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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0067100 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0067100.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | DNA topoisomerase family protein; TAIR: AT4G31210.1 DNA topoisomerase, type IA, core; Swiss-Prot: sp|Q4UM42|TOP1_RICFE DNA topoisomerase 1; TrEMBL-Plants: tr|K7M6M6|K7M6M6_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0067100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:11148279..11184746) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGAAGGAGAAAGGTATGGAATGAGAGTATGATGCCAAAGTGTGGTGTGTTGGGCCGGGGGTGAGTAGTGAAGTGGGTGGA TATTTTGGGTATAGGTGGGTGGGGTGCCCAATCTAACCCCACCATCCCATCCCAATGTAGCTGTAGCCCAGGCCCAGGCC CAGGCCCAGGCCCAGTCCCGGTAAATCATCACTGATGTAAATGTAATTAAGCATTATTGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA AATGTAATTAAGCATTAACATTTGGCAGACAACATCGACGCTCTTAAACCCCCTGACCTCACCCAAAGGGTTAAAACCCT TTTCCACTCCACTCACGATGACCGCAATCCTAAACTGAAAATGAACTTCTGGCTACACCTACAATGATTCAACTCCACAG TCGCTTCTTCTCCATCTCCTCTCCCTCTCCCCGCAACCTCATCATGGTCACTCTTCTCTTCTCTTATCTCTTCTCTTCAA TTCCCTCACAATAACTAACTAACTAACTAACTAACACGTTTTTCTATTTAAACGCTGTCGCAGTTGCAGTTCAGGGCCTT CCACACTCCCTTCATCATCTCACACTCGACCTTACGCATTGGGATCGCCAACTCCGTCCACCACCGTAACCGCTTACCGT TTCGTTCACTCGCCGCCGGCAATACCACCGGTTCCGCAGCGTTTGCTGTTGCGAAATCCGTTACCGGTTTCGGATTTCCT TTTCCAGGGAATGGCGTTGGAACCAGTTTGATGTTCTCGACTCGCGCTGTGGATGATGATAAAGCGAAGAAACGAGCTAA AGCAGCTGCTTCCGCCGTCGTTCGCAGTAAAGGTAAGGGTTCTGTTTCTGAAACTGTTGACAATGTTGAACCTGCTGCGG TGAGTCTTAAACAGGACGACGATAAAGTCGCTGTTAAAAAGAAGAAGACGACGAAGAAGCCGGCAACAAGCAAGAAAGAA 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0067100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATTCAACTCCACAGTCGCTTCTTCTCCATCTCCTCTCCCTCTCCCCGCAACCTCATCATGTTCAGGGCCTTCCACAC TCCCTTCATCATCTCACACTCGACCTTACGCATTGGGATCGCCAACTCCGTCCACCACCGTAACCGCTTACCGTTTCGTT CACTCGCCGCCGGCAATACCACCGGTTCCGCAGCGTTTGCTGTTGCGAAATCCGTTACCGGTTTCGGATTTCCTTTTCCA GGGAATGGCGTTGGAACCAGTTTGATGTTCTCGACTCGCGCTGTGGATGATGATAAAGCGAAGAAACGAGCTAAAGCAGC TGCTTCCGCCGTCGTTCGCAGTAAAGGTAAGGGTTCTGTTTCTGAAACTGTTGACAATGTTGAACCTGCTGCGGTGAGTC TTAAACAGGACGACGATAAAGTCGCTGTTAAAAAGAAGAAGACGACGAAGAAGCCGGCAACAAGCAAGAAAGAAGGGAAA ACTTCTGCTACCAAATCGTCGCAAGATGATGCTGGAGCGAAGGTTCCGATAAATTCCTCATCCAAAGGGAAGAAGAAAAA TGTCAAGGAGAGTTTGGCGAAGAGTACTGTTGAAGAAATACATGATGATTCTGCTTCCACAAAGTCAAAGGAGAAGAATG GAAGCTCCAAGGAGGAGCAAGGGAAACCCCCATTGAAATTTACCACCAAGCCGCTGTATCCACCCTTAGGAAAGGCTGTG GTGGTTGTGGAGTCTGTTACAAAGGCGAAGGTTATTCAGAAATACCTTGGCGATACATATGAAGTATTGCCAAGCTATGG TCATGTAAGAGACTTGGCTGCGAGGTCTGGATCTGTGCGACCTGATGATGATTTTAGTATGGTGTGGGAGGTTCCATCGG CTGCTTGGACTCATCTGAAGAGCTTCAAGGTTGCATTGAGCGGAGCAGAAGTCCTTATTCTTGCCTCAGATCCTGATCGT GAGGGGGAGGCCATTGCTTGGCACATCCTTGAGATGTTACAACAACAGGGTGCTCTGCATGATAATATTTCTGTAGCAAG GGTTGTCTTTCATGAAATAACTGAACAGTCTATTAAAGGTGCCCTGCAAGCGCCACGGGAGATTGATGTGAATTTGGTTC ATGCTTACCTTGCACGAAGGGCTCTTGATTATTTGATTGGATTTAACATTTCACCGTTACTATGGAAGAAGTTACCTGGC TGCCAATCAGCAGGAAGAGTTCAATCTGCTGCGCTTTCTCTTATATGTGATAGAGAAATGGAAATTGATAAATTCAAACC GCAGGAGTATTGGACTGTGGAGGCACAATTGAGGAAAAAAGAGCTGATATCAAACAGGAACCTTACGTTTTCTGGCCACC TGACCTGTTTTGATTCAAAAAAGTTGACTCAGTTTTCGATTACCTCTGATACTGAGGCAAGGGATATTGAAAGCAAATTA AAGTCAACTGATTTTAAGGTTATTAGCTTGAAAAGGAACAAAGTTCGAAGAAATCCTCCAACACCTTATATAACATCAAC ACTTCAGCAAGATGCTGCAAACAAATTGCATTTCACAGCAAGTCACACAATGAAGCTTGCACAGAAACTCTATGAGGGAG TTGAACTAGCTGATGGTGTAGCAGAGGGTCTGATAACATACATCAGAACTGATGGATTCCATATATCTGATGGAGCTGTT GCTAATATACGCTCCTTGATCATTGAAAGGTATGGACAAAATTTTGCTGCACGAAGTCCACCAAAGTACTTTAAAAAGGT GAAAAATGCACAAGAAGCCCATGAAGCTATTAGACCAACTGACATACATAAGTTACCATCAATGCTTGCTGGGGTGCTAG ATGAAGAATCCTTGAAGCTATACACACTTATTTGGTCACGGACAGTTTCATGTCAGATGGAACCAGCTATTTTTGAACAG GTACAACTTGATATTGGAAATGCTGATATGTCTATTATGTTACGGTCTGCCAGTTCAAAGGTTGAGTTTCCTGGATATCG GGCTGCTTTTGAGGACATTGATATGGAAGTTGTTCAAGATAAACATAATGATCGATCTTATCGTGATCAAGCATTTGAGG TTCTAAATTCCATAAAGACAGGGGATCTGTTACATCTTGTTCAAGCTGAACTTAATCAGCATCATACGCAGCCACCACCA CGTTACTCTGAAGCATCGTTGGTTAAGAAGCTTGAGGAGCTTGGGATTGGAAGACCTTCGACCTATGCATCCACAATAAA AGTCTTAAAGGATAGGAACTACGTGACAGTAAAAAGTCGTGTTCTGTCTCCAGAATTCCGTGGTCGCATGGTTTCAGCTT TTCTGTCACATCATTTTTCAGAGGTCATGGACTATAATTTCACTGCCGATATGGAAACTGAGCTTGATAATGTTTCTGGT GGATTAACTGAGTGGAAAGGGCTCCTTAGAGATTATTGGACGCGATTTAAATCATACTGTGACAGTACTTCTAACGTGCA TATTCACCAGGTTGAGAAGATGTTAGAAAAAAAGTTTGGACAATATTTATTTGCTTCTCTCCGAGATCAGAAACGGGTCT GTCCAAGCTGTATGGAAGGCACACTAATTTTTAAAGTAAGTAGATTTGGTGCTGGCTACTTTATAGGTTGCGATCAACAT CCGAGGTGCAAGTACATTGCTAAAACATTATATGGTGTAGAGGAGGATGAAGATGCACCTCAGCCAAACACAACAATAGA GGAACCTAAAGTCCTAGGTGTTATCAGTGGTTCAAATGAAAAGGTTCTTTTTAAAAGTGGTCCTTATGGATGCTATGTTC AGCTTGGAGAAGACAGGAAGGGATACGCACCTAAAAGAGCCTCTGTCCCGAGTTTCATGAATGCGAACAATATAACCCTT GAAGATGGACTTGAGTTGTTGCGATACCCATTGACACTGGGTAAACATCCGAAGGATGGACGGCCTGTCATTTTAAGGCT TTCACAGGGTGGCTTTACTGTTAAGCATCGAAGTAAAAGTTTTCATGTTCCAAAGGATATGAACCCACGTGATGTCACCT TCGAAAAAGCCCTTAAATTTTTGTTAGGAGATAATGTGACAAATACTGGTCGACCAAAATCCAAACCTAAAGTAGAAGAA GATGAAGCTGTTGAAGCTTTCTATTAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0067100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MIQLHSRFFSISSPSPRNLIMFRAFHTPFIISHSTLRIGIANSVHHRNRLPFRSLAAGNTTGSAAFAVAKSVTGFGFPFP GNGVGTSLMFSTRAVDDDKAKKRAKAAASAVVRSKGKGSVSETVDNVEPAAVSLKQDDDKVAVKKKKTTKKPATSKKEGK TSATKSSQDDAGAKVPINSSSKGKKKNVKESLAKSTVEEIHDDSASTKSKEKNGSSKEEQGKPPLKFTTKPLYPPLGKAV VVVESVTKAKVIQKYLGDTYEVLPSYGHVRDLAARSGSVRPDDDFSMVWEVPSAAWTHLKSFKVALSGAEVLILASDPDR EGEAIAWHILEMLQQQGALHDNISVARVVFHEITEQSIKGALQAPREIDVNLVHAYLARRALDYLIGFNISPLLWKKLPG CQSAGRVQSAALSLICDREMEIDKFKPQEYWTVEAQLRKKELISNRNLTFSGHLTCFDSKKLTQFSITSDTEARDIESKL KSTDFKVISLKRNKVRRNPPTPYITSTLQQDAANKLHFTASHTMKLAQKLYEGVELADGVAEGLITYIRTDGFHISDGAV ANIRSLIIERYGQNFAARSPPKYFKKVKNAQEAHEAIRPTDIHKLPSMLAGVLDEESLKLYTLIWSRTVSCQMEPAIFEQ VQLDIGNADMSIMLRSASSKVEFPGYRAAFEDIDMEVVQDKHNDRSYRDQAFEVLNSIKTGDLLHLVQAELNQHHTQPPP RYSEASLVKKLEELGIGRPSTYASTIKVLKDRNYVTVKSRVLSPEFRGRMVSAFLSHHFSEVMDYNFTADMETELDNVSG GLTEWKGLLRDYWTRFKSYCDSTSNVHIHQVEKMLEKKFGQYLFASLRDQKRVCPSCMEGTLIFKVSRFGAGYFIGCDQH PRCKYIAKTLYGVEEDEDAPQPNTTIEEPKVLGVISGSNEKVLFKSGPYGCYVQLGEDRKGYAPKRASVPSFMNANNITL EDGLELLRYPLTLGKHPKDGRPVILRLSQGGFTVKHRSKSFHVPKDMNPRDVTFEKALKFLLGDNVTNTGRPKSKPKVEE DEAVEAFY
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 140 | 230 | 91 | - | – | |
| MobiDBLite | 183 | 219 | 37 | - | – | |
| PANTHER | 230 | 1038 | 809 | 0.0 | ||
| Gene3D | 237 | 374 | 138 | 6.6E-43 | – | |
| Hamap | 238 | 997 | 760 | 46.261 | ||
| SUPERFAMILY | 238 | 861 | 624 | 1.96E-162 | ||
| CDD | 238 | 365 | 128 | 9.58834E-53 | ||
| SMART | 238 | 338 | 101 | 1.4E-17 | ||
| ProSiteProfiles | 238 | 353 | 116 | 23.442 | ||
| Pfam | 240 | 353 | 114 | 2.3E-21 | ||
| TIGRFAM | 241 | 887 | 647 | 1.4E-205 | ||
| PRINTS | 312 | 325 | 14 | 5.8E-31 | ||
| SMART | 344 | 432 | 89 | 1.9E-43 | ||
| Pfam | 368 | 808 | 441 | 1.1E-111 | ||
| CDD | 371 | 819 | 449 | 7.3552E-129 | ||
| Gene3D | 378 | 812 | 435 | 7.6E-153 | ||
| PRINTS | 402 | 420 | 19 | 5.8E-31 | ||
| Gene3D | 424 | 719 | 296 | 7.6E-153 | ||
| SMART | 491 | 772 | 282 | 5.3E-93 | ||
| Gene3D | 499 | 635 | 137 | 7.6E-153 | ||
| ProSitePatterns | 528 | 551 | 24 | - | ||
| PRINTS | 542 | 551 | 10 | 5.8E-31 | ||
| PRINTS | 620 | 636 | 17 | 5.8E-31 | ||
| PRINTS | 735 | 749 | 15 | 5.8E-31 | ||
| Pfam | 852 | 888 | 37 | 5.7E-8 | ||
| Pfam | 918 | 976 | 59 | 7.5E-8 | ||
| MobiDBLite | 1028 | 1048 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 1033 | 1048 | 16 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). | ||
| Molecular function | DNA topoisomerase activity | Catalysis of the transient cleavage and passage of individual DNA strands or double helices through one another, resulting a topological transformation in double-stranded DNA. | ||
| Molecular function | DNA topoisomerase type I activity | Catalysis of a DNA topological transformation by transiently cleaving one DNA strand at a time to allow passage of another strand; changes the linking number by +1 per catalytic cycle. | ||
| Cellular component | Chromosome | A structure composed of a very long molecule of DNA and associated proteins (e.g. histones) that carries hereditary information. | ||
| Biological process | DNA topological change | The process in which a transformation is induced in the topological structure of a double-stranded DNA helix, resulting in a change in linking number. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0067100.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…