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LotjaGi5g1v0334100.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0334100
Transcript ID LotjaGi5g1v0334100.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description DNA-directed RNA polymerase subunit beta; TAIR: AT5G45140.1 nuclear RNA polymerase C2; Swiss-Prot: sp|F4KD38|NRPC2_ARATH DNA-directed RNA polymerase III subunit 2; TrEMBL-Plants: tr|K7L1D3|K7L1D3_SOYBN DNA-directed RNA polymerase subunit beta; Found in the gene: LotjaGi5g1v0334100
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:65089450..65124594) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATAAGACAAAAGAAAATAACGTAAAGGCTGAGTTAAAAAAAAAAAAAAATAACGTTAAGACCCAGCCCATATGCTAGTAA AAGAGATCTTAGTGTAACCCTAGACTAGACATATACTTTCTTCTTCTCCTATGTGCAGCCAGCCACCTCTGCACTTCTTC TCCATGTACCACTTCATCAATCCCTCTCCTAGTTTTCCTGCATCAGTTTTATCTTATGCTTCTTTATCACTGCAACAAGG TTTTGAACTTGTACTGTAAATCTGTAATAACTTGTGGTTGTGAGAAATTAAATTAGGGTTTCAGTAATGATCATGCTGTT AGAGAATTAGACTTCAGAAAGAAAGAAAAAAAACAAAACGACGTCGTATTGTCTGGCCCGGTTCAAACCGTTAGACCACC GGTTTTAGACCGGTTTGCTTAAAGAACGGTTACAAGAGCAAACCGAACCGCTAAAGCTCCCGGTTCCCGGTTCTGCAAAC ACTGCTTAAAACCCAGACTTGTCCTCCCTAGGTCGTGACCTCGTACCCTGTAACCGCGCCACCGTCGCTGCCGCCGTCCA ACACCGCGACGAAGCCACTGCTGTCGACGCCGTTCCACCATCGATATCATCTCATCATTGAACACTGTTCGGGCTCACTA TCAATCGCGTTCTTCCATACAAGTGACTGAAAGCATAAAAAACGTTGTTGCAACTGTTCAACCCTTCTGATGGGTCTCAA ACACGACCCTTTGCAACAACACACCGTCCAGTGAGTCATCCTTCTTCCGTTTCTCTTTGTACTTGTTTTCTGTTTTCTCT CACAATGTTGGGAATTCCTCACCAATGTTTTCTCTTTTGTTTTGCTAATGTTTGCTTTGTCAACTAAGGTCCAATGAGGG CAGCAAGTTATCCAATCACTCTTTAGGTGATTCTGGCATTGACAAACAGTTCCTGACTGCACCTATAAAATCTGCTGTTG 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0334100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGGTCTCAAACACGACCCTTTGCAACAACACACCGTCCAGTCCAATGAGGGCAGCAAGTTATCCAATCACTCTTTAGG TGATTCTGGCATTGACAAACAGTTCCTGACTGCACCTATAAAATCTGCTGTTGACAAGTTCCAGCTTATTCCTGAGTTCC TCAAGATTAGAGGATTGGTGAAGCAACATTTGGATTCCTTTAACTATTTTGTGAATACCGGTATCAAGAAGATAGTTCGT GCTAATGACATTATTAGGCCGACTAGGTACCCGCATATTTATCTAAGATTTTTGAATGTCAGAATTGGTGACCCATGTGT GACAATTGATGGTAGTCCTGAAGACATTACCCCGCAAACATGCCGCTTATCTGACCTAACGTATGCTGCTCCAATCATTG TTGATATTGAGTACACTCAAGGAAGTCATGATAACCCAAGAACAGAAACAAAGAAAAATGTTGTTATTGGAAGAATGCCT GTTATGTTGAGGAGTTGTCGTTGTGTCTTGTATGAGAAAGATGAAGCTGAGCTTGCAAAACTTGGTGAGTGCCCTCTTGA TCCCGGAGGATATTTTGTGATCAAAGGAAATGAGAAGGTGATTTTGATACAAGAGCAACTTTCAAAGAACAGAATAATTA TAGTTATGGACAAGAATAGAAACATTACTGCATCTGTTACTAGCAGCACGGAGACTAAAAAAACAAAAACTGATATTGTG ATGGAAAAGGAGAAGATGTGGTTAAAACTGAATAGATTTGCCAAGCAGGTTCCTCTTATGGTTGTAATGAAAGCTATGGG GATGGAGAGTGATCAAGAAGTTGTACAAATGGTCGGAAGAGATCCTCGATATAGTTTGCTACTTTTGCCATCTTTTGAGG AATGTGCACAAAATGGTGTGTATACACAAGAGCAAGCATTGGCGCATCTTGATTCTAAGGTAAAACGTTCCATGTTTTCA AACATATCATCTGAAAAGGAAGGAAGAGGATCTCCAGCCCTAAAAGTCCTAGAGGAGGAATTTCTTTCAAATATACCAGT GCATCAAGGTAATTTTCGGCTAAAATGTATATATGCTGCTGTTATGATGAGACGCATAATGGATGCAATTTTAAATAAGG ATGCAATGGATGATAAGGATTATGTGGGGAACAAACGGTTGGAGTTATCTGGCCAGTTAATATCTCTTCTTTTTGAGGAT CGTTTTAAGACAATGGGAGAACAAGTTCGGAATAGTTCAGACAAATTGTTAGATAAGCCAGACAAGGCTAATAGATTTGA CATTTCTTCTGTGCTTGCTCGTCATCAAGATTTAATCACTCATGGTTTGGAGAGTACTCTCTCCACGGGAAATTTTGAAA TTAGAAGGTTCAGGATGGAAAGGAAAGGAATGACACAGGTGCTACAAAGATTATCATTTATAGGTTTTTTGGGCCAAATG ACTAGAGTCTCTCCACAGTTTGAGAAGTCCCGGAAAGTGAGTGGTCCTAGAGCTTTGCAGCCTAGCCAGTGGGGCATGCT TTGTCCTTGTGATACTCCTGAAGGTGAAGCTTGTGGACTAGTAAAGAACCTGGCTTTGATGACTCATGTCACTACTGATG AAGAGGAGGCCCCCTTAATTTCTCTGTGCTATTATTTGGGTGTTGAAGACATGGAATATCTCTCTGGAGAAGAGCTTCAT ACACCAGATTCCTTTCTTGTCATTTTCAATGGTTTGATCCTTGGCAAGCACAGGAGGCCACGGGGTTTTGTCACTGCAAT GAGAAAGTTGCGGCGAGCTGGTAAAATTGGCGAGTTTGTGAGTGTCTATGTCAATGAAAAGCAGGGTTGTGTCTACCTAG CTTCTGATGGTGGTAGAGTTTGCCGTCCCCTTGTCATTGCTGACAATGGAATTTCAAGAATCAAAGAGTATCATATGAAA GAGTTAATGGATGGAGTGCGCACATTTGACGATTTTTTACGAGATGGCTTGATTGAGTATCTTGATGTCAATGAGGAAAA CAATGCTCTGATTGCCTTATATGAAGGAGATGCCACATCAGAAACTACACATATTGAGATTGAGCCTTTTACCATCTTAG GAGTTATTGCGGGGCTAATTCCATATCCTCATCATAATCAGTCACCAAGAAACACTTATCAGTGTGCTATGGGGAAGCAA GCTATGGGAAATATAGCATATAACCAGCTAAACCGGATGGACTCAATCCTTTACCTACTGGTTTATCCTCAACGGCCTTT GCTGACAACAAAAACAATTGAGCTGGTTGGATATGATAAGTTGGGAGCGGGTCAAAACGCCACAGTAGCTGTGATGAGCT ATAGTGGTTATGATATAGAGGATGCCATTGTCATGAATAAGTCGTCTCTTGATCGAGGTTTCGGCCGATGTATAGTTATG AAGAAGTATAAAGTAATCAAACAAAAGTATCCAAATGGCACATCAGATCGAATACTTAGGCCCACTGGAACTGAAGATGA TGCACATCTTATGCAGATACTTGATGATGATGGGCTTGCTGCTCCTGGGGAAATTATCAGGCCAAATGACATTTATGTCA ATAAGCAAACACCAAAGGACACGGGTATTTCAAGTACAGGATCTGCAGCTAACTTGCGTGATATTGCATATCGTCCAGCT AGACAAACATTCAAAGGTCATGGAGGTGAAGTAGTTGATAGGGTGGTTCTTTCCTCTGATAAGGATAACAATATGTGTAT CAAATTTCTTATCCGTCACACTCGTAGACCTGAGCTTGGTGATAAATTTAGTAGTAGACATGGTCAGAAAGGTGTTTGTG GAACAATTGTCCAACAGGAAGACTTTCCATTTTCTGAGAAAGGCATTTGTCCAGATCTGATTATGAACCCTCATGGGTTT CCAAGTCGAATGACAGTGGGAAAGATGATAGAGCTTCTTGGAGGGAAAGCAGGGGTTTCATGTGGTAGGTTTCACTATGG CAGTGCTTTTGGCGAAAGAAGTGGTCATGCTGACAAGGTTGAAACTATAAGTGAAACTCTTGTGAACCATGGCTTCAACT ACGGTGGAAAAGATTTCATTTATTCAGGTATCACTGGCTGCCCATTGCAAGCATATATTTTTATGGGGCCAATATACTAC CAGAAATTAAAACATATGGTGCTTGATAAGATGCATGCCCGTGGTAATGGCCCTCGTAACTCGCTACATAGACAGCCTAC AGAAGGGAAAGCTAGAAATGGAGGTCTACGAATTGGAGAAATGGAACGCGATTGCTTAATTGCGTACGGTGCTAGTATGT TGATTTTTGAGCGACTCATGTTATCTAGTGATCCTTTTGAAGTTCAGGTCTGTAGATCGTGTGGGTTGTTAGGATATTAC AACTATAAGTTGAAAATTGGTGTTTGTCCATCATGTAAGAATGGAGACCAGATTTCTAACATGAAGCTACCATATGCATG CAAACTCTTGATTCAGGAACTCCAATCAATGAACATTGTTCCCCGCTTAAAACTGGCAGATCCCTGA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0334100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MGLKHDPLQQHTVQSNEGSKLSNHSLGDSGIDKQFLTAPIKSAVDKFQLIPEFLKIRGLVKQHLDSFNYFVNTGIKKIVR ANDIIRPTRYPHIYLRFLNVRIGDPCVTIDGSPEDITPQTCRLSDLTYAAPIIVDIEYTQGSHDNPRTETKKNVVIGRMP VMLRSCRCVLYEKDEAELAKLGECPLDPGGYFVIKGNEKVILIQEQLSKNRIIIVMDKNRNITASVTSSTETKKTKTDIV MEKEKMWLKLNRFAKQVPLMVVMKAMGMESDQEVVQMVGRDPRYSLLLLPSFEECAQNGVYTQEQALAHLDSKVKRSMFS NISSEKEGRGSPALKVLEEEFLSNIPVHQGNFRLKCIYAAVMMRRIMDAILNKDAMDDKDYVGNKRLELSGQLISLLFED RFKTMGEQVRNSSDKLLDKPDKANRFDISSVLARHQDLITHGLESTLSTGNFEIRRFRMERKGMTQVLQRLSFIGFLGQM TRVSPQFEKSRKVSGPRALQPSQWGMLCPCDTPEGEACGLVKNLALMTHVTTDEEEAPLISLCYYLGVEDMEYLSGEELH TPDSFLVIFNGLILGKHRRPRGFVTAMRKLRRAGKIGEFVSVYVNEKQGCVYLASDGGRVCRPLVIADNGISRIKEYHMK ELMDGVRTFDDFLRDGLIEYLDVNEENNALIALYEGDATSETTHIEIEPFTILGVIAGLIPYPHHNQSPRNTYQCAMGKQ AMGNIAYNQLNRMDSILYLLVYPQRPLLTTKTIELVGYDKLGAGQNATVAVMSYSGYDIEDAIVMNKSSLDRGFGRCIVM KKYKVIKQKYPNGTSDRILRPTGTEDDAHLMQILDDDGLAAPGEIIRPNDIYVNKQTPKDTGISSTGSAANLRDIAYRPA RQTFKGHGGEVVDRVVLSSDKDNNMCIKFLIRHTRRPELGDKFSSRHGQKGVCGTIVQQEDFPFSEKGICPDLIMNPHGF PSRMTVGKMIELLGGKAGVSCGRFHYGSAFGERSGHADKVETISETLVNHGFNYGGKDFIYSGITGCPLQAYIFMGPIYY QKLKHMVLDKMHARGNGPRNSLHRQPTEGKARNGGLRIGEMERDCLIAYGASMLIFERLMLSSDPFEVQVCRSCGLLGYY NYKLKIGVCPSCKNGDQISNMKLPYACKLLIQELQSMNIVPRLKLADP 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 24 24 -
MobiDBLite 8 24 17 -
PANTHER 38 1167 1130 0.0
PANTHER 38 1167 1130 0.0
SUPERFAMILY 38 1166 1129 0.0
Pfam 58 424 367 1.1E-51
CDD 59 1164 1106 0.0
Pfam 209 388 180 2.8E-18
Gene3D 210 378 169 4.1E-41
Pfam 466 530 65 2.0E-20
Gene3D 534 616 83 3.4E-6
Pfam 567 626 60 2.4E-21
Pfam 649 689 41 3.2E-11
Pfam 696 1072 377 1.0E-120
Gene3D 697 1058 362 5.2E-150
Gene3D 727 916 190 5.2E-150
ProSitePatterns 920 932 13 -
Gene3D 1060 1167 108 4.3E-39
Pfam 1074 1164 91 2.1E-31

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).
Molecular function DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity Catalysis of the reaction: nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1). Utilizes a DNA template, i.e. the catalysis of DNA-template-directed extension of the 3'-end of an RNA strand by one nucleotide at a time. Can initiate a chain 'de novo'.
Biological process Transcription, DNA-templated The cellular synthesis of RNA on a template of DNA.
Molecular function Ribonucleoside binding Interacting selectively and non-covalently with a ribonucleoside, a compound consisting of a purine or pyrimidine nitrogenous base linked to ribose.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0334100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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