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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0131200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0131200.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | E3 ubiquitin-protein ligase SHPRH; TAIR: AT2G40770.1 RING-finger, DEAD-like helicase, PHD and SNF2 domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q149N8|SHPRH_HUMAN E3 ubiquitin-protein ligase SHPRH; TrEMBL-Plants: tr|I1JH54|I1JH54_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0131200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:21048411..21074533) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTGTTGTTTCCTCGTGCGGTTGTATCATTCGTGTGAACCTAAACATAGGACTCCACGAACACAAACACAAACACAAAAAC AGAAACTGAGTTCTATCGGTTCCTCAATTCATGCTCTGTTCACTTCACTGATTCTCTTCCTCTTGTCAGGTTCCAATTCC AATCCCTTTCCCTTTTTCTCATGCACAAAATTCACGTGCAACAGTAATTGTTGCATTGGTTCCTGCAAGGTTAGGGACTT TTGGGATTAGACTATTGGCTATGGTGGTGTTGTCCCCATTCCTTGTTTTTGTGCCTACCCTTTTATTCAATTATGTTAAA TTTCACTTAAATTTTTGTTCTTTCTTACCCTTTGCTGCATAATTGCATTTGCCAGCTTTTGAATGGTTCTGCATTCAATC TTTACCTTTTGAGCTCATGTTGGACTATTGTTTAATTTGTTACTAACTTGTTGTTGTTATATATTTATGGTGTTTCCTCT GGTTTGGTGCTTATGCAGGTTGAAAATCGAATTCTAAATGCTAAATCTGAGTTCTAGGGTCTTCATGTTGAACTTCAGTT TCAATTTTGTAGAATCATGAGTGATCTTTGGCATTATGTTAATATAGCTTAGCTTTTTCTAAAAAAAGAAGTTTTTTTTT TTTTAATTTGGTGAAGGTAACAAGTGATGGGTAGACGAAAAAGTAAACCGCGTAGATCAGGTGGGGTAATACTAGAAACA AATGCTACTGCTGACACAGAATTTGATAAAGAGAAGGTTGGAGAAGCAGGGGAAGAAGCAAGGGATAATTCTGGTGACAT TGATGAACCTTATTTTGTTGAGGTTGACCGGTCCAGTTGGTTGTCAAGTGAACATCTTGATATTTCTGAAGTTATTTTAA GTGATTTAAATTTGAGAGAAGGTTTTTCTGGGTTTGAACTATCTGAGGGGTTTTATCAGGATCCCCAGTACTCGTTAAGA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0131200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi1g1v0131200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
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Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
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|---|---|---|---|---|---|---|
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| Gene3D | 349 | 400 | 52 | 4.7E-6 | ||
| Gene3D | 404 | 477 | 74 | 2.0E-11 | ||
| SUPERFAMILY | 407 | 479 | 73 | 1.32E-9 | ||
| SMART | 410 | 478 | 69 | 3.6E-8 | ||
| ProSitePatterns | 411 | 477 | 67 | - | ||
| CDD | 412 | 477 | 66 | 2.27251E-8 | – | |
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| ProSiteProfiles | 483 | 646 | 164 | 9.836 | ||
| SUPERFAMILY | 686 | 1640 | 955 | 1.38E-34 | ||
| Gene3D | 1339 | 1420 | 82 | 5.6E-8 | ||
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| ProSiteProfiles | 1354 | 1402 | 49 | 10.94 | ||
| Gene3D | 1421 | 1641 | 221 | 1.6E-40 | – | |
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GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0131200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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