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LotjaGi1g1v0188900.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0188900
Transcript ID LotjaGi1g1v0188900.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description ATP-dependent RNA helicase; TAIR: AT5G61140.2 U5 small nuclear ribonucleoprotein helicase; Swiss-Prot: sp|Q9FNQ1|DEXHE_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14; TrEMBL-Plants: tr|K7KW51|K7KW51_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0188900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:37051485..37100406) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TGGTAAATGAAAATTGGGGTTTTGAGGTGGAAGTGATTTTTTTAGAAAAATTTTGTGTTTGGTACGTGGAGAGCAAGCTA AAACCCAGACTGAAGACTTAAAATTCGAGTAACAAAGCAATACCCAATGTCTCCGTAGTTCTTCTTTCACTTGGTTCTTG GTCTTCTTAATAACAGAAGGTTCTACGCCTCTGTGTATCGAATATCGATAATGTTGCTTCAGATTCCTCGCTTCTCAAAT TCTCTCAGAGACCCCTTCGATGTCGACCAGGCCTATCTTCATCGCAAAACCATTCTCCACAACCGAAAGCCTCCTCGCAA GTAATCCACTATCACATCGCATTCATTCTCAATCGCTTTTCCCCTTTTTTCAATTTCACTTTTCATTTTCCGTTGCTTCG TGTTTCGTAGTGCTGCGAAGTCGCTTGATGAATCGGAACTCGCTCGGAAGATTGTGTACGGTTGGGAAGAAGGTAGGTGG TATTTTGTGGCTACTTTTGGATTTTCAGTTGATGCAAAAATTGATTGATGTGGTGGTTTGTTAGCGATTAATGGTCATGT TTGTGTTTGGTGAATTGAAGCAGCTTCTGTGGAAGTGCGTCAGGCTTACAAGCAGTTTATAGGAGCTGTAGTGGACTTGG TTGATGGAGAAATGCCGTCTGATGAGTTCCGTGAGGTGGCGCTGGCGGTTTACCGACTCTTCGGCAGACCAATGGAGGAG GGGGATTCTATTGACAGAATCCTTTCTGAGAAAAAGTAAGTGATGGTTTTTGAAGTTTTGACAGTTGCTACAGATTTGAA GAGTGCTTGAACTTGAATAGTGTGTTTTTTGTGATTTCACTTGCACTTTGTGACCATGTGTTAGATTGTGTATGTTTTTT TGGATCTGAATAATTTAATGAGTCTTGATGAATATCGTTTAGAGGACTTGAACACGCTGTTGGGGAAGTTCTATAAATTT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0188900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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GAAAATTTGTATAAATTTTCACATTTTAATCCCATTCAAACACAGACTTTTCATGTCTTGTATCACACGGACAATAATGT TCTATTAGGAGCTCCAACCGGAAGTGGAAAGACTATATCTGCTGAGCTTGCTATGCTTCGTCTTTTCAACACTCAGCCGG ATATGAAGGTTATTTATATAGCACCTTTGAAGGCAATTGTTAGAGAAAGAATGACTGACTGGAAAAAGCGTCTTGTCCCT CTGCTACAAAAAAAAATGGTTGAAATGACCGGAGACTACACCCCTGATTTGATGGCCCTCTTGTCAGCAAATATCATCAT ATCTACTCCTGAAAAGTGGGATGGTATTAGTCGTAATTGGCATAGTCGAAGCTATGTCACAAAGGTTGGACTTATAATAT TGGATGAGATTCACTTATTGGGAGCTGATCGTGGACCTATCCTTGAGGTTATCGTTTCTAGGATGAGATACATATCTTCA CAAACAGAGCGTGCAGTACGGTTTATAGGCCTTTCTACAGCTCTGGCTAATGCTGGTGATCTAGCTGATTGGTTAGGCGT TGAGGATACTGGACTCTTCAATTTCAAGCCTAGTGTGAGGCCCGTACCTCTGGAAGTTCATATTCAGGGATATCCTGGAA AGTATTACTGCCCAAGAATGAACAGTATGAATAAGCCAGCATATGCTGCAATATGCACACATTCACCTGCAAAACCAGTT CTTATATTTGTTTCATCACGACGCCAGACAAGACTTACTGCACTCGACCTAATTCAGTTCGCTGCTTCAGATGAAGATTC AAGTCAATTCCTTAATATGTCTGAAGAAGCTCTGCAGATGGTCCTGTCTCAAGTTTCTGATCAAAACTTGAGACATACTT TACAATTTGGTATTGGTTTACATCATGCAGGTCTGAATGACAAAGACCGATCTCTGGTTGAGGAACTTTTTGCAAACAAC AAGATTCAGATATTGGTATGTACGAGCACATTGGCTTGGGGTGTAAATCTTCCTGCTCATCTAGTGATTATCAAGGGGAC AGAGTACTATGATGGAAAAACAAAGAGGTATGTTGATTTTCCAATCACTGATATCTTGCAAATGATGGGTCGTGCTGGAC GGCCTCAGTTTGATCAACATGGAAAGGCAGTGATTCTTGTTCATGAACCCAAGAAAAGCTTCTATAAAAAGTTCTTGTAT GAACCCTTTCCTGTTGAGAGTAGTTTGAGGGAGCACCTACATGATCACATTAACGCCGAAATTATTTCAGGAACAATTTG CCATCAACAAGATGCAGTGCATTATCTTACATGGACTTACTTATCTCGTAGACTGATGGTCAATCCTGCGTACTATGGAT TGGAGAATGCAGAACCCGAGTTTTTAAATTCGTATTTGTCTAGCCTAGTACAAAGCACGTTTGAAGATTTGGAAGACAGT GGATGCATAAAGATGAATGAAGACAAGGTGGAGCCCTTGATGTTGGGTTCAATAGCATCTCAGTATTACCTCAGCTACAT GACTGTATCAATGTTCGGGTCAAACATAGGTCCAGATACTTCACTTGAAGTCTTTCTGCATATCTTATCCGCTGCTTCTG AATTTGATGAACTCCCTGTTCGTCATAATGAGGAAAAATACAATGAAGCACTATCTGAGAAAGTTAAATATCCGGTGGAT AAGAACCGGTTGGATGACCCTCATATCAAAGCAAATCTTCTATTTCAGTGTCATTTTTCCCAATTGGAGTTACCAATTAG TGACTATGCCACCGACTTGAAATCAGTATTAGATCAAAGTATACGCGTAATTCAGGCCATGATTGATATATGTGCCAACA GTGGTTGGCTTTCAAGCGCTATTACTTGTATGCATCTTCTACAAATGATCATGCAGGGTTTGTGGTTTGAGAAGGACTCT TCCTTATGGATGCTGCCATGCATGAATACTGATCTGATAAGTTCACTTAGCAGAAGAAGAATTTATAGTTTACAGGAATT ACTAGATATTCCCAAGGCCGCATTGCCGTCTGTAACTGGAAATCTCCCGGCTTCAAGATTGTACCAGGATCTACAGCACT TCCCTCGTGTTAAAATGAAATTAAGGCTTCAGAGTAGGGAAACTGATAGCACATTGCACATCAGATTAGAGAATATCAAT TCTAGGCGACACTCTTCTAGAGCATTTGTACCTCGATTTCCGAAGATAAAAGAGGAGCAATGGTGGTTAATTCTTGGCAA TAGCTGTACATCTGAGTTATATGCTTTGAAAAGAGTCTCTTTTTCTGATCACTTAAATACCTCCATGAAGTTGCCTCTAA CTTCAGCTAATCTTGAGGAAATGAAACTTATTTTAGTTTCCGACTGTTACATTGGATTTGAACAAGAACACTCCATTGGG GAACTTGTTTGA
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Protein sequence (LotjaGi1g1v0188900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLLQIPRFSNSLRDPFDVDQAYLHRKTILHNRKPPRNAAKSLDESELARKIVYGWEEASVEVRQAYKQFIGAVVDLVDGE MPSDEFREVALAVYRLFGRPMEEGDSIDRILSEKKLELQKLIGHAIADAKLRQAAHLAQRLLDLQPGDKNSAFSSERNLD ADEDLEFGADLGFHAPSRFLVDVSLDDGDMIDFKNTVPLSSHKEQYGHADPTDRSVVDKEKFDLTWLRDACDKIVGNCNS QFSQDELAMAICRVLNSEKPGEEIAGDLLDLVGDSAFETVQNLLLHRKEIVDSIHHGLLVLKSDKNASNPQFRMPSYGTQ VTVQTESGKQIDKLRRKEEKRNRRGVEHAGDGDLSTLDMSSLLQASQRKNLFDDMIGSGDRSQSIAVTALPEGTVKKHFK GYEEVIIPPKPTAPMKPGERLIEVSELDDFAQAAFRGYKSLNRIQSRIFQTVYGTNENILVCAPTGAGKTNIAMISILHE IGQHFKDGYLHKDEFKIVYVAPMKALAAEVTRTFSQRLSPLNMTVRELTGDMQLSKNELEETQMIVTTPEKWDVITRKSS DMSLSMLVKLLIIDEVHLLNDDRGPVIEALVARTLRQVESSQTMIRIVGLSATLPNYLEVAQFLRVNPDAGLFFFDSTYR PVPLAQQYIGISEQNFAARNELLNDICYKKVVESIRQGYQAMVFVHSRKDTAKTAQKLVELVQKHEELELFSNNTHAQYS LMKREVVKSRNRDVVDLFEFGMGIHHAGMLRADRGLTERLFSDGLLKVLVCTATLAWGVNLPAHTVVIKGTQLYDPKAGG WRDLGMLDVMQIFGRAGRPQFDKSGEGIIITSHEKLAYYLRLLTSQLPIESQFITSLKDNLNAEVALGTVTNVKEACAWL GYTYLFIRMRMNPLAYGIGWDEVMADPNLSSKQRSLVIDAARALDKAKMMRFDEKSGSFYCTELGRIASHFYIQFSSVQT YNEMLRRHMNDSEVINMIAHSSEFENIAVREEEQNELEMLARTSCPLEIKGGPSNKYGKISILIQLYISRGSIDSFSLVS DAAYISASLARIMRALFEICLRRGWCEMSLFMLEYCKAVDRQIWPYQHPLRQFDKDLSAEILRKLEEREADLDRLLEMEE KDIGALIRYAHGGKLVKQFLGNFPSLQLSATVSPITRTVLKVDLVITPVFIWKDRFHGTAQRWWILVEDSENDHIYHSEL FTLTKRMVKGVPHKLSFTVPIFEPHPPQYYIHAISDSWLHSEAFYTITFHNLPLPEARTSHTELLDLKPLPVSSLGNSAF ENLYKFSHFNPIQTQTFHVLYHTDNNVLLGAPTGSGKTISAELAMLRLFNTQPDMKVIYIAPLKAIVRERMTDWKKRLVP LLQKKMVEMTGDYTPDLMALLSANIIISTPEKWDGISRNWHSRSYVTKVGLIILDEIHLLGADRGPILEVIVSRMRYISS QTERAVRFIGLSTALANAGDLADWLGVEDTGLFNFKPSVRPVPLEVHIQGYPGKYYCPRMNSMNKPAYAAICTHSPAKPV LIFVSSRRQTRLTALDLIQFAASDEDSSQFLNMSEEALQMVLSQVSDQNLRHTLQFGIGLHHAGLNDKDRSLVEELFANN KIQILVCTSTLAWGVNLPAHLVIIKGTEYYDGKTKRYVDFPITDILQMMGRAGRPQFDQHGKAVILVHEPKKSFYKKFLY EPFPVESSLREHLHDHINAEIISGTICHQQDAVHYLTWTYLSRRLMVNPAYYGLENAEPEFLNSYLSSLVQSTFEDLEDS GCIKMNEDKVEPLMLGSIASQYYLSYMTVSMFGSNIGPDTSLEVFLHILSAASEFDELPVRHNEEKYNEALSEKVKYPVD KNRLDDPHIKANLLFQCHFSQLELPISDYATDLKSVLDQSIRVIQAMIDICANSGWLSSAITCMHLLQMIMQGLWFEKDS SLWMLPCMNTDLISSLSRRRIYSLQELLDIPKAALPSVTGNLPASRLYQDLQHFPRVKMKLRLQSRETDSTLHIRLENIN SRRHSSRAFVPRFPKIKEEQWWLILGNSCTSELYALKRVSFSDHLNTSMKLPLTSANLEEMKLILVSDCYIGFEQEHSIG ELV
Download Protein Sequence

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PIRSF
PIRSF039073
14 2082 2069 0.0 –
PANTHER
PTHR12131:SF16
37 1331 1295 0.0 –
PANTHER
PTHR12131
37 1331 1295 0.0 –
MobiDBLite
mobidb-lite
309 352 44 - –
MobiDBLite
mobidb-lite
309 328 20 - –
MobiDBLite
mobidb-lite
329 351 23 - –
SUPERFAMILY
SSF52540
391 625 235 4.07E-41
IPR027417
Gene3D
G3DSA:3.40.50.300
432 640 209 1.3E-172 –
SMART
SM00487
437 648 212 3.1E-31
IPR014001
CDD
cd18020
440 636 197 2.80751E-119 –
Pfam
PF00270
443 616 174 2.8E-27
IPR011545
ProSiteProfiles
PS51192
450 632 183 20.795
IPR014001
SMART
SM00382
455 636 182 0.6
IPR003593
SUPERFAMILY
SSF52540
635 848 214 1.06E-45
IPR027417
CDD
cd18795
640 831 192 2.7037E-58 –
Gene3D
G3DSA:3.40.50.300
641 843 203 1.3E-172 –
ProSiteProfiles
PS51194
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IPR001650
Pfam
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IPR001650
SMART
SM00490
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IPR001650
SUPERFAMILY
SSF46785
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IPR036390
Gene3D
G3DSA:1.10.10.2530
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SMART
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PF02889
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IPR004179
Gene3D
G3DSA:1.10.3380.10
942 1084 143 2.9E-48 –
SUPERFAMILY
SSF158702
969 1144 176 4.45E-40 –
Gene3D
G3DSA:1.10.150.20
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Coils
Coil
1102 1122 21 - –
Gene3D
G3DSA:2.60.40.150
1143 1252 110 1.6E-38
IPR035892
SUPERFAMILY
SSF52540
1175 1473 299 1.0E-47
IPR027417
Gene3D
G3DSA:3.40.50.300
1254 1480 227 4.4E-88 –
SMART
SM00487
1285 1489 205 3.8E-29
IPR014001
CDD
cd18022
1288 1476 189 5.13691E-126 –
Pfam
PF00270
1291 1455 165 3.5E-20
IPR011545
ProSiteProfiles
PS51192
1298 1473 176 19.544
IPR014001
SMART
SM00382
1303 1478 176 0.49
IPR003593
PANTHER
PTHR12131:SF16
1333 1434 102 0.0 –
PANTHER
PTHR12131
1333 1434 102 0.0 –
PANTHER
PTHR12131
1436 1572 137 0.0 –
PANTHER
PTHR12131:SF16
1436 1572 137 0.0 –
SUPERFAMILY
SSF52540
1475 1684 210 7.92E-50
IPR027417
CDD
cd18795
1480 1668 189 4.15759E-69 –
Gene3D
G3DSA:3.40.50.300
1481 1686 206 3.1E-83 –
ProSiteProfiles
PS51194
1527 1713 187 11.659
IPR001650
Pfam
PF00271
1539 1654 116 3.1E-8
IPR001650
SMART
SM00490
1568 1656 89 4.6E-19
IPR001650
PANTHER
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1571 1627 57 0.0 –
PANTHER
PTHR12131:SF16
1571 1627 57 0.0 –
PANTHER
PTHR12131:SF16
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PANTHER
PTHR12131
1617 2074 458 0.0 –
SUPERFAMILY
SSF46785
1684 1784 101 3.81E-7
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Gene3D
G3DSA:1.10.10.2530
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SMART
SM00973
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Pfam
PF02889
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IPR004179
Gene3D
G3DSA:1.10.3380.10
1776 1916 141 5.9E-51 –
SUPERFAMILY
SSF158702
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SUPERFAMILY
SSF81296
1974 2079 106 1.82E-16
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Gene3D
G3DSA:2.60.40.150
1975 2082 108 1.3E-21
IPR035892

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
GO:0003676
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Subterm of
GO:0005524
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Subterm of

Genome browser

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0188900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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