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LotjaGi6g1v0032900.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0032900
Transcript ID LotjaGi6g1v0032900.2
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Transcription-associated protein 1; TAIR: AT2G17930.1 Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family protein with FAT domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9Y4A5|TRRAP_HUMAN Transformation/transcription domain-associated protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7GST8|A0A1J7GST8_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0032900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:6153583..6192634) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTTTGTTTAGAACAGAGATTTAGGCGAGGTTGCAAATGGATTTCAATTTTGCTTGTGTTTGATTAACGTTTCAGTGCCTT CACTCACGCTGTGTTGTTTCGATTTGATTTGATTTGATTTTCTCTGATGCTTAGTGCCTTTTTTTATATTGGGGTTAATA CAGAGATTCAGGAGAGGCTGCAGATGGTGATGGAGGTTAGGGGTAGTCTTGGGATGGCTAACACTCCTGAGTACTTGAAT TTTTTCAAGTGTTACTTCCAGGCGTTCTCTGCGATACTGCTGCAAATTACGAAGCCGCAGTTTATAGACAATCCCGAGCA CAAGCTTCGGAATACCGTGGTTAAGATGTTGTATAGACTGCCGCAAAGGGAAGTTCTCCAACCTTTTGCGCTGGACCTCT TGAAGGTTTCTATGCAAGTGCTTACCACAGACAATGAAGAGAATGGCTTAATTTGTATCCGTATAATCAAGGAACTTTTG AGGAGCTTTAGGGCAATTCAAGAAAATGAAGTCCCGCCATTTCTGGACTTTGTCTGCACGATTTACCAAAATTTTGAACT GACCGTTAGACATTTCTTTGAGAACATGACAAAGACGGGGGAAGATGGCAAGCCGATGGAGACATCACTTCCCGATCAAG GTGTAAGTACTGCCAATCCTACTGGTTCACAGCTTAATCCAAGTACTCGCTCATTGATGATAGTTACAGAAAGTCCACTG GTGGTGTTGCTTCTGTTTCAATTATACAGTCGCCATGTTCAAGCAAATATTCCTCAATTATTACCATTGATTGTTGCTGC TATATCAGTTCCTGGCCCTGAAAAGTTTCCTCCTCATTTGAAAACTCATTTCATTGAGTTCAAGGCTGCACAGGTCAAGG TATGTTAGTGTTTACGGTGAAAATGTGAAGAATGGTAATTATTTTGCTAGGTTTTTCAGGAGGCGTTATTATTATTATTA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0032900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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AAAACTCTACAAAGTGGCAACAATATGTGGGCTTTCAAGAAGCAATTTGCCATCCAGTTGGCCCTTTCATGTTTTATGTC CTTTATGTTACAAATTGGTGGGAGGTCTCCGAACAAGATTTTGTTTGCAAAGAACACTGGAAAAATATTTCAAACTGATT TTCACCCTGCATATGATGAAAATGGACTGATCGAGTTCAACGAGCCAGTTCCATTCAGGCTAACAAGGAATATGCAAGCA TTCTTCTCTCATGGAGTAGAAGGTCTTATTGTACCATCAATGTGTGCAGCTGCACAAGCTGTCGCTTCACCTAAGCAAAG TCAACATTTGTGGCATCATCTTGCGATGTTTTTCCGTGATGAGCTACTGTTATGGTCTTCGAAAAGATCGCTTGGGATTC CCATTGTTTCTATGGCTGCTGGTAGCCTTATTGAGTTCAAACAAATGGTTATTTCAAATGTGGAACATGTTGTAGAAAGG GTTAAAGGAATAGCACCACAGAGATTTTCTGAAGAGGAGGAAAATGAGATGGGTCCACCGCAATCGGTGCAAAGGGGTGT TAATGAGTTGGTTGAAGCTGCCTTCAATCCAAGAAACTTGTGCATGATGGATCCAACATGGCATCCGTGGTTCTAG 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0032900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MISSDFCSLLVFLLIEVLNLQVPVEHFKEVNDCKHLIKTLVIGMKTIIWSITHVHSPRSQVLVSSSSNLPPPQALRGMRE DEVRKASGVLKSGVHCLTLFKEKDEEREMLHLFSETLAIMEPRDLMDMFSQCMPELFECMISSTQLVCIFSTLLAAPKVY RPFADVLVNFLVSRKLDVLKQPDSPASKLVLHLFRFIFGAVVKAPLGFERILQPHVPIIMECCMKNSTEVEKPLGYMELL RTMFRALTRCKFELLLRDLIPMLQPCLNFLLAILEGPTGEDMRDLLLELCMTLPAHLSSLLPYLSRLMKPLVLCLKGNDE LVSLGLQTLEFWVDSLTLEFLEPSMANNMPAVILALWSHLRPAPYPWGAKALLLLGKLGGRNRRFLKEPLALECKENTEH GLRLILTFEPAAPFLVPLDRCINLAVKAVMNKNCGMDAFYRKQALKFLHVCLSSLLNLPGTVTDEGCTSKQLSALLVSAV DQSSHRSESTDVKADLGAKTKIQLMAEKSIFKILLMTVIAANADPDLTDPTDDFVIHICRHFAMIFHIDSSSRKASAAVL GGSSLSNNIHVDSRPRMSTCSNLKELDPHIFLDALVDVLADDNRLHAKAALDSLNLFAETVLFLARLKHTDFIMSRGPGT PMIVSSPSINPLYSPPPSIHVPVFEQLLPRLLHCCYGLTWQAQMGGVMGLGALVRKVTVETLCLFQVRIVHGLIYVLKKL PIYAGKEQEETSELLSQVLRVVNNADEANTEARRQSFQGVVNFFAQELFNQDASIIVRKNVQSCLALLASKSGSEVSELL ESLYHLFQPLIMRPLKLKTVDQQVGTVTALNFCLALRPPLLKLTPELVNFLQDALQIAESDENAWVTKSINPIGVASLTT LRTACIELLCTTMAWADFKTPNHSELRAKIISMFFKSLTCRIPEIAVVAKEGLQKVIINQRLPKELLQCSLRPILVNLAH TKNLSMPLLLGLARLLELLSNWINVTLGEKLLEHLKRLLEPEKLADSQKSWKAGEEPKIAAAIIELFHLLPPAASKFLDE LVTLTIDLEGALPPGQVYSEINSPYRLPLTKFLNRYAALAVDYFLARLSEPKYFRRFMYIIYSDAGQPLRDELAKSTQKI LASAFSEFLPKSEVAMGEDILVVPSTDASNASARAPNATSDAYFQGLELIKTLVKLIPRWLQNNRTVFDTLVLVWKSPGR ISRLENEQELNLMQVKESKWLVKCFLNYLRHEKAEVNVLFDILTIFLVRSRIDYTFLKQFYIIEVAEGYLPSLKKNLLSH FLNSFQSKQLGQDHLVILMQMLILPMLAHAFQNDHSSEVVDSAMIRTIVDKLFDPPEEVLAEYDEPLRIELLQLATLLLK YLQTDLFDHRMQLFKFGWNHLKREDTVSKQWAFVNVCHFFEAYEAPENLIVKVFVVLLETSVTFQLENKMFVKQALDTLM PALQRRLPLGDSRMPTWIRCTEKILVEYSHSIPNLIQIFQLIIRHSDLFYSYRAKFIPQLVNSLSHLGLQPNNTTAEIRC LAIELAGLVINWESQRQNEMKLKVVTDSDAPSQINDVFHPSSAESQRSVDGSIFPEDTTKRVKATPGLQSVCVMSPGGPS SIPNIETPGSASQPDEEFKPNAAMEEMIINFLISVALVIDPKDKEESAMYKQALELLSQALEVWPNVYVQFKYLEKLLSS IQPSEAKYPSIALAQGLDVMNKVLEKQPHLFIRNNINQISQILELCFKHKLLDAGKSFCSLLKMIFVAFPQEATSTPPDV KQLYQKLDDLIQKHVTTVMAPQTSSDDNTDSSISFLLLVIKTLTEAQRNFVDPLILVRILQRLQRDWGSSVGSQIRQGQR TDPDSAVTSSYQDADVGAVLVITNLKSIFKLISDRVMVGPECKRSVSQILNALLSEKGIDASVRLCILDVIKGWSEDGNS FTSSAFLTPKEIVSFLQNLSQVDKQNFTPVSREEWDRKYLELLYGTCADSNKYPQSLRDEVFKKVEMQFMHGLRARDPEI RMKFLSLYHESLNKTLFARLQFIIQIQNWEALSDVFWLKQGLDLLLAILVEDKPIALAPNSASVQPLLVSSSLLESSGMQ NKVHDVSEETKDAPLTLETLVFKHAKFLNNMSKLQVADLLIPLREFSHTEANVAYHLWVLVFPLVWVTLKKEDQVTLAEP MITLLSKDYHKKQQGSRPNVVQALLEGLQLSHPQPRMPSELIKYIGKTYNAWHIALALLESYVMVLPTDSKFSESLAELY RLLNEEDMRCGLWKNKSVTAETRAGLSLVQHGYWRRAQSLFYDAIVKARLGTYNNTVPGAEMRLWEEQWLYCASQLCHWD ALADFGKSTENYEILLDSLSKLPDWTYMKKHVIPKAQVEETPKLCLIQAYSALHGKNSNGVEDAQSMVGKSVDLALEQWW RLPDMFVDSRIPLLQQFQQIVEVQQSAKILIEISSGNKLSESSVVGVQGNLYGNLKDILKTWTLRTPNKWDRMSIWYDLL QWRNTMYNSVIEAFKDSGATDSELHHLGYRNKAWNVNTLAHIARKKGLFDACVTILKKLYGHSTMDVEEEFVKLTENAKA NLETKGELTTGLNLINSANIECFTAKHKAEIFRLKGDFLLKMKDSEGAHVAYSNATCLCKSLPKGWISWGNYCDMAYRDT HHELWLEYAVSCFLQGIKFGVSNSRSHLAHVLYLLSFDTPNEPVGRVFDKLYEQVPHWVWLSWIPQLLLSLQRTEAPHCK LVLLKIATFYPQALYYWLRTYLLELHDVAYKSELGRIEMTQQTGTSGGSPGGLADGNSRLQGPGGSALSSDIQVHQGFQS AGGIGSHDFRNSHRHESAGAESSMHNGNDQSFQQGSANLNEGALNTLRHAGALGFVPSAASAYDAANDIMEALRGKHANL ASELEVLRTEIGASFFTLPEERLLTVVNAFLRRCYKYPTATMAEVPQSLKKELSDVCRAFFSADASNKHVDFLREYKQDF ERDLDPENTATFPSTLSQLTERLKQWKNVLQSNVEDRFPAVLKLEEESSVLRDFHVIDVEVPGQYFTNQEIAPDHTVKLD RVAADVPIVRRNGSSYRRLTLIGSDGSRRHFTVQTSSTVNTISDERILQLFRVMNQMFEKHGESRRRHIGFHTPIIIPVQ SQVRMVEDDLMYCTFLDVYENHCTRNNLEEDQPITFFKEKLNQAINGQISPEAVVDLRLQAYNEITKFTVGDNIFSQYMQ KTLQSGNNMWAFKKQFAIQLALSCFMSFMLQIGGRSPNKILFAKNTGKIFQTDFHPAYDENGLIEFNEPVPFRLTRNMQA FFSHGVEGLIVPSMCAAAQAVASPKQSQHLWHHLAMFFRDELLLWSSKRSLGIPIVSMAAGSLIEFKQMVISNVEHVVER VKGIAPQRFSEEEENEMGPPQSVQRGVNELVEAAFNPRNLCMMDPTWHPWF 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 19 19 -
Phobius 1 5 5 -
SignalP_EUK 1 21 21 -
Phobius 6 15 10 -
Phobius 16 19 4 -
PANTHER 16 3411 3396 0.0
PANTHER 16 3411 3396 0.0
Phobius 20 3215 3196 -
SUPERFAMILY 108 1069 962 1.61E-28
SUPERFAMILY 1276 1939 664 1.08E-9
ProSiteProfiles 2201 2744 544 18.451
Pfam 2342 2672 331 3.6E-33
MobiDBLite 2761 2789 29 -
MobiDBLite 2805 2836 32 -
MobiDBLite 2821 2836 16 -
Coils 2870 2890 21 -
SUPERFAMILY 2974 3328 355 2.14E-47
CDD 3039 3327 289 9.16564E-106
ProSiteProfiles 3071 3278 208 11.972
Pfam 3084 3327 244 1.0E-25
SMART 3084 3379 296 2.2E-9
Gene3D 3171 3331 161 5.1E-9
Phobius 3216 3234 19 -
Phobius 3235 3411 177 -
SMART 3379 3411 33 5.6E-8
ProSiteProfiles 3379 3411 33 14.216
Pfam 3380 3411 32 2.0E-7

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Molecular function Kinase activity Catalysis of the transfer of a phosphate group, usually from ATP, to a substrate molecule.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0032900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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