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LotjaGi5g1v0350400.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0350400
Transcript ID LotjaGi5g1v0350400.3
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Transportin-1; TAIR: AT2G16950.2 transportin 1; Swiss-Prot: sp|Q8H0U4|TNPO1_ARATH Transportin-1; TrEMBL-Plants: tr|A0A151TQB2|A0A151TQB2_CAJCA Transportin-1; Found in the gene: LotjaGi5g1v0350400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:66631254..66648097) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGGCGGCGGCGGCGTGGCAGCCACAGGAGCAAGGCTTCAAGGAGATCTGTGGTCTCCTCGAGCAGCAGATTTCCCCATC TTCTTCCGCTGATAAGGCCCAGATTTGGCAGCAGCTTCAGCACTTCTCCAACCTCCCTGACTTCAACAATTACCTCGCTT TCATCTTCTCCCGTGCTGAGGTGATCCTTCTCGCCAATACCCACTTCTTGTTTTCTCTCGATTTTTTGTTTCCATACTTG TTTGTTTAGTTACCTTCAAAATTGAGGGTTTCTGGGTTCGTGTTGTGTTTAGTGTTGGTGGGAACAGTTAGGATTGCTTG GTGTTGGACTGGTTGGATTGGGAGATTTAGCTTTGTGGGGTGTGAGATTTTTGTTTTAGGTTGATGTAATTGGGGAATTT TGTTTGATTTATTGTTCTGAATGGAATTGTTGGACATGGGAGAGTGATGGGTTAATGATTTTGTGAATAAGGTAGAGTTT TCTGTTTTTGGTTCCTTTGTTTTGTCTGTTAGTAAACTGTTTGATTCCCTCACTATTCAATTTGAAAAGATCAAGTATAG CTAAGATGTTTTGAAACCGTTTGAATTGCATTGCTTCCGTGATAGGGTGGTCATTAAAGTCATGTGGCAATTTATGGTTT AATGGATTCGCGGAATCCCCGGTATTGCGTTGATAATTATACTGCTACAATGATTTTGTTTTGAACAGGGAAAACCTGTG GAGGTTCGGCAGGCTGCGGGTTTGTATCTGAAGAATAACCTTAGAAGCAAGTTTAAGTCTATGCTACCTGCATACCAGCA ATATCTGAAATCAGAGTTGCTCCCTTGCATTGCTGCGGCGGATAAGCACTTAAGGTCTACGGCAGGAACTATTATTAGTG TTGTTGTTCAAATAGGAGGAATTTCAGGGTGGCCCGAATTGTTGCAAGCCCTCGTAACTTGCTTGGACAGTAATGATCTA 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CCATTGCAAGTTGGCATGTATGTTTCCCATCATCATCATCTTAAAAATCAGAGCTGTTTAAGGTTTTTGTAATGTAACTT CTTTTATATCGATATCTGTAGGAAATAAGGACTGAAGAGTTACACAATGAAGTCTGTCAGGTTTTGCATGGGTATAAACA GGTTAGTGTTGTTTCTCTGCTGAGCGTACATCTGCCTGAAGAATTACATGTTTAAGTTATAGCTGCAATTCTTTCATCAT GAAAATGAAACTATAAATTGTGCAACAAACTTGCCGCCCTCTTAATAAAGTAATCCCATGTGGTCATTTGTAAGATAAGA GTGGTGTTAAACAGTGTTTCATTCTTTGTCTTGAATCCTGATTATGCCATGGAAATTTATATCAAGATGAATAAATGCTG TGAACTAACTGGTGCGGCATATTCCATGTTTATGTTTTAGATGTTGCGCAATGGAGCGTGGGACCAGTGTATGTCTGTTT TGGAGCCGCCAGTAAAAGAAAAGCTTTCAAAATATCAAGTGTAA 

CDS sequence (LotjaGi5g1v0350400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCGGCGGCGGCGTGGCAGCCACAGGAGCAAGGCTTCAAGGAGATCTGTGGTCTCCTCGAGCAGCAGATTTCCCCATC TTCTTCCGCTGATAAGGCCCAGATTTGGCAGCAGCTTCAGCACTTCTCCAACCTCCCTGACTTCAACAATTACCTCGCTT TCATCTTCTCCCGTGCTGAGTTACCTTCAAAATTGAGGGTTTCTGGGTTCGTGTTGTGTTTAGTGTTGGTGGGAACAGTT AGGATTGGAAAACCTGTGGAGGTTCGGCAGGCTGCGGGTTTGTATCTGAAGAATAACCTTAGAAGCAAGTTTAAGTCTAT GCTACCTGCATACCAGCAATATCTGAAATCAGAGTTGCTCCCTTGCATTGCTGCGGCGGATAAGCACTTAAGGTCTACGG CAGGAACTATTATTAGTGTTGTTGTTCAAATAGGAGGAATTTCAGGGTGGCCCGAATTGTTGCAAGCCCTCGTAACTTGC TTGGACAGTAATGATCTAAATCACATGGAAGGTGCAATGGATGCCTTATCCAAGATTTGTGAGGATGTTCCCCAATATCT TGACTCTGATGTACCGGGGTTAGCAGAGCGCCCTATTAACATATTTCTTCCCAGATTATTTCAGTTTTTTCAATCACCTC ACGCATCATTGAGAAAGCTGTCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATAATGTTGATGCCTTCTGCCTTGTACATGTCCATG GATCAATATCTTCAAGGTCTTTTTGTACTTGCAAATGACCCTACTGCAGAAGTACGGAAATTGGTTTGTGCGGCATTCGT TCAGCTAATTGAAGTCCGTCCGTCTTTCTTAGAGCCACATCTGAGGAATGTGATTGAATACATGTTACAAGTCAACAAGG ACACAGATGATGAAGTGGCCCTTGAAGCCTGTGAATTTTGGTCTGCGTATTGTGATGCCCAACTTCCACCTGAAAACTTA AGAGAATTCTTGCCTCGTCTTATTCCGGTATTGCTGTCAAACATGGCTTATGCAGATGATGATGAATCAGTTATTGAAGC TGAGGAAGAAGGTTCTCAACCTGATCGAGATCAGGATCTCAAACCTCGATTTCATGTATCAAGGTTCCATGGATCAGATG AAGCAGAAGATGATGATGATGATGTTGTCAATACGTGGAACTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCACTAGATATTTTATCG AATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCTACGCTGATGCCCATTGTTGAGGCCAAGTTGTCGGCTGCTGGTGACGATGCTTG GAAAGAAAGGGAAGCTGCTGTTTTGGCTCTTGGTGCCATAGGCGAGGGTTGCATCAATGGTCTTTATCCTCATCTGGTGG AGGGTATTGGGCATCCCAAAGGCTATGAACAATTTGATAATGTTCTTATGGGTCTTTTACGAAGAATTTTGGATGATAAT AAACGCGTTCAAGAGGCAGCTTGTTCAGCTTTTGCAACACTAGAAGAGGAGGCTGCTGAAGAGTTGGCACCACGTTTGGA AATCATATTAAAGCACCTAATGACTGCATTTGGAAAATATCAGAGACGAAACCTCAGAATTGTATATGATGCTATTGGAA CTCTAGCTGAAGCTGTTGGAGGAGAGCTGAACAAGCCTGCTTATCTCGACATTCTCATGCCACCATTAATTCAGAAGTGG CAGCAACTTTCAAATTCAGACAAAGATCTTTTTCCGCTCCTGGAATGCTTTACATCTATTGCTCATGCATTGGGTACTGG ATTTGCTCAATTTTCTCAACCTGTATTTAGGAGGTGCATGGATATAATCCAGACCCAACAAGTTGCTAAGGCTGATCCAG CTGCAGCTGGGGTTCAGTACGACAAAGAGTTCATTGTATGCTCTCTTGATCTACTTTCTGGTCTAGCAGAGGGTCTTGGC AGTGGAATAGAGAGTTTGGTTTCAGATTCTTCTTTGAGGGACCTACTTCTGCATAGTTGTATGGATGATGCTCCTGATGT TCGACAAAGTGCTTTTGCCTTAATTGGAGACCTTGCACGAGTCTGCCTGATTCATTTGCATCCTCGTCTGTCTGAATTTC TTGAAGCTGCAACCAAGCAACTGGAAATATCTAAGGTCAAGCAGGCTGTTTCAGTAGCAAATAATGCATGCTGGGCAATT GGAGAAATAGCAGTCAAGGTTCGTCAAGAAATTTCTCCCATTGTTTTAACTGTAATGTCAAGCCTGGTTCCAATTCTTCA ACATGCAGAGGCACTGAATAAGTCACTTGTAGAAAATTGTGCAATAACATTGGGGAGGCTTGCATGGGTCTCTCCGGACC TCGTATCACCACATATGGAGCATTTCATGCAACCTTGGTGCAGTGCTTTGTCAATGATACGGGATGATATTGAGAAAGAG GATGCATTCAGAGGTCTTTGTGCTCTGGTCAAAGCTAATCCTTCTGGAGCTCTAAGCTCACTTGTTTACATGTGCAAAGC CATTGCAAGTTGGCATGAAATAAGGACTGAAGAGTTACACAATGAAGTCTGTCAGGTTTTGCATGGGTATAAACAGATGT TGCGCAATGGAGCGTGGGACCAGTGTATGTCTGTTTTGGAGCCGCCAGTAAAAGAAAAGCTTTCAAAATATCAAGTGTAA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0350400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAAAAWQPQEQGFKEICGLLEQQISPSSSADKAQIWQQLQHFSNLPDFNNYLAFIFSRAELPSKLRVSGFVLCLVLVGTV RIGKPVEVRQAAGLYLKNNLRSKFKSMLPAYQQYLKSELLPCIAAADKHLRSTAGTIISVVVQIGGISGWPELLQALVTC LDSNDLNHMEGAMDALSKICEDVPQYLDSDVPGLAERPINIFLPRLFQFFQSPHASLRKLSLGSVNQYIMLMPSALYMSM DQYLQGLFVLANDPTAEVRKLVCAAFVQLIEVRPSFLEPHLRNVIEYMLQVNKDTDDEVALEACEFWSAYCDAQLPPENL REFLPRLIPVLLSNMAYADDDESVIEAEEEGSQPDRDQDLKPRFHVSRFHGSDEAEDDDDDVVNTWNLRKCSAAALDILS NVFGDEILPTLMPIVEAKLSAAGDDAWKEREAAVLALGAIGEGCINGLYPHLVEGIGHPKGYEQFDNVLMGLLRRILDDN KRVQEAACSAFATLEEEAAEELAPRLEIILKHLMTAFGKYQRRNLRIVYDAIGTLAEAVGGELNKPAYLDILMPPLIQKW QQLSNSDKDLFPLLECFTSIAHALGTGFAQFSQPVFRRCMDIIQTQQVAKADPAAAGVQYDKEFIVCSLDLLSGLAEGLG SGIESLVSDSSLRDLLLHSCMDDAPDVRQSAFALIGDLARVCLIHLHPRLSEFLEAATKQLEISKVKQAVSVANNACWAI GEIAVKVRQEISPIVLTVMSSLVPILQHAEALNKSLVENCAITLGRLAWVSPDLVSPHMEHFMQPWCSALSMIRDDIEKE DAFRGLCALVKANPSGALSSLVYMCKAIASWHEIRTEELHNEVCQVLHGYKQMLRNGAWDQCMSVLEPPVKEKLSKYQV 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D 3 457 455 2.1E-137
SUPERFAMILY 6 871 866 3.74E-151
PANTHER 10 876 867 0.0
PANTHER 10 876 867 0.0
Pfam 85 124 40 6.3E-6
Gene3D 458 879 422 1.1E-174
Pfam 654 682 29 0.0016

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Biological process Protein import into nucleus The directed movement of a protein from the cytoplasm to the nucleus.
Biological process Intracellular protein transport The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell.
Molecular function Ran GTPase binding Interacting selectively and non-covalently with Ran, a conserved Ras-like GTP-binding protein, implicated in nucleocytoplasmic transport, cell cycle progression, spindle assembly, nuclear organization and nuclear envelope (NE) assembly.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0350400.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…