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LotjaGi1g1v0188900.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0188900
Transcript ID LotjaGi1g1v0188900.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description ATP-dependent RNA helicase; TAIR: AT5G61140.2 U5 small nuclear ribonucleoprotein helicase; Swiss-Prot: sp|Q9FNQ1|DEXHE_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2Q999|A0A0B2Q999_GLYSO Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3; Found in the gene: LotjaGi1g1v0188900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:37051695..37095471) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGTTGCTTCAGATTCCTCGCTTCTCAAATTCTCTCAGAGACCCCTTCGATGTCGACCAGGCCTATCTTCATCGCAAAAC CATTCTCCACAACCGAAAGCCTCCTCGCAAGTAATCCACTATCACATCGCATTCATTCTCAATCGCTTTTCCCCTTTTTT CAATTTCACTTTTCATTTTCCGTTGCTTCGTGTTTCGTAGTGCTGCGAAGTCGCTTGATGAATCGGAACTCGCTCGGAAG ATTGTGTACGGTTGGGAAGAAGGTAGGTGGTATTTTGTGGCTACTTTTGGATTTTCAGTTGATGCAAAAATTGATTGATG TGGTGGTTTGTTAGCGATTAATGGTCATGTTTGTGTTTGGTGAATTGAAGCAGCTTCTGTGGAAGTGCGTCAGGCTTACA AGCAGTTTATAGGAGCTGTAGTGGACTTGGTTGATGGAGAAATGCCGTCTGATGAGTTCCGTGAGGTGGCGCTGGCGGTT TACCGACTCTTCGGCAGACCAATGGAGGAGGGGGATTCTATTGACAGAATCCTTTCTGAGAAAAAGTAAGTGATGGTTTT TGAAGTTTTGACAGTTGCTACAGATTTGAAGAGTGCTTGAACTTGAATAGTGTGTTTTTTGTGATTTCACTTGCACTTTG TGACCATGTGTTAGATTGTGTATGTTTTTTTGGATCTGAATAATTTAATGAGTCTTGATGAATATCGTTTAGAGGACTTG AACACGCTGTTGGGGAAGTTCTATAAATTTGTATTGCTAGGTGCATATTGCAAAATGTAGAGGCCATAATATGGTTTTAT TATTTGATTGACTGATTGTTGTCAGTGTTTTGAATGTTGGAGGGATTGGACTATTGTTCAAAATACTATAAACTCTTTTG TGGCATTGGTACGCAGGTTAGAATTGCAAAAACTTATAGGTCATGCAATTGCGGATGCCAAGTTGAGGCAAGCTGCTCAT 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PANTHER
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PANTHER
PTHR12131
37 1331 1295 0.0 –
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mobidb-lite
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MobiDBLite
mobidb-lite
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PANTHER
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PANTHER
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PANTHER
PTHR12131
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PANTHER
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SSF81296
1959 2037 79 2.24E-9
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G3DSA:2.60.40.150
1960 2044 85 1.2E-12
IPR035892
Coils
Coil
2043 2045 3 - –

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
GO:0003676
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Subterm of
GO:0005524
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Subterm of

Genome browser

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0188900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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