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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0010300 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0010300.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | DNA mismatch repair protein mutS; TAIR: AT3G24320.1 MUTL protein homolog 1; Swiss-Prot: sp|Q84LK0|MSH1_ARATH DNA mismatch repair protein MSH1, mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|G7I6Q0|G7I6Q0_MEDTR DNA mismatch repair protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0010300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:1902355..1919852) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CGAAGGCAGAGAGAGACAGAGATACAGAGACACAAGTTGCGGTTTCACCTTTTACAAGTTAAAAATGACTTTCCCTTTCC CTTTCCTTCGTTACGCGTGTGGCGGGAACAAATCACTTTGCTTCCTCTGTCAGTGACTGTGTCTGTGTCTGGGGTTTTAT TTATGTTTTCGAAGAACCCTTCAAACACTCTTCTTCACTTTCATTTCTCTTCAACCACAATGCACAGACTCGCCGCCCGA AACGCCGTCGTTTGCTGCTTCCCTCGCTGGCGCTCCCTCGCTCTCTTCCTCCACTCTCCTCCACCTTCTTCATTCCTTCC CTCTCGCTTCCTCCAGTAACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACTTTTGATTTTGTTTTTCTATTTGTGTCTATGATTC GGTTTCTTTCTTGAAGTTGATTAAATATTTATTAATTATTATGCTTCATCAATATCATCCATTTTTTGTTTTTTTTTTCC ATTACTCTTAGTTGTGTAAATGCTATAAAATTTCTTTCAAACATGAAAAATGGAGTAAACTCTTAGTGTATGTTTGAATA CACCGCGTAAAACTCGGTGAGCCAAAATTCTGATGGACAGAAGCAACTTCCCTTAGCTTTTATGACTGTCCAATGTAATC TTGGCTTCGCGGTGGGTTTAAACACGCGGTTAGTATTTTGTTAGATTGTAAGCCGAGTATGTAGTGAATGTTATCATTCT AAATTTAGAAAAAAAATGGTCTCCTTTGTTGGAGGTATAATATTTGTTGACATGATGAAATCCTAATGATGTAAATTTCT ATTGTCTTGTGGTGTGGTGTCTAAATTGTACAAACTGTTGATGGACAGAATACATGGACATCTAGAAAATGTATCATGCT TTAAAGATACGAAAGTTTTAAGGGGGAGCAGTAAAGTGAACAAGAAGCTCAAAGTACCAAAAAACGTTTTAGATGATAAA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0010300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTTTTCGAAGAACCCTTCAAACACTCTTCTTCACTTTCATTTCTCTTCAACCACAATGCACAGACTCGCCGCCCGAAA CGCCGTCGTTTGCTGCTTCCCTCGCTGGCGCTCCCTCGCTCTCTTCCTCCACTCTCCTCCACCTTCTTCATTCCTTCCCT CTCGCTTCCTCCAAATACATGGACATCTAGAAAATGTATCATGCTTTAAAGATACGAAAGTTTTAAGGGGGAGCAGTAAA GTGAACAAGAAGCTCAAAGTACCAAAAAACGTTTTAGATGATAAAGATCTTTCTCACATTTTGTGGTGGAAGGAGAGGTT GCAGATGTGCAAAAAGCCTTCAACTGTCCAGCTAATACAAAGGCTTGAATATTCTAATTTACTTGGCTTGGATTCTAACT TGAAAAATGGAAGTCTGAAGGAAGGATCGCTCAACTGGGAAATGTTGCAGTTCAAGTCAAAATTTCCTCGTCAAGTTTTA CTCTGCAGAGTTGGAGAGTTCTATGAAGCTATTGGAATAGATGCTTGTGTTCTTGTTGAGTATGCTGGTTTAAATCCCTT TGGAGGTCTGCGATCTGATAGCACTCCTAGAGCTGGTTGTCCTGTTGTGAATCTTCGACAGACTTTGGATGATCTGACGA ATAATGGTTATTCAGTGTGCATTGTGGAGGAAGTACAGGGCCCAGCTCAAGCTCGATCTAGGAAACGTCGCTTTATATCT GGGCATGCTCATCCAGGAAATCCATATGTATATGGACTTGTTGGGGTCGATCATGATCTTGACTTTCCGGAACCAATGCC TGTAGTAGGAATATCTCATTCTGCGAGGGGCTATTGCATTAATATGATTCTAGAGACCATGAAGACATATTCTTTAGAAG ACTGCTTGACAGAAGAAGCAGTTGTTGCAAAGCTTCGTACTTGTCAATACCATCACTTATTTCTGCATACATCTTTAAGA AGAAATTCTTGTGGGACCTGCAACTGGGGTGAATATGGTGAGGGGGGCCTCTTGTGGGGAGAATGTAATTCCAGGCATTT TGAATGGTTTGATGGGAACCCTGTTTCTGATCTTTTAGTCAAGGTAAAGGAGCTTTATGGTCTTGATTATGAGGTTACAT TTCGGAACACAACTGTATCTTCAGGAAATAGGGCTCGACCTTTAAGTCTTGGAACATCTACCCAAATTGGTGTCATTCCA ACAGATGGAATACCTTCTTTGTTGAAGGTCTTACTTCCTTCAAATTGCAATGGATTACCAGTATTGTATGTAAGGGATCT TCTTTTGAATCCTCCTTCCTATGAGATTGCATCCAATATTCAAGCAACATGTAAACTCATGAGCAGTGTAACTTGCTCAA TTCCAGAATTTACATGCGTTTCTTCAGCGAAGATTGTAAAGCTACTTGAATGGAGGGAGGCCAATCACATTGAACTTTGT AGACTAAAGAATGTGCTCGATGAAGTATTGCAGATGCACCGAACCTCTGAGCTCAATGAAATTTTGAAACATTTAATTGA TCCCACATGGGTGGCAACTGGATTAGAAATTGATTTCAAAACCTTGGTTGGTGGATGTGAATCTGCATCTGGTAAGATTG GTGAAGTCATCTCTCTGGATGGTGAGAAAGATCAGAGAGTCAGCTCCTGCTCTATTATTCCTAATGAATTTTTTGAAGAT ATGGAGTCTGCATGGAAAGGTCGAATAAAAACAATCCACATGGATGATGTACTTACTGAAGTTGAAAAAGCAGCTGAGGC CTTGCATTTAGCAGTTAGTGAAGATTTTACTCCTATTGTTTCTAGAATAAAAGCTACTGTAGCTCCACTTGGAGGTCCTA AGGGAGAAATATCTTATGCTCGGGAACATGAAACAGTATGGTTCAAGGGCAAACGTTTTACACCAAACTTGTGGGCTGGT AGTCCTGGAGAGGAACAAATTAAACAGCTTAGACATGCTTTAGATTCTAAAGGTAGAAAGGTAGGCGAGGAGTGGTTTAC CACTCCGAAGGTGGATTCTGCCTTAGCAAGGTACCATGAAGCAAATGCCAAGGCAAAAGCAAGGGTCTTGGAACTTTTAA GGGGGCTTGCCACTGAATTACAATCTAGTATTAACATTCTTGTCTTTTCTTCCACATTGCTTGTTATTGCCAAAGCTTTA TTTGCTCATGTGAGTGAAGGGAGAAGAAGGAAATGGGTATTTCCTACCCTAGTGGAATCTAAGGGGTCTGAGGATGTGAA GCTGTTGGACAAAAACCATGGGATGAACATCGTTGGTTTGTTACCATATTGGTTCAACATTGCAGAAGGTGGTGCTGTGC GTAATACTGTTGATATGCAATCATTGTTTCTATTGACAGGACCAAATGGTGGTGGTAAGTCAAGTTTGCTCCGGTCAATT TGTGCTGCTGCACTACTTGGGATAAGTGGGCTTATGGTTCCTGCTGAATCAGCCTCTATTCCATATTTTGACTCCATCAT GCTTCATATGAAGTCATATGATAGTCCAGCTGATAAAAAGAGTTCATTTCAGGTAGAGATGTCCGAACTTCGATCCATCA TTACTGGAACCACCAAAAGGAGCCTTGTGCTTGTTGATGAAATATGCCGAGGAACAGAAACCGCAAAAGGGACTTGTATT GCAGGCAGCATCATTGAAACTCTTGATAGAGTTGGCTGTCTGGGTATTGTGTCCACTCACTTGCATGGAATATTTGCTTT ACCACTAAACATCAAGAACACTCTGCACAAAGCAATGGGCACAGAGTGCATTGATGGACAAACGAAGCCTACGTGGAAAC TAACAGATGGAGTCTGTAAAGAAAGTCTTGCTTTTGAAACTGCCAAGAGGGAAGGAATTCCTGAGATTGTGATCAAAAGA GCTGAAGATCTTTATCTGTCAGTTTATGCTGAGAAACCACATTCTGCAGAAAATTTCCCAAAACAGGAAAAACATTCTAC TTACATCGATGTTAATAATTTTAATGGAACACACCTTCATCCCAAGAAGTATATATCTGGAGCTTCTATTGAGGGAATCA ATTTAGCTAATCCAATTGAAGTTTTACAAAGGGAAGTGGAGAGTGCTATCACTGTAATATGCCAAGATCTTATAATGGAA CTCCAAAGGAAAAAGATTGCGTCAGAGCTCACCAAGATAAAGTGTTTCCTAATCGGTAGAAGGGAGCGACCACCTCCATC TACTATAGGTTCGTCAAGCGTCTATGTGATGCTCAGACCAGATAAGAAACTCTATATAGGAGAGACGGATGATTTGGAGG GCCGGGTTCATGCACATCGATCAAAAGAAGGAATGCATGATGCAACATTTCTCTATTTCCTAGTTCCAGGAAAAAGCCTG GCATGCCAAATTGAATCTCTGCTCATCAACCAGCTTCCTAATCGAGGTTTCCAATTAAGCAATCTAGCTGATGGTAAGCA TCGGAATTTCGGCACATCCAACCTGTATGTGTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0010300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MFSKNPSNTLLHFHFSSTTMHRLAARNAVVCCFPRWRSLALFLHSPPPSSFLPSRFLQIHGHLENVSCFKDTKVLRGSSK VNKKLKVPKNVLDDKDLSHILWWKERLQMCKKPSTVQLIQRLEYSNLLGLDSNLKNGSLKEGSLNWEMLQFKSKFPRQVL LCRVGEFYEAIGIDACVLVEYAGLNPFGGLRSDSTPRAGCPVVNLRQTLDDLTNNGYSVCIVEEVQGPAQARSRKRRFIS GHAHPGNPYVYGLVGVDHDLDFPEPMPVVGISHSARGYCINMILETMKTYSLEDCLTEEAVVAKLRTCQYHHLFLHTSLR RNSCGTCNWGEYGEGGLLWGECNSRHFEWFDGNPVSDLLVKVKELYGLDYEVTFRNTTVSSGNRARPLSLGTSTQIGVIP TDGIPSLLKVLLPSNCNGLPVLYVRDLLLNPPSYEIASNIQATCKLMSSVTCSIPEFTCVSSAKIVKLLEWREANHIELC RLKNVLDEVLQMHRTSELNEILKHLIDPTWVATGLEIDFKTLVGGCESASGKIGEVISLDGEKDQRVSSCSIIPNEFFED MESAWKGRIKTIHMDDVLTEVEKAAEALHLAVSEDFTPIVSRIKATVAPLGGPKGEISYAREHETVWFKGKRFTPNLWAG SPGEEQIKQLRHALDSKGRKVGEEWFTTPKVDSALARYHEANAKAKARVLELLRGLATELQSSINILVFSSTLLVIAKAL FAHVSEGRRRKWVFPTLVESKGSEDVKLLDKNHGMNIVGLLPYWFNIAEGGAVRNTVDMQSLFLLTGPNGGGKSSLLRSI CAAALLGISGLMVPAESASIPYFDSIMLHMKSYDSPADKKSSFQVEMSELRSIITGTTKRSLVLVDEICRGTETAKGTCI AGSIIETLDRVGCLGIVSTHLHGIFALPLNIKNTLHKAMGTECIDGQTKPTWKLTDGVCKESLAFETAKREGIPEIVIKR AEDLYLSVYAEKPHSAENFPKQEKHSTYIDVNNFNGTHLHPKKYISGASIEGINLANPIEVLQREVESAITVICQDLIME LQRKKIASELTKIKCFLIGRRERPPPSTIGSSSVYVMLRPDKKLYIGETDDLEGRVHAHRSKEGMHDATFLYFLVPGKSL ACQIESLLINQLPNRGFQLSNLADGKHRNFGTSNLYV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 702 | 702 | - | – | |
| PANTHER | 71 | 1136 | 1066 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 71 | 1136 | 1066 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 135 | 247 | 113 | 2.5E-13 | ||
| SUPERFAMILY | 138 | 246 | 109 | 4.84E-20 | ||
| Pfam | 149 | 247 | 99 | 1.4E-11 | ||
| Phobius | 703 | 721 | 19 | - | – | |
| Phobius | 722 | 795 | 74 | - | – | |
| Gene3D | 762 | 1041 | 280 | 6.9E-58 | – | |
| CDD | 773 | 953 | 181 | 3.11613E-66 | – | |
| SUPERFAMILY | 776 | 964 | 189 | 1.05E-32 | ||
| SMART | 780 | 966 | 187 | 2.2E-47 | ||
| Pfam | 784 | 964 | 181 | 1.8E-39 | ||
| Phobius | 796 | 815 | 20 | - | – | |
| Phobius | 816 | 1157 | 342 | - | – | |
| ProSitePatterns | 861 | 877 | 17 | - | ||
| SUPERFAMILY | 1072 | 1135 | 64 | 3.66E-6 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Biological process | Mismatch repair | A system for the correction of errors in which an incorrect base, which cannot form hydrogen bonds with the corresponding base in the parent strand, is incorporated into the daughter strand. The mismatch repair system promotes genomic fidelity by repairing base-base mismatches, insertion-deletion loops and heterologies generated during DNA replication and recombination. | ||
| Molecular function | Mismatched DNA binding | Interacting selectively and non-covalently with double-stranded DNA containing one or more mismatches. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0010300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…