATATTAAAGCAAAGACCTCCAGCAC TTACTGTGTGCCCTAATGTCCAAAAAGGTGAATTAGAAGCTTCCAATCTGAGCATGAATTTGTTGGAACAAGAAAAGGGA GGGCCATCTGCTGGGACCCTTATTGTTTGTCCCACTTCTGTCCTGCGCCAATGGGCCGAGGAGTTGCAAAATAAAGTAAC CAGCCAAGCAAATCTCTCAGTGCTAGTGTACCATGGACGTAATCGAACAAAAGATCCTTATGAGGTGGCTAAGTATGATG TTGTCCTGACAACTTATGCCATTGTCAGCTTGGAGGTCCCTAAGCAGCCTATAGTTAACAAAGATGGTGAAGAAAAAGGA ATTTTTGAAGATTATGCTCTACCAAGTAGGAAAAGGAAATACCCTTCTAATTCAGATATGAGTGGCAAGAAGGAATTGGA TAGCACAATGCTTGAGGCTGTTTCCCAGCCTCTTGCAAAGGTGGCATGGTTTAGGGTTGTTCTGGATGAGGCCCAGAGTA TAAAGAATCGCAAAACTCAATTTGCAAGTGCATGTTCGGATCTTCATGCTAAGCGTAGATGGTGTTTATCAGGAACTCCC ATCCAGAATTCAATTGATGATCTCTATAGTTACTTCAAATTTCTAAGATATTCTCCTTATGATGTCTATCCATCATTTTG TGCTACAATTAAGATCCCAATTAGCAGAAGTCCAACAACAGGGTATAGAAAGCTACAAGCTGTCTTGAATACAATTATGT TACGTCGGACTAAAGGCACACTTCTGGATGGGGAACCTATTATTTCCTTGCCGCCTAAATTTGTAAAGCTGGAAAAAGTT GATTTTTCAAGGGAGGAACATGGTTTTTATTTAAAACTAGAGGCTGATTCACGTGCACAGTTTAAGAAATATGCTGATGC TGGAACTGTCCTGCAAAATTATAGCAACATTTTGCAGATGCTTCTGCACCTTAGACAAGCTTGTGATCACCCTCTGCTTG TCAAGCCATACAATTCTAGTTCTCTATGGAGATCTTCAGTTGAGATGGCAGAGAATCTTCCCCAGGAAAAACAAATATCT CTTTCGAAATGTTTAGAGGCTTCCTTGGCTCTCTGCGTCATTTGTAATGATCCTCCTGAAGATGCTGTTGTTTCAGTTTG CGGTCATGTTTTCTGTAACCAGTGCATCTATGACCGTCTTAGCGGCAATGACAAGCAGTGCCCTGCTACAAATTGCAAAG GTCGACTGAACACAGCTTCAGTGTTTTCTAACGCCACACTGAGCAATTGTTTTTCCAACCAGGATTGTGATAATTCACCT TGTTGCTCTGGTTGTGAAGTGGAAGAATCTGAACCATGGTCTCGAAGCCAATCATATGAATCTTCAAAAATGAAGGCTGC GCTGAAAGTTTTGAAATCAAGTACTGTTGAAGGGGAGAAAGCGATAGTCTTCACTCAGTGGACGAGTATGCTGGATTTAC TAGGAGTGTCTCTTAAGAATTCTTCCATTCAGTATAGAAGGCTTGATGGAAATATGTCAGTTGCTGCAAGAGACAAGGCC ATTAAAGATTTTAACGTCCTTCCTGAGGTTTCAGTTATGATTATGTGTTTGAAGGCTGCCAGTCTTGGCCTAAACTTGAT TGTAGCCTCTCATGTTCTTATGCTAGATTTATGGTGGAATCCTACAACTGAAGATCAAGCAATAGATAGAGCACATCGAA TTGGGCAGACTCGTCCTGTCACTGTTGTGCGATTAACTGTGAGAGATACAGTTGAAGATCGTATTCTTGCACTGCAGGAA AAGAAACGAAAGGTGGTTGCACATGCATTTGGGGAGAATGATACTGGTGGTCGTCAGAGTCAACTTACTGTGGATGAATT GAAATGTTTGTTCAAGATATGA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0052100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDADRSFPVASSANSTVGQDSRVPDNFIDCQLSSNCYLGTYGRPVVSDSSIRILPSQPWTNEEMMSNMKAENGKFNADMA STHMSRGMHSSTTGDISYQDGQIVLADSGYPSFSSGNVIFNGEISMPLSTYMSSRDQSFYVKAERKQQITPYQNNFHNGA AELNVGQEVKQLTSVFPSMGYQSNECFKNEDTYAVQTSAVSNNYQHIIDGTNSNFEGSVGNLNLKVVDRSLPHARAPIAS ENQFARVKRRDKEIIQHKHVDSEKVGNSLNISQSSKQVNSQLNMVGSNRRKACDERNILQVALQVLSQPKSEVSLPDGLL AVPLLRHQRIALSWMVQKETSCSYCSGGILADDQGLGKTVTTIALILKQRPPALTVCPNVQKGELEASNLSMNLLEQEKG GPSAGTLIVCPTSVLRQWAEELQNKVTSQANLSVLVYHGRNRTKDPYEVAKYDVVLTTYAIVSLEVPKQPIVNKDGEEKG IFEDYALPSRKRKYPSNSDMSGKKELDSTMLEAVSQPLAKVAWFRVVLDEAQSIKNRKTQFASACSDLHAKRRWCLSGTP IQNSIDDLYSYFKFLRYSPYDVYPSFCATIKIPISRSPTTGYRKLQAVLNTIMLRRTKGTLLDGEPIISLPPKFVKLEKV DFSREEHGFYLKLEADSRAQFKKYADAGTVLQNYSNILQMLLHLRQACDHPLLVKPYNSSSLWRSSVEMAENLPQEKQIS LSKCLEASLALCVICNDPPEDAVVSVCGHVFCNQCIYDRLSGNDKQCPATNCKGRLNTASVFSNATLSNCFSNQDCDNSP CCSGCEVEESEPWSRSQSYESSKMKAALKVLKSSTVEGEKAIVFTQWTSMLDLLGVSLKNSSIQYRRLDGNMSVAARDKA IKDFNVLPEVSVMIMCLKAASLGLNLIVASHVLMLDLWWNPTTEDQAIDRAHRIGQTRPVTVVRLTVRDTVEDRILALQE KKRKVVAHAFGENDTGGRQSQLTVDELKCLFKI 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 20 20 -
PANTHER 237 992 756 0.0
PANTHER 237 992 756 0.0
SUPERFAMILY 310 616 307 7.14E-46
SMART 320 595 276 5.5E-29
CDD 324 616 293 3.21757E-90
ProSiteProfiles 339 578 240 14.049
Pfam 345 693 349 1.3E-69
SUPERFAMILY 624 992 369 2.17E-56
Gene3D 714 783 70 5.5E-11
SUPERFAMILY 729 789 61 5.61E-11
Pfam 731 773 43 1.8E-7
SMART 732 770 39 2.0E-6
ProSiteProfiles 732 771 40 10.719
ProSitePatterns 747 756 10 -
CDD 821 945 125 1.77988E-55
Pfam 823 935 113 1.2E-17
ProSiteProfiles 823 988 166 15.234
SMART 852 935 84 2.5E-17

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0052100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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