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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0350400 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0350400.1 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Importin beta-1, putative; TAIR: AT2G16950.2 transportin 1; Swiss-Prot: sp|Q8H0U4|TNPO1_ARATH Transportin-1; TrEMBL-Plants: tr|A0A151TQB2|A0A151TQB2_CAJCA Transportin-1; Found in the gene: LotjaGi5g1v0350400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:66630987..66648951) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AACGAAGCAAAGGGCCTAACCTAATCAGAAAAAAGACCCAAAAAGTGTGGAAACACTGTTTTGTGGGAACTCAATACTCA TATCATCTCATCATGTGTTTAGTGAAAGAGTGAATTCAATTCAATTCATTCTTCTCTCTTTGCTGCCACAACACAACAAC AAAAGTTTATTTGTTTTCTTTAGCGTTTCTGTCTTTCTGCTTCAAATTCGATTCTACTGGAACCACAACCTCAACCACAA CCAGAAACCTTGTTTGTTTGATCGGCGATGGCGGCGGCGGCGTGGCAGCCACAGGAGCAAGGCTTCAAGGAGATCTGTGG TCTCCTCGAGCAGCAGATTTCCCCATCTTCTTCCGCTGATAAGGCCCAGATTTGGCAGCAGCTTCAGCACTTCTCCAACC TCCCTGACTTCAACAATTACCTCGCTTTCATCTTCTCCCGTGCTGAGGTGATCCTTCTCGCCAATACCCACTTCTTGTTT TCTCTCGATTTTTTGTTTCCATACTTGTTTGTTTAGTTACCTTCAAAATTGAGGGTTTCTGGGTTCGTGTTGTGTTTAGT GTTGGTGGGAACAGTTAGGATTGCTTGGTGTTGGACTGGTTGGATTGGGAGATTTAGCTTTGTGGGGTGTGAGATTTTTG TTTTAGGTTGATGTAATTGGGGAATTTTGTTTGATTTATTGTTCTGAATGGAATTGTTGGACATGGGAGAGTGATGGGTT AATGATTTTGTGAATAAGGTAGAGTTTTCTGTTTTTGGTTCCTTTGTTTTGTCTGTTAGTAAACTGTTTGATTCCCTCAC TATTCAATTTGAAAAGATCAAGTATAGCTAAGATGTTTTGAAACCGTTTGAATTGCATTGCTTCCGTGATAGGGTGGTCA TTAAAGTCATGTGGCAATTTATGGTTTAATGGATTCGCGGAATCCCCGGTATTGCGTTGATAATTATACTGCTACAATGA 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TTCCTCAAGCCTTCTAAATATCATTTGATGGTGTTTCCTATTAGAAAATGTACAGGGGAATGACTTTCAACCTTTGGAAA TGCTTGATTCTTTTTTGTCTTCATTTTGTCGTCTCAGTTTTCCAATATTTTTAGTTGGAGTTATAATAGGTTGTGCCTTG GTTACCCAGTTTTGTACCACTAGAGAGAGAGAAATTGGGGGGGGGGGGGGGGTGATTCTGAGAACTTGAAGCTTCAAGCA TGTTTTTTTTGTCAAGCATGTTGAGTTCTTACAGTGTAAGTTGTAATTTTATTTTTGTCCAAGTTTTACTTATTTGAAGC CATCTTAATTGTGTTGCCTTAGGCAGCATCATTTGAATTTTGATTTTGACTCAATAAATATTTAAACGTATGTATACTTC ACTGACCATGTTTTTTGCATTCTGCCAAAACGAGATATATCTGCAATTGCTATAAATACATCTAAAGTTTTATTTTGATT TTTCTACAAGTGCAATTTTTTACAATGTTACACAATCCTGTGTAATGTGACTTCTGTAGTTTATGTACTAAAGTAGGTTG ATACTTTGATTTCTCGTGTAATTTATATCGTATTCAAATTCTTTTGATGTGCTGATAATATTTTGTTGTGTTAATTTAAC AGTTTTATGTTACATTTATAATGGAATAAAATTATGTGTACGAGG
CDS sequence (LotjaGi5g1v0350400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGGCGGCGGCGTGGCAGCCACAGGAGCAAGGCTTCAAGGAGATCTGTGGTCTCCTCGAGCAGCAGATTTCCCCATC TTCTTCCGCTGATAAGGCCCAGATTTGGCAGCAGCTTCAGCACTTCTCCAACCTCCCTGACTTCAACAATTACCTCGCTT TCATCTTCTCCCGTGCTGAGGGAAAACCTGTGGAGGTTCGGCAGGCTGCGGGTTTGTATCTGAAGAATAACCTTAGAAGC AAGTTTAAGTCTATGCTACCTGCATACCAGCAATATCTGAAATCAGAGTTGCTCCCTTGCATTGCTGCGGCGGATAAGCA CTTAAGGTCTACGGCAGGAACTATTATTAGTGTTGTTGTTCAAATAGGAGGAATTTCAGGGTGGCCCGAATTGTTGCAAG CCCTCGTAACTTGCTTGGACAGTAATGATCTAAATCACATGGAAGGTGCAATGGATGCCTTATCCAAGATTTGTGAGGAT GTTCCCCAATATCTTGACTCTGATGTACCGGGGTTAGCAGAGCGCCCTATTAACATATTTCTTCCCAGATTATTTCAGTT TTTTCAATCACCTCACGCATCATTGAGAAAGCTGTCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATAATGTTGATGCCTTCTGCCT TGTACATGTCCATGGATCAATATCTTCAAGGTCTTTTTGTACTTGCAAATGACCCTACTGCAGAAGTACGGAAATTGGTT TGTGCGGCATTCGTTCAGCTAATTGAAGTCCGTCCGTCTTTCTTAGAGCCACATCTGAGGAATGTGATTGAATACATGTT ACAAGTCAACAAGGACACAGATGATGAAGTGGCCCTTGAAGCCTGTGAATTTTGGTCTGCGTATTGTGATGCCCAACTTC CACCTGAAAACTTAAGAGAATTCTTGCCTCGTCTTATTCCGGTATTGCTGTCAAACATGGCTTATGCAGATGATGATGAA TCAGTTATTGAAGCTGAGGAAGAAGGTTCTCAACCTGATCGAGATCAGGATCTCAAACCTCGATTTCATGTATCAAGGTT CCATGGATCAGATGAAGCAGAAGATGATGATGATGATGTTGTCAATACGTGGAACTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCAC TAGATATTTTATCGAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCTACGCTGATGCCCATTGTTGAGGCCAAGTTGTCGGCTGCT GGTGACGATGCTTGGAAAGAAAGGGAAGCTGCTGTTTTGGCTCTTGGTGCCATAGGCGAGGGTTGCATCAATGGTCTTTA TCCTCATCTGGTGGAGATTGTGGCATTTCTTATCCCTCTTCTTGATGATAAGTTTCCTCTGATACGAAGTATTTCATGCT GGACACTATCTCGGTTTAGTAAGTTTATTGTTCAGGGTATTGGGCATCCCAAAGGCTATGAACAATTTGATAATGTTCTT ATGGGTCTTTTACGAAGAATTTTGGATGATAATAAACGCGTTCAAGAGGCAGCTTGTTCAGCTTTTGCAACACTAGAAGA GGAGGCTGCTGAAGAGTTGGCACCACGTTTGGAAATCATATTAAAGCACCTAATGACTGCATTTGGAAAATATCAGAGAC GAAACCTCAGAATTGTATATGATGCTATTGGAACTCTAGCTGAAGCTGTTGGAGGAGAGCTGAACAAGCCTGCTTATCTC GACATTCTCATGCCACCATTAATTCAGAAGTGGCAGCAACTTTCAAATTCAGACAAAGATCTTTTTCCGCTCCTGGAATG CTTTACATCTATTGCTCATGCATTGGGTACTGGATTTGCTCAATTTTCTCAACCTGTATTTAGGAGGTGCATGGATATAA TCCAGACCCAACAAGTTGCTAAGGCTGATCCAGCTGCAGCTGGGGTTCAGTACGACAAAGAGTTCATTGTATGCTCTCTT GATCTACTTTCTGGTCTAGCAGAGGGTCTTGGCAGTGGAATAGAGAGTTTGGTTTCAGATTCTTCTTTGAGGGACCTACT TCTGCATAGTTGTATGGATGATGCTCCTGATGTTCGACAAAGTGCTTTTGCCTTAATTGGAGACCTTGCACGAGTCTGCC TGATTCATTTGCATCCTCGTCTGTCTGAATTTCTTGAAGCTGCAACCAAGCAACTGGAAATATCTAAGGTCAAGCAGGCT GTTTCAGTAGCAAATAATGCATGCTGGGCAATTGGAGAAATAGCAGTCAAGGTTCGTCAAGAAATTTCTCCCATTGTTTT AACTGTAATGTCAAGCCTGGTTCCAATTCTTCAACATGCAGAGGCACTGAATAAGTCACTTGTAGAAAATTGTGCAATAA CATTGGGGAGGCTTGCATGGGTCTCTCCGGACCTCGTATCACCACATATGGAGCATTTCATGCAACCTTGGTGCAGTGCT TTGTCAATGATACGGGATGATATTGAGAAAGAGGATGCATTCAGAGGTCTTTGTGCTCTGGTCAAAGCTAATCCTTCTGG AGCTCTAAGCTCACTTGTTTACATGTGCAAAGCCATTGCAAGTTGGCATGAAATAAGGACTGAAGAGTTACACAATGAAG TCTGTCAGGTTTTGCATGGGTATAAACAGATGTTGCGCAATGGAGCGTGGGACCAGTGTATGTCTGTTTTGGAGCCGCCA GTAAAAGAAAAGCTTTCAAAATATCAAGTGTAA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0350400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAAAAWQPQEQGFKEICGLLEQQISPSSSADKAQIWQQLQHFSNLPDFNNYLAFIFSRAEGKPVEVRQAAGLYLKNNLRS KFKSMLPAYQQYLKSELLPCIAAADKHLRSTAGTIISVVVQIGGISGWPELLQALVTCLDSNDLNHMEGAMDALSKICED VPQYLDSDVPGLAERPINIFLPRLFQFFQSPHASLRKLSLGSVNQYIMLMPSALYMSMDQYLQGLFVLANDPTAEVRKLV CAAFVQLIEVRPSFLEPHLRNVIEYMLQVNKDTDDEVALEACEFWSAYCDAQLPPENLREFLPRLIPVLLSNMAYADDDE SVIEAEEEGSQPDRDQDLKPRFHVSRFHGSDEAEDDDDDVVNTWNLRKCSAAALDILSNVFGDEILPTLMPIVEAKLSAA GDDAWKEREAAVLALGAIGEGCINGLYPHLVEIVAFLIPLLDDKFPLIRSISCWTLSRFSKFIVQGIGHPKGYEQFDNVL MGLLRRILDDNKRVQEAACSAFATLEEEAAEELAPRLEIILKHLMTAFGKYQRRNLRIVYDAIGTLAEAVGGELNKPAYL DILMPPLIQKWQQLSNSDKDLFPLLECFTSIAHALGTGFAQFSQPVFRRCMDIIQTQQVAKADPAAAGVQYDKEFIVCSL DLLSGLAEGLGSGIESLVSDSSLRDLLLHSCMDDAPDVRQSAFALIGDLARVCLIHLHPRLSEFLEAATKQLEISKVKQA VSVANNACWAIGEIAVKVRQEISPIVLTVMSSLVPILQHAEALNKSLVENCAITLGRLAWVSPDLVSPHMEHFMQPWCSA LSMIRDDIEKEDAFRGLCALVKANPSGALSSLVYMCKAIASWHEIRTEELHNEVCQVLHGYKQMLRNGAWDQCMSVLEPP VKEKLSKYQV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 3 | 890 | 888 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 6 | 882 | 877 | 3.01E-166 | ||
| PANTHER | 10 | 887 | 878 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 10 | 887 | 878 | 0.0 | ||
| ProSiteProfiles | 35 | 103 | 69 | 9.487 | ||
| SMART | 35 | 103 | 69 | 4.7E-7 | ||
| Pfam | 36 | 102 | 67 | 3.8E-13 | ||
| Pfam | 405 | 458 | 54 | 1.5E-11 | – | |
| Pfam | 665 | 693 | 29 | 0.0016 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Biological process | Protein import into nucleus | The directed movement of a protein from the cytoplasm to the nucleus. | ||
| Biological process | Intracellular protein transport | The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell. | ||
| Molecular function | Ran GTPase binding | Interacting selectively and non-covalently with Ran, a conserved Ras-like GTP-binding protein, implicated in nucleocytoplasmic transport, cell cycle progression, spindle assembly, nuclear organization and nuclear envelope (NE) assembly. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0350400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…