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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0111300 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0111300.7 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Valine--tRNA ligase; TAIR: AT5G16715.1 protein EMBRYO DEFECTIVE 2247; Swiss-Prot: sp|F4KE63|SYVM2_ARATH Valine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2SHS3|A0A0B2SHS3_GLYSO Valine--tRNA ligase; Found in the gene: LotjaGi2g1v0111300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:39877264..39926568) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTCTCTTCACATTTCCAACTATGATATGGTTTATTTTCTCTTTGAACAAATTTTCAGTTAGAATTGTATTTTTTGTTGAT GAAAACAGCAATATAACAATGTCACCATTTTAGAATTTTTTCGAGAATTTAGGGACTGTTTGCACACTCCTTTTCTGAAA TAATTAGAAGAGTGAAACGTTGTTTTCCTTTTCTTTTTAGAAATTTTGCTAGGATAAAGATGAAAAAATATTATTTGCTG GTTTTCTAGTGACTAGTTCTTTTTTTTTATTCTTTTTTGATATTTCAGTTGCTGCTTCAGAGAATGGTGTCTTTACCTCT CCTGAGATAGCCAAATCATTCGACTTTTCCGCCGAAGAACGCATATATAATTGGTAGGTTCTTAAAACTAGTCCTCATAT CTGTGATATGTGCTCTGTGCAAAGTTGCTTCTTTTCTTGGTTTTTAAAGGGAACCAAAGTATTGCACAGTTATTGTACAT GGTGCTTTCCAATATGTCAAATAAAAATGCTGGAGCCTGCTGTTTGTAAATTGCGGCAATGCTATTAAGAAACAATGGCC TTTTAGAAAACTTGTATTTTGTCTGAACACAATGACCTTCGTGTAGTAACCTAGTAGAAAAAAGGCTTTTTATTGGTGTT GTTGGCAATAGAGAACAAAATGTTAGGACATGTATATAACTGTGTGCACCCAAATTATTTAATACCTTGATGTTCTAAAG CTATTTGGAACATGGGTGGCATTTCTTTATGTGTATATATATATTTTGTTTTAATTACAATTATTGAATGCTAGGTGGGA GTCTCAAGGGTATTTTAAGCCGACTTTTGACCGGGGAAGTGATCCTTTTGTGATATCAATGCCGCCTCCTAATGTTACTG GTTCTCTGCACATGGGGCATGCGATGTTTGTGACACTTGAGGTGTTACAAATTTTCAGTCTGTTATTGTCCGTCACGTAT 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0111300.7) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCCGCCTCCTAATGTTACTGGTTCTCTGCACATGGGGCATGCGATGTTTGTGACACTTGAGGATATAATGGTTAGGTA CAATCGCATGAAGGGAAGGCCAACCCTTTGGCTTCCTGGGACAGATCATGCTGGTATTGCGACTCAGTTGGTTGTTGAAA GAATGCTAGCTTCTGAAGGAATAAAAAGGGTTGAAATGACTAGAGATGAATTCACAACACGAGTATGGCAGTGGAAAGAG AAGTATGGCGGAACTATCACAAATCAGATCAAGAGACTTGGTGCTTCTTGTGACTGGTCAAGAGAGCACTTCACCCTTGA TGAACAGCTAAGTCATGCTGTAGTTGAGGCATTTGTTAGGCTTCATGAGAAAGGCTTAATTTATCAAGGTTCATATATGG TAAACTGGTCACCTACTCTCCAGACTGCTGTTTCTGACCTGGAAGTTGAATATTCAGAAGAGTCTGGATATCTTTATTAT ATTAGGTATCGCATTGCCGGAGGTTCAAGGAGTGACTACTTGACTGTGGCTACAACGCGCCCAGAAACTTTATTTGGTGA TGTAGCACTAGCAGTTAATCCACACGATGATCGCTATTCCAAGTATATTGGTCAGATGGCAATTGTGCCTCAGACATTTG GCCGTCATGTTCCTATTATTTATGACAAGCATGTTGATAAAGAGTTTGGAACGGGAGTATTGAAAATTAGTCCAGGACAT GATCATAATGACTATCTACTTGCTCGCAAGCTTGGTCTTCCTATACTCAATGTGATGAACAAGGATGGTACATTAAATGA TGTTGCTGGCTTATACAGTGGCCTTGATCGATTTGAGGCTCGAAAGAAACTGTGGGCGGAACTTGAGGAGACAGGGTTAG CTGTGAAAAAGGAACCACACACTTTACGCGTTCCCAGATCTCAGCGTGGTGGAGAAGTGATAGAGCCACTTGTAAGTAAG CAATGGTTTGTAAGTATGGAGCCTCTTGCCGAGAAAGCTCTTCAAGCAGTTGAAAAAGGAGAGCTGACTATAATTCCGGA AAGATTTGAGAAGATTTACAACCATTGGCTTTCCAACATTAAGGATTGGTGTATAAGCAGACAACTATGGTGGGGACACC GGATACCTGTTTGGTACATTGTCGGAAAACGTAATGAAGAAGACTATATAGTTGCTAGGAATGCTGATGAAGCACTTGAG AAAGCTCGCAAGAAATATGGAAAGGATGTAGAAATATATCAGGATCCTGATGTTCTTGACACTTGGTTTTCAAGTGCCTT ATGGCCTTTTAGTACACTTGGATGGCCAGATTTAAATGCAGAAGATTTTAAGAGGTTATATCCAACTACAGTGCTTGAAA CTGGGCATGACATATTGTTCTTTTGGGTGGCGAGAATGGTGATGATGGGAATCGAGTTCACAGGAACTGTTCCATTTTCT TATGTTTATTTGCATGGACTCATCAGGGATTCACAGGGTAGAAAAATGTCTAAGACCTTAGGGAATGTAATAGACCCCAT TGACACTATCAAAGACTTTGGGACAGATGCTTTACGATTCACACTAGCTTTAGGAACAGCTGGCCAGGACCTTAATTTGT CCTCTGAGCGCTTAACGTCCAACAAGGCCTTCACAAACAAATTGTGGAACGCTGGCAAATTTATATTACAGAATTTGCCC AATGAGAATGATACATCTGCTTGGGAAAACATATTGTCTCATAAGTTTGATGGTGAAGGCTCTGTACTTAATCTTCCTTT GCCAGAGTGTTGGGTGGTGTCAAAACTTCACTTGCTCATTGATTCTGTCAGTGCAAGCTACGATAAATTTTACTTTGGAG AAGTGGGAAGAGAAACATATGATTTCTTTTGGGCTGATTTTGCTGATTGGTATATTGAGGCCAGCAAAGTGCGGCTTTAT AACTCTGGAACTGGAGGCAGCTCGGATGCTTCAGTGGCACAGGCTGTTTTATTGTATACTTTTGAGAACGTACTCAAAGT GCTGCATCCTTTCATGCCATTTGTAACTGAGGAACTATGGCAGGCACTCCCTTACCGGAAGCAAGCCCTTATTGTATCAC CTTGGCCAGAGAGTCAACTACCAAGGAACACCAGCTCTATAAGAAAATTTGAAAATTTGCAAGCTTTGGTTCGAGCTATC CGGAATGCTCGGGCAGAATATTCTGTTGAGCCTGCAAAACGGATATCAGCATCTGTGGTTGCAAGCAATGAAGTTATTGA ATATATTGCTGAAGAAAAAGAGGTTTTAGCACTTCTCTCCCGGCTGGATATACCAAATCTGCATTTTTCAAATTCTTCTC CAGGAAATGCAGATCAATCAGTTCATCTCGTGGCTGGTGAAGGGCTTGAGGCATATCTTCCTCTGGCCGATATGGTTGAT ATTTCTGCAGAAGCTCAACGTCTCTCAAAACGCCTTTCCAAGATGCAGAAGGAGTATGACGCATTGATAGCTAAAATCAG TTCTCCTCAATTTGTGGAGAAGGCCCCAGAAAATGTGGTCCGTGGGGTGCAGGAAAAAGCAGCGGAAGCAGAAGAAAAGA TCACTTTAACCAAAAAACGCCTTGAATTCCTGAACTCTAGTGTTCTAGCTTCAAAATAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0111300.7) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MPPPNVTGSLHMGHAMFVTLEDIMVRYNRMKGRPTLWLPGTDHAGIATQLVVERMLASEGIKRVEMTRDEFTTRVWQWKE KYGGTITNQIKRLGASCDWSREHFTLDEQLSHAVVEAFVRLHEKGLIYQGSYMVNWSPTLQTAVSDLEVEYSEESGYLYY IRYRIAGGSRSDYLTVATTRPETLFGDVALAVNPHDDRYSKYIGQMAIVPQTFGRHVPIIYDKHVDKEFGTGVLKISPGH DHNDYLLARKLGLPILNVMNKDGTLNDVAGLYSGLDRFEARKKLWAELEETGLAVKKEPHTLRVPRSQRGGEVIEPLVSK QWFVSMEPLAEKALQAVEKGELTIIPERFEKIYNHWLSNIKDWCISRQLWWGHRIPVWYIVGKRNEEDYIVARNADEALE KARKKYGKDVEIYQDPDVLDTWFSSALWPFSTLGWPDLNAEDFKRLYPTTVLETGHDILFFWVARMVMMGIEFTGTVPFS YVYLHGLIRDSQGRKMSKTLGNVIDPIDTIKDFGTDALRFTLALGTAGQDLNLSSERLTSNKAFTNKLWNAGKFILQNLP NENDTSAWENILSHKFDGEGSVLNLPLPECWVVSKLHLLIDSVSASYDKFYFGEVGRETYDFFWADFADWYIEASKVRLY NSGTGGSSDASVAQAVLLYTFENVLKVLHPFMPFVTEELWQALPYRKQALIVSPWPESQLPRNTSSIRKFENLQALVRAI RNARAEYSVEPAKRISASVVASNEVIEYIAEEKEVLALLSRLDIPNLHFSNSSPGNADQSVHLVAGEGLEAYLPLADMVD ISAEAQRLSKRLSKMQKEYDALIAKISSPQFVEKAPENVVRGVQEKAAEAEEKITLTKKRLEFLNSSVLASK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Hamap | 1 | 865 | 865 | 14.214 | ||
| TIGRFAM | 1 | 846 | 846 | 2.0E-302 | ||
| CDD | 1 | 533 | 533 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 866 | 866 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 866 | 866 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 1 | 496 | 496 | 1.0E-284 | ||
| SUPERFAMILY | 2 | 540 | 539 | 2.7E-129 | – | |
| Pfam | 2 | 534 | 533 | 5.0E-196 | ||
| ProSitePatterns | 4 | 15 | 12 | - | ||
| Gene3D | 136 | 305 | 170 | 1.0E-284 | ||
| SUPERFAMILY | 152 | 305 | 154 | 1.31E-53 | ||
| PRINTS | 193 | 210 | 18 | 2.7E-28 | ||
| PRINTS | 309 | 322 | 14 | 2.7E-28 | ||
| PRINTS | 415 | 436 | 22 | 2.7E-28 | ||
| PRINTS | 447 | 465 | 19 | 2.7E-28 | ||
| Gene3D | 502 | 725 | 224 | 1.0E-284 | – | |
| CDD | 533 | 683 | 151 | 1.35568E-50 | ||
| SUPERFAMILY | 546 | 815 | 270 | 9.91E-50 | ||
| Pfam | 591 | 735 | 145 | 1.3E-37 | ||
| Gene3D | 793 | 864 | 72 | 3.2E-15 | ||
| Coils | 798 | 825 | 28 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 800 | 864 | 65 | 2.67E-12 | ||
| Pfam | 800 | 864 | 65 | 8.9E-15 | ||
| Coils | 840 | 867 | 28 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleotide binding | Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose. | ||
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA editing activity | The hydrolysis of an incorrectly aminoacylated tRNA. | ||
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA ligase activity | Catalysis of the formation of aminoacyl-tRNA from ATP, amino acid, and tRNA with the release of diphosphate and AMP. | ||
| Molecular function | Valine-tRNA ligase activity | Catalysis of the reaction: L-valine + ATP + tRNA(Val) = L-valyl-tRNA(Val) + AMP + diphosphate + 2 H(+). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Cellular component | Cytoplasm | All of the contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures. | ||
| Biological process | TRNA aminoacylation for protein translation | The synthesis of aminoacyl tRNA by the formation of an ester bond between the 3'-hydroxyl group of the most 3' adenosine of the tRNA and the alpha carboxylic acid group of an amino acid, to be used in ribosome-mediated polypeptide synthesis. | ||
| Biological process | Valyl-tRNA aminoacylation | The process of coupling valine to valyl-tRNA, catalyzed by valyl-tRNA synthetase. The valyl-tRNA synthetase is a class-I synthetase. The activated amino acid is transferred to the 2'-OH group of a valine-accetping tRNA. The 2'-O-aminoacyl-tRNA will ultimately migrate to the 3' position via transesterification. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0111300.7, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…