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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi5g1v0334100 |
Transcript ID | LotjaGi5g1v0334100.1 |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | DNA-directed RNA polymerase subunit beta; TAIR: AT5G45140.1 nuclear RNA polymerase C2; Swiss-Prot: sp|F4KD38|NRPC2_ARATH DNA-directed RNA polymerase III subunit 2; TrEMBL-Plants: tr|K7L1D3|K7L1D3_SOYBN DNA-directed RNA polymerase subunit beta; Found in the gene: LotjaGi5g1v0334100 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:65089450..65124594) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATAAGACAAAAGAAAATAACGTAAAGGCTGAGTTAAAAAAAAAAAAAAATAACGTTAAGACCCAGCCCATATGCTAGTAA AAGAGATCTTAGTGTAACCCTAGACTAGACATATACTTTCTTCTTCTCCTATGTGCAGCCAGCCACCTCTGCACTTCTTC TCCATGTACCACTTCATCAATCCCTCTCCTAGTTTTCCTGCATCAGTTTTATCTTATGCTTCTTTATCACTGCAACAAGG TTTTGAACTTGTACTGTAAATCTGTAATAACTTGTGGTTGTGAGAAATTAAATTAGGGTTTCAGTAATGATCATGCTGTT AGAGAATTAGACTTCAGAAAGAAAGAAAAAAAACAAAACGACGTCGTATTGTCTGGCCCGGTTCAAACCGTTAGACCACC GGTTTTAGACCGGTTTGCTTAAAGAACGGTTACAAGAGCAAACCGAACCGCTAAAGCTCCCGGTTCCCGGTTCTGCAAAC ACTGCTTAAAACCCAGACTTGTCCTCCCTAGGTCGTGACCTCGTACCCTGTAACCGCGCCACCGTCGCTGCCGCCGTCCA ACACCGCGACGAAGCCACTGCTGTCGACGCCGTTCCACCATCGATATCATCTCATCATTGAACACTGTTCGGGCTCACTA TCAATCGCGTTCTTCCATACAAGTGACTGAAAGCATAAAAAACGTTGTTGCAACTGTTCAACCCTTCTGATGGGTCTCAA ACACGACCCTTTGCAACAACACACCGTCCAGTGAGTCATCCTTCTTCCGTTTCTCTTTGTACTTGTTTTCTGTTTTCTCT CACAATGTTGGGAATTCCTCACCAATGTTTTCTCTTTTGTTTTGCTAATGTTTGCTTTGTCAACTAAGGTCCAATGAGGG CAGCAAGTTATCCAATCACTCTTTAGGTGATTCTGGCATTGACAAACAGTTCCTGACTGCACCTATAAAATCTGCTGTTG 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0334100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGTCTCAAACACGACCCTTTGCAACAACACACCGTCCAGTCCAATGAGGGCAGCAAGTTATCCAATCACTCTTTAGG TGATTCTGGCATTGACAAACAGTTCCTGACTGCACCTATAAAATCTGCTGTTGACAAGTTCCAGCTTATTCCTGAGTTCC TCAAGATTAGAGGATTGGTGAAGCAACATTTGGATTCCTTTAACTATTTTGTGAATACCGGTATCAAGAAGATAGTTCGT GCTAATGACATTATTAGGCCGACTAGGTACCCGCATATTTATCTAAGATTTTTGAATGTCAGAATTGGTGACCCATGTGT GACAATTGATGGTAGTCCTGAAGACATTACCCCGCAAACATGCCGCTTATCTGACCTAACGTATGCTGCTCCAATCATTG TTGATATTGAGTACACTCAAGGAAGTCATGATAACCCAAGAACAGAAACAAAGAAAAATGTTGTTATTGGAAGAATGCCT GTTATGTTGAGGAGTTGTCGTTGTGTCTTGTATGAGAAAGATGAAGCTGAGCTTGCAAAACTTGGTGAGTGCCCTCTTGA TCCCGGAGGATATTTTGTGATCAAAGGAAATGAGAAGGTGATTTTGATACAAGAGCAACTTTCAAAGAACAGAATAATTA TAGTTATGGACAAGAATAGAAACATTACTGCATCTGTTACTAGCAGCACGGAGACTAAAAAAACAAAAACTGATATTGTG ATGGAAAAGGAGAAGATGTGGTTAAAACTGAATAGATTTGCCAAGCAGGTTCCTCTTATGGTTGTAATGAAAGCTATGGG GATGGAGAGTGATCAAGAAGTTGTACAAATGGTCGGAAGAGATCCTCGATATAGTTTGCTACTTTTGCCATCTTTTGAGG AATGTGCACAAAATGGTGTGTATACACAAGAGCAAGCATTGGCGCATCTTGATTCTAAGGTAAAACGTTCCATGTTTTCA AACATATCATCTGAAAAGGAAGGAAGAGGATCTCCAGCCCTAAAAGTCCTAGAGGAGGAATTTCTTTCAAATATACCAGT GCATCAAGGTAATTTTCGGCTAAAATGTATATATGCTGCTGTTATGATGAGACGCATAATGGATGCAATTTTAAATAAGG ATGCAATGGATGATAAGGATTATGTGGGGAACAAACGGTTGGAGTTATCTGGCCAGTTAATATCTCTTCTTTTTGAGGAT CGTTTTAAGACAATGGGAGAACAAGTTCGGAATAGTTCAGACAAATTGTTAGATAAGCCAGACAAGGCTAATAGATTTGA CATTTCTTCTGTGCTTGCTCGTCATCAAGATTTAATCACTCATGGTTTGGAGAGTACTCTCTCCACGGGAAATTTTGAAA TTAGAAGGTTCAGGATGGAAAGGAAAGGAATGACACAGGTGCTACAAAGATTATCATTTATAGGTTTTTTGGGCCAAATG ACTAGAGTCTCTCCACAGTTTGAGAAGTCCCGGAAAGTGAGTGGTCCTAGAGCTTTGCAGCCTAGCCAGTGGGGCATGCT TTGTCCTTGTGATACTCCTGAAGGTGAAGCTTGTGGACTAGTAAAGAACCTGGCTTTGATGACTCATGTCACTACTGATG AAGAGGAGGCCCCCTTAATTTCTCTGTGCTATTATTTGGGTGTTGAAGACATGGAATATCTCTCTGGAGAAGAGCTTCAT ACACCAGATTCCTTTCTTGTCATTTTCAATGGTTTGATCCTTGGCAAGCACAGGAGGCCACGGGGTTTTGTCACTGCAAT GAGAAAGTTGCGGCGAGCTGGTAAAATTGGCGAGTTTGTGAGTGTCTATGTCAATGAAAAGCAGGGTTGTGTCTACCTAG CTTCTGATGGTGGTAGAGTTTGCCGTCCCCTTGTCATTGCTGACAATGGAATTTCAAGAATCAAAGAGTATCATATGAAA GAGTTAATGGATGGAGTGCGCACATTTGACGATTTTTTACGAGATGGCTTGATTGAGTATCTTGATGTCAATGAGGAAAA CAATGCTCTGATTGCCTTATATGAAGGAGATGCCACATCAGAAACTACACATATTGAGATTGAGCCTTTTACCATCTTAG GAGTTATTGCGGGGCTAATTCCATATCCTCATCATAATCAGTCACCAAGAAACACTTATCAGTGTGCTATGGGGAAGCAA GCTATGGGAAATATAGCATATAACCAGCTAAACCGGATGGACTCAATCCTTTACCTACTGGTTTATCCTCAACGGCCTTT GCTGACAACAAAAACAATTGAGCTGGTTGGATATGATAAGTTGGGAGCGGGTCAAAACGCCACAGTAGCTGTGATGAGCT ATAGTGGTTATGATATAGAGGATGCCATTGTCATGAATAAGTCGTCTCTTGATCGAGGTTTCGGCCGATGTATAGTTATG AAGAAGTATAAAGTAATCAAACAAAAGTATCCAAATGGCACATCAGATCGAATACTTAGGCCCACTGGAACTGAAGATGA TGCACATCTTATGCAGATACTTGATGATGATGGGCTTGCTGCTCCTGGGGAAATTATCAGGCCAAATGACATTTATGTCA ATAAGCAAACACCAAAGGACACGGGTATTTCAAGTACAGGATCTGCAGCTAACTTGCGTGATATTGCATATCGTCCAGCT AGACAAACATTCAAAGGTCATGGAGGTGAAGTAGTTGATAGGGTGGTTCTTTCCTCTGATAAGGATAACAATATGTGTAT CAAATTTCTTATCCGTCACACTCGTAGACCTGAGCTTGGTGATAAATTTAGTAGTAGACATGGTCAGAAAGGTGTTTGTG GAACAATTGTCCAACAGGAAGACTTTCCATTTTCTGAGAAAGGCATTTGTCCAGATCTGATTATGAACCCTCATGGGTTT CCAAGTCGAATGACAGTGGGAAAGATGATAGAGCTTCTTGGAGGGAAAGCAGGGGTTTCATGTGGTAGGTTTCACTATGG CAGTGCTTTTGGCGAAAGAAGTGGTCATGCTGACAAGGTTGAAACTATAAGTGAAACTCTTGTGAACCATGGCTTCAACT ACGGTGGAAAAGATTTCATTTATTCAGGTATCACTGGCTGCCCATTGCAAGCATATATTTTTATGGGGCCAATATACTAC CAGAAATTAAAACATATGGTGCTTGATAAGATGCATGCCCGTGGTAATGGCCCTCGTAACTCGCTACATAGACAGCCTAC AGAAGGGAAAGCTAGAAATGGAGGTCTACGAATTGGAGAAATGGAACGCGATTGCTTAATTGCGTACGGTGCTAGTATGT TGATTTTTGAGCGACTCATGTTATCTAGTGATCCTTTTGAAGTTCAGGTCTGTAGATCGTGTGGGTTGTTAGGATATTAC AACTATAAGTTGAAAATTGGTGTTTGTCCATCATGTAAGAATGGAGACCAGATTTCTAACATGAAGCTACCATATGCATG CAAACTCTTGATTCAGGAACTCCAATCAATGAACATTGTTCCCCGCTTAAAACTGGCAGATCCCTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0334100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGLKHDPLQQHTVQSNEGSKLSNHSLGDSGIDKQFLTAPIKSAVDKFQLIPEFLKIRGLVKQHLDSFNYFVNTGIKKIVR ANDIIRPTRYPHIYLRFLNVRIGDPCVTIDGSPEDITPQTCRLSDLTYAAPIIVDIEYTQGSHDNPRTETKKNVVIGRMP VMLRSCRCVLYEKDEAELAKLGECPLDPGGYFVIKGNEKVILIQEQLSKNRIIIVMDKNRNITASVTSSTETKKTKTDIV MEKEKMWLKLNRFAKQVPLMVVMKAMGMESDQEVVQMVGRDPRYSLLLLPSFEECAQNGVYTQEQALAHLDSKVKRSMFS NISSEKEGRGSPALKVLEEEFLSNIPVHQGNFRLKCIYAAVMMRRIMDAILNKDAMDDKDYVGNKRLELSGQLISLLFED RFKTMGEQVRNSSDKLLDKPDKANRFDISSVLARHQDLITHGLESTLSTGNFEIRRFRMERKGMTQVLQRLSFIGFLGQM TRVSPQFEKSRKVSGPRALQPSQWGMLCPCDTPEGEACGLVKNLALMTHVTTDEEEAPLISLCYYLGVEDMEYLSGEELH TPDSFLVIFNGLILGKHRRPRGFVTAMRKLRRAGKIGEFVSVYVNEKQGCVYLASDGGRVCRPLVIADNGISRIKEYHMK ELMDGVRTFDDFLRDGLIEYLDVNEENNALIALYEGDATSETTHIEIEPFTILGVIAGLIPYPHHNQSPRNTYQCAMGKQ AMGNIAYNQLNRMDSILYLLVYPQRPLLTTKTIELVGYDKLGAGQNATVAVMSYSGYDIEDAIVMNKSSLDRGFGRCIVM KKYKVIKQKYPNGTSDRILRPTGTEDDAHLMQILDDDGLAAPGEIIRPNDIYVNKQTPKDTGISSTGSAANLRDIAYRPA RQTFKGHGGEVVDRVVLSSDKDNNMCIKFLIRHTRRPELGDKFSSRHGQKGVCGTIVQQEDFPFSEKGICPDLIMNPHGF PSRMTVGKMIELLGGKAGVSCGRFHYGSAFGERSGHADKVETISETLVNHGFNYGGKDFIYSGITGCPLQAYIFMGPIYY QKLKHMVLDKMHARGNGPRNSLHRQPTEGKARNGGLRIGEMERDCLIAYGASMLIFERLMLSSDPFEVQVCRSCGLLGYY NYKLKIGVCPSCKNGDQISNMKLPYACKLLIQELQSMNIVPRLKLADP
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
MobiDBLite | 1 | 24 | 24 | - | – | |
MobiDBLite | 8 | 24 | 17 | - | – | |
PANTHER | 38 | 1167 | 1130 | 0.0 | ||
PANTHER | 38 | 1167 | 1130 | 0.0 | – | |
SUPERFAMILY | 38 | 1166 | 1129 | 0.0 | – | |
Pfam | 58 | 424 | 367 | 1.1E-51 | ||
CDD | 59 | 1164 | 1106 | 0.0 | ||
Pfam | 209 | 388 | 180 | 2.8E-18 | ||
Gene3D | 210 | 378 | 169 | 4.1E-41 | ||
Pfam | 466 | 530 | 65 | 2.0E-20 | ||
Gene3D | 534 | 616 | 83 | 3.4E-6 | – | |
Pfam | 567 | 626 | 60 | 2.4E-21 | ||
Pfam | 649 | 689 | 41 | 3.2E-11 | ||
Pfam | 696 | 1072 | 377 | 1.0E-120 | ||
Gene3D | 697 | 1058 | 362 | 5.2E-150 | ||
Gene3D | 727 | 916 | 190 | 5.2E-150 | ||
ProSitePatterns | 920 | 932 | 13 | - | ||
Gene3D | 1060 | 1167 | 108 | 4.3E-39 | – | |
Pfam | 1074 | 1164 | 91 | 2.1E-31 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). | ||
Molecular function | DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity | Catalysis of the reaction: nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1). Utilizes a DNA template, i.e. the catalysis of DNA-template-directed extension of the 3'-end of an RNA strand by one nucleotide at a time. Can initiate a chain 'de novo'. | ||
Biological process | Transcription, DNA-templated | The cellular synthesis of RNA on a template of DNA. | ||
Molecular function | Ribonucleoside binding | Interacting selectively and non-covalently with a ribonucleoside, a compound consisting of a purine or pyrimidine nitrogenous base linked to ribose. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0334100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…