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LotjaGi5g1v0362200.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0362200
Transcript ID LotjaGi5g1v0362200.3
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Callose synthase; TAIR: AT5G13000.1 glucan synthase-like 12; Swiss-Prot: sp|Q9LXT9|CALS3_ARATH Callose synthase 3; TrEMBL-Plants: tr|A0A151RX23|A0A151RX23_CAJCA Callose synthase 3; Found in the gene: LotjaGi5g1v0362200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:67602884..67616180) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTCAGTCATTCTGCCGGAGAATGTCGTCGGAGCCGCAGCCACCGCCGCAGAGGCGGATAACGCGGACGCAGACGACAGGG AACCTCGGAGAGGCGATATTCGACAGTGAGGTTGTGCCTTCCTCTCTCGTCGAGATTGCGCCCATTCTCCGCGTGGCTAA TGAGGTTGAGAAGACGCATCCAAGAGTTGCTTATCTCTGTGAGTTCATCTTACTTATCCTCCATGCAACCGCATTGCACA ATGTGTTTCTATTTTGAGAGGGTTTGTGTTTCTCTTGCTCTTGCAGGTCGGTTCTACGCGTTCGAGAAAGCTCATAAGCT CGACCCGACTTCCAGTGGTCGCGGTGTTCGGCAATTTAAGACCGCGCTTCTTCAACGTCTTGAAAGAGTAAGCATTTTGA TCCATAGCTTCTAAGAATGCAAACTGTCAAATCTTCTTATTTAGTAACCTCTAGCTGTTATGTAATGATTGGAATCAATG TTGTCCCATTTTTGTTAGGAAAATGATCCAACATTGAAAGGAAGGGTAAAGAAGAGTGATGCTCGTGAGATGCAGAGTTT TTATCAGCATTACTACAAAAAATATATTCAAGCTTTGCAAAATGCTGCTGATAAAGCTGATCGGTACATTGTCTGGATAA TGTGTAATATGATAAATATGTTCTGTGCCTGTTGTGTGACTAGAGTGTGTTTGTATTATTACTTTCAGTGCACAGCTTAC CAAGGCATATCAGACTGCTAATGTTCTTTTTGAGGTTTTGAAGGCTGTTAACTTGACACAGTCTATGGAAGTTGACCGTG AGGTAGTTTTTTCCTCACTTCCAAGTTCTCATCTTTCTATTTGGTTTCCTCTTTTTATGTGTACCTTTAACCATATTTGA AATTAGTTGATTATAATAGAGTTCACTTTAAAATTTTGACCTTCACCTGTTACCGACTCATGGTTGGTTTTCTGTTCCCA 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0362200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTCGTCGGAGCCGCAGCCACCGCCGCAGAGGCGGATAACGCGGACGCAGACGACAGGGAACCTCGGAGAGGCGATATT CGACAGTGAGGTTGTGCCTTCCTCTCTCGTCGAGATTGCGCCCATTCTCCGCGTGGCTAATGAGGTTGAGAAGACGCATC CAAGAGTTGCTTATCTCTGTCGGTTCTACGCGTTCGAGAAAGCTCATAAGCTCGACCCGACTTCCAGTGGTCGCGGTGTT CGGCAATTTAAGACCGCGCTTCTTCAACGTCTTGAAAGAGAAAATGATCCAACATTGAAAGGAAGGGTAAAGAAGAGTGA TGCTCGTGAGATGCAGAGTTTTTATCAGCATTACTACAAAAAATATATTCAAGCTTTGCAAAATGCTGCTGATAAAGCTG ATCGTGCACAGCTTACCAAGGCATATCAGACTGCTAATGTTCTTTTTGAGGTTTTGAAGGCTGTTAACTTGACACAGTCT ATGGAAGTTGACCGTGAGATTTTAGAGACTCAAGATAAGGTTGCTGAGAAGACTGAGATCTTAGTTCCTTATAATATTCT TCCTCTTGATCCTGATAGTGCAAACCAGGCAATAATGAGATTTCCTGAGATTCAAGCGGCTGTATTTGCTCTGCGTAACA CTAGAGGCCTTGCTTGGCCTAAGGACTACAAGAAAAAAAAAGATGAAGACATCCTGGATTGGCTTGGGGCAATGTTTGGG TTTCAGAAGCACAATGTGGTAAATCAGAGAGAGCATTTGATCTTACTGCTTGCAAATGTGCACATTAGACAATTTCCCAA GCCGGATCAACAGCCAAAGTTGGATGAACGTGCACTGACAGAAGTGATGAAGAAACTTTTCAAGAATTACAAAAAATGGT GCAAGTATTTGGGTCGGAAGAGTAGCCTTTGGTTGCCAACCATACAACAAGAAGTGCAGCAGCGTAAATTACTATACATG 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GAATACAGGGACCAAGTTGTGATTCTGTTCCAAGACATGCTGGAGGTGGTGACAAGAGATATAATGATGGAGGATCATAT ATTCAGCTTGGTAGATTCTATCCATGGTGGACCTGGGCATGATGGGATGCTTCTTCTTGAGCAACAGCACCAGTTATTTG CATCTGAAGGGGCTATCAGGTTTCCGATTGAACCAGTCACAGAAGCTTGGACGGAGAAGATAAAACGGCTTTACTTGCTG CTTACTACAAAAGAATCAGCAATGGATGTACCATCTAACTTGGAAGCCAAAAGGCGCATTTCTTTTTTCTCAAATTCACT GTTTATGGATATGCCTACAGCACCCAAAGTTCGCAATATGCTTTCATTTTCGGTTTTAACACCATACTACACAGAAGAGG TTCTATTTTCCTTGCGCGAGCTGGAATCACCCAATGAAGATGGTGTTTCAATACTCTTCTACTTGCAGAAGATCTTTCCA GATGAATGGAACAACTTTCTTCAGCGAGTAAATTGTTTGAGTGAGGAGGAACTTAAAGGGAATGAATCTGACGAGTTAGA AGAAGAACTTCGTCAGTGGGCATCATACCGCGGCCAAACTTTGACCCGAACTGTGAGAGGAATGATGTACTACAGAAAAG CTTTGGAGCTCCAGGCTTTTCTTGATATGGCCAAAGATGAAGATTTGATGGAAGGCTACAAAGCCATAGAAAATTCAGAC GATAACTCAAGGGGTGAAAGGTCATTGTGGTCACAATGTCAAGCAGTAGCTGATATGAAATTCTCATATGTGGTGTCATG CCAGCAATATGGGATTGACAAGCGATCTGGCGCTGCTCGTGCACAAGACATACTGAGGCTTATGACAAGATATCCTTCAC TTCGAGTTGCCTATATTGATGAGGTAGAGGAACCTAGCAAAGAGAGGCCGAAAAAAATCAACAAGGTTTATTACTCTTGC TTGGTCATATATAAAATAAAGCTTCCTGGGCCAGCTATATTGGGTGAGGGTAAACCTGAGAATCAGAACCATGCTATTAT TTTCACACGTGGAGAAGGCTTGCAAACAATAGATATGAATCAGGATAACTACATGGAAGAAGCTTTAAAAATGAGAAATT TGTTGCAAGAATTTCTGAAGAAGCATGACGGTGTGAGATTCCCCAGTATTCTTGGACTTAGGGAGCATATATTCACTGGA AGTGTTTCTTCTCTTGCATGGTTTATGTCTAATCAAGAGACAAGTTTTGTGACAATTGGTCAGAGATTGTTGGCTAATCC ACTGAGAGTTCGCTTCCACTATGGTCACCCTGATGTTTTTGATCGGCTTTTTCACCTCACAAGAGGGGGTGTCAGCAAAG CCTCCAAGGTTATAAACTTGAGCGAAGATATCTTTGCTGGCTTCAACTCTACACTTCGTGAAGGAAATGTTACTCATCAT GAGTACATACAAGTTGGGAAAGGGAGAGATGTGGGTCTCAACCAGATTTCTATGTTTGAAGCAAAGATAGCTAATGGCAA CGGAGAGCAAACACTGAGTCGAGATGTGTACCGACTTGGGCACCGTTTTGACTTCTTCAGAATGTTGTCCTGTTATTTCA CCACAATTGGGTTTTACTTCAGTACACTTGTAACTGTTCTGACTGTATATGTATTCCTCTATGGTCGCCTTTATCTCGTC CTTAGTGGGCTTGAAGAAGGTTTGAGTACACAAAAAGCCATTCGAGACAATAAGCCTCTTCAAGTGGCTCTTGCCTCTCA GTCCTTTGTTCAAATTGGGTTTTTGATGGCTTTGCCTATGTTGATGGAAATTGGCTTGGAAAGGGGTTTCCGAACTGCAC TTAGTGAGTTCATATTAATGCAGTTGCAGCTTGCACCAGTTTTCTTCACATTTTCACTTGGGACAAAGACTCATTATTAT GGTAGGACATTGCTTCATGGAGGTGCAAAATATAGAGCTACGGGTCGGGGGTTTGTGGTTTTCCATGCTAAATTTGCTGA CAACTATAGACTATACTCCCGTAGCCACTTTGTCAAGGGTATTGAGCTCATGGTTTTGCTTATTGTATACCAAATTTTTG GTCATACTTATAGAAGTGGGGTTGCATATCTTTTGATTACAATATCGATGTGGTTTATGGTTGGGACCTGGCTTTATGCT CCCTTCTTGTTCAATCCTTCTGGGTTTGAGTGGCAAAAGATTGTTGATGATTGGACCGATTGGAATAAATGGATTAGCGT CCGAGGTGGTATAGGTGTACCATCTGAAAAAAGTTGGGAATCCTGGTGGGAAGAGGAACAAGAGCATCTCCAATATTCAG GAATGCGCGGAATCATAGCTGAGATATTGTTATCTTTGCGGTTTTTTATCTATCAGTATGGTCTTGTTTATCACTTGAAC TTTACGAAAAAAACACAAAAAAGTTTTCTGATCTATGGCATATCATGGTTGGTGATCTTTCTAATACTATTTGTAATGAA GGGAATGATATTCGTGGCTTTTGTCTCGATTCTAGTCACCATGATTGCCCTTCCTCACATGACAATGCAGGACATAATTG TTTGCATTCTTGCGTTCATGCCTACTGGTTGGGGGATGCTACAGATTGCACAAGCATTAAAGCCTCTAGTACGCCGAGCT GGATTTTGGGGATCAGTAAAAACTCTGGCCCGTGGTTATGAGGTTGTGATGGGTTTGCTTTTGTTCACTCCAGTTGCCTT CCTGGCTTGGTTTCCTTTTGTTTCAGAATTTCAGACCCGCATGCTGTTCAACCAAGCTTTCAGCCGAGGTTTGCAAATTT CTCGTATCCTTGGAGGCCAAAGGAAGGGACGCTCTTCTCGCAACAAGGAATAG 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0362200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSSEPQPPPQRRITRTQTTGNLGEAIFDSEVVPSSLVEIAPILRVANEVEKTHPRVAYLCRFYAFEKAHKLDPTSSGRGV RQFKTALLQRLERENDPTLKGRVKKSDAREMQSFYQHYYKKYIQALQNAADKADRAQLTKAYQTANVLFEVLKAVNLTQS MEVDREILETQDKVAEKTEILVPYNILPLDPDSANQAIMRFPEIQAAVFALRNTRGLAWPKDYKKKKDEDILDWLGAMFG FQKHNVVNQREHLILLLANVHIRQFPKPDQQPKLDERALTEVMKKLFKNYKKWCKYLGRKSSLWLPTIQQEVQQRKLLYM GLYLLIWGEAANIRFMPECLCYIYHHMAFELYGMLAGNVSPMTGENVKPAYGGEEEAFLRKVVTPIYNVIAKEAERSKKG RSKHSEWRNYDDLDEYFWSADCFRLGWPMRADADFFCLPVEQLNFDKSNDNKPANRDKWVGKVNFVEIRSFWHIFRSFDR MWGFFILCLQAMIIVAWNGSGDPGAIFYGDVFKKVLSVFITAAILKLGQAILDVILSWKAQRSMSMHVKLRYILKVVSAA AWVIVLSVTFAYTWDNPPGFAQTIQSWFGSNSSSPSMFIMAVIVYLSPNMLAAVLFLFPLIRRFLERSNYRIVMLMMWWS QPRLYIGRGMHESAFSLFKYTMFWVLLIITKLAFSYYIEIKPLVGPTKAIMSVKISTFQWHEFFPHGTRNNLGVVVALWA PIILVYFMDTQIWYAIFSTLFGGIYGAFRRLGEIRTLGMLRSRFESLPGAFNACLIPEETSEPRKKGFKATLSRRFDQVN IPSNKGKEAARFAQLWNQIITSFREEDLISDREMNLLLVPYWADRELDMIQWPPFLLASKIPIALDMAKDSNGKDRDLKK RIEADSYMSCAVRECYASFKSIVKYLVQGDREKQVIEYIFSEVDNHIEAGDLISEFRLSALPSLYEQFVELIKYLLDNKP EYRDQVVILFQDMLEVVTRDIMMEDHIFSLVDSIHGGPGHDGMLLLEQQHQLFASEGAIRFPIEPVTEAWTEKIKRLYLL LTTKESAMDVPSNLEAKRRISFFSNSLFMDMPTAPKVRNMLSFSVLTPYYTEEVLFSLRELESPNEDGVSILFYLQKIFP DEWNNFLQRVNCLSEEELKGNESDELEEELRQWASYRGQTLTRTVRGMMYYRKALELQAFLDMAKDEDLMEGYKAIENSD DNSRGERSLWSQCQAVADMKFSYVVSCQQYGIDKRSGAARAQDILRLMTRYPSLRVAYIDEVEEPSKERPKKINKVYYSC LVIYKIKLPGPAILGEGKPENQNHAIIFTRGEGLQTIDMNQDNYMEEALKMRNLLQEFLKKHDGVRFPSILGLREHIFTG SVSSLAWFMSNQETSFVTIGQRLLANPLRVRFHYGHPDVFDRLFHLTRGGVSKASKVINLSEDIFAGFNSTLREGNVTHH EYIQVGKGRDVGLNQISMFEAKIANGNGEQTLSRDVYRLGHRFDFFRMLSCYFTTIGFYFSTLVTVLTVYVFLYGRLYLV LSGLEEGLSTQKAIRDNKPLQVALASQSFVQIGFLMALPMLMEIGLERGFRTALSEFILMQLQLAPVFFTFSLGTKTHYY GRTLLHGGAKYRATGRGFVVFHAKFADNYRLYSRSHFVKGIELMVLLIVYQIFGHTYRSGVAYLLITISMWFMVGTWLYA PFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWISVRGGIGVPSEKSWESWWEEEQEHLQYSGMRGIIAEILLSLRFFIYQYGLVYHLN FTKKTQKSFLIYGISWLVIFLILFVMKGMIFVAFVSILVTMIALPHMTMQDIIVCILAFMPTGWGMLQIAQALKPLVRRA GFWGSVKTLARGYEVVMGLLLFTPVAFLAWFPFVSEFQTRMLFNQAFSRGLQISRILGGQRKGRSSRNKE 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 20 20 -
Phobius 1 480 480 -
PANTHER 6 1906 1901 0.0
PANTHER 6 1906 1901 0.0
Gene3D 24 177 154 3.6E-19
Pfam 39 167 129 4.5E-22
Coils 119 139 21 -
SMART 314 430 117 8.0E-72
Pfam 316 428 113 6.3E-37
Phobius 481 498 18 -
TMHMM 482 501 20 -
Phobius 499 517 19 -
TMHMM 516 538 23 -
Phobius 518 540 23 -
Phobius 541 551 11 -
TMHMM 550 572 23 -
Phobius 552 574 23 -
Phobius 575 593 19 -
Phobius 594 618 25 -
TMHMM 599 621 23 -
Phobius 619 629 11 -
Phobius 630 646 17 -
Phobius 647 657 11 -
TMHMM 656 678 23 -
Phobius 658 678 21 -
Phobius 679 709 31 -
TMHMM 710 727 18 -
Phobius 710 727 18 -
Phobius 728 732 5 -
TMHMM 732 749 18 -
Phobius 733 752 20 -
Phobius 753 1490 738 -
Pfam 1050 1740 691 2.5E-234
Phobius 1491 1513 23 -
TMHMM 1492 1514 23 -
Phobius 1514 1541 28 -
TMHMM 1540 1562 23 -
Phobius 1542 1561 20 -
Phobius 1562 1572 11 -
Phobius 1573 1594 22 -
TMHMM 1577 1594 18 -
Phobius 1595 1635 41 -
Phobius 1636 1653 18 -
Phobius 1654 1659 6 -
Phobius 1660 1680 21 -
TMHMM 1661 1683 23 -
Phobius 1681 1737 57 -
Phobius 1738 1757 20 -
TMHMM 1739 1761 23 -
Phobius 1758 1768 11 -
TMHMM 1768 1785 18 -
Phobius 1769 1799 31 -
TMHMM 1789 1806 18 -
Phobius 1800 1810 11 -
Phobius 1811 1833 23 -
TMHMM 1813 1832 20 -
Phobius 1834 1852 19 -
TMHMM 1852 1874 23 -
Phobius 1853 1873 21 -
Phobius 1874 1910 37 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component 1,3-beta-D-glucan synthase complex A protein complex that catalyzes the transfer of a glucose group from UDP-glucose to a (1->3)-beta-D-glucan chain.
Molecular function 1,3-beta-D-glucan synthase activity Catalysis of the reaction: UDP-glucose + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n) = UDP + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n+1).
Biological process (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process The chemical reactions and pathways resulting in the formation of (1->3)-beta-D-glucans, compounds composed of glucose residues linked by (1->3)-beta-D-glucosidic bonds.
Cellular component Membrane A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0362200.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…