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LotjaGi1g1v0048100.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0048100
Transcript ID LotjaGi1g1v0048100.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Chromodomain helicase-DNA-binding protein; TAIR: AT2G13370.1 chromatin remodeling 5; Swiss-Prot: sp|F4IV99|CHR5_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 5; TrEMBL-Plants: tr|I1JIZ0|I1JIZ0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0048100
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:6588518..6606460) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGGCTTTATTTAGGAACTTTTCAAATGAAACAGTCTCACATGATGTCATAGAAGATAAAAGCCAAGGACAGAATGCTGA TAGAGTCCATAGATCACTAGGTAATGAATGTCTCGATGCAACTTCGAGTGAGAAAGAATTTGATATGAACATGGAGGCAC AGTATGAGAGTGACGGTGAACCAGATGGTGCCTGTAGGCTACAAAATGAGGCTGCAGCCAATGATGGAGATGCTATTAAA AAACCAAACTTACAGACTACTGGTGGTAGTAAATCCGCTACGGTCCGGAGTTGGGGTTCAACATTTTGGAAGGACTGCCG ACCAATGCATCCTCAAAATGGTTCTGAATCTGGGCAGGAATCGAAAAGTGGATCGGACTATCAAAATGCAGATGTGTCTG AAGATAATTCATTGGACGGAAGAGCAGGAAGGTTAGACTCTGAAGATGATGACGAACTGAAGGAGGCAGGTAATGGTACA AGAGGTCATTCTGATGTTCCTGCGGAAGAAATGCTATCTGATGAATATTATGAGCAGGATGGGGATGAGCAAAGTGACTC ATTGCATTATGGTGAGATTCATAAGCCCACTGGGATGAATTCATGGCCTCAACGGATGGCTAAATCTAATAGAGCTATGC ATAGAAAATCTAGGATTTCAGATGATGATGATGGTGACTATGAAGAGGAAGATGCAGCAGATGGTATGTTAAGGCATTGT ATTTATATAAAGACTGTTTCTTAAGCACAAAGTACTACTCTTAAAAATTACGTAATGAGTTGGCCATGTTACCTAGTCCT GACTGATGTTGGACTCTGTTGCATTTTTTACTGGTTAATATTTTGCAGAAGATGATCCTGCTGATGCTGATTTTGAGCCT GCCACAAGTGGTCATGCTGCAAACAAGGTTGTTTCTCTTATTTATTGTATTTATCAAGTTATCTTTTTCAATAATGGTCT 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GTGGAAATATGTCTCCACTTTCTCCCATCTTTCTGGGGAAAGGCTTCATCAAATATATTCCAAACTTAAAAAGGAGCAAG AAGAGGCTGGGGTTGGCCCCTCTCATGTCAACGGGTCAGCATCTGTTTCATTCGGCCGAAATGGAAACCCGATCCATCAC CATATGGAGAGGCAAAGAGGTTTAAAAAATATGACTAGCTACCAACTGCCAGAATCAGTTAGTAGTAATACAGGGAAATC TGAGGCATGGAAACGAAGAAGAAGAGCGGAAAGTGAGGATCATTTCCAGGTTCCACCTCAAAGATCCACGAGTAGTGGAG TCCAGATTACTGATCCTAACTCACTTGGCATCCTTGGTGCTGGACCATCTGACAAACGCTTTGTTAGTGAGAAACCTTAC AGGACACAACCCGGTGGGGTTCCTTTAAGACAAAGTTTCTCTTCAGGTATAAACTAGCCAGCTTTATGGGATCAGAGTGG CTATTACAATTTACAAGAGTGTTGGCAGTTGCTTTCACTCTGCAGCATCTCACAGCTTCACCTTGTATATTCTCCGGAAT TGTTTTTTCCACCCATGGGAATAAGATCCGCAGATCCCACTTTGGTGTCCTTAGGTTGATCTGGAAATATCCCTACTCTG GGATTTGCATCCTTGAAGGCTGA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0048100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTTTATTTAGGAACTTTTCAAATGAAACAGTCTCACATGATGTCATAGAAGATAAAAGCCAAGGACAGAATGCTGA TAGAGTCCATAGATCACTAGGTAATGAATGTCTCGATGCAACTTCGAGTGAGAAAGAATTTGATATGAACATGGAGGCAC AGTATGAGAGTGACGGTGAACCAGATGGTGCCTGTAGGCTACAAAATGAGGCTGCAGCCAATGATGGAGATGCTATTAAA AAACCAAACTTACAGACTACTGGTGGTAGTAAATCCGCTACGGTCCGGAGTTGGGGTTCAACATTTTGGAAGGACTGCCG ACCAATGCATCCTCAAAATGGTTCTGAATCTGGGCAGGAATCGAAAAGTGGATCGGACTATCAAAATGCAGATGTGTCTG AAGATAATTCATTGGACGGAAGAGCAGGAAGGTTAGACTCTGAAGATGATGACGAACTGAAGGAGGCAGGTAATGGTACA AGAGGTCATTCTGATGTTCCTGCGGAAGAAATGCTATCTGATGAATATTATGAGCAGGATGGGGATGAGCAAAGTGACTC ATTGCATTATGGTGAGATTCATAAGCCCACTGGGATGAATTCATGGCCTCAACGGATGGCTAAATCTAATAGAGCTATGC ATAGAAAATCTAGGATTTCAGATGATGATGATGGTGACTATGAAGAGGAAGATGCAGCAGATGAAGATGATCCTGCTGAT GCTGATTTTGAGCCTGCCACAAGTGGTCATGCTGCAAACAAGGATAAAGACTGGGAAGGTGAAGGCTCAGATGAAGATGA TGATAGTGACGAAAATCTTGATGTCTCTGATGATGATGATTCTTTTTATGCTAAAAAACCTAAAGGAAGGCTGCGAGGTA AGGTTGGAAAAAGCATACAATCTACCAGAGATCGCAAAGCATTTGCTCCATCTAGTAGACAAAGAAGAGTTAAATCATCC TTTGAAGACAATGAGTCAACATCAGAGGATCCTGACAGTGATAGTGATGACGATTTCAAAAACACAAAAAAGAGAAGTAT TCATGTCCGCAAGAATAATAGTCGCTCTTCTGTAACCGCAAGTTTTTCTACTCGTAACAGTGAGGTTCGCACTTCTAGTA GGGCAGTTAGGAAGGTATCATATGTTGAAAGCGATGGAAGTGAAGAAGCCGATGAAGGGAAGAAGAAAAAGGTTCAAAAG GATGAAATTGAAGAGGATGATGGTGACTCCATTGAAAAGGTACTTTGGCATCAGCCGAAGGGCATGGCTGAAGATGCTCA GAGGAATAATAGGTCAACAGATCCTGTTTTGATGAGTCACTTGTTTGATTCTGACTTTGATTGGAATGAGATGGAATTTT TGATTAAATGGAAAGGGCAGTCTCATTTGCATTGTCAGTGGAAGTCTTTCGCTGAGCTGCAGAATCTCAGTGGTTTTAAG AAGGTTTTGAATTATACAAAGAGAATAATGGAGGACATCAGGCACCGGAAAACAATCACAAGAGAGGAGATTGAGGTCAA TGATGTGAGTAAGGAGATGGATTTAGATATTATCAAGCAGAACAGCCAGGTGGAACGAATAATTGCAGATAGGATCAGCA AAGATATCTCTGACAATGTTATTCCAGAATACCTGGTCAAGTGGCAGGGACTATCTTATGCTGAAGCAACTTGGGAAAAG GACATCGATATTGCTTTTGCTCAACATGCAATTGATGAGTATAAGGCTCGTGAGGCTGCAATGTCAGTTCAAGGAAAGAT GGTAGATTTCCAGCGTAAGAAGAGCAAGGCAAGCTTACGGAAGCTTGAGCAACAACCTGAATGGTTAAAGGGTGGAAGGC TCCGTGATTATCAGCTTGAGGGACTGAATTTTCTTGTTAACAGTTGGAGAAATGATACAAATGTCATTTTAGCTGATGAA ATGGGTCTTGGGAAAACTGTTCAGTCCGTATCGATGCTCGGTTTTCTACAGAATGCTCAGCAGATCCATGGTCCTTTTCT TGTGGTTGTGCCATTGTCTACTCTATCAAACTGGGCCAAAGAATTCAGGAAGTGGCTTCCTGATATGAATATCATTGTGT ATGTTGGTACTCGTGCAAGTCGAGAGGTGTGTCAACAATATGAATTTTATAATGATAAAAAGCCTGGAAAACCAATAAAA TTCAATGCGCTGTTGACTACATATGAAGTAGTTTTAAAGGATAAGGCTGTTCTCTCCAAGATCAGATGGAATTATCTGAT GGTAGATGAGGCTCATAGACTTAAAAATAGCGAGGCGCAGTTGTATACAACGCTTTCGGAATTTAGCACCAAGAACAAGT TGCTTATCACGGGTACTCCTCTACAGAACAGTGTTGAAGAGCTATGGGCTTTGCTTCACTTCCTTGATCCTGACAAGTTC AAGAGCAAGGATGATTTTGTTCAAAACTATAAGAATCTTAGTTCTTTCAATGAGAAAGAGCTTGCAAATCTTCATATGGA ATTGAGGCCTCATATACTTAGAAGAGTTATCAAAGATGTGGAGAAATCATTACCCCCCAAAATTGAGCGTATCCTTAGGG TTGAAATGTCTCCTCTTCAGAAACAGTATTATAAGTGGATTTTGGAACGCAACTTTCATAATTTGAACAAAGGAGTTCGT GGGAATCAGGTTTCTCTGCTAAATATTGTGGTAGAATTGAAGAAGTGTTGCAATCATCCCTTCCTGTTTGAAAGTGCTGA CCATGGCTATGGTGGGGCCTCAGGAAGTAATGATAATAGTAAACTAGAGAGAATTGTCTTTAGCAGTGGCAAGCTGGTCA TACTTGATAAGCTTCTTGTTAGATTGCATGAAACCAAGCACCGTGTTCTAATTTTTTCTCAGATGGTTAGGTTGTTGGAT ATACTAGGAGAGTATATGTCACTTCGAGGGTTTCAATTTCAGAGGCTTGATGGCAGTACTAAGGCTGAGCTCCGACAGCA GGCAATGGATCATTTCAATGCACCTGGTAGTGATGATTTTTGCTTCCTTCTTTCAACACGAGCTGGAGGTCTGGGTATCA ACCTTGCCACTGCAGATACTGTCATAATATTTGACTCAGATTGGAATCCTCAAAATGACCTGCAGGCCATGAGTAGAGCT CATAGAATTGGGCAACAAGAAGTGGTTAACATATATAGATTTGTGACAAGCAAAAGTGTTGAGGAAGATATTCTGGAACG CGCTAAGAAGAAGATGGTTCTGGACCACTTGGTGATTCAAAAATTAAATGCAGAGGGTAAACTGGAGAAGAAAGAAGCCA AAAAAGGAGGAAGTTATTTTGATAAAAATGAGCTGTCTGCAATCTTACGGTTTGGAGCAGAGGAGCTTTTTAAAGAAGAA AGAAACGATGAAGAAAGCAAGAAACGGCTCTTAAGCATGGATATAGATGAGATTCTTGAAAGAGCAGAGAAGGTTGAAGA GAAGGAAGCTGGTGGAGAGCAAGGGGATGAGTTATTAGGTGCATTTAAGGTTGCCAATTTTTCCAATGATGAAGATGATG CAAGTTTCTGGAGTCGTTGGATTAAGCCTGATGCTGTGTACCAAGCAGAGGAAGCTCTTGTTCCACGTTCTGCAAGAAAT ATTAAAAGTTACGCGGAGGCTGATCCATGTGAAAGAAGTAATAATAAAAGAAAAAAGAAGGAACCTGAACTACCTGAACG AGTTCAGAAACGGCGGAAAGCAGAGTATTCAGCTCCTGTAGTACCAATGATCGAGGGAGCTTCTGCCCAAGTGAGAAGTT GGTCATATGGGAATTTATCTAAAAGAGATGCACTTCGTTTCTCTCGTGCAGTTATGAAATATGGCAATGAGAACCAAGTC GACTTAATTGTTGCTGAGGTTGGGGGTGCAGTTGAGGCAGCTCCACCTGAAGCACAGGTTGAACTTTTCAGTGCTCTAAT TGATGGCTGTACAGAAGCGGTGGAACTTGGAAATCTGGATCTAAAGGGGCCTTTGCTGGATTTTTTTGGCGTCCCAGTGA AGGCAAATGATCTACTGACCCGTGTCCAAGAACTTCAACTACTAGCAAAGCGCATTAGTCGGTATGAAGATCCCATTGCA CAATTCCGTGTTTTGTCATATCTCAAACCTTCAAATTGGTCGAAAGGTTGTGGATGGAATCAAATTGATGATGCAAGATT GCTTCTTGGAATACATTACTATGGATTTGGTAATTGGGAAAAGATTAGATTAGATGAAAGGCTTGGCCTTACGAAAAAAA TTGCACCTGTAGAACTTCTACACCATGAAACTTTCTTGCCACGAGCTCCAAATTTGAGAGACCGTGCTAACGCCTTGTTG GAGCAAGAACTTGCTGTTCTTGGTGTTAAACATACCAATAATAGAGTTGGACGGAAGCCTTCCAAGAAAGAGAGAGAACA AATGAACACCTCACTGTTGCGAGGGCAGGAGAAGAAAAAAGCGGGTTCTGTTAAAGTTGATGTCCAAATGAGAAAGAATA GATTCCAGAAAACCCAAAAGGTTGAACCTATTGCAAAAGAGGAGGGTGAAATGTCCGACAATGAAGAAGTATATGAGCAG TTCAAGGAGGTAAAATGGATGGAATGGTGTCAGGATGTGATGGTTGAAGAAATGAAAACTTTGAAACGTCTTCACAGGTT GCAGACAACTAGTGCCAATCTTCCAAAGGAAAAGGTTCTTTCGAAAATACGCAACTATTTACAGCTTCTTGGGCGAAGGA TAGATCAAATTGTGTTAGAACATGAAGAGGAACCGTATAAGCAAGATAGAATGACTGTGCGACTGTGGAAATATGTCTCC ACTTTCTCCCATCTTTCTGGGGAAAGGCTTCATCAAATATATTCCAAACTTAAAAAGGAGCAAGAAGAGGCTGGGGTTGG CCCCTCTCATGTCAACGGGTCAGCATCTGTTTCATTCGGCCGAAATGGAAACCCGATCCATCACCATATGGAGAGGCAAA GAGGTTTAAAAAATATGACTAGCTACCAACTGCCAGAATCAGTTAGTAGTAATACAGGGAAATCTGAGGCATGGAAACGA AGAAGAAGAGCGGAAAGTGAGGATCATTTCCAGGTTCCACCTCAAAGATCCACGAGTAGTGGAGTCCAGATTACTGATCC TAACTCACTTGGCATCCTTGGTGCTGGACCATCTGACAAACGCTTTGTTAGTGAGAAACCTTACAGGACACAACCCGGTG GGGTTCCTTTAAGACAAAGTTTCTCTTCAGGCTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0048100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MALFRNFSNETVSHDVIEDKSQGQNADRVHRSLGNECLDATSSEKEFDMNMEAQYESDGEPDGACRLQNEAAANDGDAIK KPNLQTTGGSKSATVRSWGSTFWKDCRPMHPQNGSESGQESKSGSDYQNADVSEDNSLDGRAGRLDSEDDDELKEAGNGT RGHSDVPAEEMLSDEYYEQDGDEQSDSLHYGEIHKPTGMNSWPQRMAKSNRAMHRKSRISDDDDGDYEEEDAADEDDPAD ADFEPATSGHAANKDKDWEGEGSDEDDDSDENLDVSDDDDSFYAKKPKGRLRGKVGKSIQSTRDRKAFAPSSRQRRVKSS FEDNESTSEDPDSDSDDDFKNTKKRSIHVRKNNSRSSVTASFSTRNSEVRTSSRAVRKVSYVESDGSEEADEGKKKKVQK DEIEEDDGDSIEKVLWHQPKGMAEDAQRNNRSTDPVLMSHLFDSDFDWNEMEFLIKWKGQSHLHCQWKSFAELQNLSGFK KVLNYTKRIMEDIRHRKTITREEIEVNDVSKEMDLDIIKQNSQVERIIADRISKDISDNVIPEYLVKWQGLSYAEATWEK DIDIAFAQHAIDEYKAREAAMSVQGKMVDFQRKKSKASLRKLEQQPEWLKGGRLRDYQLEGLNFLVNSWRNDTNVILADE MGLGKTVQSVSMLGFLQNAQQIHGPFLVVVPLSTLSNWAKEFRKWLPDMNIIVYVGTRASREVCQQYEFYNDKKPGKPIK FNALLTTYEVVLKDKAVLSKIRWNYLMVDEAHRLKNSEAQLYTTLSEFSTKNKLLITGTPLQNSVEELWALLHFLDPDKF KSKDDFVQNYKNLSSFNEKELANLHMELRPHILRRVIKDVEKSLPPKIERILRVEMSPLQKQYYKWILERNFHNLNKGVR GNQVSLLNIVVELKKCCNHPFLFESADHGYGGASGSNDNSKLERIVFSSGKLVILDKLLVRLHETKHRVLIFSQMVRLLD ILGEYMSLRGFQFQRLDGSTKAELRQQAMDHFNAPGSDDFCFLLSTRAGGLGINLATADTVIIFDSDWNPQNDLQAMSRA HRIGQQEVVNIYRFVTSKSVEEDILERAKKKMVLDHLVIQKLNAEGKLEKKEAKKGGSYFDKNELSAILRFGAEELFKEE RNDEESKKRLLSMDIDEILERAEKVEEKEAGGEQGDELLGAFKVANFSNDEDDASFWSRWIKPDAVYQAEEALVPRSARN IKSYAEADPCERSNNKRKKKEPELPERVQKRRKAEYSAPVVPMIEGASAQVRSWSYGNLSKRDALRFSRAVMKYGNENQV DLIVAEVGGAVEAAPPEAQVELFSALIDGCTEAVELGNLDLKGPLLDFFGVPVKANDLLTRVQELQLLAKRISRYEDPIA QFRVLSYLKPSNWSKGCGWNQIDDARLLLGIHYYGFGNWEKIRLDERLGLTKKIAPVELLHHETFLPRAPNLRDRANALL EQELAVLGVKHTNNRVGRKPSKKEREQMNTSLLRGQEKKKAGSVKVDVQMRKNRFQKTQKVEPIAKEEGEMSDNEEVYEQ FKEVKWMEWCQDVMVEEMKTLKRLHRLQTTSANLPKEKVLSKIRNYLQLLGRRIDQIVLEHEEEPYKQDRMTVRLWKYVS TFSHLSGERLHQIYSKLKKEQEEAGVGPSHVNGSASVSFGRNGNPIHHHMERQRGLKNMTSYQLPESVSSNTGKSEAWKR RRRAESEDHFQVPPQRSTSSGVQITDPNSLGILGAGPSDKRFVSEKPYRTQPGGVPLRQSFSSG 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 54 410 357 -
MobiDBLite 80 99 20 -
PANTHER 96 1687 1592 0.0
PANTHER 96 1687 1592 0.0
MobiDBLite 112 135 24 -
MobiDBLite 137 159 23 -
MobiDBLite 223 242 20 -
MobiDBLite 260 277 18 -
MobiDBLite 308 325 18 -
MobiDBLite 352 378 27 -
MobiDBLite 381 410 30 -
Gene3D 404 491 88 1.3E-22
SUPERFAMILY 406 489 84 2.55E-15
CDD 407 487 81 5.38804E-25
ProSiteProfiles 409 497 89 10.929
SUPERFAMILY 500 577 78 2.16E-13
Gene3D 507 577 71 1.7E-20
SMART 520 579 60 4.2E-9
CDD 520 576 57 1.10981E-15
ProSiteProfiles 522 586 65 13.716
Pfam 523 577 55 3.5E-15
SUPERFAMILY 601 835 235 5.9E-54
Gene3D 605 844 240 6.4E-200
SMART 610 809 200 1.7E-35
CDD 614 835 222 4.79644E-130
ProSiteProfiles 626 798 173 22.757
Pfam 630 902 273 2.0E-65
SUPERFAMILY 838 1119 282 7.04E-69
Gene3D 845 1075 231 6.4E-200
CDD 920 1055 136 5.23296E-59
Pfam 931 1044 114 1.2E-19
ProSiteProfiles 934 1085 152 19.487
SMART 960 1044 85 5.2E-25
Coils 1074 1094 21 -
Coils 1128 1148 21 -
MobiDBLite 1205 1231 27 -
Gene3D 1342 1454 113 1.4E-24
SMART 1512 1617 106 1.3E-29
Pfam 1523 1616 94 3.7E-16
MobiDBLite 1624 1648 25 -
MobiDBLite 1660 1744 85 -
MobiDBLite 1660 1674 15 -
MobiDBLite 1675 1690 16 -
MobiDBLite 1691 1707 17 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0048100.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…